由于深度学习在放射学领域被广泛使用,因此在使用模型进行诊断时,这种模型的解释性越来越成为获得临床医生的信任至关重要的。在这项研究中,使用U-NET架构进行了三个实验集,以改善分类性能,同时通过在训练过程中结合热图生成器来增强与模型相对应的热图。所有实验均使用包含胸部X光片的数据集,来自三个条件之一(“正常”,“充血性心力衰竭(CHF)”和“肺炎”)的相关标签,以及有关放射科医师眼神坐标的数值信息在图像上。引入该数据集的论文(A. Karargyris和Moradi,2021年)开发了一个U-NET模型,该模型被视为这项研究的基线模型,以显示如何将眼目光数据用于多模式培训中的眼睛凝视数据以进行多模式培训以进行多模式训练。解释性改进。为了比较分类性能,测量了接收器操作特征曲线(AUC)下面积的95%置信区间(CI)。最佳方法的AUC为0.913(CI:0.860-0.966)。最大的改进是“肺炎”和“ CHF”类别,基线模型最努力地进行分类,导致AUCS 0.859(CI:0.732-0.957)和0.962(CI:0.933-0.989)。所提出的方法的解码器还能够产生概率掩模,以突出模型分类中确定的图像部分,类似于放射科医生的眼睛凝视数据。因此,这项工作表明,将热图发生器和眼睛凝视信息纳入训练可以同时改善疾病分类,并提供可解释的视觉效果,与放射线医生在进行诊断时如何看待胸部X光片。
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放射学诊断的传统数据集倾向于在放射学报告旁边提供放射学图像。但是,放射科医生进行的放射学读数是一个复杂的过程,在阅读过程中,放射科医生的眼睛固定等信息有可能成为可从中学习的宝贵数据源。但是,此类数据的收集既昂贵又耗时。这导致了一个问题,即此类数据是否值得投资收集。本文利用最近发表的Eye Gaze数据集对面对不同级别的输入功能的影响的影响和解释性(DL)分类的影响进行详尽的研究,即:放射学图像,放射学报告文本和放射学家眼睛凝视数据。我们发现,通过放射学报告自由文本和放射学图像的组合,可以实现X射线图像的最佳分类性能,而眼睛凝视数据没有提供性能的提升。尽管如此,与培训的模型相比,与从事分类和注意力图的模型相比,眼睛凝视数据将作为次级基础真理以及类标签以及类似于辅助图的模型产生更好的注意力图。
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人工智能被出现为众多临床应用诊断和治疗决策的有用援助。由于可用数据和计算能力的快速增加,深度神经网络的性能与许多任务中的临床医生相同或更好。为了符合信任AI的原则,AI系统至关重要的是透明,强大,公平和确保责任。由于对决策过程的具体细节缺乏了解,目前的深神经系统被称为黑匣子。因此,需要确保在常规临床工作流中纳入常规神经网络之前的深度神经网络的可解释性。在这一叙述审查中,我们利用系统的关键字搜索和域专业知识来确定已经基于所产生的解释和技术相似性的类型的医学图像分析应用的深度学习模型来确定九种不同类型的可解释方法。此外,我们报告了评估各种可解释方法产生的解释的进展。最后,我们讨论了局限性,提供了利用可解释性方法和未来方向的指导,了解医学成像分析深度神经网络的解释性。
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在过去的几年中,卷积神经网络(CNN)占据了计算机视野的领域,这要归功于它们提取功能及其在分类问题中出色的表现,例如在自动分析X射线中。不幸的是,这些神经网络被认为是黑盒算法,即不可能了解该算法如何实现最终结果。要将这些算法应用于不同领域并测试方法论的工作原理,我们需要使用可解释的AI技术。医学领域的大多数工作都集中在二进制或多类分类问题上。但是,在许多现实生活中,例如胸部X射线射线,可以同时出现不同疾病的放射学迹象。这引起了所谓的“多标签分类问题”。这些任务的缺点是类不平衡,即不同的标签没有相同数量的样本。本文的主要贡献是一种深度学习方法,用于不平衡的多标签胸部X射线数据集。它为当前未充分利用的Padchest数据集建立了基线,并基于热图建立了可解释的AI技术。该技术还包括概率和模型间匹配。我们系统的结果很有希望,尤其是考虑到使用的标签数量。此外,热图与预期区域相匹配,即它们标志着专家将用来做出决定的区域。
