许多现实世界图包含时域信息。时间图神经网络在生成的动态节点嵌入中捕获时间信息以及结构和上下文信息。研究人员表明,这些嵌入在许多不同的任务中实现了最先进的表现。在这项工作中,我们提出了TGL,这是一个用于大规模脱机时间图神经网络训练的统一框架,用户可以使用简单的配置文件组成各种时间图神经网络。 TGL包括五个主要组件,一个临时采样器,一个邮箱,节点内存模块,存储器更新程序和消息传递引擎。我们设计了临时CSR数据结构和平行采样器,以有效地对颞邻邻居进行制作微型批次。我们提出了一种新颖的随机块调度技术,该技术可以减轻大批量训练时过时的节点存储器的问题。为了解决仅在小规模数据集上评估当前TGNN的局限性,我们介绍了两个具有0.2亿和13亿个时间边缘的大型现实世界数据集。我们在四个具有单个GPU的小规模数据集上评估了TGL的性能,以及两个具有多个GPU的大数据集,用于链接预测和节点分类任务。我们将TGL与五种方法的开源代码进行了比较,并表明TGL平均达到13倍的速度可实现相似或更高的精度。与基准相比,我们的时间平行采样器在多核CPU上平均达到173倍加速。在4-GPU机器上,TGL可以在1-10小时内训练一个超过10亿个时间边缘的时期。据我们所知,这是第一项提出了一个关于多个GPU的大规模时间图神经网络培训的一般框架的工作。
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最近提出了基于子图的图表学习(SGRL)来应对规范图神经网络(GNNS)遇到的一些基本挑战,并在许多重要的数据科学应用(例如链接,关系和主题预测)中证明了优势。但是,当前的SGRL方法遇到了可伸缩性问题,因为它们需要为每个培训或测试查询提取子图。扩大规范GNN的最新解决方案可能不适用于SGRL。在这里,我们通过共同设计学习算法及其系统支持,为可扩展的SGRL提出了一种新颖的框架Surel。 Surel采用基于步行的子图表分解,并将步行重新形成子图,从而大大降低了子图提取的冗余并支持并行计算。具有数百万个节点和边缘的六个同质,异质和高阶图的实验证明了Surel的有效性和可扩展性。特别是,与SGRL基线相比,Surel可以实现10 $ \ times $ Quad-Up,具有可比甚至更好的预测性能;与规范GNN相比,Surel可实现50%的预测准确性。
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时间网络已被广泛用于建模现实世界中的复杂系统,例如金融系统和电子商务系统。在时间网络中,一组节点的联合邻居通常提供至关重要的结构信息,以预测它们是否可以在一定时间相互作用。但是,最新的时间网络的表示学习方法通​​常无法提取此类信息或取决于极具耗时的特征构建方法。为了解决该问题,这项工作提出了邻里感知的时间网络模型(NAT)。对于网络中的每个节点,NAT放弃了常用的基于单个矢量的表示,同时采用了新颖的词典型邻域表示。这样的词典表示记录了一组相邻节点作为键,并可以快速构建多个节点联合邻域的结构特征。我们还设计了称为N-CACHE的专用数据结构,以支持GPU上这些字典表示的并行访问和更新。 NAT在七个现实世界大规模的时间网络上进行了评估。 NAT不仅胜过所有尖端基线的平均分别为5.9%和6.0%,分别具有换电和电感链路预测准确性,而且还可以通过对采用联合结构特征和实现的基准的加速提高4.1-76.7来保持可扩展性。对基线无法采用这些功能的基线的加速1.6-4.0。代码的链接:https://github.com/graph-com/neighborhood-aware-ware-temporal-network。
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开发用于训练图形的可扩展解决方案,用于链路预测任务的Neural网络(GNNS)由于具有高计算成本和巨大内存占用的高数据依赖性,因此由于高数据依赖性而具有挑战性。我们提出了一种新的方法,用于缩放知识图形嵌入模型的培训,以满足这些挑战。为此,我们提出了以下算法策略:自给自足的分区,基于约束的负采样和边缘迷你批量培训。两者都是分区策略和基于约束的负面采样,避免在训练期间交叉分区数据传输。在我们的实验评估中,我们表明,我们基于GNN的知识图形嵌入模型的缩放解决方案在基准数据集中实现了16倍的加速,同时将可比的模型性能作为标准度量的非分布式方法。
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图形神经网络(GNNS)将深度神经网络(DNN)的成功扩展到非欧几里德图数据,实现了各种任务的接地性能,例如节点分类和图形属性预测。尽管如此,现有系统效率低,培训数十亿节点和GPU的节点和边缘训练大图。主要瓶颈是准备GPU数据的过程 - 子图采样和特征检索。本文提出了一个分布式GNN培训系统的BGL,旨在解决一些关键思想的瓶颈。首先,我们提出了一种动态缓存引擎,以最小化特征检索流量。通过协同设计缓存政策和抽样顺序,我们发现低开销和高缓存命中率的精美斑点。其次,我们改善了曲线图分区算法,以减少子图采样期间的交叉分区通信。最后,仔细资源隔离减少了不同数据预处理阶段之间的争用。关于各种GNN模型和大图数据集的广泛实验表明,BGL平均明显优于现有的GNN训练系统20.68倍。
