经过培训的用于预测DNA序列细胞事件的深层神经网络已成为新兴工具，以帮助阐明全基因组关联研究中鉴定的关联的生物学机制。为了增强培训，在以前的工作中通常利用了多任务学习（MTL），因为事件模态或单元格类型需要多个培训网络。所有现有作品均采用一个简单的MTL框架，所有任务都共享一个单个特征提取网络。这种策略即使在一定程度上有效地导致了大量的负转移，这意味着存在大部分任务，通过MTL获得的模型的表现比单个任务学习差。已经开发了用于解决其他域中这种负转移的方法，例如计算机视觉。但是，这些方法通常很难扩展以处理大量任务。在本文中，我们提出了一个高度可扩展的任务分组框架，以通过仅共同培训彼此有益的共同培训任务来解决负面转移。所提出的方法利用与任务特定分类头相关的网络权重，可以通过一次性的所有任务进行联合培训来廉价获得。我们使用由367个表观遗传概况组成的数据集的结果证明了所提出的方法的有效性及其优于基线方法。

自动检测视网膜结构，例如视网膜血管（RV），凹起的血管区（FAZ）和视网膜血管连接（RVJ），对于了解眼睛的疾病和临床决策非常重要。在本文中，我们提出了一种新型的基于投票的自适应特征融合多任务网络（VAFF-NET），用于在光学相干性层析成像（OCTA）中对RV，FAZ和RVJ进行联合分割，检测和分类。提出了一个特定于任务的投票门模块，以适应并融合两个级别的特定任务的不同功能：来自单个编码器的不同空间位置的特征，以及来自多个编码器的功能。特别是，由于八八座图像中微脉管系统的复杂性使视网膜血管连接连接到分叉/跨越具有挑战性的任务的同时定位和分类，因此我们通过结合热图回归和网格分类来专门设计任务头。我们利用来自各种视网膜层的三个不同的\ textit {en face}血管造影，而不是遵循仅使用单个\ textit {en face}的现有方法。为了促进进一步的研究，已经发布了这些数据集的部分数据集，并已发布了公共访问：https：//github.com/imed-lab/vaff-net。

近年来，多任务学习在各种应用程序中都取得了巨大的成功。尽管这些年来，单个模型培训已承诺取得出色的成果，但它忽略了有价值的信息，这些信息可能有助于我们更好地估计一个指标。在与学习相关的任务下，多任务学习能够更好地概括模型。我们试图通过在相关任务和归纳转移学习之间共享功能来增强多任务模型的功能映射。此外，我们的兴趣是学习各种任务之间的任务关系，以从多任务学习中获得更好的收益。在本章中，我们的目标是可视化现有的多任务模型，比较其性能，用于评估多任务模型性能的方法，讨论在各个领域的设计和实施过程中所面临的问题，以及他们实现的优势和里程碑

组织学图像中核和腺体的实例分割是用于癌症诊断，治疗计划和生存分析的计算病理学工作流程中的重要一步。随着现代硬件的出现，大规模质量公共数据集的最新可用性以及社区组织的宏伟挑战已经看到了自动化方法的激增，重点是特定领域的挑战，这对于技术进步和临床翻译至关重要。在这项调查中，深入分析了过去五年（2017-2022）中发表的原子核和腺体实例细分的126篇论文，进行了深入分析，讨论了当前方法的局限性和公开挑战。此外，提出了潜在的未来研究方向，并总结了最先进方法的贡献。此外，还提供了有关公开可用数据集的概括摘要以及关于说明每种挑战的最佳性能方法的巨大挑战的详细见解。此外，我们旨在使读者现有研究的现状和指针在未来的发展方向上开发可用于临床实践的方法，从而可以改善诊断，分级，预后和癌症的治疗计划。据我们所知，以前没有工作回顾了朝向这一方向的组织学图像中的实例细分。

The International Workshop on Reading Music Systems (WoRMS) is a workshop that tries to connect researchers who develop systems for reading music, such as in the field of Optical Music Recognition, with other researchers and practitioners that could benefit from such systems, like librarians or musicologists. The relevant topics of interest for the workshop include, but are not limited to: Music reading systems; Optical music recognition; Datasets and performance evaluation; Image processing on music scores; Writer identification; Authoring, editing, storing and presentation systems for music scores; Multi-modal systems; Novel input-methods for music to produce written music; Web-based Music Information Retrieval services; Applications and projects; Use-cases related to written music. These are the proceedings of the 3rd International Workshop on Reading Music Systems, held in Alicante on the 23rd of July 2021.