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用于头部和颈鳞状细胞癌(HNSCC)的诊断和治疗管理由常规诊断头和颈部计算断层扫描(CT)扫描引导,以识别肿瘤和淋巴结特征。折叠延伸(ECE)是患者的患者生存结果与HNSCC的强烈预测因子。在改变患者的暂存和管理时,必须检测ECE的发生至关重要。目前临床ECE检测依赖于放射科学医生进行的视觉鉴定和病理确认。基于机器学习(ML)的ECE诊断在近年来的潜力上表现出很高的潜力。然而,在大多数基于ML的ECE诊断研究中,手动注释是淋巴结区域的必要数据预处理步骤。此外,本手册注释过程是耗时,劳动密集型和容易出错。因此,在本文中,我们提出了一种梯度映射引导的可解释网络(GMGenet)框架,以自动执行ECE识别而不需要注释的淋巴结区域信息。提出了梯度加权类激活映射(GRAC-CAM)技术,以指导深度学习算法专注于与ECE高度相关的区域。提取信息丰富的兴趣(VoIS),无需标记淋巴结区域信息。在评估中,所提出的方法是使用交叉验证的训练和测试,可分别实现测试精度和90.2%和91.1%的AUC。已经分析了ECE的存在或不存在并与黄金标准组织病理学发现相关。
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尽管有无数的同伴审查的论文,证明了新颖的人工智能(AI)基于大流行期间的Covid-19挑战的解决方案,但很少有临床影响。人工智能在Covid-19大流行期间的影响因缺乏模型透明度而受到极大的限制。这种系统审查考察了在大流行期间使用可解释的人工智能(Xai)以及如何使用它可以克服现实世界成功的障碍。我们发现,Xai的成功使用可以提高模型性能,灌输信任在最终用户,并提供影响用户决策所需的值。我们将读者介绍给常见的XAI技术,其实用程序以及其应用程序的具体例子。 XAI结果的评估还讨论了最大化AI的临床决策支持系统的价值的重要步骤。我们说明了Xai的古典,现代和潜在的未来趋势,以阐明新颖的XAI技术的演变。最后,我们在最近出版物支持的实验设计过程中提供了建议的清单。潜在解决方案的具体示例也解决了AI解决方案期间的共同挑战。我们希望本次审查可以作为提高未来基于AI的解决方案的临床影响的指导。
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深度学习的显着成功引起了人们对医学成像诊断的应用的兴趣。尽管最新的深度学习模型在分类不同类型的医学数据方面已经达到了人类水平的准确性,但这些模型在临床工作流程中几乎不采用,这主要是由于缺乏解释性。深度学习模型的黑盒子性提出了制定策略来解释这些模型的决策过程的必要性,从而导致了可解释的人工智能(XAI)主题的创建。在这种情况下,我们对应用于医学成像诊断的XAI进行了详尽的调查,包括视觉,基于示例和基于概念的解释方法。此外,这项工作回顾了现有的医学成像数据集和现有的指标,以评估解释的质量。此外,我们还包括一组基于报告生成的方法的性能比较。最后,还讨论了将XAI应用于医学成像以及有关该主题的未来研究指示的主要挑战。
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了解模型预测在医疗保健方面至关重要,以促进模型正确性的快速验证,并防止利用利用混淆变量的模型。我们介绍了体积医学图像中可解释的多种异常分类的挑战新任务,其中模型必须指示用于预测每个异常的区域。为了解决这项任务,我们提出了一个多实例学习卷积神经网络,AxialNet,允许识别每个异常的顶部切片。接下来我们将赫雷库姆纳入注意机制,识别子切片区域。我们证明,对于Axialnet,Hirescam的说明得到保证,以反映所用模型的位置,与Grad-Cam不同,有时突出不相关的位置。使用一种产生忠实解释的模型,我们旨在通过一种新颖的面具损失来改善模型的学习,利用赫克斯克姆和3D允许的区域来鼓励模型仅预测基于器官的异常,其中出现的异常。 3D允许的区域通过新方法,分区自动获得,其组合从放射学报告中提取的位置信息与通过形态图像处理获得的器官分割图。总体而言,我们提出了第一种模型,用于解释容量医学图像中的可解释的多异常预测,然后使用掩模损耗来实现36,316扫描的Rad-Chessct数据集中多个异常的器官定位提高33%,代表状态本领域。这项工作推进了胸部CT卷中多种异常模型的临床适用性。
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每年医生对患者的基于形象的诊断需求越来越大,是最近的人工智能方法可以解决的问题。在这种情况下,我们在医学图像的自动报告领域进行了调查,重点是使用深神经网络的方法,了解:(1)数据集,(2)架构设计,(3)解释性和(4)评估指标。我们的调查确定了有趣的发展,也是留下挑战。其中,目前对生成的报告的评估尤为薄弱,因为它主要依赖于传统的自然语言处理(NLP)指标,这不准确地捕获医疗正确性。
