Scientists continue to develop increasingly complex mechanistic models to reflect their knowledge more realistically. Statistical inference using these models can be highly challenging, since the corresponding likelihood function is often intractable, and model simulation may be computationally burdensome or infeasible. Fortunately, in many of these situations, it is possible to adopt a surrogate model or approximate likelihood function. It may be convenient to base Bayesian inference directly on the surrogate, but this can result in bias and poor uncertainty quantification. In this paper we propose a new method for adjusting approximate posterior samples to reduce bias and produce more accurate uncertainty quantification. We do this by optimising a transform of the approximate posterior that minimises a scoring rule. Our approach requires only a (fixed) small number of complex model simulations and is numerically stable. We demonstrate good performance of the new method on several examples of increasing complexity.

无似然方法是对可以模拟的隐式模型执行推断的必不可少的工具，但相应的可能性是棘手的。但是，常见的无可能方法不能很好地扩展到大量模型参数。一种有前途的无可能推理的有前途的方法涉及通过仅根据据信为低维成分提供信息的摘要统计数据来估计低维边缘后期，然后在某种程度上结合了低维近似值。在本文中，我们证明，对于看似直观的汇总统计选择，这种低维近似值在实践中可能是差的。我们描述了一个理想化的低维汇总统计量，原则上适用于边际估计。但是，在实践中很难直接近似理想的选择。因此，我们提出了一种替代的边际估计方法，该方法更容易实施和自动化。考虑到初始选择的低维摘要统计量可能仅对边缘后验位置有用，新方法通过使用所有摘要统计数据来确保全局可识别性来提高性能，从而提高性能使用低维摘要统计量进行精确的低维近似。我们表明，该方法的后部可以分别基于低维和完整的摘要统计数据将其表示为后验分布的对数库。在几个示例中说明了我们方法的良好性能。

重要的加权是调整蒙特卡洛集成以说明错误分布中抽取的一种一般方法，但是当重要性比的右尾巴较重时，最终的估计值可能是高度可变的。当目标分布的某些方面无法通过近似分布捕获，在这种情况下，可以通过修改极端重要性比率来获得更稳定的估计。我们提出了一种新的方法，该方法使用拟合模拟重要性比率的上尾的广义帕累托分布来稳定重要性权重。该方法在经验上的性能要比现有方法稳定重要性采样估计值更好，包括稳定的有效样本量估计，蒙特卡洛误差估计和收敛诊断。提出的帕累托$ \ hat {k} $有限样本收敛率诊断对任何蒙特卡洛估计器都有用。

离散状态空间代表了对统计推断的主要计算挑战，因为归一化常数的计算需要在大型或可能的无限集中进行求和，这可能是不切实际的。本文通过开发适合离散可怜的可能性的新型贝叶斯推理程序来解决这一计算挑战。受到连续数据的最新方法学进步的启发，主要思想是使用离散的Fisher Divergence更新有关模型参数的信念，以代替有问题的棘手的可能性。结果是可以使用标准计算工具（例如Markov Chain Monte Carlo）进行采样的广义后部，从而规避了棘手的归一化常数。分析了广义后验的统计特性，并具有足够的后验一致性和渐近正态性的条件。此外，提出了一种新颖的通用后代校准方法。应用程序在离散空间数据的晶格模型和计数数据的多元模型上介绍，在每种情况下，方法论都以低计算成本促进通用的贝叶斯推断。

在神经密度估计的进展之后，近年来，已经取得了相当大的进步，该方法是基于模拟的推断（SBI）方法，能够对随机仿真模型进行柔性，黑盒，近似贝叶斯的推断。尽管已经证明神经SBI方法可以提供准确的后近似值，但建立这些结果的仿真研究仅考虑了明确指定的问题 - 即模型和数据生成过程完全重合的地方。但是，在模型错误指定的情况下，这种算法的行为很少受到关注。在这项工作中，我们提供了对神经SBI算法在存在各种模型错误指定的情况下的行为的首次全面研究。我们发现，错误指定会对性能产生深远的影响。探索了一些缓解策略，但是未经测试的方法在所有情况下都可以防止失败。我们得出的结论是，如果要依靠神经SBI算法来得出准确的科学结论，则需要新的方法来解决模型错误指定。

