高流量鼻腔插管(HFNC)为批判性儿童提供了非侵入性呼吸支持,这些儿童可能比其他非侵入性(NIV)技术更容易耐受。及时预测HFNC故障可以提供增加呼吸支持的指示。这项工作开发并比较了机器学习模型来预测HFNC故障。从2010年1月到2月20日至2月的患者EMR进行了患者EMR进行了回顾性研究。培训了长期内记忆(LSTM)模型,以产生连续预测HFNC故障。在HFNC启动后的各个时间使用接收器操作曲线(AUROC)下的区域评估性能。还评估了HFNC启动后2小时后预测的敏感性,特异性,正面和消极预测值(PPV,NPV)。这些指标也以主要呼吸诊断的群组计算。 834 HFNC试验[455培训,173次验证,206检验]符合纳入标准,其中175 [103,30,42](21.0%)升级至NIV或插管。具有转移学习的LSTM模型通常比LR模型更好地执行,最佳LSTM模型在启动后2小时实现0.78,VS 0.66的AUTOC。使用EMR数据培训的机器学习模型能够在发起24小时内识别出现在HFNC中失败的风险的风险。 LSTM模型结合了转移学习,输入数据持久性和合奏显示的性能提高了LR和标准LSTM模型。
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最近应用于从密集护理单位收集的时间序列的机器学习方法的成功暴露了缺乏标准化的机器学习基准,用于开发和比较这些方法。虽然原始数据集(例如MIMIC-IV或EICU)可以在物理体上自由访问,但是选择任务和预处理的选择通常是针对每个出版物的ad-hoc,限制出版物的可比性。在这项工作中,我们的目标是通过提供覆盖大型ICU相关任务的基准来改善这种情况。使用HirID数据集,我们定义与临床医生合作开发的多个临床相关任务。此外,我们提供可重复的端到端管道,以构建数据和标签。最后,我们提供了对当前最先进的序列建模方法的深入分析,突出了这种类型数据的深度学习方法的一些限制。通过这款基准,我们希望为研究界提供合理比较的可能性。
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谵妄是急性急性发病脑功能障碍,在紧急情况下,与较高的死亡率有关。由于其演示和风险因素难以检测和监测,这取决于患者的潜在病情。在我们的研究中,我们旨在识别谵妄人口中的亚型,并建立使用医疗信息MART进行密集护理IV(MIMIC-IV)数据来检测谵妄的亚组特定的预测模型。我们表明谵妄存在于谵妄中。对于特定于组的预测模型,还观察到特征重要性的差异。我们的工作可以重新校准每个谵妄亚组的现有谵妄预测模型,并提高ICU或急诊部门患者的谵妄检测和监测的精度。
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对世界各地的急诊部门(ED)服务的需求不断增长,特别是在Covid-19大流行下。风险三环在优先考虑最需要它们的患者的有限医疗资源方面发挥着至关重要的作用。最近,普遍使用电子健康记录(EHR)已经产生了大量的存储数据,伴随着开发可改善紧急护理的预测模型的巨大机会。然而,没有基于大型公共EHR的广泛接受的ED基准,这是新的研究人员可以轻松访问的基准。填补这种差距的成功可以使研究人员更快,方便地开始研究,而无需详细数据预处理,并促进不同研究和方法之间的比较。在本文中,基于医疗信息MART为重症监护IV急诊部门(MIMIC-IV-ED)数据库,我们提出了一款公共ED基准套件,并获得了从2011年到2019年的50万ED访问的基准数据集。三个ed已经介绍了基于预测任务(住院,关键结果和72小时ED Revisit),其中实施了各种流行的方法,从机器学习方法到临床评分系统进行了实施。他们的性能结果评估并进行了比较。我们的代码是开源,因此任何具有访问模仿-IV-ED的人都可以遵循相同的数据处理步骤,构建基准,并重现实验。本研究提供了洞察力,建议,以及未来研究人员的协议,以处理原始数据并快速建立紧急护理模型。
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机器学习系统对通过风险分数预测患者不良事件的预测显示出了巨大的希望。但是,根据培训数据中存在的干预政策,这些风险分数隐含地编码有关患者可能会接受的未来干预措施的假设。没有这种重要的背景,这些系统的预测对于临床医生而言是不太可解释的。我们提出了一种干预政策和不利事件风险的联合模型,以此作为明确传达模型对未来干预措施的假设的一种手段。我们开发了一种关于Mimic-III的干预政策模型,这是一个现实世界中的ICU数据集,并讨论了一些用例突出该方法的实用性。我们展示了将典型的风险评分(例如死亡率的可能性)与未来干预概率分数相结合,从而导致更明显的临床预测。
