Tongue cancer is a common oral cavity malignancy that originates in the mouth and throat. Much effort has been invested in improving its diagnosis, treatment, and management. Surgical removal, chemotherapy, and radiation therapy remain the major treatment for tongue cancer. The survival of patients determines the treatment effect. Previous studies have identified certain survival and risk factors based on descriptive statistics, ignoring the complex, nonlinear relationship among clinical and demographic variables. In this study, we utilize five cutting-edge machine learning models and clinical data to predict the survival of tongue cancer patients after treatment. Five-fold cross-validation, bootstrap analysis, and permutation feature importance are applied to estimate and interpret model performance. The prognostic factors identified by our method are consistent with previous clinical studies. Our method is accurate, interpretable, and thus useable as additional evidence in tongue cancer treatment and management.
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最早的早期结肠直肠癌(CRC)患者可以单独通过手术治愈,只有某些高风险的早期CRC患者受益于佐剂化学疗法。然而,很少有验证的生物标志物可用于准确预测术后化疗的生存效果。我们开发了一种新的深度学习算法(CRCNET),使用来自分子和细胞肿瘤(MCO)的全滑动图像来预测II / III CRC中辅助化疗的存活效益。我们通过交叉验证和外部使用来自癌症基因组Atlas(TCGA)的独立队列的外部验证了CRCNet。我们表明,CRCNet不仅可以准确地预测生存预后,还可以进行佐剂化疗的治疗效果。 CRCNET鉴定了来自佐剂化疗的高危亚组益处,在化疗治疗的患者中,观察到辅助化疗最大而显着的存活率。相反,在CRCNET低和中风险亚组中观察到最小化疗益处。因此,CRCNET可能在阶段II / III CRC的指导治疗方面具有很大的用途。
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口服食物挑战(OFC)对于准确诊断患者的食物过敏至关重要。但是,患者不愿接受OFC,对于那些这样做的患者,在农村/社区医疗保健环境中,对过敏症患者的使用率有限。通过机器学习方法对OFC结果的预测可以促进在家中食品过敏原的删除,在OFC中改善患者和医师的舒适度,并通过最大程度地减少执行的OFC的数量来节省医疗资源。临床数据是从共同接受1,284个OFC的1,12例患者那里收集的,包括临床因素,包括血清特异性IgE,总IgE,皮肤刺测试(SPTS),症状,性别和年龄。使用这些临床特征,构建了机器学习模型,以预测花生,鸡蛋和牛奶挑战的结果。每种过敏原的最佳性能模型是使用凹入和凸内核(LUCCK)方法创建的,该方法在曲线(AUC)(AUC)下分别用于花生,鸡蛋和牛奶OFC预测为0.76、0.68和0.70, 。通过Shapley添加说明(SHAP)的模型解释表明,特定的IgE以及SPTS的Wheal和Flare值高度预测了OFC结果。该分析的结果表明,机器学习有可能预测OFC结果,并揭示了相关的临床因素进行进一步研究。
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已经开发了几种深度学习算法,以使用整个幻灯片图像(WSIS)预测癌症患者的存活。但是,WSI中与患者的生存和疾病进展有关的WSI中的图像表型对临床医生而言都是困难的,以及深度学习算法。用于生存预测的大多数基于深度学习的多个实例学习(MIL)算法使用顶级实例(例如Maxpooling)或顶级/底部实例(例如,Mesonet)来识别图像表型。在这项研究中,我们假设WSI中斑块得分分布的全面信息可以更好地预测癌症的生存。我们开发了一种基于分布的多构度生存学习算法(DeepDismisl)来验证这一假设。我们使用两个大型国际大型癌症WSIS数据集设计和执行实验-MCO CRC和TCGA Coad -Read。我们的结果表明,有关WSI贴片分数的分布的信息越多,预测性能越好。包括每个选定分配位置(例如百分位数)周围的多个邻域实例可以进一步改善预测。与最近发表的最新算法相比,DeepDismisl具有优越的预测能力。此外,我们的算法是可以解释的,可以帮助理解癌症形态表型与癌症生存风险之间的关系。
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组织病理学图像提供了癌症诊断的明确来源,其中包含病理学家用来识别和分类恶性疾病的信息,并指导治疗选择。这些图像包含大量信息,其中大部分目前不可用人类的解释。有监督的深度学习方法对于分类任务非常有力,但它们本质上受注释的成本和质量限制。因此,我们开发了组织形态表型学习,这是一种无监督的方法,它不需要注释,并且通过小图像瓷砖中的歧视性图像特征的自我发现进行操作。瓷砖分为形态上相似的簇,这些簇似乎代表了自然选择下出现的肿瘤生长的复发模式。这些簇具有不同的特征,可以使用正交方法识别。应用于肺癌组织,我们表明它们与患者的结局紧密保持一致,组织病理学识别的肿瘤类型和生长模式以及免疫表型的转录组度量。
