Image reconstruction using deep learning algorithms offers improved reconstruction quality and lower reconstruction time than classical compressed sensing and model-based algorithms. Unfortunately, clean and fully sampled ground-truth data to train the deep networks is often unavailable in several applications, restricting the applicability of the above methods. We introduce a novel metric termed the ENsemble Stein's Unbiased Risk Estimate (ENSURE) framework, which can be used to train deep image reconstruction algorithms without fully sampled and noise-free images. The proposed framework is the generalization of the classical SURE and GSURE formulation to the setting where the images are sampled by different measurement operators, chosen randomly from a set. We evaluate the expectation of the GSURE loss functions over the sampling patterns to obtain the ENSURE loss function. We show that this loss is an unbiased estimate for the true mean-square error, which offers a better alternative to GSURE, which only offers an unbiased estimate for the projected error. Our experiments show that the networks trained with this loss function can offer reconstructions comparable to the supervised setting. While we demonstrate this framework in the context of MR image recovery, the ENSURE framework is generally applicable to arbitrary inverse problems.
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依赖广泛训练数据的深度学习算法正在彻底改变图像恢复从令人虐待的测量。在许多成像应用中,培训数据稀缺,包括超高分辨率成像。引入了用于单次图像恢复的深图(DIP)算法,完全消除了对训练数据的需求。利用该方案的挑战是需要早期停止以最小化CNN参数的过度,以对测量中的噪声最小化。我们介绍了一般性的Stein的无偏见风险估计(GSURE)损失度量,以最大限度地减少过度装备。我们的实验表明,确定的方法最大限度地减少了过度装备的问题,从而提高了古典DIP方案的显着提高的性能。我们还使用CuSt-DIP方法与基于模型的展开架构,其通过直接反转方案提供了改进的性能。
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Computational imaging has been revolutionized by compressed sensing algorithms, which offer guaranteed uniqueness, convergence, and stability properties. In recent years, model-based deep learning methods that combine imaging physics with learned regularization priors have been emerging as more powerful alternatives for image recovery. The main focus of this paper is to introduce a memory efficient model-based algorithm with similar theoretical guarantees as CS methods. The proposed iterative algorithm alternates between a gradient descent involving the score function and a conjugate gradient algorithm to encourage data consistency. The score function is modeled as a monotone convolutional neural network. Our analysis shows that the monotone constraint is necessary and sufficient to enforce the uniqueness of the fixed point in arbitrary inverse problems. In addition, it also guarantees the convergence to a fixed point, which is robust to input perturbations. Current algorithms including RED and MoDL are special cases of the proposed algorithm; the proposed theoretical tools enable the optimization of the framework for the deep equilibrium setting. The proposed deep equilibrium formulation is significantly more memory efficient than unrolled methods, which allows us to apply it to 3D or 2D+time problems that current unrolled algorithms cannot handle.
