Electrocardiography (ECG), an electrical measurement which captures cardiac activities, is the gold standard for diagnosing cardiovascular disease (CVD). However, ECG is infeasible for continuous cardiac monitoring due to its requirement for user participation. By contrast, photoplethysmography (PPG) provides easy-to-collect data, but its limited accuracy constrains its clinical usage. To combine the advantages of both signals, recent studies incorporate various deep learning techniques for the reconstruction of PPG signals to ECG; however, the lack of contextual information as well as the limited abilities to denoise biomedical signals ultimately constrain model performance. In this research, we propose Performer, a novel Transformer-based architecture that reconstructs ECG from PPG and combines the PPG and reconstructed ECG as multiple modalities for CVD detection. This method is the first time that Transformer sequence-to-sequence translation has been performed on biomedical waveform reconstruction, combining the advantages of both PPG and ECG. We also create Shifted Patch-based Attention (SPA), an effective method to encode/decode the biomedical waveforms. Through fetching the various sequence lengths and capturing cross-patch connections, SPA maximizes the signal processing for both local features and global contextual representations. The proposed architecture generates a state-of-the-art performance of 0.29 RMSE for the reconstruction of PPG to ECG on the BIDMC database, surpassing prior studies. We also evaluated this model on the MIMIC-III dataset, achieving a 95.9% accuracy in CVD detection, and on the PPG-BP dataset, achieving 75.9% accuracy in related CVD diabetes detection, indicating its generalizability. As a proof of concept, an earring wearable named PEARL (prototype), was designed to scale up the point-of-care (POC) healthcare system.
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The promise of Mobile Health (mHealth) is the ability to use wearable sensors to monitor participant physiology at high frequencies during daily life to enable temporally-precise health interventions. However, a major challenge is frequent missing data. Despite a rich imputation literature, existing techniques are ineffective for the pulsative signals which comprise many mHealth applications, and a lack of available datasets has stymied progress. We address this gap with PulseImpute, the first large-scale pulsative signal imputation challenge which includes realistic mHealth missingness models, an extensive set of baselines, and clinically-relevant downstream tasks. Our baseline models include a novel transformer-based architecture designed to exploit the structure of pulsative signals. We hope that PulseImpute will enable the ML community to tackle this significant and challenging task.
