在基因组生物学研究中，调节基因组建模是许多监管下游任务的重要课题，例如推动者分类，交易因子结合位点预测。核心问题是模拟监管元素如何相互交互及其跨不同小区类型的可变性。然而，目前的深度学习方法通​​常专注于建模固定的细胞类型集的基因组序列，并且不考虑多个调节元件之间的相互作用，使它们仅在训练集中的小区类型上表现良好，并且缺乏所需的概括生物学应用。在这项工作中，我们提出了一种简单但有效的方法，用于以多模态和自我监督的方式预先培训基因组数据，我们称之为Genebert。具体而言，我们同时服用1D基因组数据和2D矩阵（转录因子X区）作为输入，其中提出了三项预训练任务，以提高模型的鲁棒性和概括性。我们在ATAC-SEQ数据集上预先培训我们的模型，具有1700万基因组序列。我们在不同细胞类型中评估我们的Genebert关于监管下游任务，包括启动子分类，交易因子结合位点预测，疾病风险估计和剪接部位预测。广泛的实验证明了大型监管基因组学数据的多模态和自我监督的预培训的有效性。

Vision-Language Transformers can be learned without human labels (e.g. class labels, bounding boxes, etc). Existing work, whether explicitly utilizing bounding boxes or patches, assumes that the visual backbone must first be trained on ImageNet class prediction before being integrated into a multimodal linguistic pipeline. We show that this is not necessary and introduce a new model Vision-Language from Captions (VLC) built on top of Masked Auto-Encoders that does not require this supervision. In fact, in a head-to-head comparison between ViLT, the current state-of-the-art patch-based vision-language transformer which is pretrained with supervised object classification, and our model, VLC, we find that our approach 1. outperforms ViLT on standard benchmarks, 2. provides more interpretable and intuitive patch visualizations, and 3. is competitive with many larger models that utilize ROIs trained on annotated bounding-boxes.

变压器语言模型的大规模自我监督的预培训已经推进了自然语言处理领域，并在跨申请中显示了蛋白质和DNA的生物“语言”的承诺。学习使用大型基因组序列的DNA序列的有效表示可以通过转移学习加速基因调控模型的发展。然而，为了精确模拟特异性细胞类型的基因调节和功能，不仅需要考虑DNA核苷酸序列中包含的信息，这主要是细胞类型之间的不变性，还要考虑局部化学和结构“表观遗传状态”染色体在细胞类型之间变化。这里，我们引入来自变压器（BERT）模型的双向编码器表示，该模型基于DNA序列和配对的表观遗传状态输入来学习表示，我们称之为表观脑栓（或ebert）。我们在整个人类基因组中使用蒙面语言模型目标以及跨越127种细胞类型预先列车。通过与脑系统的合作伙伴关系，第一次培训这种复杂模型，首次通过与脑系统合作，其CS-1系统提供所有预训练实验。我们通过展示细胞类型特定的转录因子绑定预测任务的强大性能来显示Ebert的转移学习潜力。我们的微调模型超过了来自编码梦想基准的13个评估数据集中的4个艺术表现的状态，并在挑战排行榜上获得3号的整体排名。我们探讨了表观遗传数据和任务特定功能增强的如何纳入影响转移学习绩效。

由于文档的复杂布局，提取文档的信息是一项挑战。大多数以前的研究以一种自我监督的方式开发了多模式预训练的模型。在本文中，我们专注于包含文本和布局信息的单词块的嵌入学习，并提出UTEL，这是具有统一文本和布局预训练的语言模型。具体而言，我们提出了两个预训练任务：布局学习的周围单词预测（SWP），以及对识别不同单词块的单词嵌入（CWE）的对比度学习。此外，我们用1D剪裁的相对位置嵌入了常用的一维位置。这样，掩盖布局语言建模（MLLM）的联合训练和两个新提出的任务可以以统一的方式在语义和空间特征之间进行相互作用。此外，提议的UTEL可以通过删除1D位置嵌入，同时保持竞争性能来处理任意长度的序列。广泛的实验结果表明，UTEL学会了比以前在各种下游任务上的方法更好的联合表示形式，尽管不需要图像模式。代码可在\ url {https://github.com/taosong2019/utel}中获得。