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图形神经网络(GNN)已被证明是分析非欧国人图数据的强大工具。但是,缺乏有效的分布图学习(GL)系统极大地阻碍了GNN的应用,尤其是当图形大且GNN相对深时。本文中,我们提出了GraphTheta,这是一种以顶点为中心的图形编程模型实现的新颖分布式和可扩展的GL系统。 GraphTheta是第一个基于分布式图处理的GL系统,其神经网络运算符以用户定义的功能实现。该系统支持多种培训策略,并在分布式(虚拟)机器上启用高度可扩展的大图学习。为了促进图形卷积实现,GraphTheta提出了一个名为NN-Tgar的新的GL抽象,以弥合图形处理和图形深度学习之间的差距。提出了分布式图引擎,以通过混合平行执行进行随机梯度下降优化。此外,除了全球批次和迷你批次外,我们还为新的集群批次培训策略提供了支持。我们使用许多网络大小的数据集评估GraphTheta,范围从小,适度到大规模。实验结果表明,GraphTheta可以很好地扩展到1,024名工人,用于培训内部开发的GNN,该工业尺度的Aripay数据集为14亿个节点和41亿个属性边缘,并带有CPU虚拟机(Dockers)群的小群。 (5 $ \ sim $ 12GB)。此外,GraphTheta比最先进的GNN实现获得了可比或更好的预测结果,证明其学习GNN和现有框架的能力,并且可以超过多达$ 2.02 \ tims $ $ 2.02 \ times $,具有更好的可扩展性。据我们所知,这项工作介绍了文献中最大的边缘属性GNN学习任务。
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图形神经网络(GNNS)在学习从图形结构数据中展示了成功,其中包含欺诈检测,推荐和知识图形推理。然而,培训GNN有效地具有挑战性,因为:1)GPU存储器容量有限,对于大型数据集可能不足,而2)基于图形的数据结构导致不规则的数据访问模式。在这项工作中,我们提供了一种统计分析的方法,并确定了GNN培训前更频繁地访问的数据。我们的数据分层方法不仅利用输入图的结构,而且还从实际GNN训练过程中获得了洞察力,以实现更高的预测结果。通过我们的数据分层方法,我们还提供了一种新的数据放置和访问策略,以进一步最大限度地减少CPU-GPU通信开销。我们还考虑了多GPU GNN培训,我们也展示了我们在多GPU系统中的策略的有效性。评估结果表明,我们的工作将CPU-GPU流量降低了87-95%,并通过数亿节点和数十亿边缘的图表提高了现有解决方案的GNN训练速度。
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动态图形表示学习是具有广泛应用程序的重要任务。以前关于动态图形学习的方法通常对嘈杂的图形信息(如缺失或虚假连接)敏感,可以产生退化的性能和泛化。为了克服这一挑战,我们提出了一种基于变换器的动态图表学习方法,命名为动态图形变换器(DGT),带有空间 - 时间编码,以有效地学习图形拓扑并捕获隐式链接。为了提高泛化能力,我们介绍了两个补充自我监督的预训练任务,并表明共同优化了两种预训练任务,通过信息理论分析导致较小的贝叶斯错误率。我们还提出了一个时间联盟图形结构和目标 - 上下文节点采样策略,用于高效和可扩展的培训。与现实世界数据集的广泛实验说明了与几个最先进的基线相比,DGT呈现出优异的性能。
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Graph neural networks (GNNs) have received great attention due to their success in various graph-related learning tasks. Several GNN frameworks have then been developed for fast and easy implementation of GNN models. Despite their popularity, they are not well documented, and their implementations and system performance have not been well understood. In particular, unlike the traditional GNNs that are trained based on the entire graph in a full-batch manner, recent GNNs have been developed with different graph sampling techniques for mini-batch training of GNNs on large graphs. While they improve the scalability, their training times still depend on the implementations in the frameworks as sampling and its associated operations can introduce non-negligible overhead and computational cost. In addition, it is unknown how much the frameworks are 'eco-friendly' from a green computing perspective. In this paper, we provide an in-depth study of two mainstream GNN frameworks along with three state-of-the-art GNNs to analyze their performance in terms of runtime and power/energy consumption. We conduct extensive benchmark experiments at several different levels and present detailed analysis results and observations, which could be helpful for further improvement and optimization.
