多对比度MRI(MC-MRI)捕获了多种互补成像方式,以帮助放射决策。鉴于需要降低多次收购的时间成本,当前的深度加速MRI重建网络集中于利用多个对比度之间的冗余。但是,现有的作品在很大程度上受到了配对数据和/或过度昂贵的完全采样的MRI序列的监督。此外,重建网络通常依赖于卷积体系结构,这些卷积体系结构在建模远程相互作用的能力上受到限制,并可能导致良好的解剖学细节的次优恢复。对于这些目的,我们提出了一个双域自我监督的变压器(DSFORMER),用于加速MC-MRI重建。 DSFormer开发了一个深层条件级联变压器(DCCT),该变压器由几个级联的Swin Transformer重建网络(SWINRN)组成,该网络(SWINRN)在两种深层调理策略下训练,以实现MC-MRI信息共享。我们进一步提出了DCCT的双域(图像和K空间)自我监督的学习策略,以减轻获取完全采样的培训数据的成本。 DSFormer会生成高保真重建,从而超过电流完全监督的基线。此外,我们发现,通过全面监督或我们提出的双域自学训练,DSFORMER可以实现几乎相同的性能。
translated by 谷歌翻译
由于组织和骨骼之间的相似性,在人解剖结构中广泛看到了全球相关性。由于近距离质子密度和T1/T2参数,这些相关性反映在磁共振成像(MRI)扫描中。此外,为了实现加速的MRI,k空间数据的采样不足,从而导致全球混叠伪像。卷积神经网络(CNN)模型被广泛用于加速MRI重建,但是由于卷积操作的固有位置,这些模型在捕获全球相关性方面受到限制。基于自发的变压器模型能够捕获图像特征之间的全局相关性,但是,变压器模型对MRI重建的当前贡献是微小的。现有的贡献主要提供CNN转换器混合解决方案,并且很少利用MRI的物理学。在本文中,我们提出了一种基于物理的独立(无卷积)变压器模型,标题为“多头级联SWIN变压器(MCSTRA),用于加速MRI重建。 MCSTRA将几种相互关联的MRI物理相关概念与变压器网络相结合:它通过移动的窗口自我发场机制利用了全局MR特征;它使用多头设置分别提取属于不同光谱组件的MR特征;它通过级联的网络在中间脱氧和K空间校正之间进行迭代,该网络具有K空间和中间损耗计算中的数据一致性;此外,我们提出了一种新型的位置嵌入生成机制,以使用对应于底面采样掩码的点扩散函数来指导自我发作。我们的模型在视觉上和定量上都大大优于最先进的MRI重建方法,同时描述了改善的分辨率和去除词法。
translated by 谷歌翻译
深度学习网络在快速磁共振成像(MRI)重建中显示出令人鼓舞的结果。在我们的工作中,我们开发了深层网络,以进一步提高重建的定量和感知质量。首先,我们提出了Reconsynergynet(RSN),该网络结合了在图像和傅立叶域上独立运行的互补益处。对于单线采集,我们引入了深层级联RSN(DC-RSN),这是一个与数据保真度(DF)单位交织在一起的RSN块的级联。其次,我们通过协助T1加权成像(T1WI)的帮助,这是T2加权成像(T2WI)的DC-RSN的结构恢复,这是一个短时间采集时间的序列。通过日志功能(高尔夫)融合的梯度为DC-RSN提供T1援助。此外,我们建议感知改进网络(PRN)来完善重建以获得更好的视觉信息保真度(VIF),这是一种与放射科医生对图像质量高度相关的指标。最后,对于多线圈采集,我们提出了可变拆分RSN(VS-RSN),深层块,每个块,包含RSN,多圈DF单元和加权平均模块。我们广泛验证了单线和多线圈采集的模型DC-RSN和VS-RSN,并报告最先进的性能。我们在FastMRI中获得了0.768、0.923、0.878的SSIM,单线圈-4X,多螺旋-4X和多型圈-8X的SSIM为0.878。我们还进行了实验,以证明基于高尔夫的T1援助和PRN的功效。
translated by 谷歌翻译
目的:通过密集连接的深度学习重建框架来改善加速的MRI重建。材料和方法:通过应用三个架构修改来修改级联的深度学习重建框架(基线模型):级联输入和输出之间的输入级级密集连接,改进的深度学习子网络和随后的SKIP连接之间的改进深度学习网络。进行了一项消融研究,其中在NYU FastMRI Neuro数据集上训练了五个模型配置,并在四倍和八倍的加速度上结合了端到端方案。通过比较其各自的结构相似性指数度量(SSIM),归一化平方误差(NMSE)和峰信号与噪声比(PSNR)来评估训练的模型。结果:提出的密集互连的残留级联网络(DIRCN)利用了所有三种建议的修改,分别为四倍和八倍加速度获得了8%和11%的SSIM提高。对于八倍的加速度,与基线模型相比,该模型的NMSE降低了23%。在一项消融研究中,单个体系结构的修饰都通过分别减少SSIM和NMSE的四倍加速度减少了SSIM和NMSE,这都促进了这一改进。结论:所提出的架构修改允许对已经存在的级联框架进行简单调整,以进一步改善所得的重建。
translated by 谷歌翻译
