在许多科学领域,复杂的现象是由随机参数模拟器建模的,通常具有高维参数空间和棘手的可能性。在这种情况下,执行贝叶斯推论可能具有挑战性。在这项工作中,我们提出了一种新的方法,使得可以在参数的任意子集上实现摊销推断,而无需诉诸数值集成,这使得解释后的后验更方便。我们的方法是有效的,可以用任意神经网络架构实现。我们展示了方法对来自引力波观测的二元黑洞系统参数推断的适用性。
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基于采样的推理技术是现代宇宙学数据分析的核心;然而,这些方法与维度不良,通常需要近似或顽固的可能性。在本文中,我们描述了截短的边际神经比率估计(TMNRE)(即所谓的基于模拟的推断的新方法)自然避免了这些问题,提高了$(i)$效率,$(ii)$可扩展性和$ (iii)推断后的后续后续的可信度。使用宇宙微波背景(CMB)的测量,我们表明TMNRE可以使用比传统马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)方法更少模拟器呼叫的数量级来实现融合的后海后。值得注意的是,所需数量的样本有效地独立于滋扰参数的数量。此外,称为\ MEMPH {本地摊销}的属性允许对基于采样的方法无法访问的严格统计一致性检查的性能。 TMNRE承诺成为宇宙学数据分析的强大工具,特别是在扩展宇宙学的背景下,其中传统的基于采样的推理方法所需的时间级数融合可以大大超过$ \ Lambda $ CDM等简单宇宙学模型的时间。为了执行这些计算,我们使用开源代码\ texttt {swyft}来使用TMNRE的实现。
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引力波(GW)检测现在是普遍的,并且随着GW探测器的全球网络的灵敏度,我们将观察每年瞬态GW事件的$ \ MATHCAL {O}(100)美元。用于估计其源参数的目前的方法采用最佳敏感但是计算昂贵的贝叶斯推理方法,其中典型的分析在6小时和5天之间取。对于二元中子星和中子星黑洞系统提示,预计在1秒 - 1分钟的时间尺度和用于提醒EM随访观察员的最快方法,可以提供估计在$ \ mathcal {o }(1)$分钟,在有限的关键源参数范围内。在这里,我们表明,在二进制黑洞信号上预先培训的条件变形Autiachoder可以返回贝叶斯后概率估计。仅针对给定的先前参数空间执行一次训练程序,然后可以将所得培训的机器能够生成描述后部分配$ \ SIM 6 $幅度的样本比现有技术更快。
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有条件神经密度估计器的仿真推断是解决科学逆问题的强大方法。然而,这些方法通常将底层向前模型视为一个黑匣子,没有办法利用等物学,例如协调。协调在科学模型中是常见的,然而将它们直接集成到表达推导网络中(例如标准化流动)并不简单。我们在这里描述了在参数和数据的联合转换下掺入协调的替代方法。我们的方法 - 称为组等级神经后后估计(GNPE) - 基于自始终标准化数据的“姿势”,同时估计在参数上后部。它是独立的架构,并适用于精确和近似的协调。作为现实世界的应用,我们使用GNPE从引力波观测到Astrophysical Block Block Systems的摊销推理。我们表明GNPE实现了最先进的准确性,同时减少了三个数量级的推理时间。
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We present extensive empirical evidence showing that current Bayesian simulation-based inference algorithms can produce computationally unfaithful posterior approximations. Our results show that all benchmarked algorithms -- (Sequential) Neural Posterior Estimation, (Sequential) Neural Ratio Estimation, Sequential Neural Likelihood and variants of Approximate Bayesian Computation -- can yield overconfident posterior approximations, which makes them unreliable for scientific use cases and falsificationist inquiry. Failing to address this issue may reduce the range of applicability of simulation-based inference. For this reason, we argue that research efforts should be made towards theoretical and methodological developments of conservative approximate inference algorithms and present research directions towards this objective. In this regard, we show empirical evidence that ensembling posterior surrogates provides more reliable approximations and mitigates the issue.