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传统机器学习方法面临两种主要挑战,在处理医疗保健预测分析任务方面。首先,医疗保健数据的高维性质需要劳动密集型和耗时的过程,为每项新任务选择适当的功能集。其次,这些方法依赖于特征工程来捕获患者数据的顺序性,这可能无法充分利用医疗事件的时间模式及其依赖性。最近的深度学习方法通​​过解决医疗数据的高维和时间挑战,对各种医疗保健预测任务显示了有希望的性能。这些方法可以学习关键因素(例如,医学概念或患者)的有用表示及其与高维原始或最低处理的医疗保健数据的相互作用。在本文中,我们系统地审查了专注于推进和使用深神经网络的研究,以利用患者结构化时间序列数据进行医疗保健预测任务。为了识别相关研究,搜索MEDLINE,IEEE,SCOPUS和ACM数字图书馆于2021年2月7日出版的研究。我们发现研究人员在十个研究流中为深度时间序列预测文献做出了贡献:深入学习模型,缺少价值处理,不规则处理,患者表示,静态数据包容,关注机制,解释,纳入医疗本体,学习策略和可扩展性。本研究总结了这些文献流的研究见解,确定了几个关键研究差距,并提出了未来的患者时间序列数据深入学习的研究机会。
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源于机器学习和优化的临床决策支持工具可以为医疗保健提供者提供显着的价值,包括通过更好地管理重症监护单位。特别是,重要的是,患者排放任务在降低患者的住宿时间(以及相关住院费用)和放弃决策后的入院甚至死亡的风险之间存在对细微的折衷。这项工作介绍了一个端到端的一般框架,用于捕获这种权衡,以推荐患者电子健康记录的最佳放电计时决策。数据驱动方法用于导出捕获患者的生理条件的解析,离散状态空间表示。基于该模型和给定的成本函数,在数值上制定并解决了无限的地平线折扣明马尔科夫决策过程,以计算最佳的排放政策,其价值使用违规评估策略进行评估。进行广泛的数值实验以使用现实生活重症监护单元患者数据来验证所提出的框架。
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COVID-19的大流行造成了毁灭性的经济和社会破坏,使全球医疗机构的资源紧张。这导致全国范围内呼吁模型预测Covid-19患者的住院和严重疾病,以告知有限医疗资源的分配。我们回应针对儿科人群的其中一种。为了应对这一挑战,我们使用电子健康记录研究了针对儿科人群的两项预测任务:1)预测哪些儿童更有可能住院,而2)在住院儿童中,哪些孩子更有可能出现严重的症状。我们通过新颖的机器学习模型MEDML应对国家儿科Covid-19数据挑战。 MEDML根据超过600万个医学概念的医学知识和倾向得分提取了最预测的特征,并通过图神经网络(GNN)结合了异质医学特征之间的功能间关系。我们使用来自国家队列协作(N3C)数据集的数据评估了143,605名患者的MEDML,并在143,605名患者的住院预测任务中评估了严重性预测任务的11,465名患者。我们还报告了详细的小组级和个人级特征的重要性分析,以评估模型的解释性。与最佳的基线机器学习模型相比,MEDML的AUROC得分高达7%,AUPRC得分高达14%,并且自大流行以来的所有九个国家地理区域以及所有三个月的跨度都表现良好。我们的跨学科研究团队开发了一种将临床领域知识纳入新型机器学习模型的框架的方法,该框架比当前最新的数据驱动的功能选择方法更具预测性和可解释。
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30天的医院再入院是一个长期存在的医疗问题,会影响患者的发病率和死亡率,每年造成数十亿美元的损失。最近,已经创建了机器学习模型来预测特定疾病患者的住院再入院风险,但是不存在任何模型来预测所有患者的风险。我们开发了一个双向长期记忆(LSTM)网络,该网络能够使用随时可用的保险数据(住院访问,门诊就诊和药物处方)来预测任何入院患者的30天重新入选,无论其原因如何。使用历史,住院和入院后数据时,表现最佳模型的ROC AUC为0.763(0.011)。 LSTM模型显着优于基线随机森林分类器,表明了解事件的顺序对于模型预测很重要。与仅住院数据相比,与住院数据相比,将30天的历史数据纳入也显着改善了模型性能,这表明患者入院前的临床病史,包括门诊就诊和药房数据是重新入院的重要贡献者。我们的结果表明,机器学习模型能够使用结构化保险计费数据以合理的准确性来预测住院再入院的风险。由于可以从网站中提取计费数据或同等代理人,因此可以部署此类模型以识别有入院风险的患者,或者分配更多可靠的随访(更近的后续后续,家庭健康,邮寄药物) - 出院后风险患者。
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Sepsis is a deadly condition affecting many patients in the hospital. Recent studies have shown that patients diagnosed with sepsis have significant mortality and morbidity, resulting from the body's dysfunctional host response to infection. Clinicians often rely on the use of Sequential Organ Failure