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目的:本文侧重于开发鲁棒和准确的加工解决方案,用于连续和较低的血压(BP)监测。在这方面,提出了一种基于深入的基于深度学习的框架,用于计算收缩和舒张BP上的低延迟,连续和无校准的上限和下界。方法:称为BP-Net,所提出的框架是一种新型卷积架构,可提供更长的有效内存,同时实现偶然拨号卷积和残留连接的卓越性能。利用深度学习的实际潜力在提取内在特征(深度特征)并增强长期稳健性,BP-Net使用原始的心电图(ECG)和光电觉体图(PPG)信号而无需提取任何形式的手工制作功能在现有解决方案中很常见。结果:通过利用最近文献中使用的数据集未统一和正确定义的事实,基准数据集由来自PhysoioNet获得的模拟I和MIMIC-III数据库构建。所提出的BP-Net是基于该基准数据集进行评估,展示了有希望的性能并显示出优异的普遍能力。结论:提出的BP-NET架构比规范复发网络更准确,增强了BP估计任务的长期鲁棒性。意义:建议的BP-NET架构解决了现有的BP估计解决方案的关键缺点,即,严重依赖于提取手工制作的特征,例如脉冲到达时间(PAT),以及;缺乏稳健性。最后,构造的BP-Net DataSet提供了一个统一的基础,用于评估和比较基于深度学习的BP估计算法。
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变形金刚占据了自然语言处理领域,最近影响了计算机视觉区域。在医学图像分析领域中,变压器也已成功应用于全栈临床应用,包括图像合成/重建,注册,分割,检测和诊断。我们的论文旨在促进变压器在医学图像分析领域的认识和应用。具体而言,我们首先概述了内置在变压器和其他基本组件中的注意机制的核心概念。其次,我们回顾了针对医疗图像应用程序量身定制的各种变压器体系结构,并讨论其局限性。在这篇综述中,我们调查了围绕在不同学习范式中使用变压器,提高模型效率及其与其他技术的耦合的关键挑战。我们希望这篇评论可以为读者提供医学图像分析领域的读者的全面图片。
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对应用深神网络自动解释和分析12铅心电图(ECG)的兴趣增加了。机器学习方法的当前范例通常受到标记数据量的限制。对于临床上的数据,这种现象尤其有问题,在该数据中,根据所需的专业知识和人类努力,规模标签可能是耗时且昂贵的。此外,深度学习分类器可能容易受到对抗性例子和扰动的影响,例如在医疗,临床试验或保险索赔的背景下应用时,可能会带来灾难性的后果。在本文中,我们提出了一种受生理启发的数据增强方法,以提高性能并根据ECG信号提高心脏病检测的鲁棒性。我们通过将数据分布驱动到瓦斯坦斯坦空间中的大地测量中的其他类别来获得增强样品。为了更好地利用领域特定的知识,我们设计了一个基础指标,该指标识别基于生理确定的特征的ECG信号之间的差异。从12铅ECG信号中学习,我们的模型能够区分五种心脏条件。我们的结果表明,准确性和鲁棒性的提高,反映了我们数据增强方法的有效性。
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Time series anomaly detection has applications in a wide range of research fields and applications, including manufacturing and healthcare. The presence of anomalies can indicate novel or unexpected events, such as production faults, system defects, or heart fluttering, and is therefore of particular interest. The large size and complex patterns of time series have led researchers to develop specialised deep learning models for detecting anomalous patterns. This survey focuses on providing structured and comprehensive state-of-the-art time series anomaly detection models through the use of deep learning. It providing a taxonomy based on the factors that divide anomaly detection models into different categories. Aside from describing the basic anomaly detection technique for each category, the advantages and limitations are also discussed. Furthermore, this study includes examples of deep anomaly detection in time series across various application domains in recent years. It finally summarises open issues in research and challenges faced while adopting deep anomaly detection models.
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与卷积神经网络(CNN)相比,视觉变压器(VIT)正在变得越来越流行和主导技术。作为计算机视觉中苛刻的技术,VIT已成功解决了各种视觉问题,同时着眼于远程关系。在本文中,我们首先介绍自我注意机制的基本概念和背景。接下来,我们提供了最新表现最好的VIT方法的全面概述,该方法在强度和弱点,计算成本以及培训和测试数据集方面描述。我们彻底比较了流行基准数据集上各种VIT算法和大多数代表性CNN方法的性能。最后,我们通过有见地的观察来探索一些局限性,并提供进一步的研究方向。项目页面以及论文集可通过https://github.com/khawar512/vit-survey获得
