虽然目前的研究表明了多参数MRI(MPMRI)在诊断前列腺癌(PCA)时,但如何纳入MPMRI数据的特定结构,例如区域异质性和体素之间的相关性需要进一步调查课程。本文提出了一种基于机器学习的方法,用于通过考虑数据的独特结构来改进Voxel-Wise PCA分类的方法。我们提出了一种多分辨率建模方法来解释区域异质性,其中基本学习者在多个分辨率训练的基础学习者使用超学习者组合,并通过有效的空间高斯内核平滑进行了voxel之间的相关性。该方法是灵活的,因为超学习框架允许实现任何分类器作为基础学习者,并且可以轻松扩展到将癌症分类为更多的子类别。我们描述了用于二进制PCA状态的详细分类算法,并且实施了加权似然方法的PCA的序号临床意义,以增强普遍普遍的癌症类别的检测。我们通过模拟和应用于体内数据来说明所提出的方法对传统建模和机器学习方法的优点。
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前列腺癌是男性癌症死亡的最常见原因之一。对非侵入性和准确诊断方法的需求不断增长,促进目前在临床实践中的标准前列腺癌风险评估。尽管如此,从多游幂磁共振图像中开发前列腺癌诊断中的计算机辅助癌症诊断仍然是一个挑战。在这项工作中,我们提出了一种新的深度学习方法,可以通过构建两阶段多数量多流卷积神经网络(CNN)基于架构架构的相应磁共振图像中的前列腺病变自动分类。在不实现复杂的图像预处理步骤或第三方软件的情况下,我们的框架在接收器操作特性(ROC)曲线值为0.87的接收器下实现了该区域的分类性能。结果表现出大部分提交的方法,并分享了普罗妥克斯挑战组织者报告的最高价值。我们拟议的基于CNN的框架反映了辅助前列腺癌中的医学图像解释并减少不必要的活组织检查的可能性。
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多参数磁共振成像(MPMRI)在检测前列腺癌病变中的作用越来越大。因此,解释这些扫描的医学专业人员通过使用计算机辅助检测系统来减少人为错误的风险。但是,系统实施中使用的各种算法产生了不同的结果。在这里,我们研究了每个前列腺区域的最佳机器学习分类器。我们还发现了明显的功能,以阐明模型的分类原理。在提供的数据中,我们收集并增强了T2加权图像和明显的扩散系数MAP图像,以首先通过三阶统计特征提取作为机器学习分类器的输入。对于我们的深度学习分类器,我们使用卷积神经网(CNN)体系结构进行自动提取和分类。通过显着映射以了解内部的分类机制,可以改善CNN结果的可解释性。最终,我们得出的结论是,有效检测周围和前纤维肌间基质(AS)病变更多地取决于统计分布特征,而过渡区(TZ)的病变更多地取决于纹理特征。合奏算法最适合PZ和TZ区域,而CNN在AS区域中最好。这些分类器可用于验证放射科医生的预测,并减少怀疑患有前列腺癌的患者的阅读差异。还可以进一步研究这项研究中报告的显着特征,以更好地了解使用mpMRI的前列腺病变的隐藏特征和生物标志物。
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Non-invasive prostate cancer detection from MRI has the potential to revolutionize patient care by providing early detection of clinically-significant disease (ISUP grade group >= 2), but has thus far shown limited positive predictive value. To address this, we present an MRI-based deep learning method for predicting clinically significant prostate cancer applicable to a patient population with subsequent ground truth biopsy results ranging from benign pathology to ISUP grade group~5. Specifically, we demonstrate that mixed supervision via diverse histopathological ground truth improves classification performance despite the cost of reduced concordance with image-based segmentation. That is, where prior approaches have utilized pathology results as ground truth derived from targeted biopsies and whole-mount prostatectomy to strongly supervise the localization of clinically significant cancer, our approach also utilizes weak supervision signals extracted from nontargeted systematic biopsies with regional localization to improve overall performance. Our key innovation is performing regression by distribution rather than simply by value, enabling use of additional pathology findings traditionally ignored by deep learning strategies. We evaluated our model on a dataset of 973 (testing n=160) multi-parametric prostate MRI exams collected at UCSF from 2015-2018 followed by MRI/ultrasound fusion (targeted) biopsy and systematic (nontargeted) biopsy of the prostate gland, demonstrating that deep networks trained with mixed supervision of histopathology can significantly exceed the performance of the Prostate Imaging-Reporting and Data System (PI-RADS) clinical standard for prostate MRI interpretation.
