Quantitative cephalometric analysis is the most widely used clinical and research tool in modern orthodontics. Accurate localization of cephalometric landmarks enables the quantification and classification of anatomical abnormalities, however, the traditional manual way of marking these landmarks is a very tedious job. Endeavours have constantly been made to develop automated cephalometric landmark detection systems but they are inadequate for orthodontic applications. The fundamental reason for this is that the amount of publicly available datasets as well as the images provided for training in these datasets are insufficient for an AI model to perform well. To facilitate the development of robust AI solutions for morphometric analysis, we organise the CEPHA29 Automatic Cephalometric Landmark Detection Challenge in conjunction with IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI 2023). In this context, we provide the largest known publicly available dataset, consisting of 1000 cephalometric X-ray images. We hope that our challenge will not only derive forward research and innovation in automatic cephalometric landmark identification but will also signal the beginning of a new era in the discipline.
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核毒素和eosin染色组织学图像中的核分段,分类和定量使得能够提取可解释的细胞基特征,该特征可用于计算病理(CPATH)中的下游可解释模型。然而,对不同核的自动识别面临着主要的挑战,因为有几种不同类型的核,其中一些呈现出大的内部变异性。为了帮助推动CPATH中自动核认可的前进研究和创新,我们组织了结肠核识别和计数(圆锥)挑战。挑战鼓励研究人员开发在CPATH中,在CPATH中,在CPATH中进行当前最大已知的公知的核级数据集进行分割,分类和计数,其中包含大约一半的标记的核。因此,锥形挑战利用核数量超过10倍的核,作为核识别的前一大挑战数据集。如果我们希望在临床环境中部署它们,则对输入变体具有强大的算法很重要。因此,作为这一挑战的一部分,我们还将测试每个提交算法对某些输入变化的敏感性。
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纵向脑磁共振成像(MRI)含有病理扫描的登记是由于组织外观变化而挑战,仍然是未解决的问题。本文介绍了第一脑肿瘤序列登记(Brats-Reg)挑战,重点是估计诊断患有脑弥漫性胶质瘤的同一患者的术前和后续扫描之间的对应关系。 Brats-Reg挑战打算建立可变形登记算法的公共基准环境。关联的数据集包括根据公共解剖模板,为每个扫描的大小和分辨率策划的DE识别的多机构多参数MRI(MPMRI)数据。临床专家在扫描内产生了广泛的标志标记点,描述了跨时域的不同解剖位置。培训数据以及这些地面真相注释将被释放给参与者来设计和开发他们的注册算法,而组织者将扣留验证和测试数据的注释,并用于评估参与者的集装箱化算法。每个所提交的算法都将使用几个度量来定量评估,例如中位绝对误差(MAE),鲁棒性和雅可比的决定因素。
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目标:探索深度学习算法进一步简化和优化尿道板(UP)质量评估的能力,使用板客观评分工具(POST),旨在提高Hypospadias修复中提高评估的客观性和可重复性。方法:五个关键的邮政地标是由专家在691图像数据集中的专家标记,该数据集接受了原发性杂质修复的青春期前男孩。然后,该数据集用于开发和验证基于深度学习的地标检测模型。提出的框架始于瞥见和检测,其中输入图像是使用预测的边界框裁剪的。接下来,使用深层卷积神经网络(CNN)体系结构来预测五个邮政标记的坐标。然后,这些预测的地标用于评估远端催化性远端的质量。结果:所提出的模型准确地定位了gan区域,平均平均精度(地图)为99.5%,总体灵敏度为99.1%。在预测地标的坐标时,达到了0.07152的归一化平均误差(NME),平均平方误差(MSE)为0.001,在0.1 nme的阈值下为20.2%的故障率。结论:此深度学习应用程序在使用邮政评估质量时表现出鲁棒性和高精度。使用国际多中心基于图像的数据库进行进一步评估。外部验证可以使深度学习算法受益,并导致更好的评估,决策和对手术结果的预测。