磁共振成像(MRI)是一种重要的非侵入性临床工具,可以产生高分辨率和可重复的图像。然而,高质量的MR图像需要长时间的扫描时间,这导致患者的疲惫和不适,由于患者的自愿运动和非自愿的生理运动,诱导更多人工制品。为了加速扫描过程,通过K空间欠采样和基于深度学习的重建的方法已经推广。这项工作引进了SwinMR,这是一种基于新型的Swin变压器的快速MRI重建方法。整个网络由输入模块(IM)组成,特征提取模块(FEM)和输出模块(OM)。 IM和OM是2D卷积层,并且FEM由级联的残留的Swin变压器块(RSTBS)和2D卷积层组成。 RSTB由一系列SWIN变压器层(STL)组成。 STL的Shifted Windows多头自我关注(W-MSA / SW-MSA)在移位的窗口中执行,而不是整个图像空间中原始变压器的多头自我关注(MSA)。通过使用灵敏度图提出了一种新的多通道损耗,这被证明是为了保留更多纹理和细节。我们在Calgary-Campinas公共大脑MR DataSet中进行了一系列比较研究和消融研究,并在多模态脑肿瘤细分挑战2017年数据集中进行了下游分段实验。结果表明,与其他基准方法相比,我们的SwinMR实现了高质量的重建,并且它在噪音中断和不同的数据集中显示了不同的遮光罩掩模的稳健性。该代码在https://github.com/ayanglab/swinmr公开使用。
translated by 谷歌翻译
基于深度学习的脑磁共振成像(MRI)重建方法有可能加速MRI采集过程。尽管如此,科学界缺乏适当的基准,以评估高分辨率大脑图像的MRI重建质量,并评估这些所提出的算法在存在小而且预期的数据分布班次存在下的表现。多线圈磁共振图像(MC-MRI)重建挑战提供了一种基准,其目的在于使用高分辨率,三维,T1加权MRI扫描的大型数据集。挑战有两个主要目标:1)比较该数据集和2)上的不同的MRI重建模型,并评估这些模型的概括性,以通过不同数量的接收器线圈获取的数据。在本文中,我们描述了挑战实验设计,并总结了一系列基线和艺术脑MRI重建模型的结果。我们提供有关目前MRI重建最先进的相关比较信息,并突出挑战在更广泛的临床采用之前获得所需的普遍模型。 MC-MRI基准数据,评估代码和当前挑战排行榜可公开可用。它们为脑MRI重建领域的未来发展提供了客观性能评估。
translated by 谷歌翻译
Image restoration is a long-standing low-level vision problem that aims to restore high-quality images from lowquality images (e.g., downscaled, noisy and compressed images). While state-of-the-art image restoration methods are based on convolutional neural networks, few attempts have been made with Transformers which show impressive performance on high-level vision tasks. In this paper, we propose a strong baseline model SwinIR for image restoration based on the Swin Transformer. SwinIR consists of three parts: shallow feature extraction, deep feature extraction and high-quality image reconstruction. In particular, the deep feature extraction module is composed of several residual Swin Transformer blocks (RSTB), each of which has several Swin Transformer layers together with a residual connection. We conduct experiments on three representative tasks: image super-resolution (including classical, lightweight and real-world image super-resolution), image denoising (including grayscale and color image denoising) and JPEG compression artifact reduction. Experimental results demonstrate that SwinIR outperforms state-of-the-art methods on different tasks by up to 0.14∼0.45dB, while the total number of parameters can be reduced by up to 67%.
