基于卷积神经网络的MR重建方法已经显示出提供快速和高质量的重建。具有基于CNN的模型的主要缺点是它缺乏灵活性,并且可以仅针对特定采集上下文限制实际适用性有效运行。通过获取上下文,我们的意思是三个输入设置的特定组合,即所认为的三种输入,在研究中的解剖学,欠采样掩模图案和欠采样的加速度。该模型可以在组合多个上下文的图像上共同培训。然而,该模型不符合上下文特定模型的性能,也不符合在火车时间内看不见的上下文。这需要在生成上下文特定权重时修改现有体系结构,以便将灵活性合并到多个上下文。我们提出了一个多次采集的上下文基础网络,称为MAC-Recordnet,用于MRI重建,灵活地到多个获取上下文,并更广泛地概括为在实际方案中适用性的未操作性上下文。所提出的网络具有MRI重建模块和动态重量预测(DWP)模块。 DWP模块将相应的获取上下文信息作为输入,并学习重建模块的上下文专用权重,在运行时使用上下文动态变化。我们表明,所提出的方法可以根据心脏和大脑数据集,高斯和笛卡尔欠采样模式和五个加速因子处理多个上下文。所提出的网络优于Naive联合训练的模型,并通过定量和定性地具有与上下文专用模型具有竞争力的结果。我们还通过在火车时间看不见的背景下测试了我们模型的普遍性。
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深度学习网络在快速磁共振成像(MRI)重建中显示出令人鼓舞的结果。在我们的工作中,我们开发了深层网络,以进一步提高重建的定量和感知质量。首先,我们提出了Reconsynergynet(RSN),该网络结合了在图像和傅立叶域上独立运行的互补益处。对于单线采集,我们引入了深层级联RSN(DC-RSN),这是一个与数据保真度(DF)单位交织在一起的RSN块的级联。其次,我们通过协助T1加权成像(T1WI)的帮助,这是T2加权成像(T2WI)的DC-RSN的结构恢复,这是一个短时间采集时间的序列。通过日志功能(高尔夫)融合的梯度为DC-RSN提供T1援助。此外,我们建议感知改进网络(PRN)来完善重建以获得更好的视觉信息保真度(VIF),这是一种与放射科医生对图像质量高度相关的指标。最后,对于多线圈采集,我们提出了可变拆分RSN(VS-RSN),深层块,每个块,包含RSN,多圈DF单元和加权平均模块。我们广泛验证了单线和多线圈采集的模型DC-RSN和VS-RSN,并报告最先进的性能。我们在FastMRI中获得了0.768、0.923、0.878的SSIM,单线圈-4X,多螺旋-4X和多型圈-8X的SSIM为0.878。我们还进行了实验,以证明基于高尔夫的T1援助和PRN的功效。
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磁共振(MR)图像重建来自高度缺点$ K $ -space数据在加速MR成像(MRI)技术中至关重要。近年来,基于深度学习的方法在这项任务中表现出很大的潜力。本文提出了一种学习的MR图像重建半二次分割算法,并在展开的深度学习网络架构中实现算法。我们比较我们提出的方法对针对DC-CNN和LPDNET的公共心先生数据集的性能,我们的方法在定量结果和定性结果中表现出其他方法,具有更少的模型参数和更快的重建速度。最后,我们扩大了我们的模型,实现了卓越的重建质量,并且改善为1.76美元$ 276 $ 274美元的LPDNET以5美元\倍率为5美元的峰值信噪比。我们的方法的代码在https://github.com/hellopipu/hqs-net上公开使用。
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在过去的几年中,提出了多种基于深神经网络(DNN)的方法,以解决来自未取消采样的“ K-Space”(傅立叶域)数据的挑战性不足的反向问题。然而,反对采集过程中的变化和解剖学分布的不稳定性表明,与其经典的对应物相比,DNN体系结构对相关物理模型的概括不佳。较差的概括有效地排除了DNN适用于临床环境中不足采样的MRI重建。我们通过引入物理培养的DNN体系结构和培训方法来提高DNN方法的泛化MRI重建能力。除了模型体系结构中观察到的数据外,我们的体系结构还编码底面采样掩码,并采用适当的培训方法,该方法使用与各种无底采样掩码生成的数据一起鼓励模型概括了未散布的MRI重建问题。我们通过对公开可用的快速MRI数据集进行了广泛的实验,证明了我们的方法的附加价值。我们的物理提出的方法达到了增强的概括能力,这使得与获得的稳健性和解剖学分布的变化相比,尤其是在病理区域中,与香草DNN方法和DNN进行了显着提高,并在病理区域中进行了显着提高,并且受过培训的DNN训练,并接受了强烈的掩盖掩模的增强。接受训练的模型和代码以复制我们的实验,将在接受后用于研究目的。
