临床笔记是健康记录的重要组成部分。本文评估了如何使用自然语言处理（NLP）来确定肿瘤患者急性护理使用（ACU）的风险，一旦化疗开始。使用结构化健康数据（SHD）的风险预测现在是标准的，但是使用自由文本格式的预测很复杂。本文探讨了自由文本注释用于预测ACU而不是SHD的使用。将深度学习模型与手动设计的语言功能进行了比较。结果表明，SHD模型最少胜过NLP模型。具有SHD的L1型逻辑回归的C统计量为0.748（95％-CI：0.735，0.762），而具有语言功能的相同模型达到0.730（95％-CI：0.717，0.745）和基于变形金属的模型模型达到了0.702（95％-CI：0.688，0.717）。本文展示了如何在临床应用中使用语言模型，并强调了不同患者群体的风险偏见如何不同，即使仅使用自由文本数据。

Question: Can an encoder-decoder architecture pretrained on a large dataset of longitudinal electronic health records improves patient outcome predictions? Findings: In this prognostic study of 6.8 million patients, our denoising sequence-to-sequence prediction model of multiple outcomes outperformed state-of-the-art models scuh pretrained BERT on a broad range of patient outcomes, including intentional self-harm and pancreatic cancer. Meaning: Deep bidirectional and autoregressive representation improves patient outcome prediction.

与痴呆症相关的认知障碍（CI）在全球范围内影响超过5500万人，并且每3秒钟以一个新病例的速度迅速增长。随着临床试验反复出现的失败，早期诊断至关重要，但是在低水平和中等收入国家中，全球75％的痴呆症病例未被诊断为90％。众所周知，当前的诊断方法是复杂的，涉及对医学笔记，大量认知测试，昂贵的脑部扫描或脊柱液体测试的手动审查。与CI相关的信息经常在电子健康记录（EHR）中找到，并且可以为早期诊断提供重要线索，但是专家的手动审查是繁琐的，并且容易发生。该项目开发了一种新型的最新自动筛选管道，用于可扩展和高速发现EHR中的CI。为了了解EHR中复杂语言结构的语言环境，构建了一个8,656个序列的数据库，以训练基于注意力的深度学习自然语言处理模型以对序列进行分类。使用序列级别分类器开发了基于逻辑回归的患者级别预测模型。深度学习系统的精度达到了93％，AUC = 0.98，以识别其EHR中没有较早诊断，与痴呆有关的诊断代码或与痴呆有关的药物的患者。否则，这些患者将未被发现或检测到太晚。 EHR筛选管道已部署在Neurahealthnlp中，这是一种用于自动化和实时CI筛选的Web应用程序，只需将EHR上传到浏览器中即可。 Neurahealthnlp更便宜，更快，更容易获得，并且胜过当前的临床方法，包括基于文本的分析和机器学习方法。它使得早期诊断可在稀缺的医疗服务中可行，但可访问的互联网或蜂窝服务。

随着COVID-19现在普遍存在，对高危个体的识别至关重要。利用来自宾夕法尼亚州西南部主要医疗保健提供者的数据，我们开发了预测严重Covid-19进展的生存模型。在这项工作中，我们在依赖许多功能的更准确模型和依赖一些与临床医生直觉相一致的功能的模型之间面临一个权衡。使事情变得复杂，许多EHR功能往往较低，从而降低了较小模型的准确性。在这项研究中，我们开发了两组高性能风险评分：（i）由所有可用功能构建的无约束模型；（ii）在训练风险预测因子之前，在培训风险预测因子之前就学习一小部分临床概念的管道。学到的概念提高了相应特征（C-Index 0.858 vs. 0.844）的性能，并在评估样本外（随后的时间段）时证明了（i）的改进。我们的模型表现优于先前的工作（C-Index 0.844-0.872 vs. 0.598-0.810）。

