以图形为中心的人工智能（Graph AI）在建模自然界中普遍存在的相互作用系统（从生物学的动态系统到粒子物理学）方面取得了显着成功。数据的异质性的增加，需要对可以结合多种电感偏见的图形神经体系结构。但是，将来自各种来源的数据组合起来是具有挑战性的，因为适当的归纳偏差可能会因数据模式而异。多模式学习方法融合了多个数据模式，同时利用跨模式依赖性来应对这一挑战。在这里，我们调查了以图形为中心的AI的140项研究，并意识到，使用图越来越多地将各种数据类型汇集在一起​​，并将其馈入复杂的多模型模型。这些模型分为图像，语言和知识接地的多模式学习。我们提出了基于此分类的多模式图学习的算法蓝图。该蓝图是通过选择适当的四个不同组件来处理多模式数据的最先进架构的方法。这项工作可以为标准化精致的多模式体系结构的设计铺平道路，以解决高度复杂的现实世界问题。

生物医学网络是与疾病网络的蛋白质相互作用的普遍描述符，从蛋白质相互作用，一直到医疗保健系统和科学知识。随着代表学习提供强大的预测和洞察的显着成功，我们目睹了表现形式学习技术的快速扩展，进入了这些网络的建模，分析和学习。在这篇综述中，我们提出了一个观察到生物学和医学中的网络长期原则 - 而在机器学习研究中经常出口 - 可以为代表学习提供概念基础，解释其当前的成功和限制，并告知未来进步。我们综合了一系列算法方法，即在其核心利用图形拓扑到将网络嵌入到紧凑的向量空间中，并捕获表示陈述学习证明有用的方式的广度。深远的影响包括鉴定复杂性状的变异性，单细胞的异心行为及其对健康的影响，协助患者的诊断和治疗以及制定安全有效的药物。

最近，图形神经网络已成为机器学习界的热门话题。本文提出了基于SCOPUS，自2004年以来，GNN论文首次发布的基于GNNS研究的概述。该研究旨在评估总量和定性的GNN研究趋势。我们提供了研究，积极和有影响力的作者和机构，出版物来源，最具引用文件和热门话题的趋势。我们的调查表明，该领域中最常见的主题类别是计算机科学，工程，电信，语言学，运营研究和管理科学，信息科学和图书馆学，商业和经济学，自动化和控制系统，机器人和社会科学。此外，GNN出版物最具活跃的来源是计算机科学的讲义。最多产或有影响力的机构在美国，中国和加拿大发现。我们还提供必须阅读论文和未来方向。最后，图表卷积网络和注意机制的应用现在是GNN研究的热门话题。

Deep learning has revolutionized many machine learning tasks in recent years, ranging from image classification and video processing to speech recognition and natural language understanding. The data in these tasks are typically represented in the Euclidean space. However, there is an increasing number of applications where data are generated from non-Euclidean domains and are represented as graphs with complex relationships and interdependency between objects. The complexity of graph data has imposed significant challenges on existing machine learning algorithms. Recently, many studies on extending deep learning approaches for graph data have emerged. In this survey, we provide a comprehensive overview of graph neural networks (GNNs) in data mining and machine learning fields. We propose a new taxonomy to divide the state-of-the-art graph neural networks into four categories, namely recurrent graph neural networks, convolutional graph neural networks, graph autoencoders, and spatial-temporal graph neural networks. We further discuss the applications of graph neural networks across various domains and summarize the open source codes, benchmark data sets, and model evaluation of graph neural networks. Finally, we propose potential research directions in this rapidly growing field.

Graph Neural Networks (GNNs) are a family of graph networks inspired by mechanisms existing between nodes on a graph. In recent years there has been an increased interest in GNN and their derivatives, i.e., Graph Attention Networks (GAT), Graph Convolutional Networks (GCN), and Graph Recurrent Networks (GRN). An increase in their usability in computer vision is also observed. The number of GNN applications in this field continues to expand; it includes video analysis and understanding, action and behavior recognition, computational photography, image and video synthesis from zero or few shots, and many more. This contribution aims to collect papers published about GNN-based approaches towards computer vision. They are described and summarized from three perspectives. Firstly, we investigate the architectures of Graph Neural Networks and their derivatives used in this area to provide accurate and explainable recommendations for the ensuing investigations. As for the other aspect, we also present datasets used in these works. Finally, using graph analysis, we also examine relations between GNN-based studies in computer vision and potential sources of inspiration identified outside of this field.