本次调查绘制了用于分析社交媒体数据的生成方法的研究状态的广泛的全景照片（Sota）。它填补了空白，因为现有的调查文章在其范围内或被约会。我们包括两个重要方面，目前正在挖掘和建模社交媒体的重要性：动态和网络。社会动态对于了解影响影响或疾病的传播，友谊的形成，友谊的形成等，另一方面，可以捕获各种复杂关系，提供额外的洞察力和识别否则将不会被注意的重要模式。

同工型是从同一基因位点产生的MRNA，称为替代剪接。研究表明，超过95％的人类多外XEX基因经历了替代剪接。尽管mRNA序列的变化很少，但它们可能会对细胞功能和调节产生系统的影响。广泛报道了基因的同工型具有不同甚至对比的功能。大多数研究表明，替代剪接在人类健康和疾病中起着重要作用。尽管具有广泛的基因功能研究，但关于同工型功能的信息很少。最近，已经提出了一些基于多个实例学习的计算方法，用于使用基因函数和基因表达谱预测同工型函数。但是，由于缺乏标记的培训数据，他们的性能并不理想。另外，概率模型（例如条件随机场（CRF））已被用于建模同工型之间的关系。该项目使用所有数据和有价值的信息，例如同工型序列，表达曲线和基因本体论图，并提出了基于深神经网络的综合模型。 Uniprot基因本体论（GO）数据库用作基因函数的标准参考。 NCBI REFSEQ数据库用于提取基因和同工型序列，NCBI SRA数据库用于表达式配置文件数据。曲线下（ROC AUC）下的接收器操作特征区域和曲线下的Precision-Recall等指标用于测量预测准确性。

专门的基于变形金刚的模型（例如生物Biobert和Biomegatron）适用于基于公共可用的生物医学语料库的生物医学领域。因此，它们有可能编码大规模的生物学知识。我们研究了这些模型中生物学知识的编码和表示，及其支持癌症精度医学推断的潜在实用性 - 即，对基因组改变的临床意义的解释。我们比较不同变压器基线的性能；我们使用探测来确定针对不同实体的编码的一致性；我们使用聚类方法来比较和对比基因，变异，药物和疾病的嵌入的内部特性。我们表明，这些模型确实确实编码了生物学知识，尽管其中一些模型在针对特定任务的微调中丢失了。最后，我们分析了模型在数据集中的偏见和失衡方面的行为。

癌症亚型对于理解肿瘤的性质和提供合适的治疗至关重要。但是，现有的标签方法在医学上是有争议的，并驱动了从教学信号中取代的过程。此外，癌症遗传表达谱是高维，稀缺且具有复杂依赖性的，从而对现有的亚型模型构成了严重的挑战，以输出明智的聚类。在这项研究中，我们提出了一种新型的聚类方法，用于以无监督的方式利用遗传表达谱并区分亚型。所提出的方法自适应地学习了从表达概况的潜在表示对应的分类对应，该对应是通过模型输出的子类型输出。通过最大化问题 - 输入表达曲线和输出亚型之间的不可知论信息，我们的方法可以自动确定合适数量的亚型。通过实验，我们证明了我们提出的方法可以完善现有的有争议的标签，并且通过进一步的医学分析，这种改进被证明与癌症存活率有很高的相关性。