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深网络提供从医学成像到计算摄影的多重成像逆问题的最先进的性能。但是,大多数现有网络都是用清洁信号训练,这些信号通常很难或无法获得。近来的成像(EI)是最近的自我监督的学习框架,其利用信号分布中存在的组不变性,以仅从部分测量数据中学习重建功能。虽然EI结果令人印象深刻,但其性能随着噪音的增加而劣化。在本文中,我们提出了一种强大的成像(REI)框架,其可以学习从嘈杂的部分测量单独学习图像。该方法采用Stein的无偏见风险估算器(肯定)获得完全无偏见的训练损失,这是对噪声强大的。我们表明REI导致线性和非线性逆问题导致相当大的性能收益,从而为具有深网络的稳健无监督成像铺平了道路。代码可在:https://github.com/edongdongchen/rei。
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近年来,人们一直关注利用神经网络的统计建模能力来重建亚采样磁共振成像(MRI)数据。大多数提出的方法假设存在代表性的完全采样数据集并使用完全监督的培训。但是,对于许多应用程序,没有完全采样的培训数据,并且可能非常不切实际。因此,对仅使用亚采样数据进行培训的自我监督方法的开发和理解是非常可取的。这项工作将noisier2noise框架扩展到最初是为自我监管的denoising任务构建的,并将其密度子采样的MRI数据扩展到。我们使用Noisier2Noise框架来分析通过数据不采样(SSDU)来解释自我监督学习的表现,这是一种最近提出的方法,在实践中表现良好,但直到现在一直缺乏理论上的理由。我们还使用该框架来修改SSDU,我们发现它大大提高了其重建质量和鲁棒性,并在FastMRI Brain DataSet全面监督培训的1%内提供了测试集的于点。
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物理驱动的深度学习方法已成为计算磁共振成像(MRI)问题的强大工具,将重建性能推向新限制。本文概述了将物理信息纳入基于学习的MRI重建中的最新发展。我们考虑了用于计算MRI的线性和非线性正向模型的逆问题,并回顾了解决这些方法的经典方法。然后,我们专注于物理驱动的深度学习方法,涵盖了物理驱动的损失功能,插件方法,生成模型和展开的网络。我们重点介绍了特定于领域的挑战,例如神经网络的实现和复杂值的构建基块,以及具有线性和非线性正向模型的MRI转换应用。最后,我们讨论常见问题和开放挑战,并与物理驱动的学习与医学成像管道中的其他下游任务相结合时,与物理驱动的学习的重要性联系在一起。
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为了解决逆问题,已经开发了插件(PNP)方法,可以用呼叫特定于应用程序的DeNoiser在凸优化算法中替换近端步骤,该算法通常使用深神经网络(DNN)实现。尽管这种方法已经成功,但可以改进它们。例如,Denoiser通常经过设计/训练以消除白色高斯噪声,但是PNP算法中的DINOISER输入误差通常远非白色或高斯。近似消息传递(AMP)方法提供了白色和高斯DEOISER输入误差,但仅当正向操作员是一个大的随机矩阵时。在这项工作中,对于基于傅立叶的远期运营商,我们提出了一种基于普遍期望一致性(GEC)近似的PNP算法 - AMP的紧密表弟 - 在每次迭代时提供可预测的错误统计信息,以及新的DNN利用这些统计数据的Denoiser。我们将方法应用于磁共振成像(MRI)图像恢复,并证明其优于现有的PNP和AMP方法。
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深度学习方法已成功用于各种计算机视觉任务。受到成功的启发,已经在磁共振成像(MRI)重建中探索了深度学习。特别是,整合深度学习和基于模型的优化方法已显示出很大的优势。但是,对于高重建质量,通常需要大量标记的培训数据,这对于某些MRI应用来说是具有挑战性的。在本文中,我们提出了一种名为DUREN-NET的新型重建方法,该方法可以通过组合无监督的DeNoising网络和插件方法来为MR图像重建提供可解释的无监督学习。我们的目标是通过添加明确的先验利用成像物理学来提高无监督学习的重建性能。具体而言,使用denoising(红色)正规化实现了MRI重建网络的杠杆作用。实验结果表明,所提出的方法需要减少训练数据的数量才能达到高重建质量。
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CSGM框架(Bora-Jalal-Price-Dimakis'17)表明,深度生成前沿可能是解决逆问题的强大工具。但是,迄今为止,此框架仅在某些数据集(例如,人称和MNIST数字)上经验成功,并且已知在分布外样品上表现不佳。本文介绍了CSGM框架在临床MRI数据上的第一次成功应用。我们在FastMri DataSet上培训了大脑扫描之前的生成,并显示通过Langevin Dynamics的后验采样实现了高质量的重建。此外,我们的实验和理论表明,后部采样是对地面定语分布和测量过程的变化的强大。我们的代码和型号可用于:\ URL {https://github.com/utcsilab/csgm-mri-langevin}。
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自我监督的学习表现出了巨大的希望,因为它可以在没有完全采样的数据的情况下训练深度学习MRI重建方法。当前用于物理学指导的重建网络的自我监督的学习方法分裂获得了两个不相交的数据,其中一种用于独立网络中的数据一致性(DC),另一个用于定义培训损失。在这项研究中,我们提出了一种改进的自我监督学习策略,该策略更有效地使用获得的数据来训练物理学指导的重建网络,而无需数据完全采样的数据。提出的通过数据下采样(SSDU)对所提出的多掩码自我监督的学习(SSDU)应用于获得的测量结果,将其分为每个训练样本的多对不相交集,而使用这些对DC单位和DC单位和其中一对,其他用于定义损失的,从而更有效地使用了不足采样的数据。多面罩SSDU应用于完全采样的3D膝盖上,并前瞻性地采样3D脑MRI数据集,用于各种加速度和图案,并与CG-Sense和单膜ssdu dl-MRI以及受监督的DL-MRI以及当时的DL-MRI进行比较。提供了完全采样的数据。膝盖MRI的结果表明,提出的多面罩SSDU胜过SSDU,并与受监督的DL-MRI紧密相关。一项临床读者的研究进一步将多面罩SSDU在SNR和混叠伪影方面高于监督的DL-MRI。大脑MRI的结果表明,与SSDU相比,多面罩SSDU可以达到更好的重建质量。读者的研究表明,与单罩SSDU相比,r = 8时的多面膜SSDU显着改善了重建,r = 8,以及r = 2时的CG-Sense。