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最近关于其他方式的核化图像T1辅助MRI重建的研究表明,进一步加速MRI收购其他方式的潜力。大多数最先进的方法通过开发用于固定的欠采样模式的网络架构来实现改进,而不完全利用方式之间的互补信息。尽管可以简单地修改现有的下采样模式学习算法以允许完全采样的T1加权MR图像来辅助模式学习,但是可以实现重建任务的显着改进。为此,我们提出了一个迭代框架,优化了MRI获取的另一种方式的采样下采样模式,可以在不同的下抽样因子中补充完全采样的T1加权MR图像,同时共同优化T1辅助MRI重建模型。具体地,我们所提出的方法利用两种模式之间的潜在信息的差异来确定可以最大化T1加权MR图像的辅助功率在改善MRI重建时最大化的采样模式。与常用的下采样模式和最先进的方法相比,我们在公共数据集中展示了我们在公共数据集上的学习的下采样模式的卓越表现,可以联合优化重建网络和欠采样模式以8倍的取样因子。
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磁共振成像可以产生人体解剖和生理学的详细图像,可以帮助医生诊断和治疗肿瘤等病理。然而,MRI遭受了非常长的收购时间,使其易于患者运动伪影并限制其潜力以提供动态治疗。诸如并行成像和压缩感测的常规方法允许通过使用多个接收器线圈获取更少的MRI数据来改变MR图像来增加MRI采集速度。深度学习的最新进步与平行成像和压缩传感技术相结合,具有从高度加速的MRI数据产生高保真重建。在这项工作中,我们通过利用卷积复发网络的特性和展开算法来解决复发变分网络(RevurrentVarnet)的加速改变网络(RevurrentVarnet)的任务,提出了一种基于深入的深度学习的反问题解决者。 RevurrentVarnet由多个块组成,每个块都负责梯度下降优化算法的一个展开迭代,以解决逆问题。与传统方法相反,优化步骤在观察域($ k $ -space)而不是图像域中进行。每次反复出的Varnet块都会通过观察到的$ k $ -space,并由数据一致性术语和复制单元组成,它将作为输入的隐藏状态和前一个块的预测。我们所提出的方法实现了新的最新状态,定性和定量重建导致来自公共多通道脑数据集的5倍和10倍加速数据,优于以前的传统和基于深度学习的方法。我们将在公共存储库上释放所有型号代码和基线。
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The data consistency for the physical forward model is crucial in inverse problems, especially in MR imaging reconstruction. The standard way is to unroll an iterative algorithm into a neural network with a forward model embedded. The forward model always changes in clinical practice, so the learning component's entanglement with the forward model makes the reconstruction hard to generalize. The proposed method is more generalizable for different MR acquisition settings by separating the forward model from the deep learning component. The deep learning-based proximal gradient descent was proposed to create a learned regularization term independent of the forward model. We applied the one-time trained regularization term to different MR acquisition settings to validate the proposed method and compared the reconstruction with the commonly used $\ell_1$ regularization. We showed ~3 dB improvement in the peak signal to noise ratio, compared with conventional $\ell_1$ regularized reconstruction. We demonstrated the flexibility of the proposed method in choosing different undersampling patterns. We also evaluated the effect of parameter tuning for the deep learning regularization.