分子表示学习（MRL）是建立机器学习与化学科学之间联系的关键步骤。特别是，它将分子编码为保留分子结构和特征的数值向量，在其上可以执行下游任务（例如，属性预测）。最近，MRL取得了相当大的进步，尤其是在基于深的分子图学习方法中。在这项调查中，我们系统地回顾了这些基于图的分子表示技术。具体而言，我们首先介绍2D和3D图分子数据集的数据和功能。然后，我们总结了专门为MRL设计的方法，并将其分为四种策略。此外，我们讨论了MRL支持的一些典型化学应用。为了促进该快速发展领域的研究，我们还列出了论文中的基准和常用数据集。最后，我们分享我们对未来研究方向的想法。

人工智能（AI）在过去十年中一直在改变药物发现的实践。各种AI技术已在广泛的应用中使用，例如虚拟筛选和药物设计。在本调查中，我们首先概述了药物发现，并讨论了相关的应用，可以减少到两个主要任务，即分子性质预测和分子产生。然后，我们讨论常见的数据资源，分子表示和基准平台。此外，为了总结AI在药物发现中的进展情况，我们介绍了在调查的论文中包括模型架构和学习范式的相关AI技术。我们预计本调查将作为有兴趣在人工智能和药物发现界面工作的研究人员的指南。我们还提供了GitHub存储库（HTTPS:///github.com/dengjianyuan/survey_survey_au_drug_discovery），其中包含文件和代码，如适用，作为定期更新的学习资源。

基于合并和处理对称信息的神经网络架构的几何深度学习（GDL）已经成为人工智能最近的范式。GDL在分子建模应用中具有特定的承诺，其中存在具有不同对称性和抽象水平的各种分子表示。本综述提供了分子GDL的结构化和协调概述，突出了其在药物发现，化学合成预测和量子化学中的应用。重点是学习的分子特征的相关性及其对成熟的分子描述符的互补性。本综述概述了当前的挑战和机会，并提出了用于分子科学GDL的未来的预测。

深度学习技术导致了通用对象检测领域的显着突破，近年来产生了很多场景理解的任务。由于其强大的语义表示和应用于场景理解，场景图一直是研究的焦点。场景图生成（SGG）是指自动将图像映射到语义结构场景图中的任务，这需要正确标记检测到的对象及其关系。虽然这是一项具有挑战性的任务，但社区已经提出了许多SGG方法并取得了良好的效果。在本文中，我们对深度学习技术带来了近期成就的全面调查。我们审查了138个代表作品，涵盖了不同的输入方式，并系统地将现有的基于图像的SGG方法从特征提取和融合的角度进行了综述。我们试图通过全面的方式对现有的视觉关系检测方法进行连接和系统化现有的视觉关系检测方法，概述和解释SGG的机制和策略。最后，我们通过深入讨论当前存在的问题和未来的研究方向来完成这项调查。本调查将帮助读者更好地了解当前的研究状况和想法。

近年来，随着新颖的策略和应用，神经网络一直在迅速扩展。然而，尽管不可避免地会针对关键应用程序来解决这些挑战，例如神经网络技术诸如神经网络技术中仍未解决诸如神经网络技术的挑战。已经尝试通过用符号表示来表示和嵌入域知识来克服神经网络计算中的挑战。因此，出现了神经符号学习（Nesyl）概念，其中结合了符号表示的各个方面，并将常识带入神经网络（Nesyl）。在可解释性，推理和解释性至关重要的领域中，例如视频和图像字幕，提问和推理，健康信息学和基因组学，Nesyl表现出了有希望的结果。这篇综述介绍了一项有关最先进的Nesyl方法的全面调查，其原理，机器和深度学习算法的进步，诸如Opthalmology之类的应用以及最重要的是该新兴领域的未来观点。

Proteins are fundamental biological entities that play a key role in life activities. The amino acid sequences of proteins can be folded into stable 3D structures in the real physicochemical world, forming a special kind of sequence-structure data. With the development of Artificial Intelligence (AI) techniques, Protein Representation Learning (PRL) has recently emerged as a promising research topic for extracting informative knowledge from massive protein sequences or structures. To pave the way for AI researchers with little bioinformatics background, we present a timely and comprehensive review of PRL formulations and existing PRL methods from the perspective of model architectures, pretext tasks, and downstream applications. We first briefly introduce the motivations for protein representation learning and formulate it in a general and unified framework. Next, we divide existing PRL methods into three main categories: sequence-based, structure-based, and sequence-structure co-modeling. Finally, we discuss some technical challenges and potential directions for improving protein representation learning. The latest advances in PRL methods are summarized in a GitHub repository https://github.com/LirongWu/awesome-protein-representation-learning.

