宫颈癌是女性最常见的癌症类型之一。它占女性所有癌症的6-29%。它是由人类乳头状瘤病毒(HPV)引起的。宫颈癌的5年生存机会范围从17%-92%的范围内,具体取决于检测到的阶段。早期发现该疾病有助于更好地治疗患者。如今,许多深度学习算法被用于检测宫颈癌。一种被称为生成对抗网络(GAN)的深度学习技术的特殊类别正在赶上宫颈癌的筛查,检测和分类中的速度。在这项工作中,我们介绍了有关使用各种GAN模型,其应用以及用于其在宫颈癌成像领域的性能评估的评估指标的最新趋势的详细分析。
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数据已成为当今世界上最有价值的资源。随着数据驱动算法的大量扩散,例如基于深度学习的方法,数据的可用性引起了极大的兴趣。在这种情况下,特别需要高质量的培训,验证和测试数据集。体积数据是医学中非常重要的资源,因为它范围从疾病诊断到治疗监测。如果数据集足够,则可以培训模型来帮助医生完成这些任务。不幸的是,在某些情况和应用程序中,大量数据不可用。例如,在医疗领域,罕见疾病和隐私问题可能导致数据可用性受到限制。在非医学领域,获得足够数量的高质量数据的高成本也可能引起人们的关注。解决这些问题的方法可能是生成合成数据,以结合其他更传统的数据增强方法来执行数据增强。因此,关于3D生成对抗网络(GAN)的大多数出版物都在医疗领域内。生成现实合成数据的机制的存在是克服这一挑战的好资产,尤其是在医疗保健中,因为数据必须具有良好的质量并且接近现实,即现实,并且没有隐私问题。在这篇综述中,我们提供了使用GAN生成现实的3D合成数据的作品的摘要。因此,我们概述了具有共同体系结构,优势和缺点的这些领域中基于GAN的方法。我们提出了一种新颖的分类学,评估,挑战和研究机会,以提供医学和其他领域甘恩当前状态的整体概述。
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In biomedical image analysis, the applicability of deep learning methods is directly impacted by the quantity of image data available. This is due to deep learning models requiring large image datasets to provide high-level performance. Generative Adversarial Networks (GANs) have been widely utilized to address data limitations through the generation of synthetic biomedical images. GANs consist of two models. The generator, a model that learns how to produce synthetic images based on the feedback it receives. The discriminator, a model that classifies an image as synthetic or real and provides feedback to the generator. Throughout the training process, a GAN can experience several technical challenges that impede the generation of suitable synthetic imagery. First, the mode collapse problem whereby the generator either produces an identical image or produces a uniform image from distinct input features. Second, the non-convergence problem whereby the gradient descent optimizer fails to reach a Nash equilibrium. Thirdly, the vanishing gradient problem whereby unstable training behavior occurs due to the discriminator achieving optimal classification performance resulting in no meaningful feedback being provided to the generator. These problems result in the production of synthetic imagery that is blurry, unrealistic, and less diverse. To date, there has been no survey article outlining the impact of these technical challenges in the context of the biomedical imagery domain. This work presents a review and taxonomy based on solutions to the training problems of GANs in the biomedical imaging domain. This survey highlights important challenges and outlines future research directions about the training of GANs in the domain of biomedical imagery.