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在过去的几年中,卷积神经网络(CNN),尤其是U-NET,一直是医学图像处理时代的流行技术。具体而言,开创性的U-NET及其替代方案成功地设法解决了各种各样的医学图像分割任务。但是,这些体系结构在本质上是不完美的,因为它们无法表现出长距离相互作用和空间依赖性,从而导致具有可变形状和结构的医学图像分割的严重性能下降。针对序列到序列预测的初步提议的变压器已成为替代体系结构,以精确地模拟由自我激进机制辅助的全局信息。尽管设计了可行的设计,但利用纯变压器来进行图像分割目的,可能导致限制的定位容量,导致低级功能不足。因此,一系列研究旨在设计基于变压器的U-NET的强大变体。在本文中,我们提出了Trans-Norm,这是一种新型的深层分割框架,它随同将变压器模块合并为标准U-NET的编码器和跳过连接。我们认为,跳过连接的方便设计对于准确的分割至关重要,因为它可以帮助扩展路径和收缩路径之间的功能融合。在这方面,我们从变压器模块中得出了一种空间归一化机制,以适应性地重新校准跳过连接路径。对医学图像分割的三个典型任务进行了广泛的实验,证明了透气的有效性。代码和训练有素的模型可在https://github.com/rezazad68/transnorm上公开获得。
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心电图(ECG)是用于监测心脏电信号和评估其功能的最常见和常规诊断工具。人心脏可能患有多种疾病,包括心律不齐。心律不齐是一种不规则的心律,在严重的情况下会导致心脏中风,可以通过ECG记录诊断。由于早期发现心律不齐非常重要,因此在过去的几十年中,计算机化和自动化的分类以及这些异常心脏信号的识别引起了很多关注。方法:本文引入了一种轻度的深度学习方法,以高精度检测8种不同的心律不齐和正常节奏。为了利用深度学习方法,将重新采样和基线徘徊清除技术应用于ECG信号。在这项研究中,将500个样本ECG段用作模型输入。节奏分类是通过11层网络以端到端方式完成的,而无需手工制作的手动功能提取。结果:为了评估提出的技术,从两个Physionet数据库,MIT-BIH心律失常数据库和长期AF数据库中选择了ECG信号。基于卷积神经网络(CNN)和长期记忆(LSTM)的组合,提出的深度学习框架比大多数最先进的方法显示出令人鼓舞的结果。所提出的方法达到98.24%的平均诊断准确性。结论:成功开发和测试了使用多种心电图信号的心律失常分类的训练有素的模型。意义:由于本工作使用具有高诊断精度的光分类技术与其他值得注意的方法相比,因此可以在Holter Monitor设备中成功实施以进行心律失常检测。
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心血管疾病(CVD)是全球死亡的第一大原因。尽管有越来越多的证据表明心房颤动(AF)与各种CVD有着密切的关联,但这种心律不齐通常是使用心电图(ECG)诊断的,这是一种无风险,无侵入性和具有成本效益的工具。在任何威胁生命的疾病/疾病发展之前,不断和远程监视受试者的心电图信息迅速诊断和及时对AF进行预处理的潜力。最终,可以降低CVD相关的死亡率。在此手稿中,展示了体现可穿戴心电图设备,移动应用程序和后端服务器的个性化医疗系统的设计和实施。该系统不断监视用户的心电图信息,以提供个性化的健康警告/反馈。用户能够通过该系统与他们的配对健康顾问进行远程诊断,干预措施等。已经评估了实施的可穿戴ECG设备,并显示出极好的一致性(CVRMS = 5.5%),可接受的一致性(CVRMS = CVRMS = CVRMS = 12.1%),可忽略不计的RR间隙错误(<1.4%)。为了提高可穿戴设备的电池寿命,提出了使用ECG信号的准周期特征来实现压缩的有损压缩模式。与公认的架构相比,它在压缩效率和失真方面优于其他模式,并在MIT-BIH数据库中以ECG信号的某个PRD或RMSE达到了至少2倍的Cr。为了在拟议系统中实现自动化AF诊断/筛查,开发了基于重新系统的AF检测器。对于2017年Physionet CINC挑战的ECG记录,该AF探测器获得了平均测试F1 = 85.10%和最佳测试F1 = 87.31%,表现优于最先进。
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变形金刚在自然语言处理方面取得了巨大的成功。由于变压器中自我发挥机制的强大能力,研究人员为各种计算机视觉任务(例如图像识别,对象检测,图像分割,姿势估计和3D重建)开发了视觉变压器。本文介绍了有关视觉变形金刚的不同建筑设计和培训技巧(包括自我监督的学习)文献的全面概述。我们的目标是为开放研究机会提供系统的审查。
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可穿戴设备和医疗器互联网(IOMT)的最新发展允许实时监控和记录心电图(ECG)信号。然而,由于能量和内存约束,对ECG信号的连续监测在低功耗可穿戴设备中具有挑战性。因此,在本文中,我们提出了一种新颖和节能的方法,用于连续监测低功耗可穿戴设备的心脏。所提出的方法由三个不同的层组成:1)噪声/伪像检测层,以级别ECG信号的质量; 2)正常/异常拍摄分类层以检测心电图信号中的异常,3)异常搏动分类层以检测来自ECG信号的疾病。此外,分布式多输出卷积神经网络(CNN)架构用于降低边缘/云之间的能量消耗和等待时间。我们的方法论在众所周知的MIT-BIH心律失常数据集上达到了99.2%的准确性。 Real硬件的评估表明,我们的方法是适用于具有32KB最小RAM的设备。此外,与最先进的工作相比,所提出的方法可以获得7美元的能效。
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如今,人工智能(AI)已成为临床和远程医疗保健应用程序的基本组成部分,但是最佳性能的AI系统通常太复杂了,无法自我解释。可解释的AI(XAI)技术被定义为揭示系统的预测和决策背后的推理,并且在处理敏感和个人健康数据时,它们变得更加至关重要。值得注意的是,XAI并未在不同的研究领域和数据类型中引起相同的关注,尤其是在医疗保健领域。特别是,许多临床和远程健康应用程序分别基于表格和时间序列数据,而XAI并未在这些数据类型上进行分析,而计算机视觉和自然语言处理(NLP)是参考应用程序。为了提供最适合医疗领域表格和时间序列数据的XAI方法的概述,本文提供了过去5年中文献的审查,说明了生成的解释的类型以及为评估其相关性所提供的努力和质量。具体而言,我们确定临床验证,一致性评估,客观和标准化质量评估以及以人为本的质量评估作为确保最终用户有效解释的关键特征。最后,我们强调了该领域的主要研究挑战以及现有XAI方法的局限性。
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心血管疾病是世界各地最常见的死亡原因。为了检测和治疗心脏相关的疾病,需要连续血压(BP)监测以及许多其他参数。为此目的开发了几种侵入性和非侵入性方法。用于持续监测BP的医院中使用的大多数现有方法是侵入性的。相反,基于袖带的BP监测方法,可以预测收缩压(SBP)和舒张压(DBP),不能用于连续监测。几项研究试图从非侵​​入性可收集信号(例如光学肌谱(PPG)和心电图(ECG))预测BP,其可用于连续监测。在这项研究中,我们探讨了自动化器在PPG和ECG信号中预测BP的适用性。在12,000岁的MIMIC-II数据集中进行了调查,发现了一个非常浅的一维AutoEncoder可以提取相关功能,以预测与最先进的SBP和DBP在非常大的数据集上的性能。从模拟-II数据集的一部分的独立测试分别为SBP和DBP提供了2.333和0.713的MAE。在40个主题的外部数据集上,模型在MIMIC-II数据集上培训,分别为SBP和DBP提供2.728和1.166的MAE。对于这种情况来说,结果达到了英国高血压协会(BHS)A级并超越了目前文学的研究。
