评估成像中的乳腺癌风险仍然是一个主观过程,在该过程中,放射科医生采用计算机辅助检测(CAD)系统或定性视觉评估来估计乳房密度(PD)。更先进的机器学习(ML)模型已成为量化早期,准确和公平诊断的乳腺癌风险的最有希望的方法,但是医学研究中的这种模型通常仅限于小型单一机构数据。由于患者人口统计和成像特征可能在成像站点之间有很大差异,因此在单机构数据中训练的模型往往不会很好地概括。为了应对这个问题,提出了Mammodl,这是一种开源软件工具,利用UNET体系结构来准确估计乳腺PD和数字乳房X线摄影(DM)的复杂性。通过开放的联合学习(OpenFL)库,该解决方案可以在多个机构的数据集上进行安全培训。 Mammodl是一个比其前任更精简,更灵活的模型,由于对更大,更具代表性的数据集的支持培训,因此具有改进的概括。
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随着物联网,AI和ML/DL算法的出现,数据驱动的医疗应用已成为一种有前途的工具,用于从医学数据设计可靠且可扩展的诊断和预后模型。近年来,这引起了从学术界到工业的广泛关注。这无疑改善了医疗保健提供的质量。但是,由于这些基于AI的医疗应用程序在满足严格的安全性,隐私和服务标准(例如低延迟)方面的困难,因此仍然采用较差。此外,医疗数据通常是分散的和私人的,这使得在人群之间产生强大的结果具有挑战性。联邦学习(FL)的最新发展使得以分布式方式训练复杂的机器学习模型成为可能。因此,FL已成为一个积极的研究领域,尤其是以分散的方式处理网络边缘的医疗数据,以保护隐私和安全问题。为此,本次调查论文重点介绍了数据共享是重大负担的医疗应用中FL技术的当前和未来。它还审查并讨论了当前的研究趋势及其设计可靠和可扩展模型的结果。我们概述了FL将军的统计问题,设备挑战,安全性,隐私问题及其在医疗领域的潜力。此外,我们的研究还集中在医疗应用上,我们重点介绍了全球癌症的负担以及有效利用FL来开发计算机辅助诊断工具来解决这些诊断工具。我们希望这篇评论是一个检查站,以彻底的方式阐明现有的最新最新作品,并为该领域提供开放的问题和未来的研究指示。
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计算病理(CPATH)是一种具有关于组织病理研究的新兴领域,通过计算和分析组织载玻片的数字化高分辨率图像的处理算法。CPATH最近的深度学习的发展已经成功地利用了组织学图像中的原始像素数据的纯粹体积,以预测诊断域,预测,治疗敏感性和患者分层中的目标参数 - 覆盖新数据驱动的AI时代的承诺既组织病理学和肿瘤。使用作为燃料和作为发动机的燃料和AI的数据,CPATH算法准备好用于起飞和最终发射到临床和药物轨道中。在本文中,我们讨论了CPATH限制和相关挑战,使读者能够区分HIPE的希望,并为未来的研究提供指示,以克服这个崭露头角领域的一些主要挑战,以使其发射到两个轨道上。
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对于放射科医生和深度学习算法而言,MRI的早期前列腺癌检测和分期是极具挑战性的任务,但是向大型和多样化数据集学习的潜力仍然是提高其内部和整个诊所的概括能力的有希望的途径。为了对原型阶段算法进行此项启用,其中大多数现有研究仍然存在,在本文中,我们引入了一个灵活的联合学习框架,用于跨站点培训,验证和评估深前列腺癌检测算法。我们的方法利用了模型体系结构和数据的抽象表示,该表示允许使用NVFlare联合学习框架对未打磨的原型深度学习模型进行培训。我们的结果表明,使用专门的神经网络模型以及在加利福尼亚大学两家研究医院收集的专门神经网络模型以及不同的前列腺活检数据的前列腺癌检测和分类精度的提高,这证明了我们方法在适应不同数据集并改善MR-Biomarker发现的方法方面的功效。我们开源的FLTOOLS系统可以很容易地适应其他深度学习项目进行医学成像。
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机器学习和计算机视觉技术近年来由于其自动化,适合性和产生惊人结果的能力而迅速发展。因此,在本文中,我们调查了2014年至2022年之间发表的关键研究,展示了不同的机器学习算法研究人员用来分割肝脏,肝肿瘤和肝脉管结构的研究。我们根据感兴趣的组织(肝果,肝肿瘤或肝毒剂)对被调查的研究进行了划分,强调了同时解决多个任务的研究。此外,机器学习算法被归类为受监督或无监督的,如果属于某个方案的工作量很大,则将进一步分区。此外,对文献和包含上述组织面具的网站发现的不同数据集和挑战进行了彻底讨论,强调了组织者的原始贡献和其他研究人员的贡献。同样,在我们的评论中提到了文献中过度使用的指标,这强调了它们与手头的任务的相关性。最后,强调创新研究人员应对需要解决的差距的关键挑战和未来的方向,例如许多关于船舶分割挑战的研究的稀缺性以及为什么需要早日处理他们的缺席。
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肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的定量已被证明是乳腺癌患者预后的独立预测因子。通常,病理学家对含有tils的基质区域的比例进行估计,以获得TILS评分。乳腺癌(Tiger)挑战中肿瘤浸润淋巴细胞旨在评估计算机生成的TILS评分的预后意义,以预测作为COX比例风险模型的一部分的存活率。在这一挑战中,作为Tiager团队,我们已经开发了一种算法,以将肿瘤与基质与基质进行第一部分,然后将肿瘤散装区域用于TILS检测。最后,我们使用这些输出来生成每种情况的TILS分数。在初步测试中,我们的方法达到了肿瘤 - 细胞瘤的加权骰子评分为0.791,而淋巴细胞检测的FROC得分为0.572。为了预测生存,我们的模型达到了0.719的C索引。这些结果在老虎挑战的初步测试排行榜中获得了第一名。