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在这项工作中,我们介绍了DCGAN的实证研究,包括超参数启发式方法和图像质量评估,以解决研究数据集的稀缺性,以研究胎儿头超声。我们提出了实验,以显示不同图像分辨率,时期,数据集大小输入和对四个指标质量图像评估的学习速率的影响:互信息(MI),fr \'Echet Inception Inteption距离(FID),峰值信号到峰值信号-noise比率(PSNR)和局部二进制模式矢量(LBPV)。结果表明,FID和LBPV与临床图像质量评分具有更强的关系。复制此工作的资源可在\ url {https://github.com/budai4medtech/miua2022}中获得。
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组织病理学分析是对癌前病变诊断的本金标准。从数字图像自动组织病理学分类的目标需要监督培训,这需要大量的专家注释,这可能是昂贵且耗时的收集。同时,精确分类从全幻灯片裁剪的图像斑块对于基于标准滑动窗口的组织病理学幻灯片分类方法是必不可少的。为了减轻这些问题,我们提出了一个精心设计的条件GaN模型,即hostogan,用于在类标签上合成现实组织病理学图像补丁。我们还研究了一种新颖的合成增强框架,可选择地添加由我们提出的HADOGAN生成的新的合成图像补丁,而不是直接扩展与合成图像的训练集。通过基于其指定标签的置信度和实际标记图像的特征相似性选择合成图像,我们的框架为合成增强提供了质量保证。我们的模型在两个数据集上进行评估:具有有限注释的宫颈组织病理学图像数据集,以及具有转移性癌症的淋巴结组织病理学图像的另一个数据集。在这里,我们表明利用具有选择性增强的组织产生的图像导致对宫颈组织病理学和转移性癌症数据集分别的分类性能(分别为6.7%和2.8%)的显着和一致性。
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病理学家对患病组织的视觉微观研究一直是一个多世纪以来癌症诊断和预后的基石。最近,深度学习方法在组织图像的分析和分类方面取得了重大进步。但是,关于此类模型在生成组织病理学图像的实用性方面的工作有限。这些合成图像在病理学中有多种应用,包括教育,熟练程度测试,隐私和数据共享的公用事业。最近,引入了扩散概率模型以生成高质量的图像。在这里,我们首次研究了此类模型的潜在用途以及优先的形态加权和颜色归一化,以合成脑癌的高质量组织病理学图像。我们的详细结果表明,与生成对抗网络相比,扩散概率模型能够合成各种组织病理学图像,并且具有较高的性能。
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组织病理学癌症诊断是基于对染色组织载玻片的视觉检查。苏木精和曙红(H \&E)是全球常规使用的标准污渍。它很容易获取和成本效益,但是细胞和组织成分与深蓝色和粉红色的色调相对低,从而使视觉评估,数字图像分析和定量变得困难。这些局限性可以通过IHC的靶蛋白的IHC染色来克服。 IHC提供了细胞和组织成分的选择性高对比度成像,但是它们的使用在很大程度上受到了更为复杂的实验室处理和高成本的限制。我们提出了一个条件周期(CCGAN)网络,以将H \&E染色的图像转换为IHC染色图像,从而促进同一幻灯片上的虚拟IHC染色。这种数据驱动的方法仅需要有限的标记数据,但会生成像素级分割结果。提出的CCGAN模型通过添加类别条件并引入两个结构性损失函数,改善了原始网络\ cite {Zhu_unpaired_2017},从而实现多重辅助翻译并提高了翻译精度。 %需要在这里给出理由。实验表明,所提出的模型在不配对的图像翻译中胜过具有多材料的原始方法。我们还探索了未配对的图像对图像翻译方法的潜力,该方法应用于其他组织学图像与不同染色技术相关的任务。
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Accurate segmentation of live cell images has broad applications in clinical and research contexts. Deep learning methods have been able to perform cell segmentations with high accuracy; however developing machine learning models to do this requires access to high fidelity images of live cells. This is often not available due to resource constraints like limited accessibility to high performance microscopes or due to the nature of the studied organisms. Segmentation on low resolution images of live cells is a difficult task. This paper proposes a method to perform live cell segmentation with low resolution images by performing super-resolution as a pre-processing step in the segmentation pipeline.
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We propose a novel hematoxylin and eosin (H&E) stain normalization method based on a modified U-Net neural network architecture. Unlike previous deep-learning methods that were often based on generative adversarial networks (GANs), we take a teacher-student approach and use paired datasets generated by a trained CycleGAN to train a U-Net to perform the stain normalization task. Through experiments, we compared our method to two recent competing methods, CycleGAN and StainNet, a lightweight approach also based on the teacher-student model. We found that our method is faster and can process larger images with better quality compared to CycleGAN. We also compared to StainNet and found that our method delivered quantitatively and qualitatively better results.
