Besides the complex nature of colonoscopy frames with intrinsic frame formation artefacts such as light reflections and the diversity of polyp types/shapes, the publicly available polyp segmentation training datasets are limited, small and imbalanced. In this case, the automated polyp segmentation using a deep neural network remains an open challenge due to the overfitting of training on small datasets. We proposed a simple yet effective polyp segmentation pipeline that couples the segmentation (FCN) and classification (CNN) tasks. We find the effectiveness of interactive weight transfer between dense and coarse vision tasks that mitigates the overfitting in learning. And It motivates us to design a new training scheme within our segmentation pipeline. Our method is evaluated on CVC-EndoSceneStill and Kvasir-SEG datasets. It achieves 4.34% and 5.70% Polyp-IoU improvements compared to the state-of-the-art methods on the EndoSceneStill and Kvasir-SEG datasets, respectively.
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数据采集​​和注释中的困难基本上限制了3D医学成像应用的训练数据集的样本尺寸。结果,在没有足够的预训练参数的情况下,构建来自划痕的高性能3D卷积神经网络仍然是一项艰巨的任务。以前关于3D预培训的努力经常依赖于自我监督的方法,它在未标记的数据上使用预测或对比学习来构建不变的3D表示。然而,由于大规模监督信息的不可用,从这些学习框架获得语义不变和歧视性表示仍然存在问题。在本文中,我们重新审视了一种创新但简单的完全监督的3D网络预训练框架,以利用来自大型2D自然图像数据集的语义监督。通过重新设计的3D网络架构,重新设计的自然图像用于解决数据稀缺问题并开发强大的3D表示。四个基准数据集上的综合实验表明,所提出的预先接受的模型可以有效地加速收敛,同时还提高了各种3D医学成像任务,例如分类,分割和检测的准确性。此外,与从头划伤的训练相比,它可以节省高达60%的注释工作。在NIH Deeplesion数据集上,它同样地实现了最先进的检测性能,优于早期的自我监督和完全监督的预训练方法,以及从头训练进行培训的方法。为了促进3D医疗模型的进一步发展,我们的代码和预先接受的模型权重在https://github.com/urmagicsmine/cspr上公开使用。
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深度学习已被广​​泛用于医学图像分割,并且录制了录制了该领域深度学习的成功的大量论文。在本文中,我们使用深层学习技术对医学图像分割的全面主题调查。本文进行了两个原创贡献。首先,与传统调查相比,直接将深度学习的文献分成医学图像分割的文学,并为每组详细介绍了文献,我们根据从粗略到精细的多级结构分类目前流行的文献。其次,本文侧重于监督和弱监督的学习方法,而不包括无监督的方法,因为它们在许多旧调查中引入而且他们目前不受欢迎。对于监督学习方法,我们分析了三个方面的文献:骨干网络的选择,网络块的设计,以及损耗功能的改进。对于虚弱的学习方法,我们根据数据增强,转移学习和交互式分割进行调查文献。与现有调查相比,本调查将文献分类为比例不同,更方便读者了解相关理由,并将引导他们基于深度学习方法思考医学图像分割的适当改进。
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X-ray imaging technology has been used for decades in clinical tasks to reveal the internal condition of different organs, and in recent years, it has become more common in other areas such as industry, security, and geography. The recent development of computer vision and machine learning techniques has also made it easier to automatically process X-ray images and several machine learning-based object (anomaly) detection, classification, and segmentation methods have been recently employed in X-ray image analysis. Due to the high potential of deep learning in related image processing applications, it has been used in most of the studies. This survey reviews the recent research on using computer vision and machine learning for X-ray analysis in industrial production and security applications and covers the applications, techniques, evaluation metrics, datasets, and performance comparison of those techniques on publicly available datasets. We also highlight some drawbacks in the published research and give recommendations for future research in computer vision-based X-ray analysis.
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Image segmentation is a key topic in image processing and computer vision with applications such as scene understanding, medical image analysis, robotic perception, video surveillance, augmented reality, and image compression, among many others. Various algorithms for image segmentation have been developed in the literature. Recently, due to the success of deep learning models in a wide range of vision applications, there has been a substantial amount of works aimed at developing image segmentation approaches using deep learning models. In this survey, we provide a comprehensive review of the literature at the time of this writing, covering a broad spectrum of pioneering works for semantic and instance-level segmentation, including fully convolutional pixel-labeling networks, encoder-decoder architectures, multi-scale and pyramid based approaches, recurrent networks, visual attention models, and generative models in adversarial settings. We investigate the similarity, strengths and challenges of these deep learning models, examine the most widely used datasets, report performances, and discuss promising future research directions in this area.