这是模型选择和假设检测的边缘似然计算的最新介绍和概述。计算概率模型（或常量比率）的常规规定常数是许多统计数据，应用数学，信号处理和机器学习中的许多应用中的基本问题。本文提供了对主题的全面研究。我们突出了不同技术之间的局限性，优势，连接和差异。还描述了使用不正确的前沿的问题和可能的解决方案。通过理论比较和数值实验比较一些最相关的方法。

We present the GPry algorithm for fast Bayesian inference of general (non-Gaussian) posteriors with a moderate number of parameters. GPry does not need any pre-training, special hardware such as GPUs, and is intended as a drop-in replacement for traditional Monte Carlo methods for Bayesian inference. Our algorithm is based on generating a Gaussian Process surrogate model of the log-posterior, aided by a Support Vector Machine classifier that excludes extreme or non-finite values. An active learning scheme allows us to reduce the number of required posterior evaluations by two orders of magnitude compared to traditional Monte Carlo inference. Our algorithm allows for parallel evaluations of the posterior at optimal locations, further reducing wall-clock times. We significantly improve performance using properties of the posterior in our active learning scheme and for the definition of the GP prior. In particular we account for the expected dynamical range of the posterior in different dimensionalities. We test our model against a number of synthetic and cosmological examples. GPry outperforms traditional Monte Carlo methods when the evaluation time of the likelihood (or the calculation of theoretical observables) is of the order of seconds; for evaluation times of over a minute it can perform inference in days that would take months using traditional methods. GPry is distributed as an open source Python package (pip install gpry) and can also be found at https://github.com/jonaselgammal/GPry.

利用启发式来评估收敛性和压缩马尔可夫链蒙特卡罗的输出可以在生产的经验逼近时是次优。通常，许多初始状态归因于“燃烧”并移除，而链条的其余部分是“变薄”，如果还需要压缩。在本文中，我们考虑回顾性地从样本路径中选择固定基数的状态的问题，使得由其经验分布提供的近似接近最佳。提出了一种基于核心稳定性差异的贪婪最小化的新方法，这适用于需要重压力的问题。理论结果保障方法的一致性及其有效性在常微分方程的参数推理的具体背景下证明了该效果。软件可在Python，R和Matlab中的Stein细化包中提供。

现代深度学习方法构成了令人难以置信的强大工具，以解决无数的挑战问题。然而，由于深度学习方法作为黑匣子运作，因此与其预测相关的不确定性往往是挑战量化。贝叶斯统计数据提供了一种形式主义来理解和量化与深度神经网络预测相关的不确定性。本教程概述了相关文献和完整的工具集，用于设计，实施，列车，使用和评估贝叶斯神经网络，即使用贝叶斯方法培训的随机人工神经网络。

统计模型是机器学习的核心，具有广泛适用性，跨各种下游任务。模型通常由通过最大似然估计从数据估计的自由参数控制。但是，当面对现实世界数据集时，许多模型运行到一个关键问题：它们是在完全观察到的数据方面配制的，而在实践中，数据集会困扰缺失数据。来自不完整数据的统计模型估计理论在概念上类似于潜在变量模型的估计，其中存在强大的工具，例如变分推理（VI）。然而，与标准潜在变量模型相比，具有不完整数据的参数估计通常需要估计缺失变量的指数 - 许多条件分布，因此使标准的VI方法是棘手的。通过引入变分Gibbs推理（VGI），是一种新的通用方法来解决这个差距，以估计来自不完整数据的统计模型参数。我们在一组合成和实际估算任务上验证VGI，从不完整的数据中估算重要的机器学习模型，VAE和标准化流程。拟议的方法，同时通用，实现比现有的特定模型特定估计方法竞争或更好的性能。