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生成的对抗网络(GAN)是在众多领域成功使用的一种强大的深度学习模型。它们属于一个称为生成方法的更广泛的家族,该家族通过从真实示例中学习样本分布来生成新数据。在临床背景下,与传统的生成方法相比,GAN在捕获空间复杂,非线性和潜在微妙的疾病作用方面表现出增强的能力。这篇综述评估了有关gan在各种神经系统疾病的成像研究中的应用的现有文献,包括阿尔茨海默氏病,脑肿瘤,脑老化和多发性硬化症。我们为每个应用程序提供了各种GAN方法的直观解释,并进一步讨论了在神经影像学中利用gans的主要挑战,开放问题以及有希望的未来方向。我们旨在通过强调如何利用gan来支持临床决策,并有助于更好地理解脑部疾病的结构和功能模式,从而弥合先进的深度学习方法和神经病学研究之间的差距。
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现实的高光谱图像(HSI)超分辨率(SR)技术旨在从其低分辨率(LR)对应物中产生具有更高光谱和空间忠诚的高分辨率(HR)HSI。生成的对抗网络(GAN)已被证明是图像超分辨率的有效深入学习框架。然而,现有GaN的模型的优化过程经常存在模式崩溃问题,导致光谱间不变重建容量有限。这可能导致所生成的HSI上的光谱空间失真,尤其是具有大的升级因子。为了缓解模式崩溃的问题,这项工作提出了一种与潜在编码器(Le-GaN)耦合的新型GaN模型,其可以将产生的光谱空间特征从图像空间映射到潜在空间并产生耦合组件正规化生成的样本。基本上,我们将HSI视为嵌入在潜在空间中的高维歧管。因此,GaN模型的优化被转换为学习潜在空间中的高分辨率HSI样本的分布的问题,使得产生的超分辨率HSI的分布更接近其原始高分辨率对应物的那些。我们对超级分辨率的模型性能进行了实验评估及其在缓解模式崩溃中的能力。基于具有不同传感器(即Aviris和UHD-185)的两种实际HSI数据集进行了测试和验证,用于各种升高因素并增加噪声水平,并与最先进的超分辨率模型相比(即Hyconet,LTTR,Bagan,SR-GaN,Wgan)。
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图像超分辨率(SR)是重要的图像处理方法之一,可改善计算机视野领域的图像分辨率。在过去的二十年中,在超级分辨率领域取得了重大进展,尤其是通过使用深度学习方法。这项调查是为了在深度学习的角度进行详细的调查,对单像超分辨率的最新进展进行详细的调查,同时还将告知图像超分辨率的初始经典方法。该调查将图像SR方法分类为四个类别,即经典方法,基于学习的方法,无监督学习的方法和特定领域的SR方法。我们还介绍了SR的问题,以提供有关图像质量指标,可用参考数据集和SR挑战的直觉。使用参考数据集评估基于深度学习的方法。一些审查的最先进的图像SR方法包括增强的深SR网络(EDSR),周期循环gan(Cincgan),多尺度残留网络(MSRN),Meta残留密度网络(META-RDN) ,反复反射网络(RBPN),二阶注意网络(SAN),SR反馈网络(SRFBN)和基于小波的残留注意网络(WRAN)。最后,这项调查以研究人员将解决SR的未来方向和趋势和开放问题的未来方向和趋势。
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Generative models have been very successful over the years and have received significant attention for synthetic data generation. As deep learning models are getting more and more complex, they require large amounts of data to perform accurately. In medical image analysis, such generative models play a crucial role as the available data is limited due to challenges related to data privacy, lack of data diversity, or uneven data distributions. In this paper, we present a method to generate brain tumor MRI images using generative adversarial networks. We have utilized StyleGAN2 with ADA methodology to generate high-quality brain MRI with tumors while using a significantly smaller amount of training data when compared to the existing approaches. We use three pre-trained models for transfer learning. Results demonstrate that the proposed method can learn the distributions of brain tumors. Furthermore, the model can generate high-quality synthetic brain MRI with a tumor that can limit the small sample size issues. The approach can addresses the limited data availability by generating realistic-looking brain MRI with tumors. The code is available at: ~\url{https://github.com/rizwanqureshi123/Brain-Tumor-Synthetic-Data}.