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近年来,可解释的人工智能(XAI)已成为一个非常适合的框架,可以生成人类对“黑盒”模型的可理解解释。在本文中,一种新颖的XAI视觉解释算法称为相似性差异和唯一性(SIDU)方法,该方法可以有效地定位负责预测的整个对象区域。通过各种计算和人类主题实验分析了SIDU算法的鲁棒性和有效性。特别是,使用三种不同类型的评估(应用,人类和功能地面)评估SIDU算法以证明其出色的性能。在对“黑匣子”模型的对抗性攻击的情况下,进一步研究了Sidu的鲁棒性,以更好地了解其性能。我们的代码可在:https://github.com/satyamahesh84/sidu_xai_code上找到。
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越来越多的电子健康记录(EHR)数据和深度学习技术进步的越来越多的可用性(DL)已经引发了在开发基于DL的诊断,预后和治疗的DL临床决策支持系统中的研究兴趣激增。尽管承认医疗保健的深度学习的价值,但由于DL的黑匣子性质,实际医疗环境中进一步采用的障碍障碍仍然存在。因此,有一个可解释的DL的新兴需求,它允许最终用户评估模型决策,以便在采用行动之前知道是否接受或拒绝预测和建议。在这篇综述中,我们专注于DL模型在医疗保健中的可解释性。我们首先引入深入解释性的方法,并作为该领域的未来研究人员或临床从业者的方法参考。除了这些方法的细节之外,我们还包括对这些方法的优缺点以及它们中的每个场景都适合的讨论,因此感兴趣的读者可以知道如何比较和选择它们供使用。此外,我们讨论了这些方法,最初用于解决一般域问题,已经适应并应用于医疗保健问题以及如何帮助医生更好地理解这些数据驱动技术。总的来说,我们希望这项调查可以帮助研究人员和从业者在人工智能(AI)和临床领域了解我们为提高其DL模型的可解释性并相应地选择最佳方法。
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Deep learning (DL) analysis of Chest X-ray (CXR) and Computed tomography (CT) images has garnered a lot of attention in recent times due to the COVID-19 pandemic. Convolutional Neural Networks (CNNs) are well suited for the image analysis tasks when trained on humongous amounts of data. Applications developed for medical image analysis require high sensitivity and precision compared to any other fields. Most of the tools proposed for detection of COVID-19 claims to have high sensitivity and recalls but have failed to generalize and perform when tested on unseen datasets. This encouraged us to develop a CNN model, analyze and understand the performance of it by visualizing the predictions of the model using class activation maps generated using (Gradient-weighted Class Activation Mapping) Grad-CAM technique. This study provides a detailed discussion of the success and failure of the proposed model at an image level. Performance of the model is compared with state-of-the-art DL models and shown to be comparable. The data and code used are available at https://github.com/aleesuss/c19.