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快速准确地检测该疾病可以大大帮助减少任何国家医疗机构对任何大流行期间死亡率降低死亡率的压力。这项工作的目的是使用新型的机器学习框架创建多模式系统,该框架同时使用胸部X射线(CXR)图像和临床数据来预测COVID-19患者的严重程度。此外,该研究还提出了一种基于nom图的评分技术,用于预测高危患者死亡的可能性。这项研究使用了25种生物标志物和CXR图像,以预测意大利第一波Covid-19(3月至6月2020年3月至6月)在930名Covid-19患者中的风险。提出的多模式堆叠技术分别产生了89.03%,90.44%和89.03%的精度,灵敏度和F1分数,以识别低风险或高危患者。与CXR图像或临床数据相比,这种多模式方法可提高准确性6%。最后,使用多元逻辑回归的列线图评分系统 - 用于对第一阶段确定的高风险患者的死亡风险进行分层。使用随机森林特征选择模型将乳酸脱氢酶(LDH),O2百分比,白细胞(WBC)计数,年龄和C反应蛋白(CRP)鉴定为有用的预测指标。开发了五个预测因素参数和基于CXR图像的列函数评分,以量化死亡的概率并将其分为两个风险组:分别存活(<50%)和死亡(> = 50%)。多模式技术能够预测F1评分为92.88%的高危患者的死亡概率。开发和验证队列曲线下的面积分别为0.981和0.939。
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背景:胸膜间皮瘤(PM)是一种不寻常的交叉肿瘤,迅速发展肺部胸膜癌症。胸腔间皮瘤是一种常见的间皮瘤,占每年在美国每年诊断的患儿诊断的75%的75%。诊断间皮瘤的诊断需要几个月,价格昂贵。鉴于与PM诊断相关的风险和限制,早期识别这种疾病对于患者健康至关重要。目的:在这项研究中,我们使用人工智能算法推荐最适合MPM的早期诊断和预后的最佳拟合模型。方法:我们回顾性地检索了DICE University,土耳其和应用多层射击(MLP),投票的感知者(vp),克罗尼分类器(CC),内核逻辑回归(KLR),随机梯度体面的SGD),自适应提升(Adaboost),Hoeffding树(VFDT)和支持向量机(S-PEGASOS)的原始估计子梯度求解器。我们根据各自的分类精度,F法测量,精度,召回,均方根误差,接收器特征曲线(ROC)和精密召回,使用与0.05的比较和测试使用配对T检验(校正)进行比较和测试。曲线(中国)。结果:在第1阶段,SGD,Adaboost。 M1,KLR,MLP,VFDT采用最高性能措施产生最佳效果。在第2阶段,Adaboost,分类精度为71.29%,表现优于所有其他算法。发现C-反应蛋白,血小板计数,症状持续时间,性别和胸膜蛋白是最相关的预测因子,可以预测间皮瘤。结论:本研究证实,从活检和想象测试中获得的数据是间皮瘤的强预测因子,但与高成本相关;然而,它们可以以最佳的准确性识别间皮瘤。
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Real-time individual endpoint prediction has always been a challenging task but of great clinic utility for both patients and healthcare providers. With 6,879 chronic kidney disease stage 4 (CKD4) patients as a use case, we explored the feasibility and performance of gated recurrent units with decay that models Weibull probability density function (GRU-D-Weibull) as a semi-parametric longitudinal model for real-time individual endpoint prediction. GRU-D-Weibull has a maximum C-index of 0.77 at 4.3 years of follow-up, compared to 0.68 achieved by competing models. The L1-loss of GRU-D-Weibull is ~66% of XGB(AFT), ~60% of MTLR, and ~30% of AFT model at CKD4 index date. The average absolute L1-loss of GRU-D-Weibull is around one year, with a minimum of 40% Parkes serious error after index date. GRU-D-Weibull is not calibrated and significantly underestimates true survival probability. Feature importance tests indicate blood pressure becomes increasingly important during follow-up, while eGFR and blood albumin are less important. Most continuous features have non-linear/parabola impact on predicted survival time, and the results are generally consistent with existing knowledge. GRU-D-Weibull as a semi-parametric temporal model shows advantages in built-in parameterization of missing, native support for asynchronously arrived measurement, capability of output both probability and point estimates at arbitrary time point for arbitrary prediction horizon, improved discrimination and point estimate accuracy after incorporating newly arrived data. Further research on its performance with more comprehensive input features, in-process or post-process calibration are warranted to benefit CKD4 or alike terminally-ill patients.