随着变压器的发展，近年来预先训练的模型已经以突破性的步伐发展。他们在自然语言处理（NLP）和计算机视觉（CV）中主导了主流技术。如何将预训练适应视觉和语言（V-L）学习和改善下游任务绩效成为多模式学习的重点。在本文中，我们回顾了视力语言预训练模型（VL-PTMS）的最新进展。作为核心内容，我们首先简要介绍了几种方法，将原始图像和文本编码为单模式嵌入在预训练之前。然后，我们在建模文本和图像表示之间的相互作用时深入研究VL-PTM的主流体系结构。我们进一步提出了广泛使用的预训练任务，然后我们介绍了一些常见的下游任务。我们终于结束了本文，并提出了一些有前途的研究方向。我们的调查旨在为研究人员提供合成和指向相关研究的指针。

现有视觉语言预训练（VLP）方法主要依赖于配对的图像文本数据集，这些数据集由大量人类劳动注释，或者从互联网上爬行，然后是精心制作的数据清洁技术。为了减少对良好的图像文本对的依赖，有望直接利用仅大规模的仅文本和仅图像的语料库。本文提出了一种数据增强方法，即跨模式cutmix（CMC），用于在未配对的VLP中进行隐式跨模式对齐学习。具体而言，CMC将自然句子从文本视图转换为多模式视图，在该视图中，句子中的视觉词语单词被带有相似语义的各种图像贴片随机替换。拟议中的CMC有几个吸引人的礼节。首先，它增强了数据多样性，同时保持语义含义完好无损地解决了对齐数据稀缺的问题；其次，通过将跨模式噪声连接到单模式数据上，它指导模型以学习跨模态的令牌级相互作用，以更好地降级。此外，我们提出了一种名为VLMIXER的新的未配对VLP方法，该方法将CMC与对比度学习集成在一起，以将Uni-Mododal和多模式视图汇总在一起，以在不同模式之间进行更好的实例级别对齐。在五个下游任务上进行的广泛实验表明，VLMIXER可以超过以前最先进的未配对VLP方法。

在视觉上丰富的文件（VRD）上的结构化文本理解是文档智能的重要组成部分。由于VRD中的内容和布局的复杂性，结构化文本理解是一项有挑战性的任务。大多数现有的研究将此问题与两个子任务结尾：实体标记和实体链接，这需要整体地了解令牌和段级别的文档的上下文。但是，很少的工作已经关注有效地从不同层次提取结构化数据的解决方案。本文提出了一个名为structext的统一框架，它对于处理两个子任务是灵活的，有效的。具体地，基于变压器，我们引入了一个段令牌对齐的编码器，以处理不同粒度水平的实体标记和实体链接任务。此外，我们设计了一种具有三个自我监督任务的新型预训练策略，以学习更丰富的代表性。 Structext使用现有屏蔽的视觉语言建模任务和新句子长度预测和配对框方向任务，以跨文本，图像和布局结合多模态信息。我们评估我们在分段级别和令牌级别的结构化文本理解的方法，并表明它优于最先进的同行，在Funsd，Srie和Ephoie数据集中具有显着优越的性能。

由于其有效的模型架构以及大规模未标记的扫描/数字出生的文件的优势，在各种视觉上丰富的文档理解任务中已经证明了文本和布局的预先培训。我们提出了具有新的预培训任务的Layoutlmv2架构，以在单个多模态框架中模拟文本，布局和图像之间的交互。具体地，对于双流多模态变压器编码器，LayOutLMV2不仅使用现有屏蔽的视觉语言建模任务，还使用新的文本图像对齐和文本图像匹配任务，这使得它更好地捕获跨模块交互在预训练阶段。同时，它还将空间感知的自我注意机制集成到变压器架构中，以便模型可以完全理解不同文本块之间的相对位置关系。实验结果表明，LayoutLMV2优于大幅度的LayOutlm，并在大量下游的下游富有的文件理解任务中实现了新的最先进的结果，包括Funsd（0.7895 $ \至0.8420美元），电源线（0.9493 $ \至0.9601美元），Srie（0.9524 $ \至0.9781美元），Kleister-NDA（0.8340 $ \ 0.8520美元），RVL-CDIP（0.9443 $ \至0.9564美元），DOCVQA（0.7295 $ \至0.8672美元） 。我们使我们的模型和代码公开可用于\ url {https://aka.ms/layoutlmv2}。

