基于深度学习的解决方案正在为各种应用程序成功实施。最值得注意的是,临床用例已增加了兴趣,并且是过去几年提出的一些尖端数据驱动算法背后的主要驱动力。对于诸如稀疏视图重建等应用,其中测量数据的量很少,以使获取时间短而且辐射剂量较低,降低了串联的伪像,促使数据驱动的DeNoINEDENO算法的开发,其主要目标是获得获得的主要目标。只有一个全扫描数据的子集诊断可行的图像。我们提出了WNET,这是一个数据驱动的双域denoising模型,其中包含用于稀疏视图deNoising的可训练的重建层。两个编码器 - 模型网络同时在正式和重建域中执行deno,而实现过滤后的反向投影算法的第三层则夹在前两种之间,并照顾重建操作。我们研究了该网络在稀疏视图胸部CT扫描上的性能,并突出显示了比更传统的固定层具有可训练的重建层的额外好处。我们在两个临床相关的数据集上训练和测试我们的网络,并将获得的结果与三种不同类型的稀疏视图CT CT DeNoisis和重建算法进行了比较。
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We propose a deep learning method for three-dimensional reconstruction in low-dose helical cone-beam computed tomography. We reconstruct the volume directly, i.e., not from 2D slices, guaranteeing consistency along all axes. In a crucial step beyond prior work, we train our model in a self-supervised manner in the projection domain using noisy 2D projection data, without relying on 3D reference data or the output of a reference reconstruction method. This means the fidelity of our results is not limited by the quality and availability of such data. We evaluate our method on real helical cone-beam projections and simulated phantoms. Our reconstructions are sharper and less noisy than those of previous methods, and several decibels better in quantitative PSNR measurements. When applied to full-dose data, our method produces high-quality results orders of magnitude faster than iterative techniques.
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本文解决了利益区域(ROI)计算机断层扫描(CT)的图像重建问题。尽管基于模型的迭代方法可用于此问题,但由于乏味的参数化和缓慢的收敛性,它们的实用性通常受到限制。另外,当保留的先验不完全适合溶液空间时,可以获得不足的溶液。深度学习方法提供了一种快速的替代方法,从大型数据集中利用信息,因此可以达到高重建质量。但是,这些方法通常依赖于不考虑成像系统物理学的黑匣子,而且它们缺乏可解释性通常会感到沮丧。在两种方法的十字路口,最近都提出了展开的深度学习技术。它们将模型的物理和迭代优化算法纳入神经网络设计中,从而在各种应用中均具有出色的性能。本文介绍了一种新颖的,展开的深度学习方法,称为U-RDBFB,为ROI CT重建而设计为有限的数据。由于强大的非凸数据保真功能与稀疏性诱导正则化功能相结合,因此有效地处理了很少的截断数据。然后,嵌入在迭代重新加权方案中的块双重前向(DBFB)算法的迭代将在神经网络体系结构上展开,从而以监督的方式学习各种参数。我们的实验显示了对各种最新方法的改进,包括基于模型的迭代方案,深度学习体系结构和深度展开的方法。
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基于深入的学习的断层摄影图像重建一直在这些年来引起了很多关注。稀疏视图数据重建是典型的未确定逆问题之一,如何从数十个投影重建高质量CT图像仍然是实践中的挑战。为了解决这一挑战,在本文中,我们提出了一个多域一体化的Swin变压器网络(MIST-NET)。首先,使用灵活的网络架构,所提出的雾网掺入了来自数据,残差数据,图像和剩余图像的豪华域特征。这里,残差数据和残差 - 图像域网组件可以被认为是数据一致性模块,以消除残差数据和图像域中的插值误差,然后进一步保持图像细节。其次,为了检测图像特征和进一步保护图像边缘,将培训的Sobel滤波器结合到网络中以提高编码解码能力。第三,随着经典的Swin变压器,我们进一步设计了高质量的重建变压器(即,REFFORMER)来提高重建性能。 REFFORMER继承了SWIN变压器的功率以捕获重建图像的全局和本地特征。具有48种视图的数值数据集的实验证明了我们所提出的雾网提供更高的重建图像质量,具有小的特征恢复和边缘保护,而不是其他竞争对手,包括高级展开网络。定量结果表明,我们的雾网也获得了最佳性能。训练有素的网络被转移到真实的心脏CT数据集,48次视图,重建结果进一步验证了我们的雾网的优势,进一步证明了临床应用中雾的良好稳健性。
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低剂量计算机断层扫描(CT)降级算法旨在使常规CT采集中的患者剂量减少,同时保持高图像质量。最近,引入了深度学习〜(DL)的方法,由于其高模型容量,因此在此任务上的常规降级算法优于常规deno。但是,为了过渡基于DL的denoing到临床实践,这些数据驱动的方法必须超越可见的训练数据来概括地概括。因此,我们提出了一种由一组可训练的联合双边滤波器(JBF)组成的混合脱糖性方法,并结合了基于卷积DL的deNoising网络,以预测指导图像。我们提出的denoising管道结合了通过基于DL的功能提取和常规JBF的可靠性启用的高模型容量。通过在没有金属植入物的腹部CT扫描上进行训练以及对金属植入物以及头部CT数据进行腹部扫描测试,可以证明该管道的概括能力。当我们的管道中嵌入两个基于DL的DENOISER(RED-CNN/QAE)时,Denoisis的性能提高了$ 10 \,\%$/$ 82 \,\%$(RMSE)和$ 3 \,\%$ /$ 81 \,\%$(psnr)在包含金属的区域和$ 6 \,\%$/$ 78 \,\%$(rmse)和$ 2 \,\%$/$ 4 \,\%$(psnr)上与各自的香草模型相比,头部CT数据。最后,提出的可训练的JBFS限制了深神经网络的误差结合,以促进基于DL的DeOisers在低剂量CT管道中的适用性。