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像指纹一样的生物识别验证已成为用户身份验证和验证现代技术不可或缺的一部分。它在我们大多数人所意识到的更多方面普遍存在。但是,如果手指脏,湿,受伤或传感器故障时,这些指纹图像的质量会恶化。因此,通过去除噪声并将其重组以重组图像对于其身份验证至关重要,从而解除原始指纹。因此,本文提出了一种深入学习方法,以使用生成(GAN)和细分模型来解决这些问题。在Pix2Pixgan和Cyclean(生成模型)以及U-NET(分割模型)之间进行了定性和定量比较。为了训练该模型,我们创建了自己的数据集NFD-精心设计的嘈杂的指纹数据集,具有不同的背景以及某些图像中的划痕,以使其更现实和强大。在我们的研究中,U-NET模型的性能比GAN网络更好
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盲目图像超分辨率(SR)是CV的长期任务,旨在恢复患有未知和复杂扭曲的低分辨率图像。最近的工作主要集中在采用更复杂的退化模型来模拟真实世界的降级。由此产生的模型在感知损失和产量感知令人信服的结果取得了突破性。然而,电流生成的对抗性网络结构所带来的限制仍然是显着的:处理像素同样地导致图像的结构特征的无知,并且导致性能缺点,例如扭曲线和背景过度锐化或模糊。在本文中,我们提出了A-ESRAN,用于盲人SR任务的GAN模型,其特色是基于U-NET的U-NET的多尺度鉴别器,可以与其他发电机无缝集成。据我们所知,这是第一项介绍U-Net结构作为GaN解决盲人问题的鉴别者的工作。本文还给出了对模型的多规模注意力突破的机制的解释。通过对现有作品的比较实验,我们的模型在非参考自然图像质量评估员度量上提出了最先进的水平性能。我们的消融研究表明,利用我们的鉴别器,基于RRDB的发电机可以利用多种尺度中图像的结构特征,因此与先前作品相比,更加感知地产生了感知的高分辨率图像。
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糖尿病足溃疡(DFUS)对于糖尿病患者来说是严重的并发症。为了实现现有溃疡的早期诊断,预防溃疡和并发症管理,可以通过自我管理来大大改善DFU患者的护理。在本文中,我们研究了两类图像到图像翻译技术(ITITT),这些技术将支持糖尿病足溃疡的决策和监测:降噪和超分辨率。在前一种情况下,我们调查了消除噪声的功能,用于卷积神经网络堆叠的AutoCoders(CNN-SAE)。在用高斯噪声诱导的RGB图像上测试了CNN-SAE。后一种情况涉及部署四个深度学习超分辨率模型。对于两种情况,所有模型的性能均以执行时间和感知质量进行评估。结果表明,应用技术组成了可行且易于实现的替代方案,该替代方案应由设计用于DFU监视的任何系统使用。
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具有高分辨率的视网膜光学相干断层扫描术(八八)对于视网膜脉管系统的定量和分析很重要。然而,八颗图像的分辨率与相同采样频率的视野成反比,这不利于临床医生分析较大的血管区域。在本文中,我们提出了一个新型的基于稀疏的域适应超分辨率网络(SASR),以重建现实的6x6 mm2/低分辨率/低分辨率(LR)八八粒图像,以重建高分辨率(HR)表示。更具体地说,我们首先对3x3 mm2/高分辨率(HR)图像进行简单降解,以获得合成的LR图像。然后,采用一种有效的注册方法在6x6 mm2图像中以其相应的3x3 mm2图像区域注册合成LR,以获得裁切的逼真的LR图像。然后,我们提出了一个多级超分辨率模型,用于对合成数据进行全面监督的重建,从而通过生成的对流策略指导现实的LR图像重建现实的LR图像,该策略允许合成和现实的LR图像可以在特征中统一。领域。最后,新型的稀疏边缘感知损失旨在动态优化容器边缘结构。在两个八八集中进行的广泛实验表明,我们的方法的性能优于最先进的超分辨率重建方法。此外,我们还研究了重建结果对视网膜结构分割的性能,这进一步验证了我们方法的有效性。
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The success of Deep Learning applications critically depends on the quality and scale of the underlying training data. Generative adversarial networks (GANs) can generate arbitrary large datasets, but diversity and fidelity are limited, which has recently been addressed by denoising diffusion probabilistic models (DDPMs) whose superiority has been