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深度学习方法已成为重建MR重建的最新采样的状态。特别是对于地面真理不可行或不可能的情况,要获取完全采样的数据,重建的自我监督的机器学习方法正在越来越多地使用。但是,在验证此类方法及其普遍性的验证中的潜在问题仍然没有得到充实的态度。在本文中,我们研究了自制算法验证未采样MR图像的重要方面:对前瞻性重建的定量评估,前瞻性和回顾性重建之间的潜在差异,常用的定量衡量标准的适用性和普遍性。研究了两种基于自我监督的denoising和先验的深层图像的自我监督算法。将这些方法与使用体内和幻影数据的最小二乘拟合以及压缩感测重建进行比较。它们的推广性通过前瞻性采样的数据与培训不同的数据进行了测试。我们表明,相对于回顾性重建/地面真理,前瞻性重建可能表现出严重的失真。此外,与感知度量相比,与像素定量指标的定量指标可能无法准确捕获感知质量的差异。此外,所有方法均显示出泛化的潜力。然而,与其他变化相比,概括性的影响更大。我们进一步表明,无参考图像指标与人类对图像质量的评级很好地对应,以研究概括性。最后,我们证明了经过调整的压缩感测重建和学习的DeNoising在所有数据上都相似地执行。
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目的:并行成像通过用一系列接收器线圈获取其他灵敏度信息,从而加速了磁共振成像(MRI)数据,从而降低了相位编码步骤。压缩传感磁共振成像(CS-MRI)在医学成像领域中获得了普及,因为其数据要求较少,而不是平行成像。并行成像和压缩传感(CS)均通过最大程度地减少K空间中捕获的数据量来加快传统MRI获取。由于采集时间与样品的数量成反比,因此从缩短的K空间样品中的图像的反向形成会导致收购更快,但具有混乱的伪像。本文提出了一种新型的生成对抗网络(GAN),即雷德格尔(Recgan-gr)受到多模式损失的监督,以消除重建的图像。方法:与现有的GAN网络相反,我们提出的方法引入了一种新型的发电机网络,即与双域损耗函数集成的弹药网络,包括加权幅度和相位损耗函数以及基于平行成像的损失,即Grappa一致性损失。提出了K空间校正块,以使GAN网络自动化生成不必要的数据,从而使重建过程的收敛性更快。结果:全面的结果表明,拟议的Recgan-GR在基于GAN的方法中的PSNR有4 dB的改善,并且在文献中可用的传统最先进的CNN方法中有2 dB的改进。结论和意义:拟议的工作有助于显着改善低保留数据的图像质量,从而更快地获取了5倍或10倍。
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近年来,基于深度学习的平行成像(PI)取得了巨大进展,以加速磁共振成像(MRI)。然而,现有方法的性能和鲁棒性仍然可以是不受欢迎的。在这项工作中,我们建议通过柔性PI重建,创建的重量K-Space Genera-Tive模型(WKGM)来探索K空间域学习。具体而言,WKGM是一种通用的K空间域模型,在其中有效地纳入了K空间加权技术和高维空间增强设计,用于基于得分的Genererative模型训练,从而实现良好和强大的重建。此外,WKGM具有灵活性,因此可以与各种传统的K空间PI模型协同结合,从而产生基于学习的先验以产生高保真重建。在具有不同采样模式和交流电因子的数据集上进行实验性重新构建表明,WKGM可以通过先验良好的K-Space生成剂获得最新的重建结果。
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减少磁共振(MR)图像采集时间可能会使MR检查更容易获得。包括深度学习模型在内的先前艺术已致力于解决长期MRI成像时间的问题。最近,深层生成模型在算法鲁棒性和使用灵活性方面具有巨大的潜力。然而,无法直接学习或使用任何现有方案。此外,还值得研究的是,深层生成模型如何在混合域上很好地工作。在这项工作中,通过利用基于深度能量的模型,我们提出了一个K空间和图像域协作生成模型,以全面估算从采样量未采样的测量中的MR数据。与最先进的实验比较表明,所提出的混合方法的重建精度较小,在不同的加速因子下更稳定。
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深度学习在加速磁共振成像(MRI)中表现出惊人的性能。最先进的深度学习重建采用强大的卷积神经网络,并且由于许多磁共振图像或其对应的k空间是2D的许多磁共振图像或其对应的k空间。在这项工作中,我们展示了一种探讨了1D卷积的新方法,使得深度网络更容易受到培训和广义。我们进一步将1D卷积集成到所提出的深网络中,命名为一维深度低级和稀疏网络(ODL),它展开了低级和稀疏重建模型的迭代过程。在体内膝盖和脑数据集中的广泛结果表明,所提出的ODLS非常适合培训受试者的情况,并提供比视觉和定量的最先进的方法改进的重建性能。此外,ODL还向不同的欠采样场景显示出良好的稳健性以及培训和测试数据之间的一些不匹配。总之,我们的工作表明,在快速MRI中,1D深度学习方案是内存高效且强大的。
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The data consistency for the physical forward model is crucial in inverse problems, especially in MR imaging reconstruction. The standard way is to unroll an iterative algorithm into a neural network with a forward model embedded. The forward model always changes in clinical practice, so the learning component's entanglement with the forward model makes the reconstruction hard to generalize. The proposed method is more generalizable for different MR acquisition settings by separating the forward model from the deep learning component. The deep learning-based