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Recent years have witnessed the emerging success of graph neural networks (GNNs) for modeling structured data. However, most GNNs are designed for homogeneous graphs, in which all nodes and edges belong to the same types, making them infeasible to represent heterogeneous structures. In this paper, we present the Heterogeneous Graph Transformer (HGT) architecture for modeling Web-scale heterogeneous graphs. To model heterogeneity, we design node-and edge-type dependent parameters to characterize the heterogeneous attention over each edge, empowering HGT to maintain dedicated representations for different types of nodes and edges. To handle dynamic heterogeneous graphs, we introduce the relative temporal encoding technique into HGT, which is able to capture the dynamic structural dependency with arbitrary durations. To handle Web-scale graph data, we design the heterogeneous mini-batch graph sampling algorithm-HGSampling-for efficient and scalable training. Extensive experiments on the Open Academic Graph of 179 million nodes and 2 billion edges show that the proposed HGT model consistently outperforms all the state-of-the-art GNN baselines by 9%-21% on various downstream tasks. The dataset and source code of HGT are publicly available at https://github.com/acbull/pyHGT.
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许多实际关系系统,如社交网络和生物系统,包含动态相互作用。在学习动态图形表示时,必须采用连续的时间信息和几何结构。主流工作通过消息传递网络(例如,GCN,GAT)实现拓扑嵌入。另一方面,时间演进通常通过在栅极机构中具有方便信息过滤的存储单元(例如,LSTM或GU)来表达。但是,由于过度复杂的编码,这种设计可以防止大规模的输入序列。这项工作从自我关注的哲学中学习,并提出了一种高效的基于频谱的神经单元,采用信息的远程时间交互。发达的频谱窗口单元(SWINIT)模型预测了具有保证效率的可扩展动态图形。该架构与一些构成随机SVD,MLP和图形帧卷积的一些简单的有效计算块组装。 SVD加MLP模块编码动态图事件的长期特征演进。帧卷积中的快速帧图形变换嵌入了结构动态。两种策略都提高了模型对可扩展分析的能力。特别地,迭代的SVD近似度将注意力的计算复杂性缩小到具有n个边缘和D边缘特征的动态图形的关注的计算复杂性,并且帧卷积的多尺度变换允许在网络训练中具有足够的可扩展性。我们的Swinit在各种在线连续时间动态图表学习任务中实现了最先进的性能,而与基线方法相比,可学习参数的数量可达七倍。
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签名的网络使我们能够对双方的关系和互动进行建模,例如朋友/敌人,支持/反对等。这些交互通常在真实数据集中是暂时的,在这些数据集中,节点和边缘会随时间出现。因此,学习签名网络的动态对于有效预测未来联系的符号和强度至关重要。现有的作品模型签名网络或动态网络,但并非都在一起。在这项工作中,我们研究了动态签名的网络,在这些网络中,链接都随时间签名和演变。我们的模型使用内存模块和平衡聚合(因此,名称SEMBA)学习了签名的链接的演变。每个节点都维护两个单独的内存编码,以实现正相互作用和负相互作用。在新边缘的到来时,每个交互节点汇总了此签名的信息,并利用平衡理论。节点嵌入是使用更新的内存生成的,然后将其用于训练多个下游任务,包括链接标志预测和链接权重预测。我们的结果表明,SEMBA的表现优于所有基准,即通过获得AUC增长8%,而FPR降低了50%。关于预测签名权重的任务的结果表明,SEMBA将平方误差降低了9%,同时降低了KL-Divergence对预测签名权重的分布的减少69%。
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时间图代表实体之间的动态关系,并发生在许多现实生活中的应用中,例如社交网络,电子商务,通信,道路网络,生物系统等。他们需要根据其生成建模和表示学习的研究超出与静态图有关的研究。在这项调查中,我们全面回顾了近期针对处理时间图提出的神经时间依赖图表的学习和生成建模方法。最后,我们确定了现有方法的弱点,并讨论了我们最近发表的论文提格的研究建议[24]。
