Domain adaptation is an effective solution to data scarcity in low-resource scenarios. However, when applied to token-level tasks such as bioNER, domain adaptation methods often suffer from the challenging linguistic characteristics that clinical narratives possess, which leads to unsatisfactory performance. In this paper, we present a simple yet effective hardness-guided domain adaptation (HGDA) framework for bioNER tasks that can effectively leverage the domain hardness information to improve the adaptability of the learnt model in low-resource scenarios. Experimental results on biomedical datasets show that our model can achieve significant performance improvement over the recently published state-of-the-art (SOTA) MetaNER model

Current work in named entity recognition (NER) uses either cross entropy (CE) or conditional random fields (CRF) as the objective/loss functions to optimize the underlying NER model. Both of these traditional objective functions for the NER problem generally produce adequate performance when the data distribution is balanced and there are sufficient annotated training examples. But since NER is inherently an imbalanced tagging problem, the model performance under the low-resource settings could suffer using these standard objective functions. Based on recent advances in area under the ROC curve (AUC) maximization, we propose to optimize the NER model by maximizing the AUC score. We give evidence that by simply combining two binary-classifiers that maximize the AUC score, significant performance improvement over traditional loss functions is achieved under low-resource NER settings. We also conduct extensive experiments to demonstrate the advantages of our method under the low-resource and highly-imbalanced data distribution settings. To the best of our knowledge, this is the first work that brings AUC maximization to the NER setting. Furthermore, we show that our method is agnostic to different types of NER embeddings, models and domains. The code to replicate this work will be provided upon request.

我们解决了神经机翻译中的两个域适应问题。首先，我们希望达到领域的稳健性，即培训数据的域名的良好质量，以及培训数据中的域名不间断。其次，我们希望我们的系统是Adaptive的，即，可以使用只有数百个域的平行句子来实现Finetune系统。在本文中，我们介绍了两个先前方法的新组合，文字自适应建模，解决了域的鲁棒性和荟萃学习，解决了域适应性，并且我们呈现了显示我们新组合改善这些属性的经验结果。

大多数NER方法都依赖于广泛的标记数据进行模型培训，这些数据在低资源场景中挣扎，培训数据有限。与资源丰富的源域相比，现有的主要方法通常会遇到目标域具有不同标签集的挑战，该标签集可以作为类传输和域转移得出的结论。在本文中，我们通过可拔出的提示（Lightner）提出了一个轻巧的调整范式，用于低资源。具体而言，我们构建了实体类别的统一可学习的语言器，以生成实体跨度序列和实体类别，而无需任何标签特定的分类器，从而解决了类转移问题。我们通过将可学习的参数纳入自我发言层作为指导，进一步提出了一个可插入的指导模块，该参数可以重新调节注意力并调整预训练的权重。请注意，我们仅通过修复了预训练的语言模型的整个参数来调整那些插入的模块，从而使我们的方法轻巧且灵活地适合低资源场景，并且可以更好地跨域传输知识。实验结果表明，Lightner可以在标准监督环境中获得可比的性能，并且在低资源设置中优于强大基线。代码在https://github.com/zjunlp/deepke/tree/main/main/example/ner/few-shot中。

Motivation: Biomedical text mining is becoming increasingly important as the number of biomedical documents rapidly grows. With the progress in natural language processing (NLP), extracting valuable information from biomedical literature has gained popularity among researchers, and deep learning has boosted the development of effective biomedical text mining models. However, directly applying the advancements in NLP to biomedical text mining often yields unsatisfactory results due to a word distribution shift from general domain corpora to biomedical corpora. In this article, we investigate how the recently introduced pre-trained language model BERT can be adapted for biomedical corpora. Results: We introduce BioBERT (Bidirectional Encoder Representations from Transformers for Biomedical Text Mining), which is a domain-specific language representation model pre-trained on large-scale biomedical corpora. With almost the same architecture across tasks, BioBERT largely outperforms BERT and previous state-of-the-art models in a variety of biomedical text mining tasks when pre-trained on biomedical corpora. While BERT obtains performance comparable to that of previous state-of-the-art models, BioBERT significantly outperforms them on the following three representative biomedical text mining tasks: biomedical named entity recognition (0.62% F1 score improvement), biomedical relation extraction (2.80% F1 score improvement) and biomedical question answering (12.24% MRR improvement). Our analysis results show that pre-training BERT on biomedical corpora helps it to understand complex biomedical texts.