本次调查绘制了用于分析社交媒体数据的生成方法的研究状态的广泛的全景照片（Sota）。它填补了空白，因为现有的调查文章在其范围内或被约会。我们包括两个重要方面，目前正在挖掘和建模社交媒体的重要性：动态和网络。社会动态对于了解影响影响或疾病的传播，友谊的形成，友谊的形成等，另一方面，可以捕获各种复杂关系，提供额外的洞察力和识别否则将不会被注意的重要模式。

自然语言处理（NLP）是一个人工智能领域，它应用信息技术来处理人类语言，在一定程度上理解并在各种应用中使用它。在过去的几年中，该领域已经迅速发展，现在采用了深层神经网络的现代变体来从大型文本语料库中提取相关模式。这项工作的主要目的是调查NLP在药理学领域的最新使用。正如我们的工作所表明的那样，NLP是药理学高度相关的信息提取和处理方法。它已被广泛使用，从智能搜索到成千上万的医疗文件到在社交媒体中找到对抗性药物相互作用的痕迹。我们将覆盖范围分为五个类别，以调查现代NLP方法论，常见的任务，相关的文本数据，知识库和有用的编程库。我们将这五个类别分为适当的子类别，描述其主要属性和想法，并以表格形式进行总结。最终的调查介绍了该领域的全面概述，对从业者和感兴趣的观察者有用。

场景图是一个场景的结构化表示，可以清楚地表达场景中对象之间的对象，属性和关系。随着计算机视觉技术继续发展，只需检测和识别图像中的对象，人们不再满足。相反，人们期待着对视觉场景更高的理解和推理。例如，给定图像，我们希望不仅检测和识别图像中的对象，还要知道对象之间的关系（视觉关系检测），并基于图像内容生成文本描述（图像标题）。或者，我们可能希望机器告诉我们图像中的小女孩正在做什么（视觉问题应答（VQA）），甚至从图像中移除狗并找到类似的图像（图像编辑和检索）等。这些任务需要更高水平的图像视觉任务的理解和推理。场景图只是场景理解的强大工具。因此，场景图引起了大量研究人员的注意力，相关的研究往往是跨模型，复杂，快速发展的。然而，目前没有对场景图的相对系统的调查。为此，本调查对现行场景图研究进行了全面调查。更具体地说，我们首先总结了场景图的一般定义，随后对场景图（SGG）和SGG的发电方法进行了全面和系统的讨论，借助于先验知识。然后，我们调查了场景图的主要应用，并汇总了最常用的数据集。最后，我们对场景图的未来发展提供了一些见解。我们相信这将是未来研究场景图的一个非常有帮助的基础。

The prediction of protein structures from sequences is an important task for function prediction, drug design, and related biological processes understanding. Recent advances have proved the power of language models (LMs) in processing the protein sequence databases, which inherit the advantages of attention networks and capture useful information in learning representations for proteins. The past two years have witnessed remarkable success in tertiary protein structure prediction (PSP), including evolution-based and single-sequence-based PSP. It seems that instead of using energy-based models and sampling procedures, protein language model (pLM)-based pipelines have emerged as mainstream paradigms in PSP. Despite the fruitful progress, the PSP community needs a systematic and up-to-date survey to help bridge the gap between LMs in the natural language processing (NLP) and PSP domains and introduce their methodologies, advancements and practical applications. To this end, in this paper, we first introduce the similarities between protein and human languages that allow LMs extended to pLMs, and applied to protein databases. Then, we systematically review recent advances in LMs and pLMs from the perspectives of network architectures, pre-training strategies, applications, and commonly-used protein databases. Next, different types of methods for PSP are discussed, particularly how the pLM-based architectures function in the process of protein folding. Finally, we identify challenges faced by the PSP community and foresee promising research directions along with the advances of pLMs. This survey aims to be a hands-on guide for researchers to understand PSP methods, develop pLMs and tackle challenging problems in this field for practical purposes.

深度学习属于人工智能领域，机器执行通常需要某种人类智能的任务。类似于大脑的基本结构，深度学习算法包括一种人工神经网络，其类似于生物脑结构。利用他们的感官模仿人类的学习过程，深入学习网络被送入（感官）数据，如文本，图像，视频或声音。这些网络在不同的任务中优于最先进的方法，因此，整个领域在过去几年中看到了指数增长。这种增长在过去几年中每年超过10,000多种出版物。例如，只有在医疗领域中的所有出版物中覆盖的搜索引擎只能在Q3 2020中覆盖所有出版物的子集，用于搜索术语“深度学习”，其中大约90％来自过去三年。因此，对深度学习领域的完全概述已经不可能在不久的将来获得，并且在不久的将来可能会难以获得难以获得子场的概要。但是，有几个关于深度学习的综述文章，这些文章专注于特定的科学领域或应用程序，例如计算机愿景的深度学习进步或在物体检测等特定任务中进行。随着这些调查作为基础，这一贡献的目的是提供对不同科学学科的深度学习的第一个高级，分类的元调查。根据底层数据来源（图像，语言，医疗，混合）选择了类别（计算机愿景，语言处理，医疗信息和其他工程）。此外，我们还审查了每个子类别的常见架构，方法，专业，利弊，评估，挑战和未来方向。