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在没有明确或易于处理的可能性的情况下,贝叶斯人经常诉诸于贝叶斯计算(ABC)进行推理。我们的工作基于生成的对抗网络(GAN)和对抗性变分贝叶斯(GAN),为ABC桥接了ABC。 ABC和GAN都比较了观察到的数据和假数据的各个方面,分别从后代和似然模拟。我们开发了一个贝叶斯gan(B-GAN)采样器,该采样器通过解决对抗性优化问题直接靶向后部。 B-GAN是由有条件gan在ABC参考上学习的确定性映射驱动的。一旦训练了映射,就可以通过以可忽略的额外费用过滤噪声来获得IID后样品。我们建议使用(1)数据驱动的提案和(2)变化贝叶斯提出两项后处理的本地改进。我们通过常见的bayesian结果支持我们的发现,表明对于某些神经网络发生器和歧视器,真实和近似后骨之间的典型总变化距离收敛到零。我们对模拟数据的发现相对于一些最新的无可能后验模拟器显示出竞争激烈的性能。
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We present the GPry algorithm for fast Bayesian inference of general (non-Gaussian) posteriors with a moderate number of parameters. GPry does not need any pre-training, special hardware such as GPUs, and is intended as a drop-in replacement for traditional Monte Carlo methods for Bayesian inference. Our algorithm is based on generating a Gaussian Process surrogate model of the log-posterior, aided by a Support Vector Machine classifier that excludes extreme or non-finite values. An active learning scheme allows us to reduce the number of required posterior evaluations by two orders of magnitude compared to traditional Monte Carlo inference. Our algorithm allows for parallel evaluations of the posterior at optimal locations, further reducing wall-clock times. We significantly improve performance using properties of the posterior in our active learning scheme and for the definition of the GP prior. In particular we account for the expected dynamical range of the posterior in different dimensionalities. We test our model against a number of synthetic and cosmological examples. GPry outperforms traditional Monte Carlo methods when the evaluation time of the likelihood (or the calculation of theoretical observables) is of the order of seconds; for evaluation times of over a minute it can perform inference in days that would take months using traditional methods. GPry is distributed as an open source Python package (pip install gpry) and can also be found at https://github.com/jonaselgammal/GPry.
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快速,高度准确,可靠的引力波浪的推动,可以实现实时多信使天文学。目前贝叶斯推理方法虽然高度准确可靠,但很慢。深度学习模型已经表明了引力波的推理任务非常快速,但由于神经网络的黑箱性质,它们的产出本质上是可疑的。在这项工作中,我们通过应用了多头卷积神经网络产生的近似后验的重要性抽样加入贝叶斯推论和深度学习。神经网络参数化Von Mises-Fisher和天空坐标和高斯分布的天空坐标和两个群众,用于给定Ligo和Virgo探测器的模拟重力波注射。我们为看不见的引力波事件产生跨ysmaps,这是几分钟内使用贝叶斯推理产生的高等类似的预测。此外,我们可以检测神经网络的差,并迅速向它们标记。
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现代深度学习方法构成了令人难以置信的强大工具,以解决无数的挑战问题。然而,由于深度学习方法作为黑匣子运作,因此与其预测相关的不确定性往往是挑战量化。贝叶斯统计数据提供了一种形式主义来理解和量化与深度神经网络预测相关的不确定性。本教程概述了相关文献和完整的工具集,用于设计,实施,列车,使用和评估贝叶斯神经网络,即使用贝叶斯方法培训的随机人工神经网络。
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基于仿真的推理(SBI)是一个有前途的贝叶斯推理框架,可以减轻对分析可能性估计后验分布的需求。使用SBI算法中神经密度估计器的最新进展表明,以大量模拟为代价实现高保真后代的能力。当使用复杂的物理模拟时,这使得他们的应用程序可能非常耗时。在这项工作中,我们着重于使用模拟器的梯度来提高后密度估计的样本效率。我们提出了一种使用可区分模拟器执行神经后验估计(NPE)的新方法。我们展示了梯度信息如何有助于限制后部形状并提高样本效率。