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心血管疾病(CVD)是一组心脏和血管疾病,是对人类健康最严重的危险之一,此类患者的数量仍在增长。早期,准确的检测在成功治疗和干预中起着关键作用。心电图(ECG)是识别各种心血管异常的金标准。在临床实践和当前大多数研究中,主要使用标准的12铅ECG。但是,使用较少的铅可以使ECG更加普遍,因为可以通过便携式或可穿戴设备来方便地记录它。在这项研究中,我们开发了一种新颖的深度学习系统,以仅使用三个ECG铅来准确识别多个心血管异常。
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对医疗保健监控的远程工具的需求从未如此明显。摄像机测量生命体征利用成像装置通过分析人体的图像来计算生理变化。建立光学,机器学习,计算机视觉和医学的进步这些技术以来的数码相机的发明以来已经显着进展。本文介绍了对生理生命体征的相机测量综合调查,描述了它们可以测量的重要标志和实现所做的计算技术。我涵盖了临床和非临床应用以及这些应用需要克服的挑战,以便从概念上推进。最后,我描述了对研究社区可用的当前资源(数据集和代码),并提供了一个全面的网页(https://cameravitals.github.io/),其中包含这些资源的链接以及其中引用的所有文件的分类列表文章。
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Astounding results from Transformer models on natural language tasks have intrigued the vision community to study their application to computer vision problems. Among their salient benefits, Transformers enable modeling long dependencies between input sequence elements and support parallel processing of sequence as compared to recurrent networks e.g., Long short-term memory (LSTM). Different from convolutional networks, Transformers require minimal inductive biases for their design and are naturally suited as set-functions. Furthermore, the straightforward design of Transformers allows processing multiple modalities (e.g., images, videos, text and speech) using similar processing blocks and demonstrates excellent scalability to very large capacity networks and huge datasets. These strengths have led to exciting progress on a number of vision tasks using Transformer networks. This survey aims to provide a comprehensive overview of the Transformer models in the computer vision discipline. We start with an introduction to fundamental concepts behind the success of Transformers i.e., self-attention, large-scale pre-training, and bidirectional feature encoding. We then cover extensive applications of transformers in vision including popular recognition tasks (e.g., image classification, object detection, action recognition, and segmentation), generative modeling, multi-modal tasks (e.g., visual-question answering, visual reasoning, and visual grounding), video processing (e.g., activity recognition, video forecasting), low-level vision (e.g., image super-resolution, image enhancement, and colorization) and 3D analysis (e.g., point cloud classification and segmentation). We compare the respective advantages and limitations of popular techniques both in terms of architectural design and their experimental value. Finally, we provide an analysis on open research directions and possible future works. We hope this effort will ignite further interest in the community to solve current challenges towards the application of transformer models in computer vision.