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计算机断层扫描(CT)使用从身体周围的传感器取出的X射线测量以产生人体的断层图像。如果X射线数据充分采样和高质量,则可以使用传统的重建算法;然而,诸如将剂量减少给患者的问题,或数据采集的几何限制可能导致低质量或不完整的数据。由于噪声和其他伪像,使用传统方法从这些数据重建的图像具有差的质量。本研究的目的是训练单个神经网络,从嘈杂或不完全CT扫描数据重建高质量CT图像,包括低剂量,稀疏视图和有限的角度场景。为了完成这项任务,我们将生成的对冲网络(GaN)作为信号训练,以与CT数据的迭代同步代数重建技术(SART)结合使用。网络包括自我关注块,以模拟数据中的远程依赖性。我们将我们的自我关注GaN进行CT图像重建,包括几种最先进的方法,包括去噪循环GaN,Circle GaN和总变化的校长算法。我们的方法被证明是可以相当的整体性能来圈出GaN,同时优于其他两种方法。
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在计算机断层扫描成像的实际应用中,投影数据可以在有限角度范围内获取,并由于扫描条件的限制而被噪声损坏。嘈杂的不完全投影数据导致反问题的不良性。在这项工作中,我们从理论上验证了低分辨率重建问题的数值稳定性比高分辨率问题更好。在接下来的内容中,提出了一个新型的低分辨率图像先验的CT重建模型,以利用低分辨率图像来提高重建质量。更具体地说,我们在下采样的投影数据上建立了低分辨率重建问题,并将重建的低分辨率图像作为原始限量角CT问题的先验知识。我们通过交替的方向方法与卷积神经网络近似的所有子问题解决了约束最小化问题。数值实验表明,我们的双分辨率网络在嘈杂的有限角度重建问题上的变异方法和流行的基于学习的重建方法都优于变异方法。
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In this paper, we propose a novel deep convolutional neural network (CNN)-based algorithm for solving ill-posed inverse problems. Regularized iterative algorithms have emerged as the standard approach to ill-posed inverse problems in the past few decades. These methods produce excellent results, but can be challenging to deploy in practice due to factors including the high computational cost of the forward and adjoint operators and the difficulty of hyper parameter selection. The starting point of our work is the observation that unrolled iterative methods have the form of a CNN (filtering followed by point-wise non-linearity) when the normal operator (H * H, the adjoint of H times H) of the forward model is a convolution. Based on this observation, we propose using direct inversion followed by a CNN to solve normal-convolutional inverse problems. The direct inversion encapsulates the physical model of the system, but leads to artifacts when the problem is ill-posed; the CNN combines multiresolution decomposition and residual learning in order to learn to remove these artifacts while preserving image structure. We demonstrate the performance of the proposed network in sparse-view reconstruction (down to 50 views) on parallel beam X-ray computed tomography in synthetic phantoms as well as in real experimental sinograms. The proposed network outperforms total variation-regularized iterative reconstruction for the more realistic phantoms and requires less than a second to reconstruct a 512 × 512 image on the GPU. K.H. Jin acknowledges the support from the "EPFL Fellows" fellowship program co-funded by Marie Curie from the European Unions Horizon 2020 Framework Programme for Research and Innovation under grant agreement 665667.