人工智能（AI）系统在接下来的几十年中有很大的希望可以改善医疗保健。具体而言，利用多个数据源和输入模式的AI系统有望成为一种可行的方法，可以在广泛的应用程序中提供更准确的结果和可部署的管道。在这项工作中，我们提出并评估一个统一的医学中的整体AI（HAIM）框架，以促进利用多模式输入的AI系统的生成和测试。我们的方法使用可通用的数据预处理和机器学习建模阶段，可以很容易地适应医疗保健环境中的研究和部署。我们通过训练和表征基于MIMIC-IV-MM的14,324个独立模型来评估我们的HAIM框架，该模型是一种多模式临床数据库（n = 34,537个样本），其中包含7,279个独特的住院和6,485名患者，涵盖了4个数据模态的所有可能输入组合（即，所有可能的输入组合）表格，时间序列，文本和图像），11个独特的数据源和12个预测任务。我们表明，该框架可以始终如一地生产出在各种医疗保健示范中超过相似的单源方法的模型（乘以6-33％），包括10种不同的胸部病理学诊断，以及休息时间和48小时的死亡率预测。我们还使用Shapley值量化了每种模式和数据源的贡献，这证明了数据类型重要性的异质性以及在不同医疗保健相关的任务中多模式输入的必要性。我们的整体医学AI（HAIM）框架的可推广性能和灵活性可以为未来的临床和运营医疗环境中的多模式预测系统提供有希望的途径。

Tongue cancer is a common oral cavity malignancy that originates in the mouth and throat. Much effort has been invested in improving its diagnosis, treatment, and management. Surgical removal, chemotherapy, and radiation therapy remain the major treatment for tongue cancer. The survival of patients determines the treatment effect. Previous studies have identified certain survival and risk factors based on descriptive statistics, ignoring the complex, nonlinear relationship among clinical and demographic variables. In this study, we utilize five cutting-edge machine learning models and clinical data to predict the survival of tongue cancer patients after treatment. Five-fold cross-validation, bootstrap analysis, and permutation feature importance are applied to estimate and interpret model performance. The prognostic factors identified by our method are consistent with previous clinical studies. Our method is accurate, interpretable, and thus useable as additional evidence in tongue cancer treatment and management.

COVID-19的大流行造成了毁灭性的经济和社会破坏，使全球医疗机构的资源紧张。这导致全国范围内呼吁模型预测Covid-19患者的住院和严重疾病，以告知有限医疗资源的分配。我们回应针对儿科人群的其中一种。为了应对这一挑战，我们使用电子健康记录研究了针对儿科人群的两项预测任务：1）预测哪些儿童更有可能住院，而2）在住院儿童中，哪些孩子更有可能出现严重的症状。我们通过新颖的机器学习模型MEDML应对国家儿科Covid-19数据挑战。 MEDML根据超过600万个医学概念的医学知识和倾向得分提取了最预测的特征，并通过图神经网络（GNN）结合了异质医学特征之间的功能间关系。我们使用来自国家队列协作（N3C）数据集的数据评估了143,605名患者的MEDML，并在143,605名患者的住院预测任务中评估了严重性预测任务的11,465名患者。我们还报告了详细的小组级和个人级特征的重要性分析，以评估模型的解释性。与最佳的基线机器学习模型相比，MEDML的AUROC得分高达7％，AUPRC得分高达14％，并且自大流行以来的所有九个国家地理区域以及所有三个月的跨度都表现良好。我们的跨学科研究团队开发了一种将临床领域知识纳入新型机器学习模型的框架的方法，该框架比当前最新的数据驱动的功能选择方法更具预测性和可解释。

Real-time individual endpoint prediction has always been a challenging task but of great clinic utility for both patients and healthcare providers. With 6,879 chronic kidney disease stage 4 (CKD4) patients as a use case, we explored the feasibility and performance of gated recurrent units with decay that models Weibull probability density function (GRU-D-Weibull) as a semi-parametric longitudinal model for real-time individual endpoint prediction. GRU-D-Weibull has a maximum C-index of 0.77 at 4.3 years of follow-up, compared to 0.68 achieved by competing models. The L1-loss of GRU-D-Weibull is ~66% of XGB(AFT), ~60% of MTLR, and ~30% of AFT model at CKD4 index date. The average absolute L1-loss of GRU-D-Weibull is around one year, with a minimum of 40% Parkes serious error after index date. GRU-D-Weibull is not calibrated and significantly underestimates true survival probability. Feature importance tests indicate blood pressure becomes increasingly important during follow-up, while eGFR and blood albumin are less important. Most continuous features have non-linear/parabola impact on predicted survival time, and the results are generally consistent with existing knowledge. GRU-D-Weibull as a semi-parametric temporal model shows advantages in built-in parameterization of missing, native support for asynchronously arrived measurement, capability of output both probability and point estimates at arbitrary time point for arbitrary prediction horizon, improved discrimination and point estimate accuracy after incorporating newly arrived data. Further research on its performance with more comprehensive input features, in-process or post-process calibration are warranted to benefit CKD4 or alike terminally-ill patients.

