儿童健康研究支持孕产妇环境暴露与儿童的出生结果之间的联系。一个共同的目标是确定敏感性的关键窗口 - 妊娠期间与孕产妇暴露与未来结果之间的关联增加的妊娠期。关键窗户的时间和关联的大小可能在不同级别的个体,家庭和邻里特征之间是异质的。使用行政科罗拉多州出生队列,我们​​估计妊娠和出生体重期间每周暴露于细颗粒物(PM2.5)之间的个性化关系。为了实现这一目标,我们提出了一种统计学习方法,将分布式滞后模型和贝叶斯添加剂回归树结合在一起,以估算单个级别的关键窗口,并确定从一组高维的潜在修改因素集中诱导异质性的特征。我们发现PM2.5出生体重关系中异质性的证据,一些母子二元组显示出3倍的出生体重下降3倍,IQR的暴露量增加(5.9至8.5 $ \ MU G/m^3 $ PM2 .5)与人口平均水平相比。具体而言,我们发现对年轻的非西班牙裔母亲的敏感性增加,体重指数更高或受教育程度较低。我们的案例研究是关键窗口的首次精确健康研究。
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本文开发了贝叶斯因果林的稀疏诱导版本,最近提出的非参数因果回归模型采用贝叶斯添加剂回归树,专门设计用于使用观察数据来估计异质治疗效果。我们介绍的稀疏诱导组件是通过实证研究的动机,其中不是所有可用的协变量相关的,导致在估计个体治疗效果的兴趣表面底层的不同程度。在这项工作中提供的扩展版本,我们命名贝叶斯因果森林,配备了一对允许模型通过树集合中的相应数量的分裂调节每个协变量的重量。这些前瞻改善了模型对稀疏数据产生过程的适应性,并且允许在治疗效果估计的框架中进行完全贝叶斯特征缩收,从而揭示推动异质性的调节因子。此外,该方法允许先前了解相关的混杂协变量和对模型中掺入结果的影响的相对幅度。我们说明了我们在模拟研究中的方法的表现,与贝叶斯因果林和其他最先进的模型相比,展示如何与越来越多的协变量以及其如何处理强烈混淆的情景。最后,我们还提供了使用真实数据的应用程序的示例。
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本文介绍了一种创新的贝叶斯机器学习算法,在不完美的顺应性存在下绘制可解释的对异质因果效应的推断(例如,在不规则的分配机制下)。我们通过蒙特卡罗模拟显示,据提出的贝叶斯因果森林具有乐器变量(BCF-IV)方法优于在控制各方误差率的同时发现和估算异质因果效果时量身定制的其他机器学习技术(或 - 在叶子水平时,不那么严格地 - 为假发现率)。 BCF-IV揭示了乐器可变场景中因果效应的异质性,而且,又为政策制定者提供了有针对性政策的相关工具。其实证应用评估了额外资金对学生表演的影响。结果表明,BCF-IV可用于增强学校资助对学生绩效的有效性。
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大型观察数据越来越多地提供健康,经济和社会科学等学科,研究人员对因果问题而不是预测感兴趣。在本文中,从旨在调查参与学校膳食计划对健康指标的实证研究,研究了使用非参数回归的方法估算异质治疗效果的问题。首先,我们介绍了与观察或非完全随机数据进行因果推断相关的设置和相关的问题,以及如何在统计学习工具的帮助下解决这些问题。然后,我们审查并制定现有最先进的框架的统一分类,允许通过非参数回归模型来估算单个治疗效果。在介绍模型选择问题的简要概述后,我们说明了一些关于三种不同模拟研究的方法的性能。我们通过展示一些关于学校膳食计划数据的实证分析的一些方法的使用来结束。
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The Bayesian additive regression trees (BART) model is an ensemble method extensively and successfully used in regression tasks due to its consistently strong predictive performance and its ability to quantify uncertainty. BART combines "weak" tree models through a set of shrinkage priors, whereby each tree explains a small portion of the variability in the data. However, the lack of smoothness and the absence of a covariance structure over the observations in standard BART can yield poor performance in cases where such assumptions would be necessary. We propose Gaussian processes Bayesian additive regression trees (GP-BART) as an extension of BART which assumes Gaussian process (GP) priors for the predictions of each terminal node among all trees. We illustrate our model on simulated and real data and compare its performance to traditional modelling approaches, outperforming them in many scenarios. An implementation of our method is available in the R package rGPBART available at: https://github.com/MateusMaiaDS/gpbart
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确定对特定干预措施(医疗或政策)响应特别好(或不良)的亚组,需要专门针对因果推理量身定制的新监督学习方法。贝叶斯因果森林(BCF)是一种最近的方法,已被记录在数据生成过程中,具有强烈混杂的方法,这种方法在许多应用中都具有合理的方式。本文开发了一种用于拟合BCF模型的新型算法,该算法比先前可用的Gibbs采样器更有效。新算法可用于初始化现有Gibbs采样器的独立链,从而使模拟研究中相关间隔估计值的后验探索和覆盖率更好。通过模拟研究和经验分析将新算法与相关方法进行比较。