Assessment (SOFA), Systemic Inflammatory Response Syndrome (SIRS), and the Modified Early Warning Score (MEWS) to identify early signs of clinical deterioration requiring further work-up and treatment. However, many of these tools are manually computed and were not designed for automated computation. There have been different methods used for developing sepsis onset models, but many of these models must be trained on a sufficient number of patient observations in order to form accurate sepsis predictions. Additionally, the accurate annotation of patients with sepsis is a major ongoing challenge. In this paper, we propose the use of Active Learning Recurrent Neural Networks (ALRts) for short temporal horizons to improve the prediction of irregularly sampled temporal events such as sepsis. We show that an active learning RNN model trained on limited data can form robust sepsis predictions comparable to models using the entire training dataset.
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COVID-19大流行对全球医疗保健系统造成了沉重的负担,并造成了巨大的社会破坏和经济损失。已经提出了许多深度学习模型来执行临床预测任务,例如使用电子健康记录(EHR)数据在重症监护病房中为Covid-19患者的死亡率预测。尽管在某些临床应用中取得了最初的成功,但目前缺乏基准测试结果来获得公平的比较,因此我们可以选择最佳模型以供临床使用。此外,传统预测任务的制定与重症监护现实世界的临床实践之间存在差异。为了填补这些空白,我们提出了两项​​临床预测任务,特定于结局的预测和重症监护病房中的COVID-19患者的早期死亡率预测。这两个任务是根据幼稚的停车时间和死亡率预测任务的改编,以适应COVID-19患者的临床实践。我们提出了公平,详细的开源数据预处管道,并评估了两项任务的17个最先进的预测模型,包括5个机器学习模型,6种基本的深度学习模型和6种专门为EHR设计的深度学习预测模型数据。我们使用来自两个现实世界Covid-19 EHR数据集的数据提供基准测试结果。这两个数据集都可以公开可用,而无需任何查询,并且可以根据要求访问一个数据集。我们为两项任务提供公平,可重复的基准测试结果。我们在在线平台上部署所有实验结果和模型。我们还允许临床医生和研究人员将其数据上传到平台上,并使用训练有素的模型快速获得预测结果。我们希望我们的努力能够进一步促进Covid-19预测建模的深度学习和机器学习研究。
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口服食物挑战(OFC)对于准确诊断患者的食物过敏至关重要。但是,患者不愿接受OFC,对于那些这样做的患者,在农村/社区医疗保健环境中,对过敏症患者的使用率有限。通过机器学习方法对OFC结果的预测可以促进在家中食品过敏原的删除,在OFC中改善患者和医师的舒适度,并通过最大程度地减少执行的OFC的数量来节省医疗资源。临床数据是从共同接受1,284个OFC的1,12例患者那里收集的,包括临床因素,包括血清特异性IgE,总IgE,皮肤刺测试(SPTS),症状,性别和年龄。使用这些临床特征,构建了机器学习模型,以预测花生,鸡蛋和牛奶挑战的结果。每种过敏原的最佳性能模型是使用凹入和凸内核(LUCCK)方法创建的,该方法在曲线(AUC)(AUC)下分别用于花生,鸡蛋和牛奶OFC预测为0.76、0.68和0.70, 。通过Shapley添加说明(SHAP)的模型解释表明,特定的IgE以及SPTS的Wheal和Flare值高度预测了OFC结果。该分析的结果表明,机器学习有可能预测OFC结果,并揭示了相关的临床因素进行进一步研究。