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Deep learning classifiers provide the most accurate means of automatically diagnosing diabetic retinopathy (DR) based on optical coherence tomography (OCT) and its angiography (OCTA). The power of these models is attributable in part to the inclusion of hidden layers that provide the complexity required to achieve a desired task. However, hidden layers also render algorithm outputs difficult to interpret. Here we introduce a novel biomarker activation map (BAM) framework based on generative adversarial learning that allows clinicians to verify and understand classifiers decision-making. A data set including 456 macular scans were graded as non-referable or referable DR based on current clinical standards. A DR classifier that was used to evaluate our BAM was first trained based on this data set. The BAM generation framework was designed by combing two U-shaped generators to provide meaningful interpretability to this classifier. The main generator was trained to take referable scans as input and produce an output that would be classified by the classifier as non-referable. The BAM is then constructed as the difference image between the output and input of the main generator. To ensure that the BAM only highlights classifier-utilized biomarkers an assistant generator was trained to do the opposite, producing scans that would be classified as referable by the classifier from non-referable scans. The generated BAMs highlighted known pathologic features including nonperfusion area and retinal fluid. A fully interpretable classifier based on these highlights could help clinicians better utilize and verify automated DR diagnosis.
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Diabetic Retinopathy (DR) is a leading cause of vision loss in the world, and early DR detection is necessary to prevent vision loss and support an appropriate treatment. In this work, we leverage interactive machine learning and introduce a joint learning framework, termed DRG-Net, to effectively learn both disease grading and multi-lesion segmentation. Our DRG-Net consists of two modules: (i) DRG-AI-System to classify DR Grading, localize lesion areas, and provide visual explanations; (ii) DRG-Expert-Interaction to receive feedback from user-expert and improve the DRG-AI-System. To deal with sparse data, we utilize transfer learning mechanisms to extract invariant feature representations by using Wasserstein distance and adversarial learning-based entropy minimization. Besides, we propose a novel attention strategy at both low- and high-level features to automatically select the most significant lesion information and provide explainable properties. In terms of human interaction, we further develop DRG-Net as a tool that enables expert users to correct the system's predictions, which may then be used to update the system as a whole. Moreover, thanks to the attention mechanism and loss functions constraint between lesion features and classification features, our approach can be robust given a certain level of noise in the feedback of users. We have benchmarked DRG-Net on the two largest DR datasets, i.e., IDRID and FGADR, and compared it to various state-of-the-art deep learning networks. In addition to outperforming other SOTA approaches, DRG-Net is effectively updated using user feedback, even in a weakly-supervised manner.
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这项工作引入了图像分类器的注意机制和相应的深神经网络(DNN)结构,称为ISNET。在训练过程中,ISNET使用分割目标来学习如何找到图像感兴趣的区域并将注意力集中在其上。该提案基于一个新颖的概念,即在说明热图中的背景相关性最小化。它几乎可以应用于任何分类神经网络体系结构,而在运行时没有任何额外的计算成本。能够忽略背景的单个DNN可以替换分段者的通用管道,然后是分类器,更快,更轻。我们测试了ISNET的三种应用:Covid-19和胸部X射线中的结核病检测以及面部属性估计。前两个任务采用了混合培训数据库,并培养了快捷方式学习。通过关注肺部并忽略背景中的偏见来源,ISNET减少了问题。因此,它改善了生物医学分类问题中外部(分布外)测试数据集的概括,超越了标准分类器,多任务DNN(执行分类和细分),注意力门控神经网络以及标准段 - 分类管道。面部属性估计表明,ISNET可以精确地集中在面孔上,也适用于自然图像。 ISNET提出了一种准确,快速和轻的方法,可忽略背景并改善各种领域的概括。