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前列腺活检和图像引导的治疗程序通常是在与磁共振图像(MRI)的超声指导下进行的。准确的图像融合依赖于超声图像上前列腺的准确分割。然而,超声图像中降低的信噪比和工件(例如,斑点和阴影)限制了自动前列腺分割技术的性能,并将这些方法推广到新的图像域是本质上很难的。在这项研究中,我们通过引入一种新型的2.5D深神经网络来解决这些挑战,用于超声图像上的前列腺分割。我们的方法通过组合有监督的域适应技术和知识蒸馏损失,解决了转移学习和填充方法的局限性(即,在更新模型权重时,在更新模型权重时的性能下降)。知识蒸馏损失允许保留先前学习的知识,并在新数据集上的模型填充后降低性能下降。此外,我们的方法依赖于注意模块,该模块认为模型特征定位信息以提高分割精度。我们对一个机构的764名受试者进行了培训,并仅使用后续机构中的十个受试者对我们的模型进行了审核。我们分析了方法在三个大型数据集上的性能,其中包括来自三个不同机构的2067名受试者。我们的方法达到了平均骰子相似性系数(骰子)为$ 94.0 \ pm0.03 $,而Hausdorff距离(HD95)为2.28 $ mm $,在第一机构的独立受试者中。此外,我们的模型在其他两个机构的研究中都很好地概括了(骰子:$ 91.0 \ pm0.03 $; hd95:3.7 $ mm $ and Dice:$ 82.0 \ pm0.03 $; hd95 $; hd95:7.1 $ mm $)。
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心脏肿大确实是一种心脏肿大的医学疾病。如果早点被捕获,心脏肿大最好处理,因此早期发现至关重要。数十年来,胸部X射线是最常用的X射线照相检查之一,一直用于检测和可视化人体器官异常。 X射线也是心脏肿瘤的重要医学诊断工具。即使对于领域专家,将许多类型的疾病与X射线区分开是一项艰巨且耗时的任务。深度学习模型在大型数据集时也是最有效的,但是由于隐私问题,大型数据集在医疗行业内部很少可用。这项研究介绍了一种基于学习的基于学习的定制的u-NET模型,用于检测心脏肿瘤疾病。在训练阶段,使用了来自“ ChestX-Ray8”开源真实数据集的胸部X射线图像。为了减少计算时间,此模型在进行训练步骤之前,在进行数据预处理,图像改进,图像压缩和分类。这项工作使用胸部X射线图像数据集模拟并产生了94%的诊断准确性,灵敏度为96.2%,特异性为92.5%,这比先前培训的模型发现以识别心脏全肿瘤疾病。
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对从FFPE组织块制备的载玻片上切割的染色组织的光学显微镜检查是组织诊断的金标准。此外,任何病理学家的诊断能力和专业知识都取决于他们在常见和稀有变体形态上的直接经验。最近,深度学习方法已被用来成功显示此类任务的高度准确性。但是,获得专家级注释的图像是一项昂贵且耗时的任务,人为合成的组织学图像可能会非常有益。在这里,我们提出了一种方法,不仅可以生成组织学图像,从而重现普通疾病的诊断形态特征,而且还提供了产生新的和罕见形态的用户能力。我们的方法涉及开发一种生成的对抗网络模型,该模型综合了由类标签约束的病理图像。我们研究了该框架合成现实的前列腺和结肠组织图像的能力,并评估了这些图像在增强机器学习方法的诊断能力以及通过一组经验丰富的解剖病理学家的可用性方面的实用性。我们的框架生成的合成数据在训练深度学习模型中进行了类似于实际数据进行诊断。病理学家无法区分真实图像和合成图像,并显示出相似的前列腺癌分级的观察者间一致性。我们扩展了从结肠活检中显着复杂图像的方法,并表明也可以再现了此类组织中的复杂微环境。最后,我们介绍了用户通过简单的语义标签标记来生成深层组织学图像的能力。
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乳腺癌是女性可能发生的最严重的癌症之一。通过分析组织学图像(HIS)来自动诊断乳腺癌对患者及其预后很重要。他的分类为临床医生提供了对疾病的准确了解,并使他们可以更有效地治疗患者。深度学习(DL)方法已成功地用于各种领域,尤其是医学成像,因为它们有能力自动提取功能。这项研究旨在使用他的乳腺癌对不同类型的乳腺癌进行分类。在这项研究中,我们提出了一个增强的胶囊网络,该网络使用RES2NET块和四个额外的卷积层提取多尺度特征。此外,由于使用了小的卷积内核和RES2NET块,因此所提出的方法具有较少的参数。结果,新方法的表现优于旧方法,因为它会自动学习最佳功能。测试结果表明该模型的表现优于先前的DL方法。
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Data-driven Machine Learning has emerged as a promising approach for building accurate and robust statistical models from medical data, which is collected in huge volumes by modern healthcare systems. Existing medical data is not fully exploited by ML primarily because it sits in data silos and privacy concerns restrict access to this data. However, without access to sufficient data, ML will be prevented from reaching its full potential and, ultimately, from making the transition from research to clinical