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图像去噪是许多领域下游任务的先决条件。低剂量和光子计数计算断层扫描(CT)去噪可以在最小化辐射剂量下优化诊断性能。监督深层去噪方法是流行的,但需要成对的清洁或嘈杂的样本通常在实践中不可用。受独立噪声假设的限制,电流无监督的去噪方法不能处理与CT图像中的相关噪声。在这里,我们提出了一种基于类似的类似性的无人监督的无监督的深度去噪方法,称为Coxing2Sim,以非局部和非线性方式起作用,不仅抑制独立而且还具有相关的噪音。从理论上讲,噪声2SIM在温和条件下渐近相当于监督学习方法。通过实验,Nosie2SIM从嘈杂的低剂量CT和光子计数CT图像中的内在特征,从视觉上,定量和统计上有效地或甚至优于实际数据集的监督学习方法。 Coke2Sim是一般无监督的去噪方法,在不同的应用中具有很大的潜力。
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在本文中,我们提出了一种新的GPU实现了螺旋CT重建的Katsevich算法。我们的实现划分了宿函数,并通过音高来重建CT图像间距。通过利用katsevich算法参数的周期性属性,我们的方法只需要为所有音高计算这些参数一次,因此GPU-Memory负担较低,非常适合深度学习。通过将我们的实现嵌入到网络中,我们提出了一种具有稀疏探测器的高音高螺旋CT重建的端到端深网络。由于我们的网络利用了来自SINOGAGAMS和CT图像中提取的特征,因此它可以同时减少由SINOGRAMS的稀疏性引起的条纹伪像,并在CT图像中保持细节。实验表明,我们的网络在主观和客观评估中表明了相关方法。
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减少全身CT扫描中患者的辐射暴露引起了医学成像界的广泛关注。鉴于低辐射剂量可能导致噪声和伪像增加,这极大地影响了临床诊断。为了获得高质量的全身低剂量CT(LDCT)图像,以前的基于深度学习的研究工作引入了各种网络架构。然而,大多数这些方法只采用正常剂量CT(NDCT)图像作为地面真理来指导去噪网络的训练。这种简单的限制导致模型效率更低,并使重建的图像遭受过平滑的效果。在本文中,我们提出了一种新的任务内知识转移方法,利用来自NDCT图像的蒸馏知识来帮助LDCT图像上的培训过程。派生架构被称为师生一致性网络(TSC-Net),由教师网络和具有相同架构的学生网络组成。通过中间功能之间的监督,鼓励学生网络模仿教师网络并获得丰富的纹理细节。此外,为了进一步利用CT扫描中包含的信息,介绍了在对比学习时建立的对比正规化机制(CRM).CRM执行将恢复的CT图像拉到NDCT样本,并将远离LDCT样本的遥控器中的遥远空间。此外,基于注意力和可变形卷积机制,我们设计了一种动态增强模块(DEM)以提高网络变换能力。
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从有限角度范围内获取的X射线投影的计算机断层扫描(CT)重建是具有挑战性的,特别是当角度范围非常小时。分析和迭代模型都需要更多的投影来有效建模。由于其出色的重建性能,深度学习方法已经取得了普遍存在,但此类成功主要限制在同一数据集中,并且在具有不同分布的数据集中不概括。在此,我们通过引入铭顶推销模块来提出用于有限角度CT重建的外推网,这是理论上的合理的。该模块补充了额外的铭顶信息和靴子型号概括性。广泛的实验结果表明,我们的重建模型在NIH-AAPM数据集上实现了最先进的性能,类似于现有方法。更重要的是,我们表明,与现有方法相比,使用这种Sinogram推断模块显着提高了在未经持续数据集(例如,Covid-19和LIDC数据集)上的模型的泛化能力。
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双能计算机断层扫描(DECT)已广泛用于需要材料分解的许多应用中。图像域方法直接分解来自高能和低能量衰减图像的材料图像,因此,衰减图像上的噪声和伪影易感。本研究的目的是开发一种改进的迭代神经网络(INN),用于DECT中的高质量图像域材料分解,并研究其性质。我们为DECT材料分解提出了一个新的Inn架构。该建议的Inn Architection在图像精炼模块中使用不同的跨材料卷积神经网络(CNN),并在图像重建模块中使用图像分解物理。独特的交叉材料CNN炼油厂包括不同的编码解码滤波器和跨材料模型,其捕获不同材料之间的相关性。我们研究了具有贴片式重构和紧密框架条件的不同跨材料CNN炼油厂。扩展Cardiacorso(XCAT)幻像和临床数据的数值实验表明,所提出的INN显着提高了几种图像域材料分解方法的图像质量,包括使用边缘保留规范器的传统模型的图像分解(MBID)方法,最近使用预先学习的材料缺口变换的MBID方法,以及非特性深层CNN方法。我们的研究基于补丁的重新制作表明,不同的跨材料CNN炼油厂的学习过滤器可以大致满足紧密框架状态。