自然语言处理领域（NLP）最近看到使用预先接受训练的语言模型来解决几乎任何任务的大量变化。尽管对各种任务的基准数据集显示了很大的改进，但这些模型通常在非标准域中对临床领域的临床域进行次优，其中观察到预训练文件和目标文件之间的巨大差距。在本文中，我们的目标是通过对语言模型的域特定培训结束这种差距，我们调查其对多种下游任务和设置的影响。我们介绍了预先训练的Clin-X（临床XLM-R）语言模型，并展示了Clin-X如何通过两种语言的十个临床概念提取任务的大幅度优于其他预先训练的变压器模型。此外，我们展示了如何通过基于随机分裂和交叉句子上下文的集合来利用我们所提出的任务和语言 - 无人机模型架构进一步改善变压器模型。我们在低资源和转移设置中的研究显​​示，尽管只有250个标记的句子，但在只有250个标记的句子时，缺乏带注释数据的稳定模型表现。我们的结果突出了专业语言模型作为非标准域中的概念提取的Clin-X的重要性，但也表明我们的任务 - 无人机模型架构跨越测试任务和语言是强大的，以便域名或任务特定的适应不需要。 Clin-Xlanguage模型和用于微调和传输模型的源代码在https://github.com/boschresearch/clin\_x/和Huggingface模型集线器上公开使用。

Biomedical named entity recognition (BioNER) seeks to automatically recognize biomedical entities in natural language text, serving as a necessary foundation for downstream text mining tasks and applications such as information extraction and question answering. Manually labeling training data for the BioNER task is costly, however, due to the significant domain expertise required for accurate annotation. The resulting data scarcity causes current BioNER approaches to be prone to overfitting, to suffer from limited generalizability, and to address a single entity type at a time (e.g., gene or disease). We therefore propose a novel all-in-one (AIO) scheme that uses external data from existing annotated resources to improve generalization. We further present AIONER, a general-purpose BioNER tool based on cutting-edge deep learning and our AIO schema. We evaluate AIONER on 14 BioNER benchmark tasks and show that AIONER is effective, robust, and compares favorably to other state-of-the-art approaches such as multi-task learning. We further demonstrate the practical utility of AIONER in three independent tasks to recognize entity types not previously seen in training data, as well as the advantages of AIONER over existing methods for processing biomedical text at a large scale (e.g., the entire PubMed data).

我们利用预训练的语言模型来解决两种低资源语言的复杂NER任务：中文和西班牙语。我们使用整个单词掩码（WWM）的技术来提高大型和无监督的语料库的掩盖语言建模目标。我们在微调的BERT层之上进行多个神经网络体系结构，将CRF，Bilstms和线性分类器结合在一起。我们所有的模型都优于基线，而我们的最佳性能模型在盲目测试集的评估排行榜上获得了竞争地位。

Pre-trained Language Models (PLMs) have been applied in NLP tasks and achieve promising results. Nevertheless, the fine-tuning procedure needs labeled data of the target domain, making it difficult to learn in low-resource and non-trivial labeled scenarios. To address these challenges, we propose Prompt-based Text Entailment (PTE) for low-resource named entity recognition, which better leverages knowledge in the PLMs. We first reformulate named entity recognition as the text entailment task. The original sentence with entity type-specific prompts is fed into PLMs to get entailment scores for each candidate. The entity type with the top score is then selected as final label. Then, we inject tagging labels into prompts and treat words as basic units instead of n-gram spans to reduce time complexity in generating candidates by n-grams enumeration. Experimental results demonstrate that the proposed method PTE achieves competitive performance on the CoNLL03 dataset, and better than fine-tuned counterparts on the MIT Movie and Few-NERD dataset in low-resource settings.

