在植物繁殖中，环境（GXE）相互作用的基因型存在对耕作决策和引入新作物品种的影响很大。线性和双线性项的组合已被证明在建模这种类型的数据方面非常有用。识别GXE的一种广泛使用的方法是加性主要效应和乘法交互作用（AMMI）模型。但是，由于数据经常可能是高维的，马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）方法在计算上可能是不可行的。在本文中，我们考虑了这种模型的变异推理方法。我们得出用于估计参数的变异近似值，并使用模拟和真实数据将近似值与MCMC进行比较。我们提出的新推论框架平均要快两倍，同时保持与MCMC相同的预测性能。

从降压和嘈杂的测量值（例如MRI和低剂量计算机断层扫描（CT））中重建图像是数学上不良的反问题。我们提出了一种基于期望传播（EP）技术的易于使用的重建方法。我们将蒙特卡洛（MC）方法，马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）和乘数（ADMM）算法的交替方向方法纳入EP方法，以解决EP中遇到的棘手性问题。我们在复杂的贝叶斯模型上演示了图像重建的方法。我们的技术应用于伽马相机扫描中的图像。我们仅将EPMC，EP-MCMC，EP-ADMM方法与MCMC进行比较。指标是更好的图像重建，速度和参数估计。在真实和模拟数据中使用伽马相机成像进行的实验表明，我们提出的方法在计算上比MCMC昂贵，并且产生相对更好的图像重建。

One of the core problems of modern statistics is to approximate difficult-to-compute probability densities. This problem is especially important in Bayesian statistics, which frames all inference about unknown quantities as a calculation involving the posterior density. In this paper, we review variational inference (VI), a method from machine learning that approximates probability densities through optimization. VI has been used in many applications and tends to be faster than classical methods, such as Markov chain Monte Carlo sampling. The idea behind VI is to first posit a family of densities and then to find the member of that family which is close to the target. Closeness is measured by Kullback-Leibler divergence. We review the ideas behind mean-field variational inference, discuss the special case of VI applied to exponential family models, present a full example with a Bayesian mixture of Gaussians, and derive a variant that uses stochastic optimization to scale up to massive data. We discuss modern research in VI and highlight important open problems. VI is powerful, but it is not yet well understood. Our hope in writing this paper is to catalyze statistical research on this class of algorithms.

This paper extends quantile factor analysis to a probabilistic variant that incorporates regularization and computationally efficient variational approximations. By means of synthetic and real data experiments it is established that the proposed estimator can achieve, in many cases, better accuracy than a recently proposed loss-based estimator. We contribute to the literature on measuring uncertainty by extracting new indexes of low, medium and high economic policy uncertainty, using the probabilistic quantile factor methodology. Medium and high indexes have clear contractionary effects, while the low index is benign for the economy, showing that not all manifestations of uncertainty are the same.

我们提出了一种变分贝叶斯比例危险模型，用于预测和可变选择的关于高维存活数据。我们的方法基于平均场变分近似，克服了MCMC的高计算成本，而保留有用的特征，提供优异的点估计，并通过后夹层概念提供可变选择的自然机制。我们提出的方法的性能通过广泛的仿真进行评估，并与其他最先进的贝叶斯变量选择方法进行比较，展示了可比或更好的性能。最后，我们展示了如何在两个转录组数据集上使用所提出的方法进行审查的生存结果，其中我们识别具有预先存在的生物解释的基因。

我们引入了一种新的经验贝叶斯方法，用于大规模多线性回归。我们的方法结合了两个关键思想：（i）使用灵活的“自适应收缩”先验，该先验近似于正常分布的有限混合物，近似于正常分布的非参数家族； （ii）使用变分近似来有效估计先前的超参数并计算近似后期。将这两个想法结合起来，将快速，灵活的方法与计算速度相当，可与快速惩罚的回归方法（例如Lasso）相当，并在各种场景中具有出色的预测准确性。此外，我们表明，我们方法中的后验平均值可以解释为解决惩罚性回归问题，并通过直接解决优化问题（而不是通过交叉验证来调整）从数据中学到的惩罚函数的精确形式。 。我们的方法是在r https://github.com/stephenslab/mr.ash.ash.alpha的r软件包中实现的