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基于模拟的推理的现代方法依赖于深度学习代理来实现与计算机模拟器的近似推断。在实践中,估计的后代的计算忠诚度很少得到保证。例如,Hermans等。 (2021)表明,当前基于仿真的推理算法可以产生过度自信的后代,因此可能会出现虚假推断。在这项工作中,我们引入了平衡的神经比估计(BNRE),该算法的变体旨在产生后近似值,往往更保守,从而提高了其可靠性,同时共享同样的贝叶斯最佳解决方案。我们通过执行平衡条件来实现这一目标,从而增加了小型模拟预算制度中的量化不确定性,同时仍会随着预算的增加而融合到确切的后部。我们提供的理论论点表明,BNRE倾向于产生比NRE更保守的后替代物。我们对BNRE进行了多种任务的评估,并表明它在所有测试的基准和仿真预算上产生了保守的后验代替代物。最后,我们强调BNRE可以直接实施NRE,并且不引入任何计算开销。
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统计模型是机器学习的核心,具有广泛适用性,跨各种下游任务。模型通常由通过最大似然估计从数据估计的自由参数控制。但是,当面对现实世界数据集时,许多模型运行到一个关键问题:它们是在完全观察到的数据方面配制的,而在实践中,数据集会困扰缺失数据。来自不完整数据的统计模型估计理论在概念上类似于潜在变量模型的估计,其中存在强大的工具,例如变分推理(VI)。然而,与标准潜在变量模型相比,具有不完整数据的参数估计通常需要估计缺失变量的指数 - 许多条件分布,因此使标准的VI方法是棘手的。通过引入变分Gibbs推理(VGI),是一种新的通用方法来解决这个差距,以估计来自不完整数据的统计模型参数。我们在一组合成和实际估算任务上验证VGI,从不完整的数据中估算重要的机器学习模型,VAE和标准化流程。拟议的方法,同时通用,实现比现有的特定模型特定估计方法竞争或更好的性能。
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推断基于实验观察的随机模型的参数是科学方法的核心。特别具有挑战性的设置是当模型强烈不确定时,即当不同的参数集产生相同的观察时。这在许多实际情况下出现,例如在推断无线电源的距离和功率时(是源关闭和弱或远远强,且强大且强大?)或估计电生理实验的放大器增益和底层脑活动。在这项工作中,我们通过利用由辅助观察集共享全局参数传达的附加信息来阐明这种不确定性的新方法。我们的方法基于对贝叶斯分层模型的标准化流程扩展了基于仿真的推断(SBI)的最新进展。我们通过模拟和实际EEG数据将其应用于可用于分析解决方案的激励示例,以便将其验证我们的提案,然后将其从计算神经科学逆变众所周知的非线性模型。
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神经密度估计值证明在各种研究领域进行高效的仿真贝叶斯推理方面具有显着强大。特别是,Bayesflow框架使用两步方法来实现在仿真程序隐式地定义似然函数的设置中的摊销参数估计。但是当模拟是现实差的差异时,这种推断是多么忠实?在本文中,我们概念化了基于模拟的推论中出现的模型误操作的类型,并系统地研究了这些误操作下的Bayesflow框架的性能。我们提出了一个增强优化目标,它对潜伏数据空间上的概率结构施加了概率结构,并利用了最大平均差异(MMD)来检测推理期间的可能灾难性的误操作,破坏了所获得的结果的有效性。我们验证了许多人工和现实的误操作的检测标准,从玩具共轭模型到复杂的决策和疾病爆发动态的复杂模型应用于实际数据。此外,我们表明后部推理误差随着真实数据生成分布与潜在摘要空间中的典型模拟集之间的常数而增加。因此,我们展示了MMD的双重实用性作为检测模型误操作的方法和作为验证摊销贝叶斯推理的忠实性的代理。
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Simulation-based inference (SBI) solves statistical inverse problems by repeatedly running a stochastic simulator and inferring posterior distributions from model-simulations. To improve simulation efficiency, several inference methods take a sequential approach and iteratively adapt the proposal distributions from which model simulations are generated. However, many of these sequential methods are difficult to use in practice, both because the resulting optimisation problems can be challenging and efficient diagnostic tools are lacking. To overcome these issues, we present Truncated Sequential Neural Posterior Estimation (TSNPE). TSNPE performs sequential inference with truncated proposals, sidestepping the optimisation issues of alternative approaches. In addition, TSNPE allows to efficiently perform coverage tests that can scale to complex models with many parameters. We demonstrate that TSNPE performs on par with previous methods on established benchmark tasks. We then apply TSNPE to two challenging problems from neuroscience and show that TSNPE can successfully obtain the posterior distributions, whereas previous methods fail. Overall, our results demonstrate that TSNPE is an efficient, accurate, and robust inference method that can scale to challenging scientific models.