Vision-and语言（VL）预培训已被证明对各种VL下游任务非常有效。虽然最近的工作表明，基于完全变换器的VL模型可以比以前的基于区域特征的方法更有效，但它们在下游任务上的性能通常显着降低。在本文中，我们呈现仪表〜（\ textbf {m} ultimodal \ textbf {e} nd-to-text \ textbf {t} ransform \ textbf {er}），我们通过它系统地调查如何设计和预先列车基于完全变换器的VL模型以端到端的方式。具体而言，我们将模型设计沿多个尺寸分析：视觉编码器（例如，剪辑 - vit，Swin变压器），文本编码器（例如，Roberta，Deberta），多模式融合（例如，合并注意力与共同关注），架构设计（例如，仅编码器与编码器 - 解码器）和预训练目标（例如，屏蔽图像建模）。我们对广泛的VL任务进行全面实验，并提供有关如何在保持快速推理速度的同时培训表演VL变压器的见解。值得注意的是，仪表〜使用仅使用4M图像进行预培训的VQAV2 TEST-STD设置的精度为77.64 \％，超过最先进的区域特征的VINVL模型+1.04 \％，以及优于以前最好的完全变换器的ALBEF模型+1.6 \％。

Large-scale pre-training methods of learning cross-modal representations on image-text pairs are becoming popular for vision-language tasks. While existing methods simply concatenate image region features and text features as input to the model to be pre-trained and use selfattention to learn image-text semantic alignments in a brute force manner, in this paper, we propose a new learning method Oscar 1 , which uses object tags detected in images as anchor points to significantly ease the learning of alignments. Our method is motivated by the observation that the salient objects in an image can be accurately detected, and are often mentioned in the paired text. We pre-train an Oscar model on the public corpus of 6.5 million text-image pairs, and fine-tune it on downstream tasks, creating new state-of-the-arts on six well-established vision-language understanding and generation tasks. 2

以前的视觉语言预训练模型主要构建具有令牌和对象（像素）的多模式输入，然后在它们之间执行交叉模式相互作用。我们认为，只有令牌和对象的输入限制了诸如短语到区域接地之类的高级语义对齐。同时，多层次对齐本质上是一致的，并且能够协同促进表示形式学习。因此，在本文中，我们建议学习视觉预训练（MVPTR）的多级语义一致性。在MVPTR中，我们遵循两种方式的嵌套结构，以引入概念为高级语义。为了简化从多模式多级输入的学习，我们的框架分为两个阶段，第一阶段着重于模式内多级表示学习，第二阶段通过粗粒和细粒度跨模态强化了跨模式的交互语义对齐任务。除了常用的图像文本匹配和掩盖语言模型任务外，我们还引入了第一阶段蒙版概念恢复任务以增强概念表示学习，第二阶段的另外两个任务在第二阶段中，以明确鼓励跨跨层次的多层次对准方式。我们的代码可在https://github.com/junction4nako/mvp_pytorch上找到。

事实证明，多模式文档预训练的模型在各种视觉上富裕的文档理解（VRDU）任务中非常有效。尽管现有的文档预先培训模型在VRDU的标准基准上取得了出色的性能，但它们建模和利用文档上的视觉和语言之间的互动的方式阻碍了他们无法获得更好的概括能力和更高的准确性。在这项工作中，我们主要从监督信号的角度研究了VRDU视觉联合表示学习的问题。具体而言，提出了一种称为BI-VLDOC的预训练范式，其中设计了双向视觉监督策略和视觉性混合注意机制，以完全探索并利用这两种方式之间的相互作用，以学习更强的交叉交叉方式 - 具有更丰富语义的模式文档表示。 Bi-Vldoc受益于学习丰富的跨模式文档表示形式，显着提高了三个广泛使用文档的最新性能，理解基准，包括形式的理解（从85.14％到93.44％），收据信息提取（从96.01％到97.84％）和文档分类（从96.08％到97.12％）。在文档视觉质量检查中，BI-VLDOC与以前的单个模型方法相比，实现了最先进的性能。