translated by 谷歌翻译
深度学习方法已成为重建MR重建的最新采样的状态。特别是对于地面真理不可行或不可能的情况,要获取完全采样的数据,重建的自我监督的机器学习方法正在越来越多地使用。但是,在验证此类方法及其普遍性的验证中的潜在问题仍然没有得到充实的态度。在本文中,我们研究了自制算法验证未采样MR图像的重要方面:对前瞻性重建的定量评估,前瞻性和回顾性重建之间的潜在差异,常用的定量衡量标准的适用性和普遍性。研究了两种基于自我监督的denoising和先验的深层图像的自我监督算法。将这些方法与使用体内和幻影数据的最小二乘拟合以及压缩感测重建进行比较。它们的推广性通过前瞻性采样的数据与培训不同的数据进行了测试。我们表明,相对于回顾性重建/地面真理,前瞻性重建可能表现出严重的失真。此外,与感知度量相比,与像素定量指标的定量指标可能无法准确捕获感知质量的差异。此外,所有方法均显示出泛化的潜力。然而,与其他变化相比,概括性的影响更大。我们进一步表明,无参考图像指标与人类对图像质量的评级很好地对应,以研究概括性。最后,我们证明了经过调整的压缩感测重建和学习的DeNoising在所有数据上都相似地执行。
translated by 谷歌翻译
可解释性和鲁棒性必须在临床应用中整合加速磁共振成像(MRI)重建的机器学习方法。这样做会允许快速高质量的解剖和病理学成像。数据一致性(DC)对于多模态数据的泛化至关重要,以及检测病理学的鲁棒性。这项工作提出了独立复发推理机(CIRIM)的级联,通过展开优化来评估DC,通过梯度下降,并通过设计的术语明确地明确。我们对CIRIM与其他展开的优化方法进行广泛的比较,是端到端变分网络(E2EVN)和轮辋,以及UNET和压缩感测(CS)。评估是分两个阶段完成的。首先,评估关于多次训练的MRI模型的学习,即用{t_1} $ - 加权和平凡对比,以及$ {t_2} $ - 加权膝盖数据。其次,在通过3D Flair MRI数据中重建依赖多发性硬化(MS)患者的3D Flair MRI数据来测试鲁棒性。结果表明,CIRIM在隐式强制执行DC时表现最佳,而E2EVN需要明确制定的DC。 CIRIM在重建临床MS数据时显示出最高病变对比度分辨率。与CS相比,性能提高了大约11%,而重建时间是二十次减少。
translated by 谷歌翻译
目的:并行成像通过用一系列接收器线圈获取其他灵敏度信息,从而加速了磁共振成像(MRI)数据,从而降低了相位编码步骤。压缩传感磁共振成像(CS-MRI)在医学成像领域中获得了普及,因为其数据要求较少,而不是平行成像。并行成像和压缩传感(CS)均通过最大程度地减少K空间中捕获的数据量来加快传统MRI获取。由于采集时间与样品的数量成反比,因此从缩短的K空间样品中的图像的反向形成会导致收购更快,但具有混乱的伪像。本文提出了一种新型的生成对抗网络(GAN),即雷德格尔(Recgan-gr)受到多模式损失的监督,以消除重建的图像。方法:与现有的GAN网络相反,我们提出的方法引入了一种新型的发电机网络,即与双域损耗函数集成的弹药网络,包括加权幅度和相位损耗函数以及基于平行成像的损失,即Grappa一致性损失。提出了K空间校正块,以使GAN网络自动化生成不必要的数据,从而使重建过程的收敛性更快。结果:全面的结果表明,拟议的Recgan-GR在基于GAN的方法中的PSNR有4 dB的改善,并且在文献中可用的传统最先进的CNN方法中有2 dB的改进。结论和意义:拟议的工作有助于显着改善低保留数据的图像质量,从而更快地获取了5倍或10倍。
translated by 谷歌翻译
减少磁共振(MR)图像采集时间可能会使MR检查更容易获得。包括深度学习模型在内的先前艺术已致力于解决长期MRI成像时间的问题。最近,深层生成模型在算法鲁棒性和使用灵活性方面具有巨大的潜力。然而,无法直接学习或使用任何现有方案。此外,还值得研究的是,深层生成模型如何在混合域上很好地工作。在这项工作中,通过利用基于深度能量的模型,我们提出了一个K空间和图像域协作生成模型,以全面估算从采样量未采样的测量中的MR数据。与最先进的实验比较表明,所提出的混合方法的重建精度较小,在不同的加速因子下更稳定。