虽然罕见疾病的特征在于患病率低，但大约3亿人受到罕见疾病的影响。对这些条件的早期和准确诊断是一般从业者的主要挑战，没有足够的知识来识别它们。除此之外，罕见疾病通常会显示各种表现形式，这可能会使诊断更加困难。延迟的诊断可能会对患者的生命产生负面影响。因此，迫切需要增加关于稀有疾病的科学和医学知识。自然语言处理（NLP）和深度学习可以帮助提取有关罕见疾病的相关信息，以促进其诊断和治疗。本文探讨了几种深度学习技术，例如双向长期内存（BILSTM）网络或基于来自变压器（BERT）的双向编码器表示的深层语境化词表示，以识别罕见疾病及其临床表现（症状和症状） Raredis语料库。该毒品含有超过5,000名罕见疾病和近6,000个临床表现。 Biobert，基于BERT和培训的生物医学Corpora培训的域特定语言表示，获得了最佳结果。特别是，该模型获得罕见疾病的F1分数为85.2％，表现优于所有其他模型。

对于自然语言处理中的许多任务，将知识从一个域转移到另一个领域至关重要，尤其是当目标域中的可用数据量受到限制时。在这项工作中，我们在指定实体识别（NER）的背景下提出了一种新颖的域适应方法。我们提出了一种两步方法，该方法由可变基本模块和模板模块组成，该模块在简单的描述模式的帮助下利用了预训练的语言模型中捕获的知识。我们的方法简单而通用，可以在几次射击和零拍设置中应用。评估我们在许多不同数据集中的轻量级方法表明，它可以将最新基准的性能提高2-5％的F1分数。

最近的工作表明，在适应新域时，域名语言模型可以提高性能。但是，与培训前提出的成本提出了一个重要问题：给出了固定预算，NLP从业者应该采取哪些步骤来最大限度地提高绩效？在本文中，我们在预算限制下研究域适应，并将其作为数据注释和预培训之间的客户选择问题。具体而言，我们测量三个程序文本数据集的注释成本以及三种域语言模型的预培训成本。然后，我们评估不同预算限制下的预训练和数据注释的不同组合的效用，以评估哪种组合策略最佳效果。我们发现，对于小预算，支出所有资金都会导致最佳表现;一旦预算变得足够大，数据注释和域内预训练的组合更优先。因此，我们建议任务特定的数据注释应该是在将NLP模型调整到新域时的经济策略的一部分。

当大型训练数据集不可用于低资源域时，命名实体识别（NER）模型通常表现不佳。最近，预先训练大规模语言模型已成为应对数据稀缺问题的有希望的方向。然而，语言建模和ner任务之间的潜在差异可能会限制模型的性能，并且由于收集的网数据集通常很小或大而是低质量，因此已经研究了NER任务的预训练。在本文中，我们构建了一个具有相对高质量的大规模核心语料库，我们基于创建的数据集预先列车。实验结果表明，我们的预训练模型可以显着优于八大域的低资源场景中的百合形和其他强基线。此外，实体表示的可视化进一步指示Ner-BERT用于对各种实体进行分类的有效性。

众包被视为有效监督学习的一个潜在解决方案，旨在通过人群工人建立大规模的注释培训数据。以前的研究重点是减少来自众包注释的噪音的影响。我们在这项工作中涉及不同的观点，关于所有众包作为个人注册人的金标。通过这种方式，我们发现众群可能与域适应高度相似，然后近域方法的最近进步几乎可以直接应用于众包。在这里，我们将命名实体识别（ner）作为一项研究案例，建议由尝试捕获有效域感知功能的域适配方法的吸引人感知表示学习模型。我们调查无监督和监督的众群学习，假设没有或只有小型专家注释。基准众包的实验结果表明，我们的方法非常有效，导致新的最先进的性能。此外，在监督环境下，我们只能通过非常小的专家注释来实现令人印象深刻的性能。