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We propose a technique for producing 'visual explanations' for decisions from a large class of Convolutional Neural Network (CNN)-based models, making them more transparent and explainable.Our approach -Gradient-weighted Class Activation Mapping (Grad-CAM), uses the gradients of any target concept (say 'dog' in a classification network or a sequence of words in captioning network) flowing into the final convolutional layer to produce a coarse localization map highlighting the important regions in the image for predicting the concept.Unlike previous approaches, Grad-CAM is applicable to a wide variety of CNN model-families: (1) CNNs with fullyconnected layers (e.g. VGG), (2) CNNs used for structured outputs (e.g. captioning), (3) CNNs used in tasks with multimodal inputs (e.g. visual question answering) or reinforcement learning, all without architectural changes or re-training. We combine Grad-CAM with existing fine-grained visualizations to create a high-resolution class-discriminative vi-
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医学图像分析模型的可解释性被认为是一个关键的研究领域。我们使用来自五个放射科医生的眼睛跟踪数据的数据集,比较可解释性方法的输出,而是代表放射科医学家所在的热量。我们对从文献中选择的两种方法产生的显着图进行了类别的分析:Grad-Cam和来自注意门控模型的注意力映射。为了比较,我们使用随机测量标准,避免从固定位置偏差。我们在一个混洗型度量中实现了与Interobserver基线相当的分数,突出了来自Grad-Cam的显着图的潜力,以模仿放射科学家在图像上的注意。我们还将数据集分为子集以评估哪种情况相似度更高。
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卷积神经网络(CNN)已成功应用于胸部X射线(CXR)图像。此外,已证明注释的边界框可以改善CNN的可解释性,以定位异常。但是,只有几个相对较小的CXR数据集可用,并且收集它们非常昂贵。在放射科医生的临床工作流程期间,可以计时地,可以以非侵入性的方式收集眼睛跟踪(ET)数据。我们使用从放射科医生记录的ET数据,同时要求CXR报告训练CNN。我们通过将它们与关键字的命令相关联,并使用它们来监督异常的本地化,从而从ET数据中提取摘要。我们表明,此方法改善了模型的解释性,而不会影响其图像级分类。
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Age-related macular degeneration (AMD) is a degenerative disorder affecting the macula, a key area of the retina for visual acuity. Nowadays, it is the most frequent cause of blindness in developed countries. Although some promising treatments have been developed, their effectiveness is low in advanced stages. This emphasizes the importance of large-scale screening programs. Nevertheless, implementing such programs for AMD is usually unfeasible, since the population at risk is large and the diagnosis is challenging. All this motivates the development of automatic methods. In this sense, several works have achieved positive results for AMD diagnosis using convolutional neural networks (CNNs). However, none incorporates explainability mechanisms, which limits their use in clinical practice. In that regard, we propose an explainable deep learning approach for the diagnosis of AMD via the joint identification of its associated retinal lesions. In our proposal, a CNN is trained end-to-end for the joint task using image-level labels. The provided lesion information is of clinical interest, as it allows to assess the developmental stage of AMD. Additionally, the approach allows to explain the diagnosis from the identified lesions. This is possible thanks to the use of a CNN with a custom setting that links the lesions and the diagnosis. Furthermore, the proposed setting also allows to obtain coarse lesion segmentation maps in a weakly-supervised way, further improving the explainability. The training data for the approach can be obtained without much extra work by clinicians. The experiments conducted demonstrate that our approach can identify AMD and its associated lesions satisfactorily, while providing adequate coarse segmentation maps for most common lesions.
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我们提出了一种基于深度多实例学习的简单高效的图像分类架构,并将其应用于牙科射线照片中龋齿检测的具有挑战性的任务。从技术上讲,我们的方法有两种方式贡献:首先,尽管使用弱图像级标签培训,它尽管培训了本地补丁分类概率的热线图。其次,它可以从分段标签学习,从而指导培训。与现有方法相比,人类用户可以忠实地解释预测并与模型进行交互以决定参加哪些区域。实验是在$ \ SIM $ 38K Bitewings($ \ SIM $ 316K牙齿)的大型临床数据集上进行的,在那里我们与各种基线相比实现了竞争性能。当由外部龋齿分割模型引导时,观察到分类和定位性能的显着改善。
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