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对于头颈癌(HNC)患者管理,自动总肿瘤量(GTV)细分和准确的治疗前癌症复发预测对于协助医师设计个性化管理计划非常重要,这有可能改善治疗结果和治疗结果和HNC患者的生活质量。在本文中,我们基于HNC患者的组合预处理正电子发射断层扫描/计算机发射断层扫描(PET/CT)扫描,开发了一种自动原发性肿瘤(GTVP)和淋巴结(GTVN)分割方法。我们从分段的肿瘤体积中提取了放射素学特征,并构建了多模式肿瘤复发生存率(RFS)预测模型,该模型融合了预测由单独的CT放射线学,PET放射线学和临床模型融合在一起。我们进行了5倍的交叉验证,以训练和评估MICCAI 2022头和颈部肿瘤分割和结果预测挑战(Hecktor)数据集的方法。 GTVP和GTVN分割的测试队列的集合预测分别达到0.77和0.73,RFS预测的C-指数值为0.67。该代码公开可用(https://github.com/wangkaiwan/hecktor-2022-airt)。我们团队的名字叫艾特。
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临床笔记是健康记录的重要组成部分。本文评估了如何使用自然语言处理(NLP)来确定肿瘤患者急性护理使用(ACU)的风险,一旦化疗开始。使用结构化健康数据(SHD)的风险预测现在是标准的,但是使用自由文本格式的预测很复杂。本文探讨了自由文本注释用于预测ACU而不是SHD的使用。将深度学习模型与手动设计的语言功能进行了比较。结果表明,SHD模型最少胜过NLP模型。具有SHD的L1型逻辑回归的C统计量为0.748(95%-CI:0.735,0.762),而具有语言功能的相同模型达到0.730(95%-CI:0.717,0.745)和基于变形金属的模型模型达到了0.702(95%-CI:0.688,0.717)。本文展示了如何在临床应用中使用语言模型,并强调了不同患者群体的风险偏见如何不同,即使仅使用自由文本数据。
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肺癌是全球癌症死亡的主要原因,肺腺癌是最普遍的肺癌形式。 EGFR阳性肺腺癌已被证明对TKI治疗的反应率很高,这是肺癌分子测试的基本性质。尽管目前的指南考虑必要测试,但很大一部分患者并未常规化,导致数百万的人未接受最佳治疗肺癌。测序是EGFR突变分子测试的黄金标准,但是结果可能需要数周的时间才能回来,这在时间限制的情况下并不理想。能够快速,便宜地检测EGFR突变的替代筛查工具的开发,同时保存组织以进行测序可以帮助减少受比较治疗的患者的数量。我们提出了一种多模式方法,该方法将病理图像和临床变量整合在一起,以预测EGFR突变状态,迄今为止最大的临床队列中的AUC为84%。这样的计算模型可以以很少的额外成本进行大部分部署。它的临床应用可以减少中国接受亚最佳治疗的患者数量53.1%,在美国将高达96.6%的患者减少96.6%。
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目的:基于深度学习的放射素学(DLR)在医学图像分析中取得了巨大的成功,并被认为是依赖手工特征的常规放射线学的替代。在这项研究中,我们旨在探索DLR使用预处理PET/CT预测鼻咽癌(NPC)中5年无进展生存期(PFS)的能力。方法:总共招募了257名患者(内部/外部队列中的170/87),具有晚期NPC(TNM III期或IVA)。我们开发了一个端到端的多模式DLR模型,其中优化了3D卷积神经网络以从预处理PET/CT图像中提取深度特征,并预测了5年PFS的概率。作为高级临床特征,TNM阶段可以集成到我们的DLR模型中,以进一步提高预后性能。为了比较常规放射素学和DLR,提取了1456个手工制作的特征,并从54种特征选择方法和9种分类方法的54个交叉组合中选择了最佳常规放射线方法。此外,使用临床特征,常规放射线学签名和DLR签名进行风险组分层。结果:我们使用PET和CT的多模式DLR模型比最佳常规放射线方法获得了更高的预后性能。此外,多模式DLR模型仅使用PET或仅CT优于单模式DLR模型。对于风险组分层,常规的放射线学签名和DLR签名使内部和外部队列中的高风险患者群体之间有显着差异,而外部队列中的临床特征则失败。结论:我们的研究确定了高级NPC中生存预测的潜在预后工具,表明DLR可以为当前TNM分期提供互补值。