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Structural alterations have been thoroughly investigated in the brain during the early onset of schizophrenia (SCZ) with the development of neuroimaging methods. The objective of the paper is an efficient classification of SCZ in 2 different classes: Cognitive Normal (CN), and SCZ using magnetic resonance imaging (MRI) images. This paper proposed a lightweight 3D convolutional neural network (CNN) based framework for SCZ diagnosis using MRI images. In the proposed model, lightweight 3D CNN is used to extract both spatial and spectral features simultaneously from 3D volume MRI scans, and classification is done using an ensemble bagging classifier. Ensemble bagging classifier contributes to preventing overfitting, reduces variance, and improves the model's accuracy. The proposed algorithm is tested on datasets taken from three benchmark databases available as open-source: MCICShare, COBRE, and fBRINPhase-II. These datasets have undergone preprocessing steps to register all the MRI images to the standard template and reduce the artifacts. The model achieves the highest accuracy 92.22%, sensitivity 94.44%, specificity 90%, precision 90.43%, recall 94.44%, F1-score 92.39% and G-mean 92.19% as compared to the current state-of-the-art techniques. The performance metrics evidenced the use of this model to assist the clinicians for automatic accurate diagnosis of SCZ.
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肾细胞癌(RCC)是一种常见的癌症,随着临床行为的变化。懒惰的RCC通常是低级的,没有坏死,可以在没有治疗的情况下监测。激进的RCC通常是高级的,如果未及时检测和治疗,可能会导致转移和死亡。虽然大多数肾脏癌在CT扫描中都检测到,但分级是基于侵入性活检或手术的组织学。确定对CT图像的侵略性在临床上很重要,因为它促进了风险分层和治疗计划。这项研究旨在使用机器学习方法来识别与病理学特征相关的放射学特征,以促进评估CT图像而不是组织学上的癌症侵略性。本文提出了一种新型的自动化方法,即按区域(Corrfabr)相关的特征聚集,用于通过利用放射学和相应的不对齐病理学图像之间的相关性来对透明细胞RCC进行分类。 CORRFABR由三个主要步骤组成:(1)特征聚集,其中从放射学和病理图像中提取区域级特征,(2)融合,放射学特征与病理特征相关的放射学特征在区域级别上学习,并且(3)在其中预测的地方学到的相关特征用于仅使用CT作为输入来区分侵略性和顽固的透明细胞RCC。因此,在训练过程中,Corrfabr从放射学和病理学图像中学习,但是在没有病理图像的情况下,Corrfabr将使用CORFABR将侵略性与顽固的透明细胞RCC区分开。 Corrfabr仅比放射学特征改善了分类性能,二进制分类F1分数从0.68(0.04)增加到0.73(0.03)。这证明了将病理疾病特征纳入CT图像上透明细胞RCC侵袭性的分类的潜力。
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人工智能(AI)技术具有重要潜力,可以实现有效,鲁棒和自动的图像表型,包括识别细微图案。基于AI的检测搜索图像空间基于模式和特征来找到兴趣区域。存在一种良性的肿瘤组织学,可以通过使用图像特征的基于AI的分类方法来识别。图像从图像中提取可用于的可覆盖方式,可以通过显式(手工/工程化)和深度辐射谱系框架来探索途径。辐射瘤分析有可能用作非侵入性技术,以准确表征肿瘤,以改善诊断和治疗监测。这项工作介绍基于AI的技术,专注于肿瘤宠物和PET / CT成像,用于不同的检测,分类和预测/预测任务。我们还讨论了所需的努力,使AI技术转换为常规临床工作流程,以及潜在的改进和互补技术,例如在电子健康记录和神经象征性AI技术上使用自然语言处理。
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目的:基于深度学习的放射素学(DLR)在医学图像分析中取得了巨大的成功,并被认为是依赖手工特征的常规放射线学的替代。在这项研究中,我们旨在探索DLR使用预处理PET/CT预测鼻咽癌(NPC)中5年无进展生存期(PFS)的能力。方法:总共招募了257名患者(内部/外部队列中的170/87),具有晚期NPC(TNM III期或IVA)。我们开发了一个端到端的多模式DLR模型,其中优化了3D卷积神经网络以从预处理PET/CT图像中提取深度特征,并预测了5年PFS的概率。作为高级临床特征,TNM阶段可以集成到我们的DLR模型中,以进一步提高预后性能。为了比较常规放射素学和DLR,提取了1456个手工制作的特征,并从54种特征选择方法和9种分类方法的54个交叉组合中选择了最佳常规放射线方法。此外,使用临床特征,常规放射线学签名和DLR签名进行风险组分层。结果:我们使用PET和CT的多模式DLR模型比最佳常规放射线方法获得了更高的预后性能。此外,多模式DLR模型仅使用PET或仅CT优于单模式DLR模型。对于风险组分层,常规的放射线学签名和DLR签名使内部和外部队列中的高风险患者群体之间有显着差异,而外部队列中的临床特征则失败。结论:我们的研究确定了高级NPC中生存预测的潜在预后工具,表明DLR可以为当前TNM分期提供互补值。