practice. This paper considers key factors contributing to this issue, explores how Federated Learning (FL) may provide a solution for the future of digital health and highlights the challenges and considerations that need to * Disclaimer: The opinions expressed herein are those of the authors and do not necessarily represent those of the institutions they are affiliated with, e.g. the U.S. Department of Health and Human Services or the National Institutes of Health. This is a pre-print version of https://www.nature.com/articles/s41746-020-00323-1 be addressed.
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机器学习和深度学习方法对医学的计算机辅助预测成为必需的,在乳房X光检查领域也具有越来越多的应用。通常,这些算法训练,针对特定任务,例如,病变的分类或乳房X乳线图的病理学状态的预测。为了获得患者的综合视图,随后整合或组合所有针对同一任务培训的模型。在这项工作中,我们提出了一种管道方法,我们首先培训一组个人,任务特定的模型,随后调查其融合,与标准模型合并策略相反。我们使用混合患者模型的深度学习模型融合模型预测和高级功能,以在患者水平上构建更强的预测因子。为此,我们提出了一种多分支深度学习模型,其跨不同任务和乳房X光检查有效地融合了功能,以获得全面的患者级预测。我们在公共乳房X线摄影数据,即DDSM及其策划版本CBIS-DDSM上培训并评估我们的全部管道,并报告AUC评分为0.962,以预测任何病变和0.791的存在,以预测患者水平对恶性病变的存在。总体而言,与标准模型合并相比,我们的融合方法将显着提高AUC得分高达0.04。此外,通过提供与放射功能相关的特定于任务的模型结果,提供了与放射性特征相关的任务特定模型结果,我们的管道旨在密切支持放射科学家的阅读工作流程。
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Molecular and genomic properties are critical in selecting cancer treatments to target individual tumors, particularly for immunotherapy. However, the methods to assess such properties are expensive, time-consuming, and often not routinely performed. Applying machine learning to H&E images can provide a more cost-effective screening method. Dozens of studies over the last few years have demonstrated that a variety of molecular biomarkers can be predicted from H&E alone using the advancements of deep learning: molecular alterations, genomic subtypes, protein biomarkers, and even the presence of viruses. This article reviews the diverse applications across cancer types and the methodology to train and validate these models on whole slide images. From bottom-up to pathologist-driven to hybrid approaches, the leading trends include a variety of weakly supervised deep learning-based approaches, as well as mechanisms for training strongly supervised models in select situations. While results of these algorithms look promising, some challenges still persist, including small training sets, rigorous validation, and model explainability. Biomarker prediction models may yield a screening method to determine when to run molecular tests or an alternative when molecular tests are not possible. They also create new opportunities in quantifying intratumoral heterogeneity and predicting patient outcomes.