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在过去的几年中,用于计算机视觉的深度学习技术的快速发展极大地促进了医学图像细分的性能(Mediseg)。但是,最近的梅赛格出版物通常集中于主要贡献的演示(例如,网络体系结构,培训策略和损失功能),同时不知不觉地忽略了一些边缘实施细节(也称为“技巧”),导致了潜在的问题,导致了潜在的问题。不公平的实验结果比较。在本文中,我们为不同的模型实施阶段(即,预培训模型,数据预处理,数据增强,模型实施,模型推断和结果后处理)收集了一系列Mediseg技巧,并在实验中探索了有效性这些技巧在一致的基线模型上。与仅关注分割模型的优点和限制分析的纸驱动调查相比,我们的工作提供了大量的可靠实验,并且在技术上更可操作。通过对代表性2D和3D医疗图像数据集的广泛实验结果,我们明确阐明了这些技巧的效果。此外,根据调查的技巧,我们还开源了一个强大的梅德西格存储库,其每个组件都具有插件的优势。我们认为,这项里程碑的工作不仅完成了对最先进的Mediseg方法的全面和互补的调查,而且还提供了解决未来医学图像处理挑战的实用指南,包括但不限于小型数据集学习,课程不平衡学习,多模式学习和领域适应。该代码已在以下网址发布:https://github.com/hust-linyi/mediseg
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共同出现的视觉模式使上下文聚集成为语义分割的重要范式。现有的研究重点是建模图像中的上下文,同时忽略图像以下相应类别的有价值的语义。为此,我们提出了一个新颖的软采矿上下文信息,超出了名为McIbi ++的图像范式,以进一步提高像素级表示。具体来说,我们首先设置了动态更新的内存模块,以存储各种类别的数据集级别的分布信息,然后利用信息在网络转发过程中产生数据集级别类别表示。之后,我们为每个像素表示形式生成一个类概率分布,并以类概率分布作为权重进行数据集级上下文聚合。最后,使用汇总的数据集级别和传统的图像级上下文信息来增强原始像素表示。此外,在推论阶段,我们还设计了一种粗到最新的迭代推理策略,以进一步提高分割结果。 MCIBI ++可以轻松地纳入现有的分割框架中,并带来一致的性能改进。此外,MCIBI ++可以扩展到视频语义分割框架中,比基线进行了大量改进。配备MCIBI ++,我们在七个具有挑战性的图像或视频语义分段基准测试中实现了最先进的性能。
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光学相干断层扫描(OCT)有助于眼科医生评估黄斑水肿,流体的积累以及微观分辨率的病变。视网膜流体的定量对于OCT引导的治疗管理是必需的,这取决于精确的图像分割步骤。由于对视网膜流体的手动分析是一项耗时,主观和容易出错的任务,因此对快速和健壮的自动解决方案的需求增加了。在这项研究中,提出了一种名为Retifluidnet的新型卷积神经结构,用于多级视网膜流体分割。该模型受益于层次表示使用新的自适应双重注意(SDA)模块的纹理,上下文和边缘特征的学习,多个基于自适应的Skip Connections(SASC)以及一种新颖的多尺度深度自我监督学习(DSL)方案。拟议的SDA模块中的注意机制使该模型能够自动提取不同级别的变形感知表示,并且引入的SASC路径进一步考虑了空间通道相互依存,以串联编码器和解码器单元,从而提高了表示能力。还使用包含加权版本的骰子重叠和基于边缘的连接损失的联合损失函数进行了优化的retifluidnet,其中将多尺度局部损失的几个分层阶段集成到优化过程中。该模型根据三个公开可用数据集进行验证:润饰,Optima和Duke,并与几个基线进行了比较。数据集的实验结果证明了在视网膜OCT分割中提出的模型的有效性,并揭示了建议的方法比现有的最新流体分割算法更有效,以适应各种图像扫描仪器记录的视网膜OCT扫描。
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Computational pathology can lead to saving human lives, but models are annotation hungry and pathology images are notoriously expensive to annotate. Self-supervised learning has shown to be an effective method for utilizing unlabeled data, and its application to pathology could greatly benefit its downstream tasks. Yet, there are no principled studies that compare SSL methods and discuss how to adapt them for pathology. To address this need, we execute the largest-scale study of SSL pre-training on pathology image data, to date. Our study is conducted using 4 representative SSL methods on diverse downstream tasks. We establish that large-scale domain-aligned pre-training in pathology consistently out-performs ImageNet pre-training in standard SSL settings such as linear and fine-tuning evaluations, as well as in low-label regimes. Moreover, we propose a set of domain-specific techniques that we experimentally show leads to a performance boost. Lastly, for the first time, we apply SSL to the challenging task of nuclei instance segmentation and show large and consistent performance improvements under diverse settings.