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机器学习在医学图像分析中发挥着越来越重要的作用,产卵在神经影像症的临床应用中的新进展。之前有一些关于机器学习和癫痫的综述,它们主要专注于电生理信号,如脑电图(EEG)和立体脑电图(SEENG),同时忽略癫痫研究中神经影像的潜力。 NeuroImaging在确认癫痫区域的范围内具有重要的优点,这对于手术后的前诊所评估和评估至关重要。然而,脑电图难以定位大脑中的准确癫痫病变区。在这篇综述中,我们强调了癫痫诊断和预后在癫痫诊断和预后的背景下神经影像学和机器学习的相互作用。我们首先概述癫痫诊所,MRI,DWI,FMRI和PET中使用的癫痫和典型的神经影像姿态。然后,我们在将机器学习方法应用于神经影像数据的方法:i)将手动特征工程和分类器的传统机器学习方法阐述了两种方法,即卷积神经网络和自动化器等深度学习方法。随后,详细地研究了对癫痫,定位和横向化任务等分割,本地化和横向化任务的应用,以及与诊断和预后直接相关的任务。最后,我们讨论了目前的成就,挑战和潜在的未来方向,希望为癫痫的计算机辅助诊断和预后铺平道路。
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放射线学使用定量医学成像特征来预测临床结果。目前,在新的临床应用中,必须通过启发式试验和纠正过程手动完成各种可用选项的最佳放射组方法。在这项研究中,我们提出了一个框架,以自动优化每个应用程序的放射线工作流程的构建。为此,我们将放射线学作为模块化工作流程,并为每个组件包含大量的常见算法。为了优化每个应用程序的工作流程,我们使用随机搜索和结合使用自动化机器学习。我们在十二个不同的临床应用中评估我们的方法,从而在曲线下导致以下区域:1)脂肪肉瘤(0.83); 2)脱粘型纤维瘤病(0.82); 3)原发性肝肿瘤(0.80); 4)胃肠道肿瘤(0.77); 5)结直肠肝转移(0.61); 6)黑色素瘤转移(0.45); 7)肝细胞癌(0.75); 8)肠系膜纤维化(0.80); 9)前列腺癌(0.72); 10)神经胶质瘤(0.71); 11)阿尔茨海默氏病(0.87);和12)头颈癌(0.84)。我们表明,我们的框架具有比较人类专家的竞争性能,优于放射线基线,并且表现相似或优于贝叶斯优化和更高级的合奏方法。最后,我们的方法完全自动优化了放射线工作流的构建,从而简化了在新应用程序中对放射线生物标志物的搜索。为了促进可重复性和未来的研究,我们公开发布了六个数据集,框架的软件实施以及重现这项研究的代码。
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早期发现癌症是一种挑战性的医学问题。癌症患者的血液血清富含异质分泌脂质结合的细胞内囊泡(EVS),其具有复杂的信息和生物标志物,代表其原产地,目前在液检和癌症筛查领域中研究。振动光谱提供了非侵入性方法,用于评估复杂生物样品中的结构和生物物理性质。在该试点研究中,对来自来自四个不同癌症亚型(结直肠癌,肝细胞癌,乳腺癌和胰腺癌)和五名健康患者(对照组)组成的9例血浆中提取的多种拉曼光谱测量测量。 FTIR(傅里叶变换红外)光谱测量是作为拉曼分析的互补方法,在四个癌症亚型中的两种。 Adaboost随机森林分类器,决策树和支持向量机(SVM)区分癌症EV的基线校正拉曼光谱从健康对照(18 Spectra)的那些,当减少到频谱频率范围时,分类精度高于90% 1800至1940年反厘米,经过50:50培训:测试分裂。 14 Spectra的FTIR分类精度显示了80%的分类准确性。我们的研究结果表明,基本机器学习算法是强大的应用智能工具,以区分癌症患者EVS的复杂振动光谱来自健康患者。这些实验方法将希望作为人工智能辅助早期癌症筛查的有效和有效的液检活动。
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In many applications, it is of interest to identify a parsimonious set of features, or panel, from multiple candidates that achieves a desired level of performance in predicting a response. This task is often complicated in practice by missing data arising from the sampling design or other random mechanisms. Most recent work on variable selection in missing data contexts relies in some part on a finite-dimensional statistical model, e.g., a generalized or penalized linear model. In cases where this model is misspecified, the selected variables may not all be truly scientifically relevant and can result in panels with suboptimal classification performance. To address this limitation, we propose a nonparametric variable selection algorithm combined with multiple imputation to develop flexible panels in the presence of missing-at-random data. We outline strategies based on the proposed algorithm that achieve control of commonly used error rates. Through simulations, we show that our proposal has good operating characteristics and results in panels with higher classification and variable selection performance compared to several existing penalized regression approaches in cases where a generalized linear model is misspecified. Finally, we use the proposed method to develop biomarker panels for separating pancreatic cysts with differing malignancy potential in a setting where complicated missingness in the biomarkers arose due to limited specimen volumes.