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随着无线标准的发展,引入了更复杂的功能,以解决吞吐量,延迟,安全性和效率方面的增加。为了释放此类新功能的潜力,目前正在利用人工智能(AI)和机器学习(ML)(ML)来从数据中得出模型和协议,而不是通过手工编程。在本文中,我们探讨了将ML应用于下一代无线局域网(WLAN)的可行性。更具体地说,我们专注于IEEE 802.11AX空间重用(SR)问题,并通过联合学习(FL)模型来预测其性能。在这项工作中概述的FL解决方案集是2021年国际电信联盟(ITU)AI的5G挑战赛的一部分。
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前列腺癌是全世界男性癌症第二大的癌症和第六主要原因。专家在诊断前列腺癌期间面临的主要问题是含有肿瘤组织的感兴趣区域(ROI)的定位。目前,在大多数情况下,该ROI的分割是由专家医生手动进行的,但是该程序受到某些患者的检测率低(约27-44%)或过度诊断的困扰。因此,几项研究工作解决了从磁共振图像中自动分割和提取ROI特征的挑战,因为此过程可以极大地促进许多诊断和治疗应用。然而,缺乏明确的前列腺边界,前列腺组织固有的异质性以及多种前列腺形状的多样性使这一过程非常难以自动化。在这项工作中,通过获得的MRI图像数据集对六个深度学习模型进行了培训和分析。来自Dijon中心的医院和Catalunya大学。我们使用分类跨环膜损失函数进行了多种深度学习模型(即U-NET,注意U-NET,密度密度,R2U-NET和R2U-NET)的比较。使用通常用于图像分割的三个指标进行分析:骰子分数,JACCARD索引和均方误差。为我们提供最佳结果分割的模型是R2U-NET,骰子,Jaccard和平均平方误差分别达到0.869、0.782和0.00013。
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儿科肌肉骨骼系统的形态学和诊断评价在临床实践中至关重要。但是,大多数分段模型在稀缺的儿科成像数据上都不好。我们提出了一种新的预训练的正则化卷积编码器 - 解码器,用于分割异质儿科磁共振(MR)图像的具有挑战性的任务。在这方面,我们采用转移学习方法以及正规化策略来改善分段模型的概括。为此,我们已经构思了用于分割网络的新颖优化方案,其包括丢失函数的额外正则化术语。为了获得全局一致的预测,我们纳入了基于形状的正则化,从自动编码器学习的非线性形状表示来源。另外,通过鉴别器计算的对抗正规化是集成的,以鼓励合理的描绘。评估来自脚踝和肩部关节的两个稀缺的小儿摄像数据集的多骨分割任务的方法,包括病理和健康检查。所提出的方法与先前提出的骰子,灵敏度,特异性,最大对称表面距离,平均对称表面距离和相对绝对体积差异度量的方法更好或以前的方法进行更好或以前的方法进行比例。我们说明所提出的方法可以很容易地集成到各种骨骼分割策略中,并且可以提高在大型非医学图像数据库上预先培训的模型的预测准确性。获得的结果为小儿肌肉骨骼障碍的管理带来了新的视角。
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Clinical diagnostic and treatment decisions rely upon the integration of patient-specific data with clinical reasoning. Cancer presents a unique context that influence treatment decisions, given its diverse forms of disease evolution. Biomedical imaging allows noninvasive assessment of disease based on visual evaluations leading to better clinical outcome prediction and therapeutic planning. Early methods of brain cancer characterization predominantly relied upon statistical modeling of neuroimaging data. Driven by the breakthroughs in computer vision, deep learning became the de facto standard in the domain of medical imaging. Integrated statistical and deep learning methods have recently emerged as a new direction in the automation of the medical practice unifying multi-disciplinary knowledge in medicine, statistics, and artificial intelligence. In this study, we critically review major statistical and deep learning models and their applications in brain imaging research with a focus on MRI-based brain tumor segmentation. The results do highlight that model-driven classical statistics and data-driven deep learning is a potent combination for developing automated systems in clinical oncology.