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搅拌是痴呆症患病率高的神经精神症状之一,可以对日常生活(ADL)的活动产生负面影响,以及个体的独立性。检测搅拌剧集可以帮助提前及时地提供痴呆症(PLWD)的人们。分析搅拌剧集还将有助于识别可修改的因素,例如环境温度和睡眠中的睡眠,导致个体搅动。这项初步研究提出了一种监督学习模型,用于分析PLWD中搅动风险,使用家庭监控数据。家庭监控数据包括来自2019年4月2021年4月至6月至6月20日至6月20日至6月至6月间PLWD的运动传感器,生理测量和厨房电器的使用。我们应用经常性的深度学习模型,以识别验证和记录的临床监测团队验证和记录的搅拌集团。我们提出了评估拟议模型的功效的实验。拟议的模型平均召回79.78%的召回,27.66%的精确度和37.64%的F1分数在采用最佳参数时得分,表明识别搅动事件的良好能力。我们还使用机器学习模型讨论使用连续监测数据分析行为模式,并探索临床适用性以及敏感性和特异性监控应用之间的选择。
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影响重症患者护理的许多基本问题会带来类似的分析挑战:医生无法轻易估计处于危险的医疗状况或治疗的影响,因为医疗状况和药物的因果影响是纠缠的。他们也无法轻易进行研究:没有足够的高质量数据来进行高维观察性因果推断,并且通常无法在道德上进行RCT。但是,机械知识可获得,包括如何吸收人体药物,并且这些知识与有限数据的结合可能就足够了 - 如果我们知道如何结合它们。在这项工作中,我们提出了一个框架,用于在这些复杂条件下对重症患者的因果影响估算:随着时间的流逝,药物与观察之间的相互作用,不大的患者数据集以及可以代替缺乏数据的机械知识。我们将此框架应用于影响重症患者的极其重要的问题,即癫痫发作和大脑中其他潜在有害的电气事件的影响(称为癫痫样活动 - EA)对结局。鉴于涉及的高赌注和数据中的高噪声,可解释性对于解决此类复杂问题的故障排除至关重要。我们匹配的小组的解释性使神经科医生可以执行图表审查,以验证我们的因果分析的质量。例如,我们的工作表明,患者经历了高水平的癫痫发作般的活动(75%的EA负担),并且未经治疗的六个小时的窗口未受治疗,平均而言,这种不良后果的机会增加了16.7%。作为严重的大脑损伤,终生残疾或死亡。我们发现患有轻度但长期EA的患者(平均EA负担> = 50%)患有不良结果的风险增加了11.2%。
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为了推动满足所有人需求并使医疗保健民主化的健康创新,有必要评估各种分配转变的深度学习(DL)算法的概括性能,以确保这些算法具有强大的态度。据我们所知,这项回顾性研究是第一个开发和评估从跨种族,年龄和性别的长期跳动间隔的AF事件检测的深度学习模型(DL)模型的概括性能(DL)模型的概括。新的复发DL模型(表示为ARNET2)是在2,147名患者的大型回顾性数据集中开发的,总计51,386小时连续心电图(ECG)。对来自四个中心(美国,以色列,日本和中国)的手动注释测试集评估了模型的概括,总计402名患者。该模型在以色列海法的Rambam医院Holter Clinic的1,730个Consecutives Holter记录中进一步验证了该模型。该模型的表现优于最先进的模型,并且在种族,年龄和性别之间进行了广泛的良好。女性的表现高于男性和年轻人(不到60岁),并且在种族之间显示出一些差异。解释这些变化的主要发现是心房颤动患病率更高(AFL)的群体的性能受损。我们关于跨组的ARNET2相对性能的发现可能对选择相对于感兴趣群的首选AF检查方法具有临床意义。
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人类服务系统做出关键决策,影响社会中的个人。美国儿童福利系统做出了这样的决定,从筛查热线报告的报告报告,涉嫌虐待或忽视儿童保护性调查,使儿童接受寄养,再到将儿童返回永久家庭环境。这些对儿童生活的复杂而有影响力的决定取决于儿童福利决策者的判断。儿童福利机构一直在探索使用包括机器学习(ML)的经验,数据信息的方法来支持这些决策的方法。本文描述了ML支持儿童福利决策的概念框架。 ML框架指导儿童福利机构如何概念化ML可以解决的目标问题;兽医可用的管理数据用于构建ML;制定和开发ML规格,以反映机构正在进行的相关人群和干预措施;随着时间的流逝,部署,评估和监视ML作为儿童福利环境,政策和实践变化。道德考虑,利益相关者的参与以及避免框架的影响和成功的共同陷阱。从摘要到具体,我们描述了该框架的一种应用,以支持儿童福利决策。该ML框架虽然以儿童福利为中心,但可以推广用于解决其他公共政策问题。