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大型观察数据越来越多地提供健康,经济和社会科学等学科,研究人员对因果问题而不是预测感兴趣。在本文中,从旨在调查参与学校膳食计划对健康指标的实证研究,研究了使用非参数回归的方法估算异质治疗效果的问题。首先,我们介绍了与观察或非完全随机数据进行因果推断相关的设置和相关的问题,以及如何在统计学习工具的帮助下解决这些问题。然后,我们审查并制定现有最先进的框架的统一分类,允许通过非参数回归模型来估算单个治疗效果。在介绍模型选择问题的简要概述后,我们说明了一些关于三种不同模拟研究的方法的性能。我们通过展示一些关于学校膳食计划数据的实证分析的一些方法的使用来结束。
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本文提出了第二版的头部和颈部肿瘤(Hecktor)挑战的概述,作为第24届医学图像计算和计算机辅助干预(Miccai)2021的卫星活动。挑战由三个任务组成与患有头颈癌(H&N)的患者的PET / CT图像的自动分析有关,专注于oropharynx地区。任务1是FDG-PET / CT图像中H&N主肿瘤肿瘤体积(GTVT)的自动分割。任务2是来自同一FDG-PET / CT的进展自由生存(PFS)的自动预测。最后,任务3与任务2的任务2与参与者提供的地面真理GTVT注释相同。这些数据从六个中心收集,总共325个图像,分为224个培训和101个测试用例。通过103个注册团队和448个结果提交的重要参与,突出了对挑战的兴趣。在第一任务中获得0.7591的骰子相似度系数(DSC),分别在任务2和3中的0.7196和0.6978的一致性指数(C-Index)。在所有任务中,发现这种方法的简单性是确保泛化性能的关键。 PFS预测性能在任务2和3中的比较表明,提供GTVT轮廓对于实现最佳结果,这表明可以使用完全自动方法。这可能避免了对GTVT轮廓的需求,用于可重复和大规模的辐射瘤研究的开头途径,包括千元潜在的受试者。
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成像生物标志物提供了一种无创的方法来预测治疗前免疫疗法的反应。在这项工作中,我们提出了一种从卷积神经网络(CNN)计算出的新型深度放射素特征(DRF),该特征捕获了与免疫细胞标记和整体生存有关的肿瘤特征。我们的研究使用四个MRI序列(T1加权,T1加权后对比,T2加权和FLAIR),并具有151例脑肿瘤患者的相应免疫细胞标记。该方法通过在MRI扫描的标记肿瘤区域内聚集了预训练的3D-CNN的激活图,从而提取了180个DRF。这些功能提供了编码组织异质性的区域纹理的紧凑而有力的表示。进行了一组全面的实验,以评估所提出的DRF和免疫细胞标记之间的关系,并衡量它们与整体生存的关联。结果表明,DRF和各种标记之间存在很高的相关性,以及根据这些标记分组的患者之间的显着差异。此外,将DRF,临床特征和免疫细胞标记组合为随机森林分类器的输入有助于区分短期和长期生存结果,AUC为72 \%,P = 2.36 $ \ times $ 10 $^{ - 5} $。这些结果证明了拟议的DRF作为非侵入性生物标志物在预测脑肿瘤患者的治疗反应中的有用性。
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多视图数据是指特征被分成特征集的设置,例如因为它们对应于不同的源。堆叠惩罚的逻辑回归(Staplr)是最近引入的方法,可用于分类并自动选择对预测最重要的视图。我们将此方法的扩展引入到数据具有分层多视图结构的位置。我们还为STAPLR介绍了一个新的视图重要性措施,这使我们能够比较层次结构的任何级别的视图的重要性。我们将扩展的STAPLR算法应用于Alzheimer的疾病分类,其中来自三种扫描类型的不同MRI措施:结构MRI,扩散加权MRI和休息状态FMRI。Staplr可以识别哪种扫描类型以及MRI措施对于分类最重要,并且在分类性能方面优于弹性净回归。