translated by 谷歌翻译
最近关于其他方式的核化图像T1辅助MRI重建的研究表明,进一步加速MRI收购其他方式的潜力。大多数最先进的方法通过开发用于固定的欠采样模式的网络架构来实现改进,而不完全利用方式之间的互补信息。尽管可以简单地修改现有的下采样模式学习算法以允许完全采样的T1加权MR图像来辅助模式学习,但是可以实现重建任务的显着改进。为此,我们提出了一个迭代框架,优化了MRI获取的另一种方式的采样下采样模式,可以在不同的下抽样因子中补充完全采样的T1加权MR图像,同时共同优化T1辅助MRI重建模型。具体地,我们所提出的方法利用两种模式之间的潜在信息的差异来确定可以最大化T1加权MR图像的辅助功率在改善MRI重建时最大化的采样模式。与常用的下采样模式和最先进的方法相比,我们在公共数据集中展示了我们在公共数据集上的学习的下采样模式的卓越表现,可以联合优化重建网络和欠采样模式以8倍的取样因子。
translated by 谷歌翻译
深度学习在加速磁共振成像(MRI)中表现出惊人的性能。最先进的深度学习重建采用强大的卷积神经网络,并且由于许多磁共振图像或其对应的k空间是2D的许多磁共振图像或其对应的k空间。在这项工作中,我们展示了一种探讨了1D卷积的新方法,使得深度网络更容易受到培训和广义。我们进一步将1D卷积集成到所提出的深网络中,命名为一维深度低级和稀疏网络(ODL),它展开了低级和稀疏重建模型的迭代过程。在体内膝盖和脑数据集中的广泛结果表明,所提出的ODLS非常适合培训受试者的情况,并提供比视觉和定量的最先进的方法改进的重建性能。此外,ODL还向不同的欠采样场景显示出良好的稳健性以及培训和测试数据之间的一些不匹配。总之,我们的工作表明,在快速MRI中,1D深度学习方案是内存高效且强大的。
translated by 谷歌翻译
磁共振成像可以产生人体解剖和生理学的详细图像,可以帮助医生诊断和治疗肿瘤等病理。然而,MRI遭受了非常长的收购时间,使其易于患者运动伪影并限制其潜力以提供动态治疗。诸如并行成像和压缩感测的常规方法允许通过使用多个接收器线圈获取更少的MRI数据来改变MR图像来增加MRI采集速度。深度学习的最新进步与平行成像和压缩传感技术相结合,具有从高度加速的MRI数据产生高保真重建。在这项工作中,我们通过利用卷积复发网络的特性和展开算法来解决复发变分网络(RevurrentVarnet)的加速改变网络(RevurrentVarnet)的任务,提出了一种基于深入的深度学习的反问题解决者。 RevurrentVarnet由多个块组成,每个块都负责梯度下降优化算法的一个展开迭代,以解决逆问题。与传统方法相反,优化步骤在观察域($ k $ -space)而不是图像域中进行。每次反复出的Varnet块都会通过观察到的$ k $ -space,并由数据一致性术语和复制单元组成,它将作为输入的隐藏状态和前一个块的预测。我们所提出的方法实现了新的最新状态,定性和定量重建导致来自公共多通道脑数据集的5倍和10倍加速数据,优于以前的传统和基于深度学习的方法。我们将在公共存储库上释放所有型号代码和基线。
translated by 谷歌翻译
基于卷积神经网络的MR重建方法已经显示出提供快速和高质量的重建。具有基于CNN的模型的主要缺点是它缺乏灵活性,并且可以仅针对特定采集上下文限制实际适用性有效运行。通过获取上下文,我们的意思是三个输入设置的特定组合,即所认为的三种输入,在研究中的解剖学,欠采样掩模图案和欠采样的加速度。该模型可以在组合多个上下文的图像上共同培训。然而,该模型不符合上下文特定模型的性能,也不符合在火车时间内看不见的上下文。这需要在生成上下文特定权重时修改现有体系结构,以便将灵活性合并到多个上下文。我们提出了一个多次采集的上下文基础网络,称为MAC-Recordnet,用于MRI重建,灵活地到多个获取上下文,并更广泛地概括为在实际方案中适用性的未操作性上下文。所提出的网络具有MRI重建模块和动态重量预测(DWP)模块。 DWP模块将相应的获取上下文信息作为输入,并学习重建模块的上下文专用权重,在运行时使用上下文动态变化。我们表明,所提出的方法可以根据心脏和大脑数据集,高斯和笛卡尔欠采样模式和五个加速因子处理多个上下文。所提出的网络优于Naive联合训练的模型,并通过定量和定性地具有与上下文专用模型具有竞争力的结果。我们还通过在火车时间看不见的背景下测试了我们模型的普遍性。