在三维分子结构上运行的计算方法有可能解决生物学和化学的重要问题。特别地，深度神经网络的重视，但它们在生物分子结构域中的广泛采用受到缺乏系统性能基准或统一工具包的限制，用于与分子数据相互作用。为了解决这个问题，我们呈现Atom3D，这是一个新颖的和现有的基准数据集的集合，跨越几个密钥的生物分子。我们为这些任务中的每一个实施多种三维分子学习方法，并表明它们始终如一地提高了基于单维和二维表示的方法的性能。结构的具体选择对于性能至关重要，具有涉及复杂几何形状的任务的三维卷积网络，在需要详细位置信息的系统中表现出良好的图形网络，以及最近开发的设备越多的网络显示出显着承诺。我们的结果表明，许多分子问题符合三维分子学习的增益，并且有可能改善许多仍然过分曝光的任务。为了降低进入并促进现场进一步发展的障碍，我们还提供了一套全面的DataSet处理，模型培训和在我们的开源ATOM3D Python包中的评估工具套件。所有数据集都可以从https://www.atom3d.ai下载。

Artificial intelligence (AI) in the form of deep learning bears promise for drug discovery and chemical biology, $\textit{e.g.}$, to predict protein structure and molecular bioactivity, plan organic synthesis, and design molecules $\textit{de novo}$. While most of the deep learning efforts in drug discovery have focused on ligand-based approaches, structure-based drug discovery has the potential to tackle unsolved challenges, such as affinity prediction for unexplored protein targets, binding-mechanism elucidation, and the rationalization of related chemical kinetic properties. Advances in deep learning methodologies and the availability of accurate predictions for protein tertiary structure advocate for a $\textit{renaissance}$ in structure-based approaches for drug discovery guided by AI. This review summarizes the most prominent algorithmic concepts in structure-based deep learning for drug discovery, and forecasts opportunities, applications, and challenges ahead.

3D空间中的空间结构对于确定分子特性是重要的。最近的论文使用几何深度学习来代表分子和预测性质。然而，这些论文在捕获输入原子的远程依赖性时在计算上昂贵;并且尚未考虑外部距离的不均匀性，因此未能学习不同尺度的上下文依赖表示。为了处理这些问题，我们引入了3D变压器，变压器的变型，用于结合3D空间信息的分子表示。 3D变压器在完全连接的图形上运行，在原子之间的直接连接。为了应对外部距离的不均匀性，我们开发了一种多尺度的自我关注模块，利用局部细粒度模式随着越来越多的上下文尺度来利用局部细粒度模式。由于不同尺寸的分子依赖于不同种类的空间特征，我们设计了一种自适应位置编码模块，用于针对小型和大分子采用不同的位置编码方法。最后，为了获得原子嵌入的分子表示，我们提出了一种殷勤最远的点采样算法，该算法在注意分数的帮助下选择一部分原子，克服虚拟节点的障碍和先前的距离 - 优势下采样方法。我们通过三个重要的科学域验证3D变压器：量子化学，物质科学和蛋白质组学。我们的实验表现出对晶体性能预测任务和蛋白质 - 配体结合亲和预测任务的最先进模型的显着改善，并且在量子化学分子数据集中显示了更好或更有竞争的性能。这项工作提供了明确的证据表明，生物化学任务可以从3D分子表示中获得一致的益处，不同的任务需要不同的位置编码方法。

在本文中，我们提供了针对深度学习（DL）模型的结构化文献分析，该模型用于支持癌症生物学的推论，并特别强调了多词分析。这项工作着重于现有模型如何通过先验知识，生物学合理性和解释性，生物医学领域的基本特性来解决更好的对话。我们讨论了DL模型的最新进化拱门沿整合先前的生物关系和网络知识的方向，以支持更好的概括（例如途径或蛋白质 - 蛋白质相互作用网络）和解释性。这代表了向模型的基本功能转变，该模型可以整合机械和统计推断方面。我们讨论了在此类模型中整合域先验知识的代表性方法。该论文还为解释性和解释性的当代方法提供了关键的看法。该分析指向编码先验知识和改善解释性之间的融合方向。