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在呼吸运动下重建肺部锥体束计算机断层扫描(CBCT)是一个长期的挑战。这项工作更进一步,以解决一个具有挑战性的设置,以重建仅来自单个} 3D CBCT采集的多相肺图像。为此,我们介绍了对观点或Regas的概述综合。 Regas提出了一种自我监督的方法,以合成不足的层析成像视图并减轻重建图像中的混叠伪像。该方法可以更好地估计相间变形矢量场(DVF),这些矢量场(DVF)用于增强无合成的直接观察结果的重建质量。为了解决高分辨率4D数据上深神经网络的庞大记忆成本,Regas引入了一种新颖的射线路径变换(RPT),该射线路径转换(RPT)允许分布式,可区分的远期投影。 REGA不需要其他量度尺寸,例如先前的扫描,空气流量或呼吸速度。我们的广泛实验表明,REGA在定量指标和视觉质量方面的表现明显优于可比的方法。
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基于深度学习的图像重建方法在许多成像方式中表现出令人印象深刻的经验表现。这些方法通常需要大量的高质量配对训练数据,这在医学成像中通常不可用。为了解决这个问题,我们为贝叶斯框架内的学习重建提供了一种新颖的无监督知识转移范式。提出的方法分为两个阶段学习重建网络。第一阶段训练一个重建网络,其中包括一组有序对,包括椭圆的地面真相图像和相应的模拟测量数据。第二阶段微调在没有监督的情况下将经过验证的网络用于更现实的测量数据。通过构造,该框架能够通过重建图像传递预测性不确定性信息。我们在低剂量和稀疏视图计算机断层扫描上提出了广泛的实验结果,表明该方法与几种最先进的监督和无监督的重建技术具有竞争力。此外,对于与培训数据不同的测试数据,与仅在合成数据集中训练的学习方法相比,所提出的框架不仅在视觉上可以显着提高重建质量,而且在PSNR和SSIM方面也可以显着提高重建质量。
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CT和MRI是两种广泛使用的临床成像方式,用于非侵入性诊断。然而,这两种方式都有一定的问题。 CT使用有害电离辐射,MRI患有缓慢的采集速度。欠采样可以解决这两个问题,例如稀疏抽样。然而,这种向下采样的数据导致降低分辨率并引入人工制品。已经提出了几种技术,包括基于深度的学习方法,以重建此类数据。然而,这两个方式的欠采样重建问题总是被认为是两个不同的问题,并通过不同的研究工作分开解决。本文通过在径向MRI上应用傅立叶变换的预处理来实现稀疏CT和缺口MRI重建的统一解决方案,然后使用SCOMAGE ups采样与滤波后投影结合使用SCOMAGE Cups采样来实现的基于傅里叶变换的预处理。原始网络是一种基于深度学习的方法,用于重建稀疏采样的CT数据。本文介绍了原始 - 双工UNET,从精度和重建速度方面提高了原始双网络。所提出的方法导致平均SSSIM为0.932,同时对风扇束几何进行稀疏CT重建,其稀疏水平为16,实现了对先前模型的统计上显着的改进,这导致0.919。此外,所提出的模型导致0.903和0.957平均SSIM,同时重建具有16-统计上显着改善的加速因子,在原始模型上重建了缺乏采样的脑和腹部MRI数据,这导致0.867和0.949。最后,本文表明,所提出的网络不仅提高了整体图像质量,而且还提高了兴趣区域的图像质量;以及在针的存在下更好地推广。
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这项工作与科学机器学习中的以下基本问题有关:基于深度学习的方法是否可以解决无噪声逆问题到近乎完美的准确性?首次提供了积极的证据,重点是原型计算机断层扫描(CT)设置。我们证明,迭代的端到端网络方案可以实现接近数值精度的重建,与经典的压缩传感策略相当。我们的结果是基于我们对最近的AAPM DL-SPARSE-VIEW CT挑战的获胜提交的基础。它的目标是确定用数据驱动技术解决稀疏视图CT逆问题的最新技术。挑战设置的特定困难是,参与者的精确前进模型仍然未知。因此,我们方法的关键特征是最初在数据驱动的校准步骤中估算未知的粉丝几何形状。除了对我们的方法的深入分析外,我们还证明了其在开放式现实世界数据集Lodopab CT上的最先进性能。