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在临床医学中,磁共振成像(MRI)是诊断,分类,预后和治疗计划中最重要的工具之一。然而,MRI遭受了固有的慢数据采集过程,因为数据在k空间中顺序收集。近年来,大多数MRI重建方法在文献中侧重于整体图像重建而不是增强边缘信息。这项工作通过详细说明了对边缘信息的提高来阐述了这一趋势。具体地,我们通过结合多视图信息介绍一种用于快速多通道MRI重建的新型并行成像耦合双鉴别器生成的对抗网络(PIDD-GaN)。双判别设计旨在改善MRI重建中的边缘信息。一个鉴别器用于整体图像重建,而另一个鉴别器是负责增强边缘信息的负责。为发电机提出了一种具有本地和全局剩余学习的改进的U-Net。频率通道注意块(FCA块)嵌入在发电机中以结合注意力机制。引入内容损耗以培训发电机以获得更好的重建质量。我们对Calgary-Campinas公共大脑MR DataSet进行了全面的实验,并将我们的方法与最先进的MRI重建方法进行了比较。在MICCAI13数据集上进行了对剩余学习的消融研究,以验证所提出的模块。结果表明,我们的PIDD-GaN提供高质量的重建MR图像,具有良好的边缘信息。单图像重建的时间低于5ms,符合加快处理的需求。
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缩短采集时间和减少动作伪影是磁共振成像中最重要的两个问题。作为一个有前途的解决方案,已经研究了基于深度学习的高质量MR图像恢复,以产生从缩短采集时间获取的较低分辨率图像的更高分辨率和自由运动伪影图像,而不降低额外的获取时间或修改脉冲序列。然而,仍有许多问题仍然存在,以防止深度学习方法在临床环境中变得实用。具体而言,大多数先前的作品专注于网络模型,但忽略了各种下采样策略对采集时间的影响。此外,长推理时间和高GPU消耗也是瓶颈,以便在诊所部署大部分产品。此外,先验研究采用回顾性运动伪像产生随机运动,导致运动伪影的无法控制的严重程度。更重要的是,医生不确定生成的MR图像是否值得信赖,使诊断困难。为了克服所有这些问题,我们雇用了一个统一的2D深度学习神经网络,用于3D MRI超级分辨率和运动伪影,展示这种框架可以在3D MRI恢复任务中实现更好的性能与最艺术方法的其他状态,并且仍然存在GPU消耗和推理时间明显低,从而更易于部署。我们还基于加速度分析了几种下式采样策略,包括在平面内和穿过平面下采样的多种组合,并开发了一种可控和可量化的运动伪影生成方法。最后,计算并用于估计生成图像的准确性的像素 - 明智的不确定性,提供可靠诊断的附加信息。
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由于组织和骨骼之间的相似性,在人解剖结构中广泛看到了全球相关性。由于近距离质子密度和T1/T2参数,这些相关性反映在磁共振成像(MRI)扫描中。此外,为了实现加速的MRI,k空间数据的采样不足,从而导致全球混叠伪像。卷积神经网络(CNN)模型被广泛用于加速MRI重建,但是由于卷积操作的固有位置,这些模型在捕获全球相关性方面受到限制。基于自发的变压器模型能够捕获图像特征之间的全局相关性,但是,变压器模型对MRI重建的当前贡献是微小的。现有的贡献主要提供CNN转换器混合解决方案,并且很少利用MRI的物理学。在本文中,我们提出了一种基于物理的独立(无卷积)变压器模型,标题为“多头级联SWIN变压器(MCSTRA),用于加速MRI重建。 MCSTRA将几种相互关联的MRI物理相关概念与变压器网络相结合:它通过移动的窗口自我发场机制利用了全局MR特征;它使用多头设置分别提取属于不同光谱组件的MR特征;它通过级联的网络在中间脱氧和K空间校正之间进行迭代,该网络具有K空间和中间损耗计算中的数据一致性;此外,我们提出了一种新型的位置嵌入生成机制,以使用对应于底面采样掩码的点扩散函数来指导自我发作。我们的模型在视觉上和定量上都大大优于最先进的MRI重建方法,同时描述了改善的分辨率和去除词法。
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近年来,基于深度学习的平行成像(PI)取得了巨大进展,以加速磁共振成像(MRI)。然而,现有方法的性能和鲁棒性仍然可以是不受欢迎的。在这项工作中,我们建议通过柔性PI重建,创建的重量K-Space Genera-Tive模型(WKGM)来探索K空间域学习。具体而言,WKGM是一种通用的K空间域模型,在其中有效地纳入了K空间加权技术和高维空间增强设计,用于基于得分的Genererative模型训练,从而实现良好和强大的重建。此外,WKGM具有灵活性,因此可以与各种传统的K空间PI模型协同结合,从而产生基于学习的先验以产生高保真重建。在具有不同采样模式和交流电因子的数据集上进行实验性重新构建表明,WKGM可以通过先验良好的K-Space生成剂获得最新的重建结果。
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减少磁共振(MR)图像采集时间可能会使MR检查更容易获得。包括深度学习模型在内的先前艺术已致力于解决长期MRI成像时间的问题。最近,深层生成模型在算法鲁棒性和使用灵活性方面具有巨大的潜力。然而,无法直接学习或使用任何现有方案。此外,还值得研究的是,深层生成模型如何在混合域上很好地工作。在这项工作中,通过利用基于深度能量的模型,我们提出了一个K空间和图像域协作生成模型,以全面估算从采样量未采样的测量中的MR数据。与最先进的实验比较表明,所提出的混合方法的重建精度较小,在不同的加速因子下更稳定。