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本文提出了第二版的头部和颈部肿瘤(Hecktor)挑战的概述,作为第24届医学图像计算和计算机辅助干预(Miccai)2021的卫星活动。挑战由三个任务组成与患有头颈癌(H&N)的患者的PET / CT图像的自动分析有关,专注于oropharynx地区。任务1是FDG-PET / CT图像中H&N主肿瘤肿瘤体积(GTVT)的自动分割。任务2是来自同一FDG-PET / CT的进展自由生存(PFS)的自动预测。最后,任务3与任务2的任务2与参与者提供的地面真理GTVT注释相同。这些数据从六个中心收集,总共325个图像,分为224个培训和101个测试用例。通过103个注册团队和448个结果提交的重要参与,突出了对挑战的兴趣。在第一任务中获得0.7591的骰子相似度系数(DSC),分别在任务2和3中的0.7196和0.6978的一致性指数(C-Index)。在所有任务中,发现这种方法的简单性是确保泛化性能的关键。 PFS预测性能在任务2和3中的比较表明,提供GTVT轮廓对于实现最佳结果,这表明可以使用完全自动方法。这可能避免了对GTVT轮廓的需求,用于可重复和大规模的辐射瘤研究的开头途径,包括千元潜在的受试者。
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现在,人工智能(AI)可以自动解释医学图像以供临床使用。但是,AI在介入图像中的潜在用途(相对于参与分类或诊断的图像),例如在手术期间的指导,在很大程度上尚未开发。这是因为目前,使用现场分析对现场手术收集的数据进行了事后分析,这是因为手术AI系统具有基本和实际限制,包括道德考虑,费用,可扩展性,数据完整性以及缺乏地面真相。在这里,我们证明从人类模型中创建逼真的模拟图像是可行的替代方法,并与大规模的原位数据收集进行了补充。我们表明,对现实合成数据的训练AI图像分析模型,结合当代域的概括或适应技术,导致在实际数据上的模型与在精确匹配的真实数据训练集中训练的模型相当地执行的模型。由于从基于人类的模型尺度的合成生成培训数据,因此我们发现我们称为X射线图像分析的模型传输范式(我们称为Syntheex)甚至可以超越实际数据训练的模型,因为训练的有效性较大的数据集。我们证明了合成在三个临床任务上的潜力:髋关节图像分析,手术机器人工具检测和COVID-19肺病变分割。 Synthex提供了一个机会,可以极大地加速基于X射线药物的智能系统的概念,设计和评估。此外,模拟图像环境还提供了测试新颖仪器,设计互补手术方法的机会,并设想了改善结果,节省时间或减轻人为错误的新技术,从实时人类数据收集的道德和实际考虑方面摆脱了人为错误。
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超声检查的胎儿生长评估是基于一些生物特征测量,这些测量是手动进行并相对于预期的妊娠年龄进行的。可靠的生物特征估计取决于标准超声平面中地标的精确检测。手动注释可能是耗时的和依赖操作员的任务,并且可能导致高测量可变性。现有的自动胎儿生物特征法的方法依赖于初始自动胎儿结构分割,然后是几何标记检测。但是,分割注释是耗时的,可能是不准确的,具有里程碑意义的检测需要开发特定于测量的几何方法。本文描述了Biometrynet,这是一个克服这些局限性的胎儿生物特征估计的端到端地标回归框架。它包括一种新型的动态定向测定(DOD)方法,用于在网络训练过程中执行测量特定方向的一致性。 DOD可降低网络训练中的变异性,提高标志性的定位精度,从而产生准确且健壮的生物特征测量。为了验证我们的方法,我们组装了一个来自1,829名受试者的3,398张超声图像的数据集,这些受试者在三个具有七个不同超声设备的临床部位收购。在两个独立数据集上的三个不同生物识别测量值的比较和交叉验证表明,生物元网络是稳健的,并且产生准确的测量结果,其误差低于临床上允许的误差,优于其他现有的自动化生物测定估计方法。代码可从https://github.com/netanellavisdris/fetalbiometry获得。
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We apply computer vision pose estimation techniques developed expressly for the data-scarce infant domain to the study of torticollis, a common condition in infants for which early identification and treatment is critical. Specifically, we use a combination of facial landmark and body joint estimation techniques designed for infants to estimate a range of geometric measures pertaining to face and upper body symmetry, drawn from an array of sources in the physical therapy and ophthalmology research literature in torticollis. We gauge performance with a range of metrics and show that the estimates of most these geometric measures are successful, yielding strong to very strong Spearman's $\rho$ correlation with ground truth values. Furthermore, we show that these estimates, derived from pose estimation neural networks designed for the infant domain, cleanly outperform estimates derived from more widely known networks designed for the adult domain