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How can we perform efficient inference and learning in directed probabilistic models, in the presence of continuous latent variables with intractable posterior distributions, and large datasets? We introduce a stochastic variational inference and learning algorithm that scales to large datasets and, under some mild differentiability conditions, even works in the intractable case. Our contributions is two-fold. First, we show that a reparameterization of the variational lower bound yields a lower bound estimator that can be straightforwardly optimized using standard stochastic gradient methods. Second, we show that for i.i.d. datasets with continuous latent variables per datapoint, posterior inference can be made especially efficient by fitting an approximate inference model (also called a recognition model) to the intractable posterior using the proposed lower bound estimator. Theoretical advantages are reflected in experimental results.
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即使在实践中无法计算其可能性,基于模拟的推断也能够学习模型的参数。一类方法使用用不同参数模拟的数据来推断摊销估计器,以获得似然到证据比,或等效的后函数。我们表明,可以在模型参数和模拟数据之间的相互信息最大化方面配制这种方法。我们使用此等价来重新诠释摊销推理的现有方法,并提出了两种依赖于互信息的下限的新方法。我们使用人工神经网络用于后部预测的采样轨迹,将框架应用于随机过程和混沌动态系统的推动。我们的方法提供了一个统一的框架,利用了相互信息估计的功率进行推理。
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随机过程提供了数学上优雅的方式模型复杂数据。从理论上讲,它们为可以编码广泛有趣的假设的功能类提供了灵活的先验。但是,实际上,难以通过优化或边缘化来有效推断,这一问题进一步加剧了大数据和高维输入空间。我们提出了一种新颖的变性自动编码器(VAE),称为先前的编码变量自动编码器($ \ pi $ vae)。 $ \ pi $ vae是有限的交换且Kolmogorov一致的,因此是一个连续的随机过程。我们使用$ \ pi $ vae学习功能类的低维嵌入。我们表明,我们的框架可以准确地学习表达功能类,例如高斯流程,也可以学习函数的属性以启用统计推断(例如log高斯过程的积分)。对于流行的任务,例如空间插值,$ \ pi $ vae在准确性和计算效率方面都达到了最先进的性能。也许最有用的是,我们证明了所学的低维独立分布的潜在空间表示提供了一种优雅,可扩展的方法,可以在概率编程语言(例如Stan)中对随机过程进行贝叶斯推断。
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Scientists continue to develop increasingly complex mechanistic models to reflect their knowledge more realistically. Statistical inference using these models can be highly challenging, since the corresponding likelihood function is often intractable, and model simulation may be computationally burdensome or infeasible. Fortunately, in many of these situations, it is possible to adopt a surrogate model or approximate likelihood function. It may be convenient to base Bayesian inference directly on the surrogate, but this can result in bias and poor uncertainty quantification. In this paper we propose a new method for adjusting approximate posterior samples to reduce bias and produce more accurate uncertainty quantification. We do this by optimising a transform of the approximate posterior that minimises a scoring rule. Our approach requires only a (fixed) small number of complex model simulations and is numerically stable. We demonstrate good performance of the new method on several examples of increasing complexity.
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我们引入隐深自适应设计(iDAD),在实时与隐性模型进行适应性实验的新方法。iDAD通过学习设计政策网络的前期,然后可以在实验时快速部署摊销贝叶斯优化实验设计(BOED)的成本。该iDAD网络可以在其模拟微样品,不同于需要一个封闭的形式可能性和条件独立实验以前的设计政策工作的任何模型进行训练。在部署时,iDAD允许以毫秒为单位进行设计决策,而相比之下,需要实验本身期间繁重的计算传统BOED方法。我们说明了多项实验iDAD的适用性,并表明它提供了与隐式模型进行适应性设计一个快速和有效的机制。
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