现在，我们目睹了深度学习方法在各种蛋白质（或数据集）中的重大进展。但是，缺乏评估不同方法的性能的标准基准，这阻碍了该领域的深度学习进步。在本文中，我们提出了一种称为PEER的基准，这是一种用于蛋白质序列理解的全面和多任务基准。 PEER提供了一组不同的蛋白质理解任务，包括蛋白质功能预测，蛋白质定位预测，蛋白质结构预测，蛋白质 - 蛋白质相互作用预测和蛋白质 - 配体相互作用预测。我们评估每个任务的不同类型的基于序列的方法，包括传统的特征工程方法，不同的序列编码方法以及大规模的预训练蛋白质语言模型。此外，我们还研究了这些方法在多任务学习设置下的性能。实验结果表明，大规模的预训练蛋白质语言模型可实现大多数单个任务的最佳性能，共同训练多个任务进一步提高了性能。该基准的数据集和源代码均可在https://github.com/deepgraphlearning/peer_benchmark上获得

Context-aware decision support in the operating room can foster surgical safety and efficiency by leveraging real-time feedback from surgical workflow analysis. Most existing works recognize surgical activities at a coarse-grained level, such as phases, steps or events, leaving out fine-grained interaction details about the surgical activity; yet those are needed for more helpful AI assistance in the operating room. Recognizing surgical actions as triplets of <instrument, verb, target> combination delivers comprehensive details about the activities taking place in surgical videos. This paper presents CholecTriplet2021: an endoscopic vision challenge organized at MICCAI 2021 for the recognition of surgical action triplets in laparoscopic videos. The challenge granted private access to the large-scale CholecT50 dataset, which is annotated with action triplet information. In this paper, we present the challenge setup and assessment of the state-of-the-art deep learning methods proposed by the participants during the challenge. A total of 4 baseline methods from the challenge organizers and 19 new deep learning algorithms by competing teams are presented to recognize surgical action triplets directly from surgical videos, achieving mean average precision (mAP) ranging from 4.2% to 38.1%. This study also analyzes the significance of the results obtained by the presented approaches, performs a thorough methodological comparison between them, in-depth result analysis, and proposes a novel ensemble method for enhanced recognition. Our analysis shows that surgical workflow analysis is not yet solved, and also highlights interesting directions for future research on fine-grained surgical activity recognition which is of utmost importance for the development of AI in surgery.

高通量药物筛查测定法的最新出现引发了机器学习方法的密集开发，包括预测癌细胞系对抗癌药物的敏感性的模型，以及用于生成潜在药物候选者的方法。然而，尚未全面探索具有特定特性的化合物产生具有特定特性和同时建模其功效的概念。为了满足这一需求，我们提出了Vadeers，这是一种基于各种自动编码器的药物功效估算推荐系统。化合物的产生是由具有半监视的高斯混合模型（GMM）的新型自动编码器进行的。先验定义了在潜在空间中的聚类，其中簇与特定的药物特性相关联。此外，Vadeers配备了单元线自动编码器和灵敏度预测网络。该模型结合了抗癌药物的微笑弦表示的数据，它们对蛋白激酶的抑制作用，细胞系生物学特征以及细胞系对药物的敏感性的测量。评估的Vadeers变体在真实和预测的药物敏感性估计之间达到了较高的R = 0.87 Pearson相关性。我们以一种方式训练GMM先验，使潜在空间中的簇通过其抑制作用对应于药物的预计聚类。我们表明，学到的潜在表示和新生成的数据点准确地反映了给定的聚类。总而言之，Vadeers提供了一种全面的药物和细胞系特性模型及其之间的关系，以及引导的新型化合物。