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大型和深度电子医疗保健记录(EHR)数据集的可用性有可能更好地了解现实世界中的患者旅行,并鉴定出新的患者亚组。基于ML的EHR数据集合主要是工具驱动的,即基于可用或新开发的方法的构建。但是,这些方法,它们的输入要求以及最重要的是,通常难以解释产量,尤其是没有深入的数据科学或统计培训。这危害了需要进行可行且具有临床意义的解释的最后一步。这项研究研究了使用大型EHR数据集和多种聚类方法进行临床研究的方法进行大规模进行患者分层分析的方法。我们已经开发了几种工具来促进无监督的患者分层结果的临床评估和解释,即模式筛查,元聚类,替代建模和策展。这些工具可以在分析中的不同阶段使用。与标准分析方法相比,我们证明了凝结结果并优化分析时间的能力。在元聚类的情况下,我们证明了患者簇的数量可以从72减少到3。在另一个分层的结果中,通过使用替代模型,我们可以迅速确定如果有血液钠测量值可用,则可以对心力衰竭患者进行分层。由于这是对所有心力衰竭患者进行的常规测量,因此表明数据偏差。通过使用进一步的队列和特征策展,可以去除这些患者和其他无关的特征以提高临床意义。这些示例显示了拟议方法的有效性,我们希望鼓励在该领域的进一步研究。
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背景:几项研究突出了考虑急性冠状动脉综合征(ACS)诊断和治疗性差异的重要性。然而,几乎已经研究了ACS子群中的性别特异性风险标志物。本研究旨在探索机器学习(ML)模型,以识别从电子健康记录(EHR)的公共数据库中的ACS子群体中的妇女和男性的住院死亡率标志。方法:从医疗信息MART中提取1,299名患有的ST升高的心肌梗死(Stemi)和2,820名非St-Expation心肌梗死患者进行重症监护(MIMIC)-III数据库。我们培训和验证了死亡率预测模型,并使用了可解释性技术来识别每个子群体的性别特异性标记。结果:基于极端梯度升压的模型(XGBoost)实现了最高性能:STEMI和AUC = 0.94(95 \%CI:0.80- 0.90)为nstemi。对于STEMI,女性的顶部标记是慢性肾功能衰竭,心率高,年龄超过70岁。对于男性来说,顶部标记是急性肾功能衰竭,高肌钙蛋白T水平,年龄超过75岁。然而,对于NStemi,女性的顶部标记较低,肌钙蛋白水平低,尿素水平高,80多年。对于男性来说,顶部标记是高心率,肌酐水平,年龄超过70岁。结论:我们的结果表明,通过解释ehrs培训的ML死亡率模型,通过解释ML死亡率模型显示不同ACS子群的可能的显着和相干的性别特异性风险标记。在妇女与男性的确定风险标志中观察到差异,突出了考虑性别特异性标记在实施更适当的治疗策略和更好的临床结果方面的重要性。
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Pneumonia, a respiratory infection brought on by bacteria or viruses, affects a large number of people, especially in developing and impoverished countries where high levels of pollution, unclean living conditions, and overcrowding are frequently observed, along with insufficient medical infrastructure. Pleural effusion, a condition in which fluids fill the lung and complicate breathing, is brought on by pneumonia. Early detection of pneumonia is essential for ensuring curative care and boosting survival rates. The approach most usually used to diagnose pneumonia is chest X-ray imaging. The purpose of this work is to develop a method for the automatic diagnosis of bacterial and viral pneumonia in digital x-ray pictures. This article first presents the authors' technique, and then gives a comprehensive report on recent developments in the field of reliable diagnosis of pneumonia. In this study, here tuned a state-of-the-art deep convolutional neural network to classify plant diseases based on images and tested its performance. Deep learning architecture is compared empirically. VGG19, ResNet with 152v2, Resnext101, Seresnet152, Mobilenettv2, and