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计算机辅助诊断数字病理学正在变得普遍存在,因为它可以提供更有效和客观的医疗保健诊断。最近的进展表明,卷积神经网络(CNN)架构是一种完善的深度学习范式,可用于设计一种用于乳腺癌检测的计算机辅助诊断(CAD)系统。然而,探索了污染变异性因污染变异性和染色常规化的影响,尚未得到很好的挑战。此外,对于高吞吐量筛选可能是重要的网络模型的性能分析,这也不适用于高吞吐量筛查,也不熟悉。要解决这一挑战,我们考虑了一些当代CNN模型,用于涉及(1)的乳房组织病理学图像的二进制分类。使用基于自适应颜色解卷积(ACD)的颜色归一化算法来处理污染归一化图像的数据以处理染色变量; (2)应用基于转移学习的一些可动性更高效的CNN模型的培训,即视觉几何组网络(VGG16),MobileNet和效率网络。我们在公开的Brankhis数据集上验证了培训的CNN网络,适用于200倍和400x放大的组织病理学图像。实验分析表明,大多数情况下预染额网络在数据增强乳房组织病理学图像中产生更好的质量,而不是污染归一化的情况。此外,我们使用污染标准化图像评估了流行轻量级网络的性能和效率,并发现在测试精度和F1分数方面,高效网络优于VGG16和MOBILENET。我们观察到在测试时间方面的效率比其他网络更好; vgg net,mobilenet,在分类准确性下没有太大降低。
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大脑磁共振成像(MRI)扫描的自动分割和体积对于诊断帕金森氏病(PD)和帕金森氏症综合症(P-Plus)至关重要。为了提高诊断性能,我们在大脑分割中采用了深度学习(DL)模型,并将其性能与金标准的非DL方法进行了比较。我们收集了健康对照组(n = 105)和PD患者(n = 105),多个全身性萎缩(n = 132)和渐进性超核麻痹(n = 69)的大脑MRI扫描。 2020.使用金标准的非DL模型FreeSurfer(FS),我们对六个脑结构进行了分割:中脑,PON,CAUDATE,CAUDATE,PUTATATE,pALLIDUM和THIRD CNTRICLE,并将其视为DL模型的注释数据,代表性V -net和unet。计算了分化正常,PD和P-Plus病例的曲线下的骰子分数和面积。每位患者六个大脑结构的V-NET和UNETR的分割时间分别为3.48 +-0.17和48.14 +-0.97 s,比FS(15,735 +-1.07 s)快至少300倍。两种DL模型的骰子得分都足够高(> 0.85),它们的疾病分类AUC优于FS。为了分类正常与P-Plus和PD与多个全身性萎缩(小脑型)的分类,DL模型和FS显示出高于0.8的AUC。 DL显着减少了分析时间,而不会损害大脑分割和差异诊断的性能。我们的发现可能有助于在临床环境中采用DL脑MRI分割并提高大脑研究。
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人工智能将人工智能融入临床工作流程需要可靠且强大的模型。鲁棒性的主要特征是可重复性。在不评估模型重复性的情况下,给予分类性能很多,导致在实践中不可用的模型开发。在这项工作中,我们评估了在同一访问期间获得的同一患者的四种模型类型的可重复性。我们研究了三个医学图像分析任务的二进制,多级,序数和回归模型的性能:宫颈癌筛查,乳房密度估计和早产分类视网膜病变。此外,我们评估采样蒙特卡罗辍学预测在分类性能和可重复性上的测试时间的影响。利用Monte Carlo预测,为二元,多级和序数模型的所有任务的重复性显着提高,导致平均减少95%协议限额17%的分数。
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