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机器学习和计算机视觉技术近年来由于其自动化,适合性和产生惊人结果的能力而迅速发展。因此,在本文中,我们调查了2014年至2022年之间发表的关键研究,展示了不同的机器学习算法研究人员用来分割肝脏,肝肿瘤和肝脉管结构的研究。我们根据感兴趣的组织(肝果,肝肿瘤或肝毒剂)对被调查的研究进行了划分,强调了同时解决多个任务的研究。此外,机器学习算法被归类为受监督或无监督的,如果属于某个方案的工作量很大,则将进一步分区。此外,对文献和包含上述组织面具的网站发现的不同数据集和挑战进行了彻底讨论,强调了组织者的原始贡献和其他研究人员的贡献。同样,在我们的评论中提到了文献中过度使用的指标,这强调了它们与手头的任务的相关性。最后,强调创新研究人员应对需要解决的差距的关键挑战和未来的方向,例如许多关于船舶分割挑战的研究的稀缺性以及为什么需要早日处理他们的缺席。
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视觉表示学习是解决各种视力问题的关键。依靠开创性的网格结构先验,卷积神经网络(CNN)已成为大多数深视觉模型的事实上的标准架构。例如,经典的语义分割方法通常采用带有编码器编码器体系结构的完全横向卷积网络(FCN)。编码器逐渐减少了空间分辨率,并通过更大的接受场来学习更多抽象的视觉概念。由于上下文建模对于分割至关重要,因此最新的努力一直集中在通过扩张(即极度)卷积或插入注意力模块来增加接受场。但是,基于FCN的体系结构保持不变。在本文中,我们旨在通过将视觉表示学习作为序列到序列预测任务来提供替代观点。具体而言,我们部署纯变压器以将图像编码为一系列贴片,而无需局部卷积和分辨率减少。通过在变压器的每一层中建立的全球环境,可以学习更强大的视觉表示形式,以更好地解决视力任务。特别是,我们的细分模型(称为分割变压器(SETR))在ADE20K上擅长(50.28%MIOU,这是提交当天测试排行榜中的第一个位置),Pascal环境(55.83%MIOU),并在CityScapes上达到竞争成果。此外,我们制定了一个分层局部全球(HLG)变压器的家族,其特征是窗户内的本地关注和跨窗户的全球性专注于层次结构和金字塔架构。广泛的实验表明,我们的方法在各种视觉识别任务(例如,图像分类,对象检测和实例分割和语义分割)上实现了吸引力的性能。
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Due to object detection's close relationship with video analysis and image understanding, it has attracted much research attention in recent years. Traditional object detection methods are built on handcrafted features and shallow trainable architectures. Their performance easily stagnates by constructing complex ensembles which combine multiple low-level image features with high-level context from object detectors and scene classifiers. With the rapid development in deep learning, more powerful tools, which are able to learn semantic, high-level, deeper features, are introduced to address the problems existing in traditional architectures. These models behave differently in network architecture, training strategy and optimization function, etc. In this paper, we provide a review on deep learning based object detection frameworks. Our review begins with a brief introduction on the history of deep learning and its representative tool, namely Convolutional Neural Network (CNN). Then we focus on typical generic object detection architectures along with some modifications and useful tricks to improve detection performance further. As distinct specific detection tasks exhibit different characteristics, we also briefly survey several specific tasks, including salient object detection, face detection and pedestrian detection. Experimental analyses are also provided to compare various methods and draw some meaningful conclusions. Finally, several promising directions and tasks are provided to serve as guidelines for future work in both object detection and relevant neural network based learning systems.