我们提出了一种使用边缘似然的分布式贝叶斯模型选择的一般方法，其中数据集被分开在非重叠子集中。这些子集仅由个别工人本地访问，工人之间没有共享数据。我们近似通过在每个子集的每个子集上从后部采样通过Monte Carlo采样的完整数据的模型证据。结果使用一种新的方法来组合，该方法校正使用所产生的样本的汇总统计分裂。我们的鸿沟和征服方法使贝叶斯模型在大型数据设置中选择，利用所有可用信息，而是限制工人之间的沟通。我们派生了理论误差界限，这些错误界限量化了计算增益与精度损失之间的结果。当我们的真实世界实验所示，令人尴尬的平行性质在大规模数据集时产生了重要的速度。此外，我们展示了如何在可逆跳转设置中扩展建议的方法以在可逆跳转设置中进行模型选择，该跳转设置在一个运行中探讨多个特征组合。

潜在位置网络模型是网络科学的多功能工具;应用程序包括集群实体，控制因果混淆，并在未观察的图形上定义前提。估计每个节点的潜在位置通常是贝叶斯推理问题的群体，吉布斯内的大都市是最流行的近似后分布的工具。然而，众所周知，GIBBS内的大都市对于大型网络而言是低效;接受比计算成本昂贵，并且所得到的后绘高度相关。在本文中，我们提出了一个替代的马尔可夫链蒙特卡罗战略 - 使用分裂哈密顿蒙特卡罗和萤火虫蒙特卡罗的组合定义 - 利用后部分布的功能形式进行更有效的后退计算。我们展示了这些战略在吉布斯和综合网络上的其他算法中优于大都市，以及学区的教师和工作人员的真正信息共享网络。

随机梯度马尔可夫链蒙特卡洛（SGMCMC）被认为是大型模型（例如贝叶斯神经网络）中贝叶斯推断的金标准。由于从业人员在这些模型中面临速度与准确性权衡，因此变异推理（VI）通常是可取的选择。不幸的是，VI对后部的分解和功能形式做出了有力的假设。在这项工作中，我们提出了一个新的非参数变分近似，该近似没有对后验功能形式进行假设，并允许从业者指定算法应尊重或断裂的确切依赖性。该方法依赖于在修改的能量函数上运行的新的langevin型算法，其中潜在变量的一部分是在马尔可夫链的早期迭代中平均的。这样，统计依赖性可以以受控的方式破裂，从而使链条混合更快。可以以“辍学”方式进一步修改该方案，从而导致更大的可扩展性。我们在CIFAR-10，SVHN和FMNIST上测试RESNET-20的计划。在所有情况下，与SG-MCMC和VI相比，我们都会发现收敛速度和/或最终精度的提高。

回归模型用于各种应用，为来自不同领域的研究人员提供强大的科学工具。线性或简单的参数，模型通常不足以描述输入变量与响应之间的复杂关系。通过诸如神经网络的灵活方法可以更好地描述这种关系，但这导致不太可解释的模型和潜在的过度装备。或者，可以使用特定的参数非线性函数，但是这种功能的规范通常是复杂的。在本文中，我们介绍了一种灵活的施工方法，高度灵活的非线性参数回归模型。非线性特征是分层的，类似于深度学习，但对要考虑的可能类型的功能具有额外的灵活性。这种灵活性，与变量选择相结合，使我们能够找到一小部分重要特征，从而可以更具可解释的模型。在可能的功能的空间内，考虑了贝叶斯方法，基于它们的复杂性引入功能的前沿。采用遗传修改模式跳跃马尔可夫链蒙特卡罗算法来执行贝叶斯推理和估计模型平均的后验概率。在各种应用中，我们说明了我们的方法如何用于获得有意义的非线性模型。此外，我们将其预测性能与多个机器学习算法进行比较。