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In many applications, heterogeneous treatment effects on a censored response variable are of primary interest, and it is natural to evaluate the effects at different quantiles (e.g., median). The large number of potential effect modifiers, the unknown structure of the treatment effects, and the presence of right censoring pose significant challenges. In this paper, we develop a hybrid forest approach called Hybrid Censored Quantile Regression Forest (HCQRF) to assess the heterogeneous effects varying with high-dimensional variables. The hybrid estimation approach takes advantage of the random forests and the censored quantile regression. We propose a doubly-weighted estimation procedure that consists of a redistribution-of-mass weight to handle censoring and an adaptive nearest neighbor weight derived from the forest to handle high-dimensional effect functions. We propose a variable importance decomposition to measure the impact of a variable on the treatment effect function. Extensive simulation studies demonstrate the efficacy and stability of HCQRF. The result of the simulation study also convinces us of the effectiveness of the variable importance decomposition. We apply HCQRF to a clinical trial of colorectal cancer. We achieve insightful estimations of the treatment effect and meaningful variable importance results. The result of the variable importance also confirms the necessity of the decomposition.
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电子健康记录(EHR)可获得的丰富纵向个体水平数据可用于检查治疗效果异质性。但是,使用EHR数据估算治疗效果提出了几个挑战,包括时变的混杂,重复和时间不一致的协变量测量,治疗分配和结果以及由于辍学导致的损失。在这里,我们开发了纵向数据(SDLD)算法的亚组发现,该算法是一种基于树的算法,用于使用纵向相互作用树算法结合使用纵向相互作用的一般数据驱动的方法,与纵向驱动的方法与纵向驱动的方法结合使用纵向相互作用,以发现具有异质治疗效果的亚组,并进行纵向研究。目标最大似然估计。我们将算法应用于EHR数据,以发现患有人免疫缺陷病毒(HIV)的人群的亚组,他们在接受非Dolutegravir抗逆转录病毒疗法(ART)接受非Dolutegravir抗逆转录病毒疗法(艺术)时的体重增加风险较高。
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为了进一步开发异构治疗效果的统计推理问题,本文在Breiman(2001)随机林树(RFT)和Wager等人的情况下建立了使用古典的优秀统计属性来参数化非参数问题的(2018)因果树。oLs和基于协变量分数的局部线性间隔的划分,同时保留随机林树木,具有可构造的置信区间和渐近常数特性的优势[athey和Imbens(2016),efron(2014),赌第等(2014年)\ citep {wagert2014Asymptotic},我们根据固定规则提出了一个决策树,根据固定规则与本地样本的多项式估计相结合,我们称之为临时局部线性因果树(QLPRT)和林(QLPRF)。
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Default implementations of Bayesian Additive Regression Trees (BART) represent categorical predictors using several binary indicators, one for each level of each categorical predictor. Regression trees built with these indicators partition the levels using a ``remove one a time strategy.'' Unfortunately, the vast majority of partitions of the levels cannot be built with this strategy, severely limiting BART's ability to ``borrow strength'' across groups of levels. We overcome this limitation with a new class of regression tree and a new decision rule prior that can assign multiple levels to both the left and right child of a decision node. Motivated by spatial applications with areal data, we introduce a further decision rule prior that partitions the areas into spatially contiguous regions by deleting edges from random spanning trees of a suitably defined network. We implemented our new regression tree priors in the flexBART package, which, compared to existing implementations, often yields improved out-of-sample predictive performance without much additional computational burden. We demonstrate the efficacy of flexBART using examples from baseball and the spatiotemporal modeling of crime.