在使用多模式贝叶斯后部分布时，马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）算法难以在模式之间移动，并且默认变分或基于模式的近似推动将低估后不确定性。并且，即使找到最重要的模式，难以评估后部的相对重量。在这里，我们提出了一种使用MCMC，变分或基于模式的模式的并行运行的方法，以便尽可能多地击中多种模式或分离的区域，然后使用贝叶斯堆叠来组合这些用于构建分布的加权平均值的可扩展方法。通过堆叠从多模式后分布的堆叠，最小化交叉验证预测误差的结果，并且代表了比变分推断更好的不确定度，但它不一定是相当于渐近的，以完全贝叶斯推断。我们呈现理论一致性，其中堆叠推断逼近来自未衰退的模型和非混合采样器的真实数据生成过程，预测性能优于完全贝叶斯推断，因此可以被视为祝福而不是模型拼写下的诅咒。我们展示了几个模型家庭的实际实施：潜在的Dirichlet分配，高斯过程回归，分层回归，马蹄素变量选择和神经网络。

无似然推理涉及在给定的数据和模拟器模型的情况下推断参数值。模拟器是计算机代码，它采用参数，执行随机计算并输出模拟数据。在这项工作中，我们将模拟器视为一个函数，其输入为（1）参数和（2）伪随机绘制的向量。我们试图推断出以观察结果为条件的所有这些输入。这是具有挑战性的，因为最终的后验可能是高维且涉及强大的依赖性。我们使用归一化流量（柔性参数密度族）近似后验。训练数据是通过具有较大带宽值Epsilon的非似然重要性采样来生成的，这使得目标与先验相似。培训数据通过使用它来训练更新的归一流流程来“蒸馏”。该过程是迭代的，使用更新的流程作为重要性采样建议，并慢慢降低epsilon，从而使目标变得更接近后部。与大多数其他无似然的方法不同，我们避免将数据减少到低维汇总统计数据，因此可以实现更准确的结果。我们在两个充满挑战的排队和流行病学示例中说明了我们的方法。

我们考虑了使用显微镜或X射线散射技术产生的图像数据自组装的模型的贝叶斯校准。为了说明BCP平衡结构中的随机远程疾病，我们引入了辅助变量以表示这种不确定性。然而，这些变量导致了高维图像数据的综合可能性，通常可以评估。我们使用基于测量运输的可能性方法以及图像数据的摘要统计数据来解决这一具有挑战性的贝叶斯推理问题。我们还表明，可以计算出有关模型参数的数据中的预期信息收益（EIG），而无需额外的成本。最后，我们介绍了基于二嵌段共聚物薄膜自组装和自上而下显微镜表征的ohta-kawasaki模型的数值案例研究。为了进行校准，我们介绍了一些基于域的能量和傅立叶的摘要统计数据，并使用EIG量化了它们的信息性。我们证明了拟议方法研究数据损坏和实验设计对校准结果的影响的力量。

离散数据丰富，并且通常作为计数或圆形数据而出现。甚至对于线性回归模型，缀合格前沿和闭合形式的后部通常是不可用的，这需要近似诸如MCMC的后部推理。对于广泛的计数和圆形数据回归模型，我们介绍了能够闭合后部推理的共轭前沿。密钥后和预测功能可通过直接蒙特卡罗模拟来计算。至关重要的是，预测分布是离散的，以匹配数据的支持，并且可以在多个协变量中进行共同评估或模拟。这些工具广泛用途是线性回归，非线性模型，通过基础扩展，以及模型和变量选择。多种仿真研究表明计算，预测性建模和相对于现有替代方案的选择性的显着优势。

We present extensive empirical evidence showing that current Bayesian simulation-based inference algorithms can produce computationally unfaithful posterior approximations. Our results show that all benchmarked algorithms -- (Sequential) Neural Posterior Estimation, (Sequential) Neural Ratio Estimation, Sequential Neural Likelihood and variants of Approximate Bayesian Computation -- can yield overconfident posterior approximations, which makes them unreliable for scientific use cases and falsificationist inquiry. Failing to address this issue may reduce the range of applicability of simulation-based inference. For this reason, we argue that research efforts should be made towards theoretical and methodological developments of conservative approximate inference algorithms and present research directions towards this objective. In this regard, we show empirical evidence that ensembling posterior surrogates provides more reliable approximations and mitigates the issue.