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细菌感染负责全球高死亡率。感染潜在的抗菌素耐药性,多方面的患者的临床状况会阻碍正确选择抗生素治疗。随机临床试验提供了平均治疗效果估计值,但对于治疗选择的风险分层和优化,即个性化治疗效果(ITE)并不理想。在这里,我们利用了从美国南部学术诊所收集的大规模电子健康记录数据,模仿临床试验,即“目标试验”,并为诊断患有急性细菌的患者开发了死亡率预测和ITE估计的机器学习模型皮肤和皮肤结构感染(ABSSI)是由于金黄色葡萄球菌(MRSA)引起的。 ABSSI-MRSA是一个充满挑战的疾病,治疗选择减少 - 万古霉素是首选的选择,但它具有不可忽略的副作用。首先,我们使用倾向评分匹配来模仿试验并创建随机治疗(万古霉素与其他抗生素)数据集。接下来,我们使用此数据来训练各种机器学习方法(包括增强/Lasso Logistic回归,支持向量机和随机森林),并通过引导验证选择接收器特征(AUC)下的面积最佳模型。最后,我们使用这些模型来计算ITE并通过改变治疗的变化来避免死亡。排出外测试表明,SVM和RF是最准确的,AUC分别为81%和78%,但BLR/Lasso不远(76%)。通过使用BLR/Lasso计算反事实,万古霉素增加了死亡的风险,但显示出很大的变化(优势比1.2,95%范围0.4-3.8),对结果概率的贡献是适度的。取而代之的是,RF在ITE中表现出更大的变化,表明更复杂的治疗异质性。
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如今,乳腺癌已成为近年来最突出的死亡原因之一。在所有恶性肿瘤中,这是全球妇女最常见和主要的死亡原因。手动诊断这种疾病需要大量的时间和专业知识。乳腺癌的检测是耗时的,并且可以通过开发基于机器的乳腺癌预测来减少疾病的传播。在机器学习中,系统可以从先前的实例中学习,并使用各种统计,概率和优化方法从嘈杂或复杂的数据集中找到难以检测的模式。这项工作比较了几种机器学习算法的分类准确性,精度,灵敏度和新近收集的数据集的特异性。在这种工作决策树,随机森林,逻辑回归,天真的贝叶斯和XGBoost中,已经实施了这五种机器学习方法,以在我们的数据集中获得最佳性能。这项研究的重点是找到最佳的算法,该算法可以预测乳腺癌,以最高的准确性。这项工作在效率和有效性方面评估了每种算法数据分类的质量。并与该领域的其他已发表工作相比。实施模型后,本研究达到了最佳模型准确性,在随机森林和XGBoost上达到94%。
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肾脏是人体的重要器官。它保持体内平衡并通过尿液去除有害物质。肾细胞癌(RCC)是肾癌最常见的形式。大约90%的肾脏癌归因于RCC。最有害的RCC类型是清晰的细胞肾细胞癌(CCRCC),占所有RCC病例的80%。需要早期和准确的CCRCC检测,以防止其他器官进一步扩散该疾病。在本文中,进行了详细的实验,以确定可以在不同阶段诊断CCRCC的重要特征。 CCRCC数据集从癌症基因组图集(TCGA)获得。考虑了从8种流行特征选择方法获得的特征顺序的新型相互信息和集合的特征排名方法。通过使用2个不同的分类器(ANN和SVM)获得的总体分类精度来评估所提出方法的性能。实验结果表明,所提出的特征排名方法能够获得更高的精度(分别使用SVM和NN分别使用SVM和NN),与现有工作相比,使用SVM和NN分别使用SVM和NN进行分类。还要注意的是,在现有TNM系统(由AJCC和UICC提出的)提到的3个区分特征中,我们提出的方法能够选择其中两个(肿瘤的大小,转移状态)作为顶部 - 大多数。这确立了我们提出的方法的功效。
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一个躺在胸腔里的心脏的四个基本腔腔对一个人的生存至关重要,但讽刺地证明是最脆弱的。心血管疾病(CVD)也通常被称为心脏病,在过去几十年中,人类在人类死亡原因中稳步发展。考虑到这一点统计,很明显,患有CVDS的患者需要快速且正确的诊断,以便于早期治疗来减少死亡的机会。本文试图利用提供的数据,以培训分类模型,如逻辑回归,k最近邻居,支持向量机,决策树,高斯天真贝叶斯,随机森林和多层感知(人工神经网络),最终使用柔软投票合奏技术,以便尽可能多地诊断。