Wearable sensor-based human activity recognition (HAR) has emerged as a principal research area and is utilized in a variety of applications. Recently, deep learning-based methods have achieved significant improvement in the HAR field with the development of human-computer interaction applications. However, they are limited to operating in a local neighborhood in the process of a standard convolution neural network, and correlations between different sensors on body positions are ignored. In addition, they still face significant challenging problems with performance degradation due to large gaps in the distribution of training and test data, and behavioral differences between subjects. In this work, we propose a novel Transformer-based Adversarial learning framework for human activity recognition using wearable sensors via Self-KnowledgE Distillation (TASKED), that accounts for individual sensor orientations and spatial and temporal features. The proposed method is capable of learning cross-domain embedding feature representations from multiple subjects datasets using adversarial learning and the maximum mean discrepancy (MMD) regularization to align the data distribution over multiple domains. In the proposed method, we adopt the teacher-free self-knowledge distillation to improve the stability of the training procedure and the performance of human activity recognition. Experimental results show that TASKED not only outperforms state-of-the-art methods on the four real-world public HAR datasets (alone or combined) but also improves the subject generalization effectively.

病理诊所中癌症的诊断，预后和治疗性决策现在可以基于对多吉吉像素组织图像的分析，也称为全斜图像（WSIS）。最近，已经提出了深层卷积神经网络（CNN）来得出无监督的WSI表示。这些很有吸引力，因为它们不太依赖于繁琐的专家注释。但是，一个主要的权衡是，较高的预测能力通常以解释性为代价，这对他们的临床使用构成了挑战，通常通常期望决策中的透明度。为了应对这一挑战，我们提出了一个基于Deep CNN的手工制作的框架，用于构建整体WSI级表示。基于有关变压器在自然语言处理领域的内部工作的最新发现，我们将其过程分解为一个更透明的框架，我们称其为手工制作的组织学变压器或H2T。基于我们涉及各种数据集的实验，包括总共5,306个WSI，结果表明，与最近的最新方法相比，基于H2T的整体WSI级表示具有竞争性能，并且可以轻松用于各种下游分析任务。最后，我们的结果表明，H2T框架的最大14倍，比变压器模型快14倍。

多模式单细胞技术的最新进展已使从同一细胞中的多个OMICS数据同时采集，从而更深入地了解细胞状态和动力学。但是，从多模式数据，模拟模式之间的关系并更重要的是，将大量的单模式数据集纳入下游分析是一项挑战。为了应对这些挑战并相应地促进了多模式的单细胞数据分析，已经引入了三个关键任务：$ \ textit {模式预测} $，$ \ textit {modital {modital {modational conterative} $和$ \ textit {intimit {interion {intim interding} $。在这项工作中，我们提出了一个通用图形神经网络框架$ \ textit {scmognn} $来解决这三个任务，并表明$ \ textit {scmognn} $与最新的任务相比，在所有三个任务中都表现出了卓越的结果。艺术和传统方法。我们的方法是\ textit {模式预测}的整体排名的官方获奖者，来自神经2021竞赛\ footNote {\ url {https://openproblems.bio/neurips_2021/}}，我们的所有方法都已整合到我们的所有实现中舞蹈软件包\ footNote {\ url {https://github.com/omicsml/dance}}}。

在基因组生物学研究中，调节基因组建模是许多监管下游任务的重要课题，例如推动者分类，交易因子结合位点预测。核心问题是模拟监管元素如何相互交互及其跨不同小区类型的可变性。然而，目前的深度学习方法通​​常专注于建模固定的细胞类型集的基因组序列，并且不考虑多个调节元件之间的相互作用，使它们仅在训练集中的小区类型上表现良好，并且缺乏所需的概括生物学应用。在这项工作中，我们提出了一种简单但有效的方法，用于以多模态和自我监督的方式预先培训基因组数据，我们称之为Genebert。具体而言，我们同时服用1D基因组数据和2D矩阵（转录因子X区）作为输入，其中提出了三项预训练任务，以提高模型的鲁棒性和概括性。我们在ATAC-SEQ数据集上预先培训我们的模型，具有1700万基因组序列。我们在不同细胞类型中评估我们的Genebert关于监管下游任务，包括启动子分类，交易因子结合位点预测，疾病风险估计和剪接部位预测。广泛的实验证明了大型监管基因组学数据的多模态和自我监督的预培训的有效性。