DenseNet with 201 layers are among the architectures tested. Experiment data consists of two groups, sick and healthy X-ray pictures. To take appropriate action against plant diseases as soon as possible, rapid disease identification models are preferred. DenseNet201 has shown no overfitting or performance degradation in our experiments, and its accuracy tends to increase as the number of epochs increases. Further, DenseNet201 achieves state-of-the-art performance with a significantly a smaller number of parameters and within a reasonable computing time. This architecture outperforms the competition in terms of testing accuracy, scoring 95%. Each architecture was trained using Keras, using Theano as the backend.
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Intensive Care Units usually carry patients with a serious risk of mortality. Recent research has shown the ability of Machine Learning to indicate the patients' mortality risk and point physicians toward individuals with a heightened need for care. Nevertheless, healthcare data is often subject to privacy regulations and can therefore not be easily shared in order to build Centralized Machine Learning models that use the combined data of multiple hospitals. Federated Learning is a Machine Learning framework designed for data privacy that can be used to circumvent this problem. In this study, we evaluate the ability of deep Federated Learning to predict the risk of Intensive Care Unit mortality at an early stage. We compare the predictive performance of Federated, Centralized, and Local Machine Learning in terms of AUPRC, F1-score, and AUROC. Our results show that Federated Learning performs equally well as the centralized approach and is substantially better than the local approach, thus providing a viable solution for early Intensive Care Unit mortality prediction. In addition, we show that the prediction performance is higher when the patient history window is closer to discharge or death. Finally, we show that using the F1-score as an early stopping metric can stabilize and increase the performance of our approach for the task at hand.
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