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成像生物标志物提供了一种无创的方法来预测治疗前免疫疗法的反应。在这项工作中,我们提出了一种从卷积神经网络(CNN)计算出的新型深度放射素特征(DRF),该特征捕获了与免疫细胞标记和整体生存有关的肿瘤特征。我们的研究使用四个MRI序列(T1加权,T1加权后对比,T2加权和FLAIR),并具有151例脑肿瘤患者的相应免疫细胞标记。该方法通过在MRI扫描的标记肿瘤区域内聚集了预训练的3D-CNN的激活图,从而提取了180个DRF。这些功能提供了编码组织异质性的区域纹理的紧凑而有力的表示。进行了一组全面的实验,以评估所提出的DRF和免疫细胞标记之间的关系,并衡量它们与整体生存的关联。结果表明,DRF和各种标记之间存在很高的相关性,以及根据这些标记分组的患者之间的显着差异。此外,将DRF,临床特征和免疫细胞标记组合为随机森林分类器的输入有助于区分短期和长期生存结果,AUC为72 \%,P = 2.36 $ \ times $ 10 $^{ - 5} $。这些结果证明了拟议的DRF作为非侵入性生物标志物在预测脑肿瘤患者的治疗反应中的有用性。
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风险评分广泛用于临床决策,通常由逻辑回归模型产生。基于机器学习的方法可以很好地识别重要的预测因子,但这种“黑匣子”变量选择限制解释性,并且从单个模型评估的可变重要性可以偏置。我们提出了一种强大而可解释的可解释的可解释选择方法,使用最近开发的福利可变重要性云(福利维奇)占模型的可变性。我们的方法评估和可视化了深入推理和透明变量选择的总变量贡献,并过滤出非重要贡献者来简化模型构建步骤。我们从可变贡献中获得了一个集合变量排名,这很容易与自动化和模块化的风险分数发生器,自动摩托,以方便的实现。在对早期死亡或意外再入住的研究中,福糖选定了6个候选变量中的6个,以创建一个良好的性能,从机器学习的排名到一个16变量模型具有类似的性能。
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癌症护理中的治疗决策受到随机对照试验(RCT)的治疗效应估计的指导。 RCT估计在某个人群中,一种治疗与另一种治疗的平均效应。但是,治疗可能对人群中的每个患者都不同样有效。了解针对特定患者和肿瘤特征量身定制的治疗的有效性将实现个性化的治疗决策。通过平均RCT中不同患者亚组的结果来获得量身定制的治疗效果,需要大量的患者在所有相关亚组中具有足够的统计能力,以实现所有可能的治疗。美国癌症联合委员会(AJCC)建议研究人员开发结果预测模型(OPMS),以实现个性化治疗决策。 OPM有时称为风险模型或预后模型,使用患者和肿瘤特征来预测患者的结局,例如总体生存。假设这些预测对于使用“只有在OPM预测患者具有高复发风险的情况下开出化学疗法的规则”之类的规则,对治疗决策有用。 AJCC认识到可靠预测的重要性,发布了OPM的清单,以确保设计OPM设计的患者群体的可靠OPM预测准确性。但是,准确的结果预测并不意味着这些预测会产生良好的治疗决策。从这个角度来看,我们表明OPM依靠固定的治疗政策,这意味着被发现可以准确预测验证研究结果的OPM在用于治疗决策的情况下仍会导致患者伤害。然后,我们提供有关如何开发对个性化治疗决策有用的模型以及如何评估模型是否具有决策价值的指导。
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抗微生物抗性(AMR)是患者的风险和医疗保健系统的负担。但是,AMR测定通常需要几天。本研究为基于易于使用的临床和微生物预测因子,包括患者人口统计,医院住宿数据,诊断,临床特征以及微生物/抗微生物特征,以及仅使用微生物/抗微生物特征将这些模型与微生物/抗微生物特性进行基于幼稚抗体模型的模型的预测模型。在培养之前准确地预测阻力的能力可以向临床决策提供通知临床决策并缩短行动时间。这里采用的机器学习算法显示出改进的分类性能(接收器操作特性曲线0.88-0.89的区域)与使用飞利浦EICU研究所的6个生物和10个抗生素的接收器操作特征曲线0.86下的接收器下的面积为0.88-0.89)(ERI )数据库。该方法可以帮助指导抗菌治疗,目的是改善患者结果并减少不必要或无效抗生素的使用。
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