大型和深度电子医疗保健记录（EHR）数据集的可用性有可能更好地了解现实世界中的患者旅行，并鉴定出新的患者亚组。基于ML的EHR数据集合主要是工具驱动的，即基于可用或新开发的方法的构建。但是，这些方法，它们的输入要求以及最重要的是，通常难以解释产量，尤其是没有深入的数据科学或统计培训。这危害了需要进行可行且具有临床意义的解释的最后一步。这项研究研究了使用大型EHR数据集和多种聚类方法进行临床研究的方法进行大规模进行患者分层分析的方法。我们已经开发了几种工具来促进无监督的患者分层结果的临床评估和解释，即模式筛查，元聚类，替代建模和策展。这些工具可以在分析中的不同阶段使用。与标准分析方法相比，我们证明了凝结结果并优化分析时间的能力。在元聚类的情况下，我们证明了患者簇的数量可以从72减少到3。在另一个分层的结果中，通过使用替代模型，我们可以迅速确定如果有血液钠测量值可用，则可以对心力衰竭患者进行分层。由于这是对所有心力衰竭患者进行的常规测量，因此表明数据偏差。通过使用进一步的队列和特征策展，可以去除这些患者和其他无关的特征以提高临床意义。这些示例显示了拟议方法的有效性，我们希望鼓励在该领域的进一步研究。

Objective: Social Determinants of Health (SDOH) influence personal health outcomes and health systems interactions. Health systems capture SDOH information through structured data and unstructured clinical notes; however, clinical notes often contain a more comprehensive representation of several key SDOH. The objective of this work is to assess the SDOH information gain achievable by extracting structured semantic representations of SDOH from the clinical narrative and combining these extracted representations with available structured data. Materials and Methods: We developed a natural language processing (NLP) information extraction model for SDOH that utilizes a deep learning entity and relation extraction architecture. In an electronic health record (EHR) case study, we applied the SDOH extractor to a large existing clinical data set with over 200,000 patients and 400,000 notes and compared the extracted information with available structured data. Results: The SDOH extractor achieved 0.86 F1 on a withheld test set. In the EHR case study, we found 19\% of current tobacco users, 10\% of drug users, and 32\% of homeless patients only include documentation of these risk factors in the clinical narrative. Conclusions: Patients who are at-risk for negative health outcomes due to SDOH may be better served if health systems are able to identify SDOH risk factors and associated social needs. Structured semantic representations of text-encoded SDOH information can augment existing structured, and this more comprehensive SDOH representation can assist health systems in identifying and addressing social needs.

慢性肾脏疾病（CKD）代表一种缓慢进行的疾病，最终可能需要肾脏替代疗法（RRT），包括透析或肾移植。例如，对需要RRT的患者（提前1年）的早期鉴定可以改善患者的预后，例如，通过允许更高质量的透析血管通道。因此，护理团队对RRT的需求的早期认识是成功管理该疾病的关键。不幸的是，目前没有常用的RRT启动预测工具。在这项工作中，我们提出了一种机器学习模型，该模型可以动态地识别有可能需要RRT的CKD患者，最多只使用索赔数据。为了评估该模型，我们研究了大约300万Medicare受益人，我们做出了超过800万个预测。我们表明该模型可以识别出超过90％敏感性和特异性的风险患者。尽管在准备临床使用之前需要进行其他工作，但本研究为筛查工具提供了一个基础，以在时间窗口内识别有风险的患者，以实现旨在改善RRT结果的早期主动干预措施。

医疗成果的预测模型对提高临床决策具有很强的希望。这些型号培训培训，诸如临床笔记的富患者数据，将许多患者信号汇总到结果预测中。然而，基于AI的临床模型通常是从​​初始循证药物（EBM）的突出范式的孤立的临床模型，其中医学决策是基于来自现有文献的明确证据。在这项工作中，我们介绍了帮助桥接ebm和基于AI的临床模型之间的这种差距的技术，并表明这些方法可以提高预测准确性。我们提出了一种新颖的系统，可根据重症监护（ICU）患者信息自动检索患者特异性文献，汇总相关文件并将其融合在内的内部录音，以形成结果预测。与强大的最近基线相比，我们的模型能够在三个具有挑战性的任务上提高预测准确性;对于住院医生的死亡率，我们能够通过超过25％的大幅度提高10％的精度。