首字母缩略词和长形式通常在研究文件中发现，更多的资料来自科学和法律领域的文件。在此文件中使用的许多首字母缩略词是特定于域的，很少在正常文本语料库中找到。由于这一点，基于变压器的NLP模型经常检测缩略词令牌的OOV（词汇），特别是对于非英语语言，它们的性能在提取期间将首字母缩略词与它们的长形式联系起来。此外，像BERT这样的预磨削变压器模型不专注于处理科学和法律文件。随着这些积分是这项工作背后的总体动机，我们提出了一种新颖的框架尚非：缩写式提取的字符感知BERT，其考虑文本中的字符序列，并通过屏蔽语言建模进行了科学和法律域。我们进一步使用了一个增强损失功能的目标，将最大损耗和掩码丢失术语添加到培训人物的标准交叉熵损失。我们进一步利用伪标记和对抗性数据生成来提高框架的普遍性。与各种基线相比，实验结果证明了所提出的框架的优越性。此外，我们表明，所提出的框架更适合基线模型，用于对非英语的零拍摄概括，从而加强了我们方法的有效性。我们的Team BackGprop在法国数据集中获得了最高分，丹麦和越南的最高分，在全球排行榜上的英语合法数据集中获得了第三高，用于SDU AAAI-22的Althym提取（AE）共享任务。

自动言论（POS）标记是许多自然语言处理（NLP）任务的预处理步骤，例如名称实体识别（NER），语音处理，信息提取，单词sense sisse disampigation和Machine Translation。它已经在英语和欧洲语言方面取得了令人鼓舞的结果，但是使用印度语言，尤其是在Odia语言中，由于缺乏支持工具，资源和语言形态丰富性，因此尚未得到很好的探索。不幸的是，我们无法为ODIA找到一个开源POS标记，并且仅尝试为ODIA语言开发POS标记器的尝试。这项研究工作的主要贡献是介绍有条件的随机场（CRF）和基于深度学习的方法（CNN和双向长期短期记忆）来开发ODIA的语音部分。我们使用了一个公开访问的语料库，并用印度标准局（BIS）标签设定了数据集。但是，全球的大多数语言都使用了带有通用依赖项（UD）标签集注释的数据集。因此，要保持统一性，odia数据集应使用相同的标签集。因此，我们已经构建了一个从BIS标签集到UD标签集的简单映射。我们对CRF模型进行了各种特征集输入，观察到构造特征集的影响。基于深度学习的模型包括BI-LSTM网络，CNN网络，CRF层，角色序列信息和预训练的单词向量。通过使用卷积神经网络（CNN）和BI-LSTM网络提取角色序列信息。实施了神经序列标记模型的六种不同组合，并研究了其性能指标。已经观察到具有字符序列特征和预训练的单词矢量的BI-LSTM模型取得了显着的最新结果。

对于指定的实体识别（NER），基于序列标签和基于跨度的范例大不相同。先前的研究表明，这两个范式具有明显的互补优势，但是据我们所知，很少有模型试图在单个NER模型中利用这些优势。在我们以前的工作中，我们提出了一种称为捆绑学习（BL）的范式来解决上述问题。 BL范式将两个NER范式捆绑在一起，从而使NER模型通过加权总结每个范式的训练损失来共同调整其参数。但是，三个关键问题仍未解决：BL何时起作用？ BL为什么工作？ BL可以增强现有的最新（SOTA）NER模型吗？为了解决前两个问题，我们实施了三个NER模型，涉及一个基于序列标签的模型-Seqner，Seqner，一个基于跨度的NER模型 - 机器人，以及将Seqner和Spanner捆绑在一起的BL-NER。我们根据来自五个域的11个NER数据集的实验结果得出两个关于这两个问题的结论。然后，我们将BL应用于现有的五个SOTA NER模型，以研究第三期，包括三个基于序列标签的模型和两个基于SPAN的模型。实验结果表明，BL始终提高其性能，表明可以通过将BL纳入当前的SOTA系统来构建新的SOTA NER系统。此外，我们发现BL降低了实体边界和类型预测错误。此外，我们比较了两种常用的标签标签方法以及三种类型的跨度语义表示。