proximal gradient descent was proposed to create a learned regularization term independent of the forward model. We applied the one-time trained regularization term to different MR acquisition settings to validate the proposed method and compared the reconstruction with the commonly used $\ell_1$ regularization. We showed ~3 dB improvement in the peak signal to noise ratio, compared with conventional $\ell_1$ regularized reconstruction. We demonstrated the flexibility of the proposed method in choosing different undersampling patterns. We also evaluated the effect of parameter tuning for the deep learning regularization.
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压缩传感(CS)一直在加速磁共振成像(MRI)采集过程中的关键作用。随着人工智能的复苏,深神经网络和CS算法正在集成以重新定义快速MRI的领域。过去几年目睹了基于深度学习的CS技术的复杂性,多样性和表现的大量增长,这些技术致力于快速MRI。在该荟萃分析中,我们系统地审查了快速MRI的深度学习的CS技术,描述了关键模型设计,突出突破,并讨论了有希望的方向。我们还介绍了一个综合分析框架和分类系统,以评估深度学习在基于CS的加速度的MRI的关键作用。
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Dynamic magnetic resonance image reconstruction from incomplete k-space data has generated great research interest due to its capability to reduce scan time. Never-theless, the reconstruction problem is still challenging due to its ill-posed nature. Recently, diffusion models espe-cially score-based generative models have exhibited great potential in algorithm robustness and usage flexi-bility. Moreover, the unified framework through the variance exploding stochastic differential equation (VE-SDE) is proposed to enable new sampling methods and further extend the capabilities of score-based gener-ative models. Therefore, by taking advantage of the uni-fied framework, we proposed a k-space and image Du-al-Domain collaborative Universal Generative Model (DD-UGM) which combines the score-based prior with low-rank regularization penalty to reconstruct highly under-sampled measurements. More precisely, we extract prior components from both image and k-space domains via a universal generative model and adaptively handle these prior components for faster processing while maintaining good generation quality. Experimental comparisons demonstrated the noise reduction and detail preservation abilities of the proposed method. Much more than that, DD-UGM can reconstruct data of differ-ent frames by only training a single frame image, which reflects the flexibility of the proposed model.
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最近,由于高性能,深度学习方法已成为生物学图像重建和增强问题的主要研究前沿,以及其超快速推理时间。但是,由于获得监督学习的匹配参考数据的难度,对不需要配对的参考数据的无监督学习方法越来越兴趣。特别是,已成功用于各种生物成像应用的自我监督的学习和生成模型。在本文中,我们概述了在古典逆问题的背景下的连贯性观点,并讨论其对生物成像的应用,包括电子,荧光和去卷积显微镜,光学衍射断层扫描和功能性神经影像。
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我们为高分辨率自由呼吸肺MRI介绍了无监督的运动补偿重建方案。我们将时间序列中的图像帧模拟为3D模板图像卷的变形版本。我们假设变形图在高维空间中的光滑歧管上是点。具体地,我们在每次时刻模拟变形图作为基于CNN的发电机的输出,该发电机的输出具有由低维潜航向量驱动的所有时间框架的权重。潜伏向量的时间序列占数据集中的动态,包括呼吸运动和散装运动。模板图像卷,发电机的参数,以及潜在矢量的直接从k-t空间数据以无监督的方式学习。我们的实验结果表明,与最先进的方法相比,改进了重建,特别是在扫描期间散装运动的背景下。
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