贝叶斯神经网络具有潜在变量（BNN + LVS）通过明确建模模型不确定性（通过网络权重）和环境暂停（通过潜在输入噪声变量）来捕获预测的不确定性。在这项工作中，我们首先表明BNN + LV具有严重形式的非可识别性：可以在模型参数和潜在变量之间传输解释性，同时拟合数据。我们证明，在无限数据的极限中，网络权重和潜变量的后部模式从地面真理渐近地偏离。由于这种渐近偏差，传统的推理方法可以在实践中，产量参数概括不确定和不确定的不确定性。接下来，我们开发一种新推断过程，明确地减轻了训练期间不可识别性的影响，并产生高质量的预测以及不确定性估计。我们展示我们的推理方法在一系列合成和实际数据集中改善了基准方法。

变异推理（VI）的核心原理是将计算复杂后概率密度计算的统计推断问题转换为可拖动的优化问题。该属性使VI比几种基于采样的技术更快。但是，传统的VI算法无法扩展到大型数据集，并且无法轻易推断出越野数据点，而无需重新运行优化过程。该领域的最新发展，例如随机，黑框和摊销VI，已帮助解决了这些问题。如今，生成的建模任务广泛利用摊销VI来实现其效率和可扩展性，因为它利用参数化函数来学习近似的后验密度参数。在本文中，我们回顾了各种VI技术的数学基础，以构成理解摊销VI的基础。此外，我们还概述了最近解决摊销VI问题的趋势，例如摊销差距，泛化问题，不一致的表示学习和后验崩溃。最后，我们分析了改善VI优化的替代差异度量。

通过变分贝叶斯近似来提出框架，用于拟合逆问题模型。与标准马尔可夫链蒙特卡罗方法相比，这种方法可确保对广泛的应用，良好的应用，良好的精度性能和降低的模型拟合时间来灵活。我们描述的变分贝叶斯的消息传递和因子图片段方法促进了简化的近似推理算法的实现，并形成软件开发的基础。这种方法允许将许多响应分布和惩罚抑制到逆问题模型中。尽管我们的工作被赋予了一个和二维响应变量，但我们展示了一个基础设施，其中还可以导出基于变量之间的无效弱交互的有效算法更新，以便在更高维度中的逆问题。通过生物医学和考古问题激励的图像处理应用程序作为图示。

隐式过程（IPS）代表一个灵活的框架，可用于描述各种模型，从贝叶斯神经网络，神经抽样器和数据生成器到许多其他模型。 IP还允许在功能空间上进行大致推断。公式的这种变化解决了参数空间的固有退化问题近似推断，即参数数量及其在大型模型中的强大依赖性。为此，文献中先前的作品试图采用IPS来设置先验并近似产生的后部。但是，这被证明是一项具有挑战性的任务。现有的方法可以调整先前的IP导致高斯预测分布，该分布未能捕获重要的数据模式。相比之下，通过使用另一个IP近似后验过程产生灵活预测分布的方法不能将先前的IP调整到观察到的数据中。我们在这里建议第一个可以实现这两个目标的方法。为此，我们依赖于先前IP的诱导点表示，就像在稀疏高斯过程中所做的那样。结果是一种可扩展的方法，用于与IP的近似推断，可以将先前的IP参数调整到数据中，并提供准确的非高斯预测分布。

蒙特卡洛算法的划分策略是使贝叶斯推断可扩展到大数据集的越来越流行的方法。以其最简单的形式，数据分配在多个计算核心和每个核心上的单独的马尔可夫链蒙特卡洛算法上，我们将相关的部分后验分布（我们称为子形象），这是后验，仅给定后验，只有来自的数据。与该核心关联的分区段。划分和诱导技术减少了计算，内存和磁盘瓶颈，但很难重组后方样品。我们提出了瑞士人：具有通货膨胀，缩放和转移的子派员；一种新的方法，用于重新组合易于应用的次级样品，缩放到高维参数空间，并通过亚物质样品的仿射转换准确地近似原始的后验分布。我们证明，我们的转换在一系列自然的仿射转换中是渐近的最佳选择，并说明了瑞士对合成和现实世界数据集的竞争算法的功效。