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Graph neural networks (GNNs) have been demonstrated to be a powerful algorithmic model in broad application fields for their effectiveness in learning over graphs. To scale GNN training up for large-scale and ever-growing graphs, the most promising solution is distributed training which distributes the workload of training across multiple computing nodes. However, the workflows, computational patterns, communication patterns, and optimization techniques of distributed GNN training remain preliminarily understood. In this paper, we provide a comprehensive survey of distributed GNN training by investigating various optimization techniques used in distributed GNN training. First, distributed GNN training is classified into several categories according to their workflows. In addition, their computational patterns and communication patterns, as well as the optimization techniques proposed by recent work are introduced. Second, the software frameworks and hardware platforms of distributed GNN training are also introduced for a deeper understanding. Third, distributed GNN training is compared with distributed training of deep neural networks, emphasizing the uniqueness of distributed GNN training. Finally, interesting issues and opportunities in this field are discussed.
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图神经网络(GNN)已成功应用于许多真实世界静态图。但是,由于模型设计,评估设置和训练策略的局限性,静态图的成功尚未完全转化为动态图。具体而言,现有的动态GNN并不包含静态GNN的最新设计,从而限制了其性能。动态GNN的当前评估设置不能完全反映动态图的不断发展的性质。最后,用于动态GNN的常用训练方法是不可扩展的。在这里,我们提出了Roland,这是现实世界动态图的有效图表学习框架。 Roland框架的核心可以帮助研究人员轻松地将任何静态GNN重新用于动态图。我们的见解是将不同GNN层的节点嵌入视为分层节点状态,然后随着时间的推移将其反复更新。然后,我们为动态图引入了实时更高的评估设置,该设置模仿了现实世界中的用例,其中GNN正在做出预测并在滚动基础上进行更新。最后,我们通过增量训练和元学习提出了一种可扩展有效的训练方法,以动态GNN。我们在未来链接预测任务上对八个不同的动态图数据集进行了实验。在三个数据集的标准评估设置下,使用Roland框架建立的模型平均相对平均互惠等级(MRR)的平均相对平均值(MRR)改进。我们发现对较大数据集的最先进的基线经历了不可存储的错误,而Roland可以轻松地扩展到5600万个边缘的动态图。在使用ROLAND训练策略重新实现这些基准线后,Roland模型平均相对于基线相对相对改善了15.5%。
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最近,Graph神经网络(GNNS)已成为聚光灯作为强大的工具,可以有效地在图形结构化数据上执行各种推理任务。随着现实图表的大小继续扩展,GNN训练系统面临可扩展性挑战。分布式培训是一种流行的方法,可以通过扩展CPU节点来应对这一挑战。但是,对基于磁盘的GNN培训的关注不多,该培训可以通过利用NVME SSD等高性能存储设备来以更具成本效益的方式扩展单节点系统。我们观察到,主内存和磁盘之间的数据移动是基于SSD的训练系统中的主要瓶颈,并且常规的GNN训练管道是不错的选择,而无需考虑此开销。因此,我们提出了Ginex,这是第一个基于SSD的GNN训练系统,可以在单台计算机上处​​理数十亿个图形数据集。受到编译器优化的检查员执行模型的启发,Ginex通过分开样品和收集阶段来重组GNN训练管道。这种分离使Ginex能够实现一种可证明的最佳替换算法,即被称为Belady的算法,用于存储器中的Caching特征向量,该算法是I/O访问的主要部分。根据我们对40亿尺度图数据集的评估,Ginex平均比SSD扩展的Pytorch几何得出了2.11倍的训练吞吐量(最大最高2.67倍)。