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痴呆症是一种神经精神脑障碍,通常会在一个或多个脑细胞停止部分或根本停止工作时发生。在疾病的早期阶段诊断这种疾病是从不良后果中挽救生命并为他们提供更好的医疗保健的至关重要的任务。事实证明,机器学习方法在预测疾病早期痴呆症方面是准确的。痴呆的预测在很大程度上取决于通常从归一化的全脑体积(NWBV)和地图集缩放系数(ASF)收集的收集数据类型,这些数据通常测量并从磁共振成像(MRIS)中进行校正。年龄和性别等其他生物学特征也可以帮助诊断痴呆症。尽管许多研究使用机器学习来预测痴呆症,但我们无法就这些方法的稳定性得出结论,而这些方法在不同的实验条件下更准确。因此,本文研究了有关痴呆预测的机器学习算法的性能的结论稳定性。为此,使用7种机器学习算法和两种功能还原算法,即信息增益(IG)和主成分分析(PCA)进行大量实验。为了检查这些算法的稳定性,IG的特征选择阈值从20%更改为100%,PCA尺寸从2到8。这导致了7x9 + 7x7 = 112实验。在每个实验中,都记录了各种分类评估数据。获得的结果表明,在七种算法中,支持向量机和天真的贝叶斯是最稳定的算法,同时更改选择阈值。同样,发现使用IG似乎比使用PCA预测痴呆症更有效。
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机器学习和计算机视觉技术近年来由于其自动化,适合性和产生惊人结果的能力而迅速发展。因此,在本文中,我们调查了2014年至2022年之间发表的关键研究,展示了不同的机器学习算法研究人员用来分割肝脏,肝肿瘤和肝脉管结构的研究。我们根据感兴趣的组织(肝果,肝肿瘤或肝毒剂)对被调查的研究进行了划分,强调了同时解决多个任务的研究。此外,机器学习算法被归类为受监督或无监督的,如果属于某个方案的工作量很大,则将进一步分区。此外,对文献和包含上述组织面具的网站发现的不同数据集和挑战进行了彻底讨论,强调了组织者的原始贡献和其他研究人员的贡献。同样,在我们的评论中提到了文献中过度使用的指标,这强调了它们与手头的任务的相关性。最后,强调创新研究人员应对需要解决的差距的关键挑战和未来的方向,例如许多关于船舶分割挑战的研究的稀缺性以及为什么需要早日处理他们的缺席。
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在协作学习中,学习者协调以增强他们的每个学习表现。从任何学习者的角度来看,一个关键的挑战是滤除不合格的合作者。我们建议一个名为Meta聚类的框架来应对挑战。与聚类数据点的经典问题不同,元聚类将学习者分类。假设每个学习者都在独立的本地数据集上执行监督回归,我们建议选择一种选择 - 交换群集(SEC)方法,以通过其基础监督功能对学习者进行分类。从理论上讲,我们可以表明SEC可以将学习者聚集到准确的协作集中。实证研究证实了理论分析,并证明SEC可以在计算上是有效的,对学习者异质性的稳健性,并且有效地增强了单人学习者的性能。另外,我们展示了如何使用提出的方法来增强数据公平性。本文的补充材料可在线获得。
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Precision Medicine根据患者的特征为患者提供定制的治疗方法,是提高治疗效率的一种有希望的方法。大规模的OMICS数据对于患者表征很有用,但是它们的测量经常会随着时间而变化,从而导致纵向数据。随机森林是用于构建预测模型的最先进的机器学习方法之一,并且可以在精密医学中发挥关键作用。在本文中,我们回顾了标准随机森林方法的扩展,以进行纵向数据分析。扩展方法根据其设计的数据结构进行分类。我们考虑单变量和多变量响应,并根据时间效应是否相关,进一步对重复测量进行分类。还提供了审查扩展程序的可用软件实现信息。最后,我们讨论了我们审查的局限性和一些未来的研究指示。
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