We develop an optimization algorithm suitable for Bayesian learning in complex models. Our approach relies on natural gradient updates within a general black-box framework for efficient training with limited model-specific derivations. It applies within the class of exponential-family variational posterior distributions, for which we extensively discuss the Gaussian case for which the updates have a rather simple form. Our Quasi Black-box Variational Inference (QBVI) framework is readily applicable to a wide class of Bayesian inference problems and is of simple implementation as the updates of the variational posterior do not involve gradients with respect to the model parameters, nor the prescription of the Fisher information matrix. We develop QBVI under different hypotheses for the posterior covariance matrix, discuss details about its robust and feasible implementation, and provide a number of real-world applications to demonstrate its effectiveness.

重要的加权是调整蒙特卡洛集成以说明错误分布中抽取的一种一般方法，但是当重要性比的右尾巴较重时，最终的估计值可能是高度可变的。当目标分布的某些方面无法通过近似分布捕获，在这种情况下，可以通过修改极端重要性比率来获得更稳定的估计。我们提出了一种新的方法，该方法使用拟合模拟重要性比率的上尾的广义帕累托分布来稳定重要性权重。该方法在经验上的性能要比现有方法稳定重要性采样估计值更好，包括稳定的有效样本量估计，蒙特卡洛误差估计和收敛诊断。提出的帕累托$ \ hat {k} $有限样本收敛率诊断对任何蒙特卡洛估计器都有用。

We develop stochastic variational inference, a scalable algorithm for approximating posterior distributions. We develop this technique for a large class of probabilistic models and we demonstrate it with two probabilistic topic models, latent Dirichlet allocation and the hierarchical Dirichlet process topic model. Using stochastic variational inference, we analyze several large collections of documents: 300K articles from Nature, 1.8M articles from The New York Times, and 3.8M articles from Wikipedia. Stochastic inference can easily handle data sets of this size and outperforms traditional variational inference, which can only handle a smaller subset. (We also show that the Bayesian nonparametric topic model outperforms its parametric counterpart.) Stochastic variational inference lets us apply complex Bayesian models to massive data sets.

项目反应理论（IRT）是一个无处不在的模型，可以根据他们对问题的回答理解人类行为和态度。大型现代数据集为捕捉人类行为的更多细微差别提供了机会，从而有可能改善心理测量模型，从而改善科学理解和公共政策。但是，尽管较大的数据集允许采用更灵活的方法，但许多用于拟合IRT模型的当代算法也可能具有禁止现实世界应用的巨大计算需求。为了解决这种瓶颈，我们引入了IRT的变异贝叶斯推理算法，并表明它在不牺牲准确性的情况下快速可扩展。将此方法应用于认知科学和教育的五个大规模项目响应数据集中，比替代推理算法更高的对数可能性和更高的准确性。然后，使用这种新的推论方法，我们将IRT概括为具有表现力的贝叶斯响应模型，利用深度学习的最新进展来捕获具有神经网络的非线性项目特征曲线（ICC）。使用TIMSS的特定级数学测试，我们显示我们的非线性IRT模型可以捕获有趣的不对称ICC。该算法实现是开源的，易于使用。

统计模型是机器学习的核心，具有广泛适用性，跨各种下游任务。模型通常由通过最大似然估计从数据估计的自由参数控制。但是，当面对现实世界数据集时，许多模型运行到一个关键问题：它们是在完全观察到的数据方面配制的，而在实践中，数据集会困扰缺失数据。来自不完整数据的统计模型估计理论在概念上类似于潜在变量模型的估计，其中存在强大的工具，例如变分推理（VI）。然而，与标准潜在变量模型相比，具有不完整数据的参数估计通常需要估计缺失变量的指数 - 许多条件分布，因此使标准的VI方法是棘手的。通过引入变分Gibbs推理（VGI），是一种新的通用方法来解决这个差距，以估计来自不完整数据的统计模型参数。我们在一组合成和实际估算任务上验证VGI，从不完整的数据中估算重要的机器学习模型，VAE和标准化流程。拟议的方法，同时通用，实现比现有的特定模型特定估计方法竞争或更好的性能。