多任务学习是一个框架，可执行多个学习任务以共享知识以提高其概括能力。虽然浅做多任务学习可以学习任务关系，但它只能处理预定义的功能。现代深度多任务学习可以共同学习潜在的功能和任务共享，但任务关系却很晦涩。同样，他们预先定义哪些层和神经元应该跨任务共享，并且不能适应地学习。为了应对这些挑战，本文提出了一个新的多任务学习框架，该框架通过补充现有浅层和深层多任务学习方案的强度，共同学习潜在特征和明确的任务关系。具体而言，我们建议将任务关系建模为任务输入梯度之间的相似性，并对它们的等效性进行理论分析。此外，我们创新地提出了一个多任务学习目标，该目标可以通过新的正规机明确学习任务关系。理论分析表明，由于提出的正常化程序，概括性误差已减少。在多个多任务学习和图像分类基准上进行的广泛实验证明了所提出的方法有效性，效率以及在学习任务关系模式中的合理性。

整合不同域的知识是人类学习的重要特征。学习范式如转移学习，元学习和多任务学习，通过利用新任务的先验知识，鼓励更快的学习和新任务的良好普遍来反映人类学习过程。本文提供了这些学习范例的详细视图以及比较分析。学习算法的弱点是另一个的力量，从而合并它们是文献中的一种普遍的特征。这项工作提供了对文章的文献综述，这些文章融合了两种算法来完成多个任务。这里还介绍了全球通用学习网络，在此介绍了元学习，转移学习和多任务学习的集合，以及一些开放的研究问题和未来研究的方向。

来自最近的研究的日益增长的证据意味着MicroRNA或miRNA可以作为各种复杂人类疾病中的生物标志物。由于湿实验室实验昂贵且耗时，MiRNA疾病协会预测的计算技术近年来引起了很多关注。数据稀缺是建立可靠机器学习模式的主要挑战之一。数据稀缺结合使用预先计算的手工制作输入功能导致了过度装备和数据泄漏的问题。我们通过提出一种基于新的多任务图卷积的方法来克服现有作品的局限性，我们称之为粘基。杀菌允许自动特征提取，同时将知识与五个异质生物信息来源（miRNA /疾病和蛋白质编码基因（PCG）之间的相互作用，多任务设置中的蛋白质编码基因，miRNA家族信息和病理学之间的相互作用。这是一种新颖的视角，并未在之前进行过。为了有效地测试我们模型的泛化能力，我们在标准基准数据集中构建了大规模实验，以及我们提出的更大的独立测试集和案例研究。杀螨物显示出在HMDDV2.0和HMDDV3.0数据集上的5倍CV评估中的至少3％，并且在较大独立的测试集上至少35％，并在最先进的方法上具有看不见的miRNA和疾病。我们分享我们的重复性和未来研究代码，以便在https://git.l3s.uni-hannover.de/dong/cmtt。

在过去的几十年中，人工智能领域大大进展，灵感来自生物学和神经科学领域的发现。这项工作的想法是由来自传入和横向/内部联系的人脑中皮质区域的自组织过程的过程启发。在这项工作中，我们开发了一个原始的脑激发神经模型，将自组织地图（SOM）和Hebbian学习在重新参与索马里（RESOM）模型中。该框架应用于多模式分类问题。与基于未经监督的学习的现有方法相比，该模型增强了最先进的结果。这项工作还通过在名为SPARP（自配置3D蜂窝自适应平台）的专用FPGA的平台上的模拟结果和硬件执行，演示了模型的分布式和可扩展性。头皮板可以以模块化方式互连，以支持神经模型的结构。这种统一的软件和硬件方法使得能够缩放处理并允许来自多个模态的信息进行动态合并。硬件板上的部署提供了在多个设备上并行执行的性能结果，通过专用串行链路在每个板之间的通信。由于多模式关联，所提出的统一架构，由RESOM模型和头皮硬件平台组成的精度显着提高，与集中式GPU实现相比，延迟和功耗之间的良好折衷。