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物理驱动的深度学习方法已成为计算磁共振成像(MRI)问题的强大工具,将重建性能推向新限制。本文概述了将物理信息纳入基于学习的MRI重建中的最新发展。我们考虑了用于计算MRI的线性和非线性正向模型的逆问题,并回顾了解决这些方法的经典方法。然后,我们专注于物理驱动的深度学习方法,涵盖了物理驱动的损失功能,插件方法,生成模型和展开的网络。我们重点介绍了特定于领域的挑战,例如神经网络的实现和复杂值的构建基块,以及具有线性和非线性正向模型的MRI转换应用。最后,我们讨论常见问题和开放挑战,并与物理驱动的学习与医学成像管道中的其他下游任务相结合时,与物理驱动的学习的重要性联系在一起。
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基于深度学习的技术实现最新的技术会导致广泛的图像重建任务,例如压缩传感。这些方法几乎总是具有超参数,例如在优化损耗函数中平衡不同项的权重系数。典型的方法是训练模型,以通过某些经验或理论理由确定的超参数设置。因此,在推理时,模型只能计算与预定的超参数值相对应的重建。在这项工作中,我们提出了一种基于超网络的方法,称为HyperRecon,以训练不可知论到超参数设置的重建模型。在推理时,HyperRecon可以有效地产生不同的重建,每个重建都对应于不同的高参数值。在此框架中,用户有权根据自己的判断选择最有用的输出。我们使用两个大规模和公共可用的MRI数据集演示了压缩感测,超分辨率和去索任务的方法。我们的代码可在https://github.com/alanqrwang/hyhyperrecon上找到。
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Low-dose computed tomography (CT) plays a significant role in reducing the radiation risk in clinical applications. However, lowering the radiation dose will significantly degrade the image quality. With the rapid development and wide application of deep learning, it has brought new directions for the development of low-dose CT imaging algorithms. Therefore, we propose a fully unsupervised one sample diffusion model (OSDM)in projection domain for low-dose CT reconstruction. To extract sufficient prior information from single sample, the Hankel matrix formulation is employed. Besides, the penalized weighted least-squares and total variation are introduced to achieve superior image quality. Specifically, we first train a score-based generative model on one sinogram by extracting a great number of tensors from the structural-Hankel matrix as the network input to capture prior distribution. Then, at the inference stage, the stochastic differential equation solver and data consistency step are performed iteratively to obtain the sinogram data. Finally, the final image is obtained through the filtered back-projection algorithm. The reconstructed results are approaching to the normal-dose counterparts. The results prove that OSDM is practical and effective model for reducing the artifacts and preserving the image quality.
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