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深度学习(DL)模型为各种医学成像基准挑战提供了最先进的性能,包括脑肿瘤细分(BRATS)挑战。然而,局灶性病理多隔室分割(例如,肿瘤和病变子区)的任务特别具有挑战性,并且潜在的错误阻碍DL模型转化为临床工作流程。量化不确定形式的DL模型预测的可靠性,可以实现最不确定的地区的临床审查,从而建立信任并铺平临床翻译。最近,已经引入了许多不确定性估计方法,用于DL医学图像分割任务。开发指标评估和比较不确定性措施的表现将有助于最终用户制定更明智的决策。在本研究中,我们探索并评估在Brats 2019-2020任务期间开发的公制,以对不确定量化量化(Qu-Brats),并旨在评估和排列脑肿瘤多隔室分割的不确定性估计。该公制(1)奖励不确定性估计,对正确断言产生高置信度,以及在不正确的断言处分配低置信水平的估计数,(2)惩罚导致更高百分比的无关正确断言百分比的不确定性措施。我们进一步基准测试由14个独立参与的Qu-Brats 2020的分割不确定性,所有这些都参与了主要的Brats细分任务。总体而言,我们的研究结果证实了不确定性估计提供了分割算法的重要性和互补价值,因此突出了医学图像分析中不确定性量化的需求。我们的评估代码在HTTPS://github.com/ragmeh11/qu-brats公开提供。
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目的:我们对颅颌面(CMF)骨骼进行解剖地标,而无需明确分割它们。为此,我们提出了一种新的简单而有效的深层网络体系结构,称为\ textit {关系推理网络(RRN)},以准确地学习CMF骨骼中地标之间的本地和全球关系;具体而言,下颌骨,上颌和鼻骨。方法:拟议的RRN以端到端的方式工作,利用基于密集块单元的地标的学习关系。对于给定的少数地标作为输入,RRN将地标的过程类似于数据推出问题,而数据插图问题被认为缺少了预测的地标。结果:我们将RRN应用于从250名患者获得的锥束计算机断层扫描扫描。使用4倍的交叉验证技术,我们获得了平均均方根误差,每个地标小于2 mm。我们提出的RRN揭示了地标之间的独特关系,这些关系帮助我们推断了关于地标的信息的几个\ textit {推理}。所提出的系统即使骨骼中存在严重的病理或变形,也可以准确地识别缺失的地标性位置。结论:准确识别解剖标志是CMF手术的变形分析和手术计划的关键步骤。实现这一目标而无需明确的骨骼分割解决了基于分割方法的主要局限性,在这种方法中,分割失败(在具有严重病理或变形的骨骼中通常情况下)很容易导致地标不正确。据我们所知,这是使用深度学习发现对象的解剖学关系的第一种此类算法。
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晚期钆增强磁共振成像(LGE MRI)通常用于可视化和量化左心房(LA)疤痕。疤痕的位置和程度提供了心理生理学和心房颤动进展的重要信息(AF)。因此,LGE MRI的La Scar分段和量化可用于AF患者的计算机辅助诊断和治疗分层。由于手动描绘可能是耗时的,并且经过专家内和专家间变异性,因此非常需要自动化这种计算,这然而仍然仍然具有挑战性和研究。本文旨在为La腔,墙壁,瘢痕和消融差距分割和LGE MRI的定量提供系统审查,以及AF研究的相关文献。具体而言,我们首先总结AF相关的成像技术,特别是LGE MRI。然后,我们详细介绍了四个计算任务的方法,并总结了每个任务中应用的验证策略。最后,概述了未来可能的未来发展,简要调查了上述方法的潜在临床应用。审查表明,该主题的研究仍处于早期阶段。虽然已经提出了几种方法,但特别是对于LA分割,由于与图像采集的高度变化相关的性能问题和图像采集差异有关的性能问题,仍有很大的算法发展。
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目的:二尖瓣修复是心脏瓣膜的复杂微创手术。在这种情况下,来自内窥镜图像的缝合线检测是一种高度相关的任务,该任务提供了分析缝合模式的定量信息,评估假肢配置并产生增强的现实可视化。面部或解剖标志性的检测任务通常包含固定数量的地标,并使用回归或固定的基于热线图的方法来定位标志性。然而,在内窥镜检查中,每个图像中存在不同数量的缝合线,并且缝合线可能发生在环形空中的任何位置,因为它们不是语义唯一的。方法:在这项工作中,我们将缝合检测任务制定为多实例的深热映射回归问题,以识别缝合线的进入和退出点。我们扩展了我们以前的工作,并介绍了一个新颖的使用2D高斯层,然后是可分辨率的2D空间软氩模层作为局部非最大抑制。结果:我们用多种热映射分布功能和所提出的模型的两个变体呈现广泛的实验。在术中帧内结构域中,变体1在基线上显示了+0.0422的平均f1。类似地,在模拟器域中,变体1在基线上显示了+0.0865的平均f1。结论:拟议的模型显示出在帧内和模拟器域中的基线上的改进。在Miccai Adaptor2021挑战HTTPS://Adaptor2021.github.io/的范围内公开可用,以及https://github.com/cardio-ai/suture-detection-pytorch/的代码。 DOI:10.1007 / S11548-021-02523-W。可以在此处找到与开放式接入文章的链接:https://link.springer.com/article/10.1007%2FS11548-021-02523