translated by 谷歌翻译
最近,对深度学习进行了广泛的研究,以加速动态磁共振(MR)成像,并取得了令人鼓舞的进步。但是,如果没有完全采样的参考数据进行培训,当前方法可能在恢复细节或结构方面具有有限的能力。为了应对这一挑战,本文提出了一个自我监督的协作学习框架(SelfCollearn),以从无效的K-Space数据中进行准确的动态MR图像重建。拟议的框架配备了三个重要组成部分,即双网络协作学习,重新启动数据增强和专门设计的共同培训损失。该框架可以灵活地与数据驱动的网络和基于模型的迭代未滚动网络集成。我们的方法已在体内数据集上进行了评估,并将其与四种最新方法进行了比较。结果表明,我们的方法具有很强的能力,可以从无效的K空间数据捕获直接重建的基本和固有表示形式,因此可以实现高质量且快速的动态MR成像。
translated by 谷歌翻译
自我监督的学习表现出了巨大的希望,因为它可以在没有完全采样的数据的情况下训练深度学习MRI重建方法。当前用于物理学指导的重建网络的自我监督的学习方法分裂获得了两个不相交的数据,其中一种用于独立网络中的数据一致性(DC),另一个用于定义培训损失。在这项研究中,我们提出了一种改进的自我监督学习策略,该策略更有效地使用获得的数据来训练物理学指导的重建网络,而无需数据完全采样的数据。提出的通过数据下采样(SSDU)对所提出的多掩码自我监督的学习(SSDU)应用于获得的测量结果,将其分为每个训练样本的多对不相交集,而使用这些对DC单位和DC单位和其中一对,其他用于定义损失的,从而更有效地使用了不足采样的数据。多面罩SSDU应用于完全采样的3D膝盖上,并前瞻性地采样3D脑MRI数据集,用于各种加速度和图案,并与CG-Sense和单膜ssdu dl-MRI以及受监督的DL-MRI以及当时的DL-MRI进行比较。提供了完全采样的数据。膝盖MRI的结果表明,提出的多面罩SSDU胜过SSDU,并与受监督的DL-MRI紧密相关。一项临床读者的研究进一步将多面罩SSDU在SNR和混叠伪影方面高于监督的DL-MRI。大脑MRI的结果表明,与SSDU相比,多面罩SSDU可以达到更好的重建质量。读者的研究表明,与单罩SSDU相比,r = 8时的多面膜SSDU显着改善了重建,r = 8,以及r = 2时的CG-Sense。
translated by 谷歌翻译
基于深度学习(DL)磁共振(MR)图像重建的方法已被证明近年来产生卓越的性能。但是,这些方法只利用被采样的数据,或者需要配对的全采样辅助模型来执行多模态重建。因此,现有的方法忽略了探索可以将纹理从引用完全采样数据转移到单个模态内的欠采样数据的注意力机制,这限制了这些方法在具有挑战性的情况下。在本文中,我们提出了一种新颖的纹理变压器模块(TTM),用于加速MRI重建,其中我们将欠采样的数据和参考数据作为验证和键在变压器中装订。 TTM促进了跨越采样和参考数据的联合特征学习,因此可以通过注意,在重建期间可以利用精确的纹理特征来发现特征对应关系。值得注意的是,所提出的TTM可以依赖于先前的MRI重建方法,以进一步提高其性能。广泛的实验表明,TTM可以显着提高几个流行的基于DL的MRI重建方法的性能。
translated by 谷歌翻译