基于变压器模型架构的最近深入学习研究在各种域和任务中展示了最先进的性能，主要是在计算机视觉和自然语言处理域中。虽然最近的一些研究已经实施了使用电子健康记录数据的临床任务的变压器，但它们的范围，灵活性和全面性有限。在本研究中，我们提出了一种灵活的基于变换器的EHR嵌入管道和预测模型框架，它引入了利用了医疗域唯一的数据属性的现有工作流程的几个新颖修改。我们展示了灵活设计的可行性，在重症监护病房的案例研究中，我们的模型准确地预测了七种临床结果，这些临床结果与多个未来的时间范围有关的入院和患者死亡率。

Electronic health records (EHR) offer unprecedented opportunities for in-depth clinical phenotyping and prediction of clinical outcomes. Combining multiple data sources is crucial to generate a complete picture of disease prevalence, incidence and trajectories. The standard approach to combining clinical data involves collating clinical terms across different terminology systems using curated maps, which are often inaccurate and/or incomplete. Here, we propose sEHR-CE, a novel framework based on transformers to enable integrated phenotyping and analyses of heterogeneous clinical datasets without relying on these mappings. We unify clinical terminologies using textual descriptors of concepts, and represent individuals' EHR as sections of text. We then fine-tune pre-trained language models to predict disease phenotypes more accurately than non-text and single terminology approaches. We validate our approach using primary and secondary care data from the UK Biobank, a large-scale research study. Finally, we illustrate in a type 2 diabetes use case how sEHR-CE identifies individuals without diagnosis that share clinical characteristics with patients.

Importance: Social determinants of health (SDOH) are known to be associated with increased risk of suicidal behaviors, but few studies utilized SDOH from unstructured electronic health record (EHR) notes. Objective: To investigate associations between suicide and recent SDOH, identified using structured and unstructured data. Design: Nested case-control study. Setting: EHR data from the US Veterans Health Administration (VHA). Participants: 6,122,785 Veterans who received care in the US VHA between October 1, 2010, and September 30, 2015. Exposures: Occurrence of SDOH over a maximum span of two years compared with no occurrence of SDOH. Main Outcomes and Measures: Cases of suicide deaths were matched with 4 controls on birth year, cohort entry date, sex, and duration of follow-up. We developed an NLP system to extract SDOH from unstructured notes. Structured data, NLP on unstructured data, and combining them yielded seven, eight and nine SDOH respectively. Adjusted odds ratios (aORs) and 95% confidence intervals (CIs) were estimated using conditional logistic regression. Results: In our cohort, 8,821 Veterans committed suicide during 23,725,382 person-years of follow-up (incidence rate 37.18 /100,000 person-years). Our cohort was mostly male (92.23%) and white (76.99%). Across the six common SDOH as covariates, NLP-extracted SDOH, on average, covered 84.38% of all SDOH occurrences. All SDOH, measured by structured data and NLP, were significantly associated with increased risk of suicide. The SDOH with the largest effects was legal problems (aOR=2.67, 95% CI=2.46-2.89), followed by violence (aOR=2.26, 95% CI=2.11-2.43). NLP-extracted and structured SDOH were also associated with suicide. Conclusions and Relevance: NLP-extracted SDOH were always significantly associated with increased risk of suicide among Veterans, suggesting the potential of NLP in public health studies.

如今，人工智能（AI）已成为临床和远程医疗保健应用程序的基本组成部分，但是最佳性能的AI系统通常太复杂了，无法自我解释。可解释的AI（XAI）技术被定义为揭示系统的预测和决策背后的推理，并且在处理敏感和个人健康数据时，它们变得更加至关重要。值得注意的是，XAI并未在不同的研究领域和数据类型中引起相同的关注，尤其是在医疗保健领域。特别是，许多临床和远程健康应用程序分别基于表格和时间序列数据，而XAI并未在这些数据类型上进行分析，而计算机视觉和自然语言处理（NLP）是参考应用程序。为了提供最适合医疗领域表格和时间序列数据的XAI方法的概述，本文提供了过去5年中文献的审查，说明了生成的解释的类型以及为评估其相关性所提供的努力和质量。具体而言，我们确定临床验证，一致性评估，客观和标准化质量评估以及以人为本的质量评估作为确保最终用户有效解释的关键特征。最后，我们强调了该领域的主要研究挑战以及现有XAI方法的局限性。