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乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤,每年负责超过50万人死亡。因此,早期和准确的诊断至关重要。人类专业知识是诊断和正确分类乳腺癌并定义适当的治疗,这取决于评价不同生物标志物如跨膜蛋白受体HER2的表达。该评估需要几个步骤,包括免疫组织化学或原位杂交等特殊技术,以评估HER2状态。通过降低诊断中的步骤和人类偏差的次数的目标,赫洛挑战是组织的,作为第16届欧洲数字病理大会的并行事件,旨在自动化仅基于苏木精和曙红染色的HER2地位的评估侵袭性乳腺癌的组织样本。评估HER2状态的方法是在全球21个团队中提出的,并通过一些提议的方法实现了潜在的观点,以推进最先进的。
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肺癌是最致命的癌症之一,部分诊断和治疗取决于肿瘤的准确描绘。目前是最常见的方法的人以人为本的分割,须遵守观察者间变异性,并且考虑到专家只能提供注释的事实,也是耗时的。最近展示了有前途的结果,自动和半自动肿瘤分割方法。然而,随着不同的研究人员使用各种数据集和性能指标验证了其算法,可靠地评估这些方法仍然是一个开放的挑战。通过2018年IEEE视频和图像处理(VIP)杯竞赛创建的计算机断层摄影扫描(LOTUS)基准测试的肺起源肿瘤分割的目标是提供唯一的数据集和预定义的指标,因此不同的研究人员可以开发和以统一的方式评估他们的方法。 2018年VIP杯始于42个国家的全球参与,以获得竞争数据。在注册阶段,有129名成员组成了来自10个国家的28个团队,其中9个团队将其达到最后阶段,6队成功完成了所有必要的任务。简而言之,竞争期间提出的所有算法都是基于深度学习模型与假阳性降低技术相结合。三种决赛选手开发的方法表明,有希望的肿瘤细分导致导致越来越大的努力应降低假阳性率。本次竞争稿件概述了VIP-Cup挑战,以及所提出的算法和结果。
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脑小血管疾病的成像标记提供了有关脑部健康的宝贵信息,但是它们的手动评估既耗时又受到实质性内部和间际变异性的阻碍。自动化评级可能受益于生物医学研究以及临床评估,但是现有算法的诊断可靠性尚不清楚。在这里,我们介绍了\ textIt {血管病变检测和分割}(\ textit {v textit {where valdo?})挑战,该挑战是在国际医学图像计算和计算机辅助干预措施(MICCAI)的卫星事件中运行的挑战(MICCAI) 2021.这一挑战旨在促进大脑小血管疾病的小而稀疏成像标记的自动检测和分割方法的开发,即周围空间扩大(EPVS)(任务1),脑微粒(任务2)和预先塑造的鞋类血管起源(任务3),同时利用弱和嘈杂的标签。总体而言,有12个团队参与了针对一个或多个任务的解决方案的挑战(任务1 -EPVS 4,任务2 -Microbleeds的9个,任务3 -lacunes的6个)。多方数据都用于培训和评估。结果表明,整个团队和跨任务的性能都有很大的差异,对于任务1- EPV和任务2-微型微型且对任务3 -lacunes尚无实际的结果,其结果尤其有望。它还强调了可能阻止个人级别使用的情况的性能不一致,同时仍证明在人群层面上有用。
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机器学习方法利用多参数生物标志物,特别是基于神经影像动物,具有改善痴呆早期诊断的巨大潜力,并预测哪些个体存在发展痴呆的风险。对于机器学习领域的基准算法和痴呆症中的神经影像症,并评估他们在临床实践中使用的潜力和临床试验,七年的大挑战已经在过去十年中组织:Miriad,Alzheimer的疾病大数据梦,Caddementia,机器学习挑战,MCI神经影像动物,蝌蚪和预测分析竞争。基于两个挑战评估框架,我们分析了这些大挑战如何互相补充研究问题,数据集,验证方法,结果和影响。七个大挑战解决了与(临床前)痴呆症(临床)痴呆症的筛查,诊断,预测和监测有关的问题。临床问题,任务和性能指标几乎没有重叠。然而,这具有提供对广泛问题的洞察力的优势,它也会限制对挑战的结果的验证。通常,获胜算法执行严格的数据预处理并组合了广泛的输入特征。尽管最先进的表演,但临床上没有挑战评估的大部分方法。为了增加影响,未来的挑战可以更加关注统计分析,对其与高于阿尔茨海默病的临床问题,以及使用超越阿尔茨海默病神经影像疾病的临床问题,以及超越阿尔茨海默病的临床问题。鉴于过去十年中汲取的潜力和经验教训,我们在未来十年及其超越的机器学习和神经影像中的大挑战前景兴奋。
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Hololens(Microsoft Corp.,WA Redmond,WA)是一款头饰,光学透明的增强现实展示,是最近提高医学增强现实研究的主要参与者。在医疗环境中,HoloLens使医生能够立即了解患者信息,直接与他们对临床方案的看法,医学生,可以更好地了解复杂的解剖学或程序,甚至可以通过执行治疗任务。改进,沉浸式指导。在这篇系统的综述中,我们提供了有关医疗领域第一代霍洛伦斯在2016年3月发布到2021年的全面使用的全面概述,一直关注其继任者霍洛伦斯2号。通过系统搜索PubMed和Scopus数据库确定了171个相关出版物。我们分析了这些出版物的预期用例,注册和跟踪的技术方法,数据源,可视化以及验证和评估。我们发现,尽管已经显示出在各种医学场景中使用Hololens的可行性,但在精确,可靠性,可用性,工作流程和感知方面的努力增加了在临床实践中建立AR。