Image reconstruction using deep learning algorithms offers improved reconstruction quality and lower reconstruction time than classical compressed sensing and model-based algorithms. Unfortunately, clean and fully sampled ground-truth data to train the deep networks is often unavailable in several applications, restricting the applicability of the above methods. We introduce a novel metric termed the ENsemble Stein's Unbiased Risk Estimate (ENSURE) framework, which can be used to train deep image reconstruction algorithms without fully sampled and noise-free images. The proposed framework is the generalization of the classical SURE and GSURE formulation to the setting where the images are sampled by different measurement operators, chosen randomly from a set. We evaluate the expectation of the GSURE loss functions over the sampling patterns to obtain the ENSURE loss function. We show that this loss is an unbiased estimate for the true mean-square error, which offers a better alternative to GSURE, which only offers an unbiased estimate for the projected error. Our experiments show that the networks trained with this loss function can offer reconstructions comparable to the supervised setting. While we demonstrate this framework in the context of MR image recovery, the ENSURE framework is generally applicable to arbitrary inverse problems.
translated by 谷歌翻译
基于深入的学习的断层摄影图像重建一直在这些年来引起了很多关注。稀疏视图数据重建是典型的未确定逆问题之一,如何从数十个投影重建高质量CT图像仍然是实践中的挑战。为了解决这一挑战,在本文中,我们提出了一个多域一体化的Swin变压器网络(MIST-NET)。首先,使用灵活的网络架构,所提出的雾网掺入了来自数据,残差数据,图像和剩余图像的豪华域特征。这里,残差数据和残差 - 图像域网组件可以被认为是数据一致性模块,以消除残差数据和图像域中的插值误差,然后进一步保持图像细节。其次,为了检测图像特征和进一步保护图像边缘,将培训的Sobel滤波器结合到网络中以提高编码解码能力。第三,随着经典的Swin变压器,我们进一步设计了高质量的重建变压器(即,REFFORMER)来提高重建性能。 REFFORMER继承了SWIN变压器的功率以捕获重建图像的全局和本地特征。具有48种视图的数值数据集的实验证明了我们所提出的雾网提供更高的重建图像质量,具有小的特征恢复和边缘保护,而不是其他竞争对手,包括高级展开网络。定量结果表明,我们的雾网也获得了最佳性能。训练有素的网络被转移到真实的心脏CT数据集,48次视图,重建结果进一步验证了我们的雾网的优势,进一步证明了临床应用中雾的良好稳健性。
translated by 谷歌翻译