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就起搏器提供的信号(即,神心电图电测(EGM))和信号医生使用(即12-铅心电图(ECG))而言,存在差距以诊断出异常节律。因此,前者,即使远程传输,医生也不足以提供精确的诊断,更不用说更及时干预。为了缩短这种差距,并对即时响应不规则和不频繁的心室节律的即时反应进行启发式步骤,我们提出了一个新的框架被称为RT-RCG,以自动搜索(1)高效的深神经网络(DNN)结构和然后(2)相应的加速器,能够实现来自EGM信号的ECG信号的实时和高质量的重建。具体地,RT-RCG提出了一种针对EGM信号的ECG重建量身定制的新的DNN搜索空间,并结合了可分辨率的加速搜索(DAS)发动机,以有效地导航大而离散的加速器设计空间以产生优化的加速器。各种环境下的广泛实验和消融研究一致地验证了RT-RCG的有效性。据我们所知,RT-RCG是第一个利用神经结构搜索(NAS)来同时解决重建效能和效率的效率。
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心血管疾病是死亡率最严重的原因之一,每年在世界各地遭受沉重的生命。对血压的持续监测似乎是最可行的选择,但这需要一个侵入性的过程,带来了几层复杂性。这激发了我们开发一种通过使用光杀解功能图(PPG)信号的非侵入性方法来预测连续动脉血压(ABP)波形的方法。此外,我们探索了深度学习的优势,因为它可以通过使手工制作的功能计算无关紧要,这将使我们无法坚持理想形状的PPG信号,这是现有方法的缺点。因此,我们提出了一种基于深度学习的方法PPG2ABP,该方法可以从输入PPG信号中预测连续的ABP波形,平均绝对误差为4.604 mmHg,可保留一致的形状,大小和相位。但是,PPG2ABP的更惊人的成功事实证明,来自预测的ABP波形的DBP,MAP和SBP的计算值超过了几个指标下的现有作品,尽管没有明确培训PPG2ABP。
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以时间序列形式出现的信号测量是医疗机学习应用中使用的最常见数据类型之一。这样的数据集的大小通常很小,收集和注释昂贵,并且可能涉及隐私问题,这阻碍了我们培训用于生物医学应用的大型,最先进的深度学习模型的能力。对于时间序列数据,我们可以用来扩展数据集大小的数据增强策略套件受到维护信号的基本属性的限制。生成对抗网络(GAN)可以用作另一种数据增强工具。在本文中,我们提出了TTS-CGAN,这是一种基于变压器的条件GAN模型,可以在现有的多级数据集上进行训练,并生成特定于类的合成时间序列序列的任意长度。我们详细介绍了模型架构和设计策略。由我们的模型生成的合成序列与真实的序列无法区分,可以用来补充或替换相同类型的真实信号,从而实现了数据增强的目标。为了评估生成的数据的质量,我们修改小波相干度量指标,以比较两组信号之间的相似性,还可以进行案例研究,其中使用合成和真实数据的混合来训练深度学习模型用于序列分类。与其他可视化技术和定性评估方法一起,我们证明TTS-CGAN生成的合成数据类似于真实数据,并且我们的模型的性能优于为时间序列数据生成而构建的其他最先进的GAN模型。
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