demonstrated on natural images. In this study, we propose Medfusion, a conditional latent DDPM for medical images. We compare our DDPM-based model against GAN-based models, which constitute the current state-of-the-art in the medical domain. Medfusion was trained and compared with (i) StyleGan-3 on n=101,442 images from the AIROGS challenge dataset to generate fundoscopies with and without glaucoma, (ii) ProGAN on n=191,027 from the CheXpert dataset to generate radiographs with and without cardiomegaly and (iii) wGAN on n=19,557 images from the CRCMS dataset to generate histopathological images with and without microsatellite stability. In the AIROGS, CRMCS, and CheXpert datasets, Medfusion achieved lower (=better) FID than the GANs (11.63 versus 20.43, 30.03 versus 49.26, and 17.28 versus 84.31). Also, fidelity (precision) and diversity (recall) were higher (=better) for Medfusion in all three datasets. Our study shows that DDPM are a superior alternative to GANs for image synthesis in the medical domain.
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类别不平衡发生在许多实际应用程序中,包括图像分类,其中每个类中的图像数量显着不同。通过不平衡数据,生成的对抗网络(GANS)倾向于多数类样本。最近的两个方法,平衡GaN(Bagan)和改进的Bagan(Bagan-GP)被提出为增强工具来处理此问题并将余额恢复到数据。前者以无人监督的方式预先训练自动化器权重。但是,当来自不同类别的图像具有类似的特征时,它是不稳定的。后者通过促进监督的自动化培训培训,基于蒲甘进行改善,但预先培训偏向于多数阶级。在这项工作中,我们提出了一种新颖的条件变形式自动化器,具有用于生成的对抗性网络(CAPAN)的平衡训练,作为生成现实合成图像的增强工具。特别是,我们利用条件卷积改变自动化器,为GaN初始化和梯度惩罚培训提供了监督和平衡的预培训。我们所提出的方法在高度不平衡版本的MNIST,时尚 - MNIST,CIFAR-10和两个医学成像数据集中呈现出卓越的性能。我们的方法可以在FR \'回路截止距离,结构相似性指数测量和感知质量方面综合高质量的少数民族样本。
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生成模型生成的合成数据可以增强医学成像中渴望数据深度学习模型的性能和能力。但是,(1)(合成)数据集的可用性有限,并且(2)生成模型训练很复杂,这阻碍了它们在研究和临床应用中的采用。为了减少此入口障碍,我们提出了Medigan,Medigan是一站式商店,用于验证的生成型号,该型号是开源框架 - 不合骨python图书馆。 Medigan允许研究人员和开发人员仅在几行代码中创建,增加和域名。在基于收集的最终用户需求的设计决策的指导下,我们基于生成模型的模块化组件(i)执行,(ii)可视化,(iii)搜索和排名以及(iv)贡献。图书馆的可伸缩性和设计是通过其越来越多的综合且易于使用的验证生成模型来证明的,该模型由21种模型组成,利用9种不同的生成对抗网络体系结构在4个域中在11个数据集中训练,即乳腺摄影,内窥镜检查,X射线和X射线和X射线镜头,X射线和X型。 MRI。此外,在这项工作中分析了Medigan的3个应用,其中包括(a)启用社区范围内的限制数据共享,(b)研究生成模型评估指标以及(c)改进临床下游任务。在(b)中,扩展了公共医学图像综合评估和报告标准,我们根据图像归一化和特定于放射学特征提取了Fr \'Echet Inception距离变异性。
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