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组织学图像中核和腺体的实例分割是用于癌症诊断,治疗计划和生存分析的计算病理学工作流程中的重要一步。随着现代硬件的出现,大规模质量公共数据集的最新可用性以及社区组织的宏伟挑战已经看到了自动化方法的激增,重点是特定领域的挑战,这对于技术进步和临床翻译至关重要。在这项调查中,深入分析了过去五年(2017-2022)中发表的原子核和腺体实例细分的126篇论文,进行了深入分析,讨论了当前方法的局限性和公开挑战。此外,提出了潜在的未来研究方向,并总结了最先进方法的贡献。此外,还提供了有关公开可用数据集的概括摘要以及关于说明每种挑战的最佳性能方法的巨大挑战的详细见解。此外,我们旨在使读者现有研究的现状和指针在未来的发展方向上开发可用于临床实践的方法,从而可以改善诊断,分级,预后和癌症的治疗计划。据我们所知,以前没有工作回顾了朝向这一方向的组织学图像中的实例细分。
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视频分析的图像分割在不同的研究领域起着重要作用,例如智能城市,医疗保健,计算机视觉和地球科学以及遥感应用。在这方面,最近致力于发展新的细分策略;最新的杰出成就之一是Panoptic细分。后者是由语义和实例分割的融合引起的。明确地,目前正在研究Panoptic细分,以帮助获得更多对视频监控,人群计数,自主驾驶,医学图像分析的图像场景的更细致的知识,以及一般对场景更深入的了解。为此,我们介绍了本文的首次全面审查现有的Panoptic分段方法,以获得作者的知识。因此,基于所采用的算法,应用场景和主要目标的性质,执行现有的Panoptic技术的明确定义分类。此外,讨论了使用伪标签注释新数据集的Panoptic分割。继续前进,进行消融研究,以了解不同观点的Panoptic方法。此外,讨论了适合于Panoptic分割的评估度量,并提供了现有解决方案性能的比较,以告知最先进的并识别其局限性和优势。最后,目前对主题技术面临的挑战和吸引不久的将来吸引相当兴趣的未来趋势,可以成为即将到来的研究研究的起点。提供代码的文件可用于:https://github.com/elharroussomar/awesome-panoptic-egation
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随着深度学习方法的进步,如深度卷积神经网络,残余神经网络,对抗网络的进步。 U-Net架构最广泛利用生物医学图像分割,以解决目标区域或子区域的识别和检测的自动化。在最近的研究中,基于U-Net的方法在不同应用中显示了最先进的性能,以便在脑肿瘤,肺癌,阿尔茨海默,乳腺癌等疾病的早期诊断和治疗中发育计算机辅助诊断系统等,使用各种方式。本文通过描述U-Net框架来提出这些方法的成功,然后通过执行1)型号的U-Net变体进行综合分析,2)模特内分类,建立更好的见解相关的挑战和解决方案。此外,本文还强调了基于U-Net框架在持续的大流行病,严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-COV-2)中的贡献也称为Covid-19。最后,分析了这些U-Net变体的优点和相似性以及生物医学图像分割所涉及的挑战,以发现该领域的未来未来的研究方向。
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卷积神经网络(CNN),是基于深度学习的医学图像分析的最普遍的体系结构,在功能上仍受其固有的电感偏见和不充分的接收场的限制。旨在解决这个问题的变压器由于其出色的捕获长期依赖的能力而引起了自然语言处理和计算机视觉的爆炸性关注。但是,最新的基于变压器的医学图像分割方法直接将香草变压器作为基于CNN的方法中的辅助模块应用于辅助模块,从而导致由于变压器中刚性贴片分配方案而导致严重的细节损失。为了解决这个问题,我们提出了C2FTRANS,这是一种新型的多尺度架构,将医学图像分割作为粗到精细的过程。 C2FTRAN主要由跨尺度的全局变压器(CGT)组成,该变压器(CGT)解决了CNN中的局部上下文相似性和边界感知的局部变压器(BLT),该局部变压器(BLT)克服了通过变压器中的刚性贴片分配带来的边界不确定性。具体而言,CGT在三个不同的小规模特征图上建立全球依赖性,以获得具有可接受的计算成本的丰富全球语义特征,而BLT通过在熵的指导下适应围绕边界的窗口来捕获中端依赖性,以降低计算复杂性并最小化最小基于大规模特征地图的详细损失。三个公共数据集的广泛实验结果证明了C2FTRAN的卓越性能与基于CNN的最新基于CNN和基于变压器的方法具有更少的参数和较低的拖失术。我们认为,C2Ftrans的设计将进一步激发未来在开发高效和轻量级变压器以进行医学图像细分方面的工作。本文的源代码可在https://github.com/xianlin7/c2ftrans上公开获得。