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Based on administrative data of unemployed in Belgium, we estimate the labour market effects of three training programmes at various aggregation levels using Modified Causal Forests, a causal machine learning estimator. While all programmes have positive effects after the lock-in period, we find substantial heterogeneity across programmes and unemployed. Simulations show that 'black-box' rules that reassign unemployed to programmes that maximise estimated individual gains can considerably improve effectiveness: up to 20 percent more (less) time spent in (un)employment within a 30 months window. A shallow policy tree delivers a simple rule that realizes about 70 percent of this gain.
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在过去二十年中,识别具有不同纵向数据趋势的群体的方法已经成为跨越许多研究领域的兴趣。为了支持研究人员,我们总结了文献关于纵向聚类的指导。此外,我们提供了一种纵向聚类方法,包括基于基团的轨迹建模(GBTM),生长混合模拟(GMM)和纵向K平均值(KML)。该方法在基本级别引入,并列出了强度,限制和模型扩展。在最近数据收集的发展之后,将注意这些方法的适用性赋予密集的纵向数据(ILD)。我们展示了使用R.中可用的包在合成数据集上的应用程序的应用。
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在本文中,我们提出了一种非参数估计的方法,并推断了一般样本选择模型中因果效应参数的异质界限,初始治疗可能会影响干预后结果是否观察到。可观察到的协变量可能会混淆治疗选择,而观察结果和不可观察的结果可能会混淆。该方法提供条件效应界限作为策略相关的预处理变量的功能。它允许对身份不明的条件效应曲线进行有效的统计推断。我们使用灵活的半参数脱偏机学习方法,该方法可以适应柔性功能形式和治疗,选择和结果过程之间的高维混杂变量。还提供了易于验证的高级条件,以进行估计和错误指定的鲁棒推理保证。
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回归模型用于各种应用,为来自不同领域的研究人员提供强大的科学工具。线性或简单的参数,模型通常不足以描述输入变量与响应之间的复杂关系。通过诸如神经网络的灵活方法可以更好地描述这种关系,但这导致不太可解释的模型和潜在的过度装备。或者,可以使用特定的参数非线性函数,但是这种功能的规范通常是复杂的。在本文中,我们介绍了一种灵活的施工方法,高度灵活的非线性参数回归模型。非线性特征是分层的,类似于深度学习,但对要考虑的可能类型的功能具有额外的灵活性。这种灵活性,与变量选择相结合,使我们能够找到一小部分重要特征,从而可以更具可解释的模型。在可能的功能的空间内,考虑了贝叶斯方法,基于它们的复杂性引入功能的前沿。采用遗传修改模式跳跃马尔可夫链蒙特卡罗算法来执行贝叶斯推理和估计模型平均的后验概率。在各种应用中,我们说明了我们的方法如何用于获得有意义的非线性模型。此外,我们将其预测性能与多个机器学习算法进行比较。
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有许多可用于选择优先考虑治疗的可用方法,包括基于治疗效果估计,风险评分和手工制作规则的遵循申请。我们将秩加权平均治疗效应(RATY)指标作为一种简单常见的指标系列,用于比较水平竞争范围的治疗优先级规则。对于如何获得优先级规则,率是不可知的,并且仅根据他们在识别受益于治疗中受益的单位的方式进行评估。我们定义了一系列速率估算器,并证明了一个中央限位定理,可以在各种随机和观测研究环境中实现渐近精确的推断。我们为使用自主置信区间的使用提供了理由,以及用于测试关于治疗效果中的异质性的假设的框架,与优先级规则相关。我们对速率的定义嵌套了许多现有度量,包括QINI系数,以及我们的分析直接产生了这些指标的推论方法。我们展示了我们从个性化医学和营销的示例中的方法。在医疗环境中,使用来自Sprint和Accor-BP随机对照试验的数据,我们发现没有明显的证据证明异质治疗效果。另一方面,在大量的营销审判中,我们在一些数字广告活动的治疗效果中发现了具有的强大证据,并证明了如何使用率如何比较优先考虑估计风险的目标规则与估计治疗效益优先考虑的目标规则。
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We develop a Bayesian semi-parametric model for the estimating the impact of dynamic treatment rules on survival among patients diagnosed with pediatric acute myeloid leukemia (AML). The data consist of a subset of patients enrolled in the phase III AAML1031 clinical trial in which patients move through a sequence of four treatment courses. At each course, they undergo treatment that may or may not include anthracyclines (ACT). While ACT is known to be effective at treating AML, it is also cardiotoxic and can lead to early death for some patients. Our task is to estimate the potential survival probability under hypothetical dynamic ACT treatment strategies, but there are several impediments. First, since ACT was not randomized in the trial, its effect on survival is confounded over time. Second, subjects initiate the next course depending on when they recover from the previous course, making timing potentially informative of subsequent treatment and survival. Third, patients may die or drop out before ever completing the full treatment sequence. We develop a generative Bayesian semi-parametric model based on Gamma Process priors to address these complexities. At each treatment course, the model captures subjects' transition to subsequent treatment or death in continuous time under a given rule. A g-computation procedure is used to compute a posterior over potential survival probability that is adjusted for time-varying confounding. Using this approach, we conduct posterior inference for the efficacy of hypothetical treatment rules that dynamically modify ACT based on evolving cardiac function.