神经网络最近显示出对无似然推理的希望，从而为经典方法提供了魔力的速度。但是，当从独立重复估计参数时，当前的实现是次优的。在本文中，我们使用决策理论框架来争辩说，如果这些模型的模拟很简单，则理想地放置了置换不变的神经网络，可用于为任意模型构造贝叶斯估计器。我们说明了这些估计量在传统空间模型以及高度参数化的空间发射模型上的潜力，并表明它们在其网络设计中不适当地说明复制的神经估计量相当大。同时，它们比基于传统可能性的估计量具有很高的竞争力和更快的速度。我们将估计量应用于红海中海面温度的空间分析，在训练之后，我们获得参数估计值，并通过引导采样对估计值进行不确定性定量，从一秒钟的数百个空间场中获取。

广义贝叶斯推理使用损失函数而不是可能性的先前信仰更新，因此可以用于赋予鲁棒性，以防止可能的错误规范的可能性。在这里，我们认为广泛化的贝叶斯推论斯坦坦差异作为损失函数的损失，由应用程序的可能性含有难治性归一化常数。在这种情况下，斯坦因差异来避免归一化恒定的评估，并产生封闭形式或使用标准马尔可夫链蒙特卡罗的通用后出版物。在理论层面上，我们显示了一致性，渐近的正常性和偏见 - 稳健性，突出了这些物业如何受到斯坦因差异的选择。然后，我们提供关于一系列棘手分布的数值实验，包括基于内核的指数家庭模型和非高斯图形模型的应用。

剩下的交叉验证（LOO-CV）是一种估计样本外预测准确性的流行方法。但是，由于需要多次拟合模型，因此计算LOO-CV标准在计算上可能很昂贵。在贝叶斯的情况下，重要性采样提供了一种可能的解决方案，但是经典方法可以轻松地产生差异是无限的估计器，从而使它们可能不可靠。在这里，我们提出和分析一种新型混合估计量来计算贝叶斯Loo-CV标准。我们的方法保留了经典方法的简单性和计算便利性，同时保证了所得估计器的有限差异。提供了理论和数值结果，以说明提高的鲁棒性和效率。在高维问题中，计算益处尤为重要，可以为更广泛的模型执行贝叶斯loo-CV。所提出的方法可以在标准概率编程软件中很容易实现，并且计算成本大致相当于拟合原始模型一次。

贝叶斯优化（BO）被广泛用于优化随机黑匣子功能。尽管大多数BO方法都集中在优化条件期望上，但许多应用程序都需要规避风险的策略，并且需要考虑分配尾巴的替代标准。在本文中，我们提出了针对贝叶斯分位数和预期回归的新变异模型，这些模型非常适合异形的噪声设置。我们的模型分别由有条件分位数（或期望）的两个潜在高斯过程和不对称可能性函数的比例参数组成。此外，我们提出了基于最大值熵搜索和汤普森采样的两种BO策略，这些策略是针对此类型号量身定制的，可以容纳大量点。与现有的BO进行规避风险优化的方法相反，我们的策略可以直接针对分位数和预期进行优化，而无需复制观测值或假设噪声的参数形式。如实验部分所示，所提出的方法清楚地表现出异质的非高斯案例中的最新状态。

从卫星图像中提取的大气运动向量（AMV）是唯一具有良好全球覆盖范围的风观测。它们是进食数值天气预测（NWP）模型的重要特征。已经提出了几种贝叶斯模型来估计AMV。尽管对于正确同化NWP模型至关重要，但很少有方法可以彻底表征估计误差。估计误差的困难源于后验分布的特异性，这既是很高的维度，又是由于奇异的可能性而导致高度不良的条件，这在缺少数据（未观察到的像素）的情况下特别重要。这项工作研究了使用基于梯度的Markov链Monte Carlo（MCMC）算法评估AMV的预期误差。我们的主要贡献是提出一种回火策略，这相当于在点估计值附近的AMV和图像变量的联合后验分布的局部近似。此外，我们提供了与先前家庭本身有关的协方差（分数布朗运动），并具有不同的超参数。从理论的角度来看，我们表明，在规律性假设下，随着温度降低到{optimal}高斯近似值，在最大a后验（MAP）对数密度给出的点估计下，温度降低到{optimal}高斯近似值。从经验的角度来看，我们根据一些定量的贝叶斯评估标准评估了提出的方法。我们对合成和真实气象数据进行的数值模拟揭示了AMV点估计的准确性及其相关的预期误差估计值的显着提高，但在MCMC算法的收敛速度方面也有很大的加速度。