医院住宿时间（LOS）是最重要的医疗保健度量之一，反映了医院的服务质量，有助于改善医院调度和管理。LOS预测有助于成本管理，因为留在医院的患者通常在资源受到严重限制的情况下这样做。在这项研究中，我们通过机器学习和统计方法审查了LOS预测的论文。我们的文献综述考虑了对卒中患者LOS预测的研究研究。一些受访的研究表明，作者达成了相应的结论。例如，患者的年龄被认为是一些研究中卒中患者LOS的重要预测因子，而其他研究则认为年龄不是一个重要因素。因此，在该领域需要额外的研究以进一步了解卒中患者LOS的预测因子。

近年来，临床语言处理引起了很多关注，导致了新的模型或疾病表型，死亡率预测和其他任务的方法。不幸的是，这些方法中的许多方法都经过不同的实验设置（例如数据源，培训和测试拆分，指标，评估标准等）的测试，从而使其难以比较方法并确定最新方法。为了解决这些问题并促进可重复性和比较，我们通过一组四个临床语言理解任务，标准培训，开发，验证和测试集介绍了临床语言理解评估（线索）基准，从模拟数据以及软件中得出的测试集工具包。我们希望这些数据能够在方法之间进行直接比较，提高可重复性，并减少为这些临床语言理解任务开发新型模型或方法的进入的障碍。

电子健康记录（EHRS）在患者级别汇总了多种信息，并保留了整个时间内患者健康状况进化的轨迹代表。尽管此信息提供了背景，并且可以由医生利用以监控患者的健康并进行更准确的预后/诊断，但患者记录可以包含长期跨度的信息，这些信息与快速生成的医疗数据速率相结合，使临床决策变得更加复杂。患者轨迹建模可以通过以可扩展的方式探索现有信息来帮助，并可以通过促进预防医学实践来增强医疗保健质量。我们为建模患者轨迹提出了一种解决方案，该解决方案结合了不同类型的信息并考虑了临床数据的时间方面。该解决方案利用了两种不同的架构：一组支持灵活的输入功能集，以将患者的录取转换为密集的表示；以及在基于复发的架构中进行的第二次探索提取的入院表示，其中使用滑动窗口机制在子序列中处理患者轨迹。使用公开可用的模仿III临床数据库评估了开发的解决方案，以两种不同的临床结果，意外的患者再入院和疾病进展。获得的结果证明了第一个体系结构使用单个患者入院进行建模和诊断预测的潜力。虽然临床文本中的信息并未显示在其他现有作品中观察到的判别能力，但这可以通过微调临床模型来解释。最后，我们使用滑动窗口机制来表示基于序列的体系结构的潜力，以表示输入数据，从而获得与其他现有解决方案的可比性能。

最近显示外部眼睛照片显示出糖尿病性视网膜疾病和HBA1C升高的迹象。在本文中，我们评估外部眼睛照片是否包含有关其他系统性医疗状况的信息。我们开发了一个深度学习系统（DLS），该系统将外部眼睛的照片作为输入，并预测多个全身参数，例如与肝脏有关的参数（白蛋白，AST）；肾脏（EGFR使用无种族的2021 CKD-EPI肌酐方程，尿液ACR）；骨与矿物质（钙）;甲状腺（TSH）;和血数（HGB，WBC，血小板）。开发利用了49,015例糖尿病患者的151,237张图像，在加利福尼亚州洛杉矶县的11个地点接受糖尿病眼镜筛查。评估重点是9个预先指定的全身参数，并利用了3个验证集（a，b，c），涵盖了28,869名患有和没有糖尿病的患者，在加利福尼亚州洛杉矶县和大亚特兰大地区的3个独立地点进行了眼睛筛查。我们将结合了可用临床人口统计学变量的基线模型（例如年龄，性别，种族/种族，糖尿病年）进行了比较。相对于基线，DLS在检测AST> 36，钙<8.6，egfr <60，HGB <11，血小板<150，ACR> = 300和WBC <4时，在检测AST> 36，钙<8.6，Egfr <60，HGB <60，HGB <60，calcium <8.6，Egfr <60，calcium <8.6和wbc <4时，达到了统计学上的显着性能，并且类似于开发集的人口），其中DLS的AUC超过基线的AUC，增长了5.2-19.4％。在验证集B和C方面，与开发集相比，患者人群的差异很大，DLS的表现优于ACR> = 300的基线，而HGB <11升至7.3-13.2％。我们的发现提供了进一步的证据，表明外部眼睛照片包含跨越多器官系统的全身健康生物标志物。需要进一步的工作来研究这些生物标志物是否以及如何转化为临床影响。