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脑肿瘤分割是医学图像分析中最具挑战性问题之一。脑肿瘤细分的目标是产生准确描绘脑肿瘤区域。近年来,深入学习方法在解决各种计算机视觉问题时表现出了有希望的性能,例如图像分类,对象检测和语义分割。基于深度学习的方法已经应用于脑肿瘤细分并取得了有希望的结果。考虑到最先进技术所制作的显着突破,我们使用本调查来提供最近开发的深层学习脑肿瘤分割技术的全面研究。在本次调查中选择并讨论了100多篇科学论文,广泛地涵盖了网络架构设计,在不平衡条件下的细分等技术方面,以及多种方式流程。我们还为未来的发展方向提供了富有洞察力的讨论。
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前导分割方法将输出图表示为像素网格。我们研究了一个替代表示,其中每个图像修补程序都是对象边缘的建模,作为具有与每种补丁标签概率耦合的$ k $顶点的多边形。通过采用可分辨率的神经渲染器来创建光栅图像来优化顶点。然后将划分区域与地面真相分割进行比较。我们的方法获得多个最先进的结果:76.26 \%Miou在城市景观验证,90.92 \%iou vaihingen建筑分割基准,66.82 \%iou for monu显微镜数据集,鸟类的90.91 \%基准幼崽。我们的培训和再现这些结果的代码作为补充。
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大多数息肉分段方法使用CNNS作为其骨干,导致在编码器和解码器之间的信息交换信息时的两个关键问题:1)考虑到不同级别特征之间的贡献的差异; 2)设计有效机制,以融合这些功能。不同于现有的基于CNN的方法,我们采用了一个变压器编码器,它学会了更强大和强大的表示。此外,考虑到息肉的图像采集影响和难以实现的性质,我们介绍了三种新模块,包括级联融合模块(CFM),伪装识别模块(CIM),A和相似性聚集模块(SAM)。其中,CFM用于从高级功能收集息肉的语义和位置信息,而CIM应用于在低级功能中伪装的息肉信息。在SAM的帮助下,我们将息肉区域的像素特征扩展到整个息肉区域的高电平语义位置信息,从而有效地融合了交叉级别特征。所提出的模型名为Polyp-PVT,有效地抑制了特征中的噪声,并显着提高了他们的表现力。在五个广泛采用的数据集上进行了广泛的实验表明,所提出的模型对各种具有挑战性的情况(例如,外观变化,小物体)比现有方法更加强大,并实现了新的最先进的性能。拟议的模型可在https://github.com/dengpingfan/polyp-pvt获得。
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The 1$^{\text{st}}$ Workshop on Maritime Computer Vision (MaCVi) 2023 focused on maritime computer vision for Unmanned Aerial Vehicles (UAV) and Unmanned Surface Vehicle (USV), and organized several subchallenges in this domain: (i) UAV-based Maritime Object Detection, (ii) UAV-based Maritime Object Tracking, (iii) USV-based Maritime Obstacle Segmentation and (iv) USV-based Maritime Obstacle Detection. The subchallenges were based on the SeaDronesSee and MODS benchmarks. This report summarizes the main findings of the individual subchallenges and introduces a new benchmark, called SeaDronesSee Object Detection v2, which extends the previous benchmark by including more classes and footage. We provide statistical and qualitative analyses, and assess trends in the best-performing methodologies of over 130 submissions. The methods are summarized in the appendix. The datasets, evaluation code and the leaderboard are publicly available at https://seadronessee.cs.uni-tuebingen.de/macvi.
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