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我们应用因果机学习算法来评估营销干预措施的因果影响,即优惠券活动,对零售商的销售。除了评估不同类型的优惠券的平均影响外,我们还调查了不同客户群的因果关系效应的异质性,例如,在相对较高的客户与先前购买相对较高的客户之间。最后,我们使用最佳政策学习来确定(以数据驱动方式)哪些客户群应针对优惠券活动,以最大程度地提高营销干预措施在销售方面的有效性。我们发现,在检查的五个优惠券类别中,只有两个,即适用于药店产品和其他食品产品类别的优惠券,对零售商销售具有统计学上的显着积极影响。对小组平均治疗效果的评估表明,在商店的先前购买中定义的客户群中,优惠券提供的影响有很大的差异,药品店优惠券在先前购买较高的客户和其他食品优惠券中特别有效先前购买较低的客户。我们的研究提供了一种用例,用于在业务分析中应用因果机学习,以评估特定公司政策(例如营销活动)对决策支持的因果影响。
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内核正规化最小二乘(KRLS)是一种流行的方法,用于灵活估算可能在变量之间具有复杂关系的模型。但是,其对许多研究人员的有用性受到限制,原因有两个。首先,现有的方法不灵活,不允许KRL与理论动机的扩展(例如固定效应或非线性结果)结合使用。其次,对于甚至适度尺寸的数据集,估计在计算上是非常强大的。我们的论文通过引入广义KRL(GKRL)来解决这两种问题。我们注意到,可以将KRLS重新构造为层次模型,从而允许轻松推理和模块化模型构建。在计算上,我们还实施随机草图以显着加速估计,同时估计质量的罚款有限。我们证明,GKRL可以在一分钟内进行数万观察到的数据集中。此外,可以迅速估计需要在十二次(例如元学习者)中安装模型的最新技术。
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Many scientific and engineering challenges-ranging from personalized medicine to customized marketing recommendations-require an understanding of treatment effect heterogeneity. In this paper, we develop a non-parametric causal forest for estimating heterogeneous treatment effects that extends Breiman's widely used random forest algorithm. In the potential outcomes framework with unconfoundedness, we show that causal forests are pointwise consistent for the true treatment effect, and have an asymptotically Gaussian and centered sampling distribution. We also discuss a practical method for constructing asymptotic confidence intervals for the true treatment effect that are centered at the causal forest estimates. Our theoretical results rely on a generic Gaussian theory for a large family of random forest algorithms. To our knowledge, this is the first set of results that allows any type of random forest, including classification and regression forests, to be used for provably valid statistical inference. In experiments, we find causal forests to be substantially more powerful than classical methods based on nearest-neighbor matching, especially in the presence of irrelevant covariates.
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捕获基于协变量的多变量响应载体之间的条件协方差或相关性对于包括神经科学,流行病学和生物医学在内的各个领域很重要。我们提出了一种新方法,称为随机森林(covregrf),以使用随机森林框架估算一个多变量响应的协方差矩阵。随机林木的建造具有专门设计的分裂规则,以最大化儿童节点的样本协方差矩阵估计值之间的差异。我们还提出了对协变量子集的部分效应的显着性检验。我们通过一项模拟研究评估了提出的方法和显着性测试的性能,该研究表明该方法提供了准确的协方差矩阵估计值,并且Type-1误差得到了很好的控制。我们还证明了该方法与甲状腺疾病数据集的应用。
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