Information Extraction (IE) aims to extract structured information from heterogeneous sources. IE from natural language texts include sub-tasks such as Named Entity Recognition (NER), Relation Extraction (RE), and Event Extraction (EE). Most IE systems require comprehensive understandings of sentence structure, implied semantics, and domain knowledge to perform well; thus, IE tasks always need adequate external resources and annotations. However, it takes time and effort to obtain more human annotations. Low-Resource Information Extraction (LRIE) strives to use unsupervised data, reducing the required resources and human annotation. In practice, existing systems either utilize self-training schemes to generate pseudo labels that will cause the gradual drift problem, or leverage consistency regularization methods which inevitably possess confirmation bias. To alleviate confirmation bias due to the lack of feedback loops in existing LRIE learning paradigms, we develop a Gradient Imitation Reinforcement Learning (GIRL) method to encourage pseudo-labeled data to imitate the gradient descent direction on labeled data, which can force pseudo-labeled data to achieve better optimization capabilities similar to labeled data. Based on how well the pseudo-labeled data imitates the instructive gradient descent direction obtained from labeled data, we design a reward to quantify the imitation process and bootstrap the optimization capability of pseudo-labeled data through trial and error. In addition to learning paradigms, GIRL is not limited to specific sub-tasks, and we leverage GIRL to solve all IE sub-tasks (named entity recognition, relation extraction, and event extraction) in low-resource settings (semi-supervised IE and few-shot IE).

生物医学机器阅读理解（生物医学MRC）旨在理解复杂的生物医学叙事，并协助医疗保健专业人员从中检索信息。现代神经网络的MRC系统的高性能取决于高质量的大规模，人为宣传的培训数据集。在生物医学领域中，创建此类数据集的一个至关重要的挑战是域知识的要求，引起了标记数据的稀缺性以及从标记的通用（源）域转移学习到生物医学（目标）域的需求。然而，由于主题方差，通用和生物医学领域之间的边际分布存在差异。因此，从在通用域上训练的模型到生物医学领域的模型直接转移学会的表示可能会损害模型的性能。我们为生物医学机器阅读理解任务（BioAdapt-MRC）提供了基于对抗性学习的域适应框架，这是一种基于神经网络的方法，可解决一般和生物医学域数据之间边际分布中的差异。 Bioadapt-MRC松弛了生成伪标签的需求，以训练表现出色的生物医学MRC模型。我们通过将生物ADAPT-MRC与三种广泛使用的基准生物医学MRC数据集进行比较，从而广泛评估了生物ADAPT-MRC的性能-Bioasq-7B，BioASQ-8B和BioASQ-9B。我们的结果表明，如果不使用来自生物医学领域的任何合成或人类通知的数据，Bioadapt-MRC可以在这些数据集中实现最先进的性能。可用性：bioadapt-MRC可作为开放源项目免费获得，\ url {https://github.com/mmahbub/bioadapt-mrc}。

命名实体识别（ner）旨在标识在非结构化文本中的命名实体的提到，并将它们分类为预定义的命名实体类。尽管基于深度学习的预先训练的语言模型实现了良好的预测性能，但许多域特定的NERTASK仍然需要足够量的标记数据。主动学习（AL）是标签采集问题的一般框架，已用于NER任务，以最大限度地降低注释成本而不会牺牲模型性能。然而，令牌的严重不平衡的课程分布引入了设计有效的NER Querying方法的挑战。我们提出了al句子查询评估函数，这些函数更加关注可能的积极令牌，并评估基于句子和基于令牌的成本评估策略的这些提出的功能。我们还提出了更好的数据驱动的归一化方法来惩罚太长或太短的句子。我们在来自不同域的三个数据集上的实验表明，所提出的方法减少了带有常规方法的更好或可比预测性能的增注令牌的数量。