构建一个通用视频语言模型，用于解决各种视频理解任务（例如，文本视频检索，视频问答）是对机器学习领域的开放挑战。为了实现这一目标，最近的尝试训练模型，通常由单峰和跨模式的特征编码器组成，并具有受监督或成对的对比度的预文本任务。尽管提供了有吸引力的通用性，但最终的模型必须在效率和性能之间妥协。我们认为这些缺陷是由它们的预训练策略\ Textemdash引起的，它们不能很好地对齐和融合不同方式的特征。然后，我们将三叶草（一种相关的视频预培训方法）介绍给一个通用的视频语言模型，该模型用于解决既不效率也不妥协的多个视频理解任务。它通过新的三模式比对预训练任务来改善跨模式特征对齐和融合。此外，我们建议通过合并蒙面样品的学习和新颖的成对排名损失来增强三模式对齐。三叶草表现出了出色的一般性。它在多个下游任务上建立了新的最新技术，包括零射击和微调设置的三个检索任务，以及八个视频问答任务。代码和预培训模型将在https://github.com/leeyn-43/clover上发布。

Vision-Language预培训（VLP）旨在从图像文本对中学习多模态表示，并以微调方式为下游视觉语言任务服务。主导VLP模型采用CNN变压器架构，该架构将图像与CNN嵌入，然后使用变压器对齐图像和文本。视觉内容之间的视觉关系在图像理解中发挥着重要作用，并且是模态对齐学习的基本。然而，由于局部接受领域在建模远程依赖性方面的弱点，CNNS具有局限性。因此，在相同的变压器网络中封装了学习视觉关系和模态对齐的两个目标。这种设计可能通过忽略每个目标的专用特性来限制变压器中的模态对准学习。为了解决这个问题，我们提出了一个完全变压器视觉嵌入VLP，以更好地学习视觉关系，进一步促进模态对齐。具体地，我们提出了一个名为Domank跨性流量的度量（IMF），以测量视觉和语言模态之间的交互（即，互别互别）。我们还设计了一种名为Massed Featuber Resollion（MFR）的新型屏蔽优化机制，在变压器中进一步推广了模范间学习。据我们所知，这是第一项探索VLP中可视化特征学习的变压器的利益的研究。我们在广泛的视觉语言任务中验证了我们的方法，包括图像文本检索，视觉问题应答（VQA），视觉征求和视觉推理。我们的方法不仅优于最先进的VLP性能，而且还显示了对IMF度量的好处。

我们在这项研究中的目标是研究一个更现实的环境，在这种环境中，我们可以为细粒度的产品类别进行弱监督的多模式实例级产品检索。我们首先贡献了product1m数据集，并定义了两个实际实例级检索任务，以实现价格比较和个性化建议的评估。对于两个实例级任务，如何准确地指出视觉语言数据中提到的产品目标并有效地降低了无关紧要的内容的影响非常具有挑战性。为了解决这个问题，我们利用训练一个更有效的跨模式与模型，该模型能够自适应地能够通过使用一个实体图，其节点和边缘分别表示实体和相似性，从而可以从多模式数据中合并来自多模式数据的关键概念信息。实体。具体而言，为实例级别的商品检索提出了一种新型的实体图增强的跨模式预处理（EGE-CMP）模型，该模型明确地将基于节点的基于节点的基于节点和子图的方式显式地注入实体知识。自我监管的混合流变压器可以减少不同对象内容之间的混淆，从而有效地指导网络专注于具有真实语义的实体。实验结果很好地验证了我们的EGE-CMP的功效和概括性，表现优于几个SOTA跨模式基线，例如夹子，Uniter和Capture。

Alignment between image and text has shown promising improvements on patch-level pre-trained document image models. However, investigating more effective or finer-grained alignment techniques during pre-training requires a large amount of computation cost and time. Thus, a question naturally arises: Could we fine-tune the pre-trained models adaptive to downstream tasks with alignment objectives and achieve comparable or better performance? In this paper, we propose a new model architecture with alignment-enriched tuning (dubbed AETNet) upon pre-trained document image models, to adapt downstream tasks with the joint task-specific supervised and alignment-aware contrastive objective. Specifically, we introduce an extra visual transformer as the alignment-ware image encoder and an extra text transformer as the alignment-ware text encoder before multimodal fusion. We consider alignment in the following three aspects: 1) document-level alignment by leveraging the cross-modal and intra-modal contrastive loss; 2) global-local alignment for modeling localized and structural information in document images; and 3) local-level alignment for more accurate patch-level information. Experiments on various downstream tasks show that AETNet can achieve state-of-the-art performance on various downstream tasks. Notably, AETNet consistently outperforms state-of-the-art pre-trained models, such as LayoutLMv3 with fine-tuning techniques, on three different downstream tasks.

蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）对于许多生物过程至关重要，其中两种或更多种蛋白质物理地结合在一起以实现其功能。建模PPI对许多生物医学应用有用，例如疫苗设计，抗体治疗和肽药物发现。预先训练蛋白质模型以学习有效的代表对于PPI至关重要。对于PPI的大多数预训练模型是基于序列的，这是基于序列的，该模型是基于氨基酸序列的自然语言处理中使用的语言模型。更先进的作品利用结构感知的预训练技术，利用已知蛋白质结构的联系地图。然而，既不是序列和联系地图都可以完全表征蛋白质的结构和功能，这与PPI问题密切相关。灵感来自这种洞察力，我们提出了一种具有三种方式的多模式蛋白质预训练模型：序列，结构和功能（S2F）。值得注意的是，而不是使用联系地图来学习氨基酸水平刚性结构，而是用重度原子的点云的拓扑复合物编码结构特征。它允许我们的模型不仅仅是基于底部的结构信息，还可以了解侧链。此外，我们的模型包括从文献或手动注释中提取的蛋白质的功能描述中的知识。我们的实验表明，S2F学习蛋白质嵌入物，在包括各种PPI，包括跨物种PPI，抗体 - 抗原亲和预测，抗体中和对SARS-COV-2的抗体中和预测的蛋白质嵌入，以及突变驱动的结合亲和力变化预测。

视觉问题应答（VQA）任务利用视觉图像和语言分析来回回答图像的文本问题。它是一个流行的研究课题，在过去十年中越来越多的现实应用。本文介绍了我们最近对AliceMind-MMU的研究（阿里巴巴的编码器 - 解码器来自Damo Academy - 多媒体理解的机器智能实验室），其比人类在VQA上获得相似甚至略微更好的结果。这是通过系统地改善VQA流水线来实现的，包括：（1）具有全面的视觉和文本特征表示的预培训; （2）与学习参加的有效跨模型互动; （3）一个新颖的知识挖掘框架，具有专门的专业专家模块，适用于复杂的VQA任务。处理不同类型的视觉问题，需要具有相应的专业知识在提高我们的VQA架构的表现方面发挥着重要作用，这取决于人力水平。进行了广泛的实验和分析，以证明新的研究工作的有效性。

与伯特（Bert）等语言模型相比，已证明知识增强语言表示的预培训模型在知识基础构建任务（即〜关系提取）中更有效。这些知识增强的语言模型将知识纳入预训练中，以生成实体或关系的表示。但是，现有方法通常用单独的嵌入表示每个实体。结果，这些方法难以代表播出的实体和大量参数，在其基础代币模型之上（即〜变压器），必须使用，并且可以处理的实体数量为由于内存限制，实践限制。此外，现有模型仍然难以同时代表实体和关系。为了解决这些问题，我们提出了一个新的预培训模型，该模型分别从图书中学习实体和关系的表示形式，并分别在文本中跨越跨度。通过使用SPAN模块有效地编码跨度，我们的模型可以代表实体及其关系，但所需的参数比现有模型更少。我们通过从Wikipedia中提取的知识图对我们的模型进行了预训练，并在广泛的监督和无监督的信息提取任务上进行了测试。结果表明，我们的模型比基线学习对实体和关系的表现更好，而在监督的设置中，微调我们的模型始终优于罗伯塔，并在信息提取任务上取得了竞争成果。

Learning fine-grained interplay between vision and language allows to a more accurate understanding for VisionLanguage tasks. However, it remains challenging to extract key image regions according to the texts for semantic alignments. Most existing works are either limited by textagnostic and redundant regions obtained with the frozen detectors, or failing to scale further due to its heavy reliance on scarce grounding (gold) data to pre-train detectors. To solve these problems, we propose Self-Locator Aided Network (SLAN) for cross-modal understanding tasks without any extra gold data. SLAN consists of a region filter and a region adaptor to localize regions of interest conditioned on different texts. By aggregating cross-modal information, the region filter selects key regions and the region adaptor updates their coordinates with text guidance. With detailed region-word alignments, SLAN can be easily generalized to many downstream tasks. It achieves fairly competitive results on five cross-modal understanding tasks (e.g., 85.7% and 69.2% on COCO image-to-text and text-to-image retrieval, surpassing previous SOTA methods). SLAN also demonstrates strong zero-shot and fine-tuned transferability to two localization tasks.