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迄今为止,迄今为止,众所周知,对广泛的互补临床相关任务进行了全面比较了医学图像登记方法。这限制了采用研究进展,以防止竞争方法的公平基准。在过去五年内已经探讨了许多新的学习方法,但优化,建筑或度量战略的问题非常适合仍然是开放的。 Learn2reg涵盖了广泛的解剖学:脑,腹部和胸部,方式:超声波,CT,MRI,群体:患者内部和患者内部和监督水平。我们为3D注册的培训和验证建立了较低的入境障碍,这帮助我们从20多个独特的团队中汇编了65多个单独的方法提交的结果。我们的互补度量集,包括稳健性,准确性,合理性和速度,使得能够独特地位了解当前的医学图像登记现状。进一步分析监督问题的转移性,偏见和重要性,主要是基于深度学习的方法的优越性,并将新的研究方向开放到利用GPU加速的常规优化的混合方法。
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With the rapid development of artificial intelligence (AI) in medical image processing, deep learning in color fundus photography (CFP) analysis is also evolving. Although there are some open-source, labeled datasets of CFPs in the ophthalmology community, large-scale datasets for screening only have labels of disease categories, and datasets with annotations of fundus structures are usually small in size. In addition, labeling standards are not uniform across datasets, and there is no clear information on the acquisition device. Here we release a multi-annotation, multi-quality, and multi-device color fundus image dataset for glaucoma analysis on an original challenge -- Retinal Fundus Glaucoma Challenge 2nd Edition (REFUGE2). The REFUGE2 dataset contains 2000 color fundus images with annotations of glaucoma classification, optic disc/cup segmentation, as well as fovea localization. Meanwhile, the REFUGE2 challenge sets three sub-tasks of automatic glaucoma diagnosis and fundus structure analysis and provides an online evaluation framework. Based on the characteristics of multi-device and multi-quality data, some methods with strong generalizations are provided in the challenge to make the predictions more robust. This shows that REFUGE2 brings attention to the characteristics of real-world multi-domain data, bridging the gap between scientific research and clinical application.
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机器学习透明度(ML),试图揭示复杂模型的工作机制。透明ML承诺推进人为因素在目标用户中以人为本的人体目标的工程目标。从以人为本的设计视角,透明度不是ML模型的属性,而是一种能力,即算法与用户之间的关系;因此,与用户的迭代原型和评估对于获得提供透明度的充足解决方案至关重要。然而,由于有限的可用性和最终用户,遵循了医疗保健和医学图像分析的人以人为本的设计原则是具有挑战性的。为了调查医学图像分析中透明ML的状态,我们对文献进行了系统审查。我们的评论在医学图像分析应用程序的透明ML的设计和验证方面揭示了多种严重的缺点。我们发现,大多数研究到达迄今为止透明度作为模型本身的属性,类似于任务性能,而不考虑既未开发也不考虑最终用户也不考虑评估。此外,缺乏用户研究以及透明度声明的偶发验证将当代研究透明ML的医学图像分析有可能对用户难以理解的风险,因此临床无关紧要。为了缓解即将到来的研究中的这些缺点,同时承认人以人为中心设计在医疗保健中的挑战,我们介绍了用于医学图像分析中的透明ML系统的系统设计指令。 Intrult指南建议形成的用户研究作为透明模型设计的第一步,以了解用户需求和域要求。在此过程之后,会产生支持设计选择的证据,最终增加了算法提供透明度的可能性。
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