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压缩传感(CS)一直在加速磁共振成像(MRI)采集过程中的关键作用。随着人工智能的复苏,深神经网络和CS算法正在集成以重新定义快速MRI的领域。过去几年目睹了基于深度学习的CS技术的复杂性,多样性和表现的大量增长,这些技术致力于快速MRI。在该荟萃分析中,我们系统地审查了快速MRI的深度学习的CS技术,描述了关键模型设计,突出突破,并讨论了有希望的方向。我们还介绍了一个综合分析框架和分类系统,以评估深度学习在基于CS的加速度的MRI的关键作用。
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磁共振成像(MRI)是一种重要的非侵入性临床工具,可以产生高分辨率和可重复的图像。然而,高质量的MR图像需要长时间的扫描时间,这导致患者的疲惫和不适,由于患者的自愿运动和非自愿的生理运动,诱导更多人工制品。为了加速扫描过程,通过K空间欠采样和基于深度学习的重建的方法已经推广。这项工作引进了SwinMR,这是一种基于新型的Swin变压器的快速MRI重建方法。整个网络由输入模块(IM)组成,特征提取模块(FEM)和输出模块(OM)。 IM和OM是2D卷积层,并且FEM由级联的残留的Swin变压器块(RSTBS)和2D卷积层组成。 RSTB由一系列SWIN变压器层(STL)组成。 STL的Shifted Windows多头自我关注(W-MSA / SW-MSA)在移位的窗口中执行,而不是整个图像空间中原始变压器的多头自我关注(MSA)。通过使用灵敏度图提出了一种新的多通道损耗,这被证明是为了保留更多纹理和细节。我们在Calgary-Campinas公共大脑MR DataSet中进行了一系列比较研究和消融研究,并在多模态脑肿瘤细分挑战2017年数据集中进行了下游分段实验。结果表明,与其他基准方法相比,我们的SwinMR实现了高质量的重建,并且它在噪音中断和不同的数据集中显示了不同的遮光罩掩模的稳健性。该代码在https://github.com/ayanglab/swinmr公开使用。
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目的:提出一种新的基于深度学习的方法,称为RG-NET(重建和生成网络),用于通过向下采样k空间高度加速的MR参数映射,并同时减少所获取的对比度。方法:所提出的框架包括重建模块和生成模块。在先前的帮助下,重建模块从所获取的少数下采样的k空间数据重建MR图像。然后,生成模块从重建的图像中综合剩余的多对比度图像,其中通过对完全采样标签的监督隐式模型被隐式地结合到图像生成中。在不同的加速率下对膝关节和大脑的映射数据进行评估RG-Net。 Cartilage和大脑的区域T1 \ R {HO}进行了分析,以获得RG-Net的性能。结果:RG-Net以高速加速度为17的高质量T1 \ R {Ho}地图。与仅借出k空间的竞争方法相比,我们的框架在T1 \ R {Ho}值中实现了更好的性能分析。我们的方法还提高了胶质瘤患者T1 \ R {Ho}的质量。结论:提出的RG-NET通过欠采样k空间采用新策略并同时减少快速先生参数映射的对比度,可以实现高加速率,同时保持良好的重建质量。我们的框架的生成模块也可以用作其他快速MR参数映射方法的插入模块。关键词:深度学习,卷积神经网络,快速先生参数映射
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目的:并行成像通过用一系列接收器线圈获取其他灵敏度信息,从而加速了磁共振成像(MRI)数据,从而降低了相位编码步骤。压缩传感磁共振成像(CS-MRI)在医学成像领域中获得了普及,因为其数据要求较少,而不是平行成像。并行成像和压缩传感(CS)均通过最大程度地减少K空间中捕获的数据量来加快传统MRI获取。由于采集时间与样品的数量成反比,因此从缩短的K空间样品中的图像的反向形成会导致收购更快,但具有混乱的伪像。本文提出了一种新型的生成对抗网络(GAN),即雷德格尔(Recgan-gr)受到多模式损失的监督,以消除重建的图像。方法:与现有的GAN网络相反,我们提出的方法引入了一种新型的发电机网络,即与双域损耗函数集成的弹药网络,包括加权幅度和相位损耗函数以及基于平行成像的损失,即Grappa一致性损失。提出了K空间校正块,以使GAN网络自动化生成不必要的数据,从而使重建过程的收敛性更快。结果:全面的结果表明,拟议的Recgan-GR在基于GAN的方法中的PSNR有4 dB的改善,并且在文献中可用的传统最先进的CNN方法中有2 dB的改进。结论和意义:拟议的工作有助于显着改善低保留数据的图像质量,从而更快地获取了5倍或10倍。
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多对比度MRI(MC-MRI)捕获了多种互补成像方式,以帮助放射决策。鉴于需要降低多次收购的时间成本,当前的深度加速MRI重建网络集中于利用多个对比度之间的冗余。但是,现有的作品在很大程度上受到了配对数据和/或过度昂贵的完全采样的MRI序列的监督。此外,重建网络通常依赖于卷积体系结构,这些卷积体系结构在建模远程相互作用的能力上受到限制,并可能导致良好的解剖学细节的次优恢复。对于这些目的,我们提出了一个双域自我监督的变压器(DSFORMER),用于加速MC-MRI重建。 DSFormer开发了一个深层条件级联变压器(DCCT),该变压器由几个级联的Swin Transformer重建网络(SWINRN)组成,该网络(SWINRN)在两种深层调理策略下训练,以实现MC-MRI信息共享。我们进一步提出了DCCT的双域(图像和K空间)自我监督的学习策略,以减轻获取完全采样的培训数据的成本。 DSFormer会生成高保真重建,从而超过电流完全监督的基线。此外,我们发现,通过全面监督或我们提出的双域自学训练,DSFORMER可以实现几乎相同的性能。