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图形结构化数据通常在自然界中具有动态字符,例如,在许多现实世界中,链接和节点的添加。近年来见证了对这种图形数据进行建模的动态图神经网络所支付的越来越多的注意力,几乎所有现有方法都假设,当建立新的链接时,应通过学习时间动态来传播邻居节点的嵌入。新的信息。但是,这种方法遭受了这样的限制,如果新连接引入的节点包含嘈杂的信息,那么将其知识传播到其他节点是不可靠的,甚至导致模型崩溃。在本文中,我们提出了Adanet:通过增强动态图神经网络的强化知识适应框架。与以前的方法相反,一旦添加了新链接,就立即更新邻居节点的嵌入方式,Adanet试图自适应地确定由于涉及的新链接而应更新哪些节点。考虑到是否更新一个邻居节点的嵌入的决定将对其他邻居节点产生很大的影响,因此,我们将节点更新的选择作为序列决策问题,并通过强化学习解决此问题。通过这种方式,我们可以将知识自适应地传播到其他节点,以学习健壮的节点嵌入表示。据我们所知,我们的方法构成了通过强化学习的动态图神经网络来探索强大知识适应的首次尝试。在三个基准数据集上进行的广泛实验表明,Adanet可以实现最新的性能。此外,我们通过在数据集中添加不同程度的噪声来执行实验,并定量和定性地说明ADANET的鲁棒性。
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近年来,异构图形神经网络(HGNNS)一直在开花,但每个工作所使用的独特数据处理和评估设置会让他们的进步完全了解。在这项工作中,我们通过使用其官方代码,数据集,设置和超参数来展示12个最近的HGNN的系统再现,揭示了关于HGNN的进展的令人惊讶的结果。我们发现,由于设置不当,简单的均匀GNN,例如GCN和GAT在很大程度上低估了。具有适当输入的GAT通常可以匹配或优于各种场景的所有现有HGNN。为了促进稳健和可重复的HGNN研究,我们构建异构图形基准(HGB),由具有三个任务的11个不同数据集组成。 HGB标准化异构图数据分割,特征处理和性能评估的过程。最后,我们介绍了一个简单但非常强大的基线简单 - HGN - 这显着优于HGB上以前的所有模型 - 以加速未来HGNN的进步。
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图表表示学习是一种快速增长的领域,其中一个主要目标是在低维空间中产生有意义的图形表示。已经成功地应用了学习的嵌入式来执行各种预测任务,例如链路预测,节点分类,群集和可视化。图表社区的集体努力提供了数百种方法,但在所有评估指标下没有单一方法擅长,例如预测准确性,运行时间,可扩展性等。该调查旨在通过考虑算法来评估嵌入方法的所有主要类别的图表变体,参数选择,可伸缩性,硬件和软件平台,下游ML任务和多样化数据集。我们使用包含手动特征工程,矩阵分解,浅神经网络和深图卷积网络的分类法组织了图形嵌入技术。我们使用广泛使用的基准图表评估了节点分类,链路预测,群集和可视化任务的这些类别算法。我们在Pytorch几何和DGL库上设计了我们的实验,并在不同的多核CPU和GPU平台上运行实验。我们严格地审查了各种性能指标下嵌入方法的性能,并总结了结果。因此,本文可以作为比较指南,以帮助用户选择最适合其任务的方法。
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While many systems have been developed to train Graph Neural Networks (GNNs), efficient model inference and evaluation remain to be addressed. For instance, using the widely adopted node-wise approach, model evaluation can account for up to 94% of the time in the end-to-end training process due to neighbor explosion, which means that a node accesses its multi-hop neighbors. On the other hand, layer-wise inference avoids the neighbor explosion problem by conducting inference layer by layer such that the nodes only need their one-hop neighbors in each layer. However, implementing layer-wise inference requires substantial engineering efforts because users need to manually decompose a GNN model into layers for computation and split workload into batches to fit into device memory. In this paper, we develop Deep Graph Inference (DGI) -- a system for easy and efficient GNN model inference, which automatically translates the training code of a GNN model for layer-wise execution. DGI is general for various GNN models and different kinds of inference requests, and supports out-of-core execution on large graphs that cannot fit in CPU memory. Experimental results show that DGI consistently outperforms layer-wise inference across different datasets and hardware settings, and the speedup can be over 1,000x.
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