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可解释性和鲁棒性必须在临床应用中整合加速磁共振成像(MRI)重建的机器学习方法。这样做会允许快速高质量的解剖和病理学成像。数据一致性(DC)对于多模态数据的泛化至关重要,以及检测病理学的鲁棒性。这项工作提出了独立复发推理机(CIRIM)的级联,通过展开优化来评估DC,通过梯度下降,并通过设计的术语明确地明确。我们对CIRIM与其他展开的优化方法进行广泛的比较,是端到端变分网络(E2EVN)和轮辋,以及UNET和压缩感测(CS)。评估是分两个阶段完成的。首先,评估关于多次训练的MRI模型的学习,即用{t_1} $ - 加权和平凡对比,以及$ {t_2} $ - 加权膝盖数据。其次,在通过3D Flair MRI数据中重建依赖多发性硬化(MS)患者的3D Flair MRI数据来测试鲁棒性。结果表明,CIRIM在隐式强制执行DC时表现最佳,而E2EVN需要明确制定的DC。 CIRIM在重建临床MS数据时显示出最高病变对比度分辨率。与CS相比,性能提高了大约11%,而重建时间是二十次减少。
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Supervised Deep-Learning (DL)-based reconstruction algorithms have shown state-of-the-art results for highly-undersampled dynamic Magnetic Resonance Imaging (MRI) reconstruction. However, the requirement of excessive high-quality ground-truth data hinders their applications due to the generalization problem. Recently, Implicit Neural Representation (INR) has appeared as a powerful DL-based tool for solving the inverse problem by characterizing the attributes of a signal as a continuous function of corresponding coordinates in an unsupervised manner. In this work, we proposed an INR-based method to improve dynamic MRI reconstruction from highly undersampled k-space data, which only takes spatiotemporal coordinates as inputs. Specifically, the proposed INR represents the dynamic MRI images as an implicit function and encodes them into neural networks. The weights of the network are learned from sparsely-acquired (k, t)-space data itself only, without external training datasets or prior images. Benefiting from the strong implicit continuity regularization of INR together with explicit regularization for low-rankness and sparsity, our proposed method outperforms the compared scan-specific methods at various acceleration factors. E.g., experiments on retrospective cardiac cine datasets show an improvement of 5.5 ~ 7.1 dB in PSNR for extremely high accelerations (up to 41.6-fold). The high-quality and inner continuity of the images provided by INR has great potential to further improve the spatiotemporal resolution of dynamic MRI, without the need of any training data.
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具有高分辨率(HR)的磁共振成像(MRI)提供了更详细的信息,以进行准确的诊断和定量图像分析。尽管取得了重大进展,但大多数现有的医学图像重建网络都有两个缺陷:1)所有这些缺陷都是在黑盒原理中设计的,因此缺乏足够的解释性并进一步限制其实际应用。可解释的神经网络模型引起了重大兴趣,因为它们在处理医学图像时增强了临床实践所需的可信赖性。 2)大多数现有的SR重建方法仅使用单个对比度或使用简单的多对比度融合机制,从而忽略了对SR改进至关重要的不同对比度之间的复杂关系。为了解决这些问题,在本文中,提出了一种新颖的模型引导的可解释的深层展开网络(MGDUN),用于医学图像SR重建。模型引导的图像SR重建方法求解手动设计的目标函数以重建HR MRI。我们通过将MRI观察矩阵和显式多对比度关系矩阵考虑到末端到端优化期间,将迭代的MGDUN算法展示为新型模型引导的深层展开网络。多对比度IXI数据集和Brats 2019数据集进行了广泛的实验,证明了我们提出的模型的优势。
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