文档级信息提取（IE）任务最近开始使用端到端的神经网络技术对其句子级别的IE同行进行认真重新审视。但是，对方法的评估在许多维度上受到限制。特别是，Precision/Recell/F1分数通常报道，几乎没有关于模型造成的错误范围的见解。我们基于Kummerfeld和Klein（2013）的工作，为基于转换的框架提出了用于文档级事件和（N- ARY）关系提取的自动化错误分析的框架。我们采用我们的框架来比较来自三个域的数据集上的两种最先进的文档级模板填充方法；然后，为了衡量IE自30年前成立以来的进展，与MUC-4（1992）评估的四个系统相比。

从新闻文章中提取事件的信息论点是信息提取的一个具有挑战性的问题，这需要对每个文档的全球上下文理解。尽管有关文档级提取的最新工作已经超越了单句子，并提高了端到端模型的跨句子推理能力，但它们仍然受到某些输入序列长度约束的限制，通常忽略事件之间的全局上下文。为了解决此问题，我们通过构建文档存储器存储来记录上下文事件信息，并利用它隐含，明确地帮助解码以后事件的参数，从而引入了一个新的基于全局神经生成的框架，以用于文档级事件参数提取提取文档级别的事件参数提取。经验结果表明，我们的框架的表现要优于先验方法，并且使用约束的解码设计对对抗注释的示例更为强大。 （我们的代码和资源可在https://github.com/xinyadu/memory_docie上获得研究目的。）

As information extraction (IE) systems have grown more capable at whole-document extraction, the classic task of \emph{template filling} has seen renewed interest as a benchmark for evaluating them. In this position paper, we call into question the suitability of template filling for this purpose. We argue that the task demands definitive answers to thorny questions of \emph{event individuation} -- the problem of distinguishing distinct events -- about which even human experts disagree. We show through annotation studies and error analysis that this raises concerns about the usefulness of template filling evaluation metrics, the quality of datasets for the task, and the ability of models to learn it. Finally, we consider possible solutions.

放射学报告含有在其解释图像中被放射科学家记录的多样化和丰富的临床异常。放射发现的综合语义表示将使广泛的次要使用应用来支持诊断，分类，结果预测和临床研究。在本文中，我们提出了一种新的放射学报告语料库，注释了临床调查结果。我们的注释模式捕获了可观察到的病理发现的详细说明（“病变”）和其他类型的临床问题（“医学问题”）。该模式使用了基于事件的表示来捕获细粒细节，包括断言，解剖学，特征，大小，计数等。我们的黄金标准语料库包含总共500个注释的计算机断层扫描（CT）报告。我们利用两个最先进的深度学习架构提取了触发器和论证实体，包括伯特。然后，我们使用基于BERT的关系提取模型预测触发器和参数实体（称为参数角色）之间的连接。我们使用预先从我们的机构的300万放射学报告预先培训的BERT模型实现了最佳提取性能：90.9％-93.4％f1用于查找触发器的触发器72.0％-85.6％f1，用于参数角色。为了评估型号的概括性，我们使用了从模拟胸部X射线（MIMIC-CXR）数据库中随机采样的外部验证。该验证集的提取性能为95.6％，用于发现触发器和参数角色的79.1％-89.7％，表明模型与具有不同的成像模型的跨机构数据一致。我们从模拟CXR数据库中的所有放射学报告中提取了查找事件，并为研究界提供了提取。

本文概述了与CRAC 2022研讨会相关的多语言核心分辨率的共享任务。共同的任务参与者应该开发能够识别提及并根据身份核心重点聚集的训练系统。Corefud 1.0的公共版本包含10种语言的13个数据集，被用作培训和评估数据的来源。先前面向核心共享任务中使用的串联分数用作主要评估度量。5个参与团队提交了8个核心预测系统；此外，组织者在共享任务开始时提供了一个基于竞争变压器的基线系统。获胜者系统的表现优于基线12个百分点（就所有语言的所有数据集而言，在所有数据集中平均得分）。

自然语言理解的关系提取使得创新和鼓励新颖的商业概念成为可能，并促进新的数字化决策过程。目前的方法允许提取与固定数量的实体的关系作为属性。提取与任意数量的属性的关系需要复杂的系统和昂贵的关系触发注释来帮助这些系统。我们将多属性关系提取（MARE）引入具有两种方法的假设问题，促进从业务用例到数据注释的显式映射。避免精细的注释约束简化了关系提取方法的应用。评估将我们的模型与当前最先进的事件提取和二进制关系提取方法进行了比较。与普通多属性关系的提取相比，我们的方法表现出改进。

我们提出了一个新的框架，在增强的自然语言（TANL）之间的翻译，解决了许多结构化预测语言任务，包括联合实体和关系提取，嵌套命名实体识别，关系分类，语义角色标记，事件提取，COREREFED分辨率和对话状态追踪。通过培训特定于特定于任务的鉴别分类器来说，我们将其作为一种在增强的自然语言之间的翻译任务，而不是通过培训问题，而不是解决问题，而是可以轻松提取任务相关信息。我们的方法可以匹配或优于所有任务的特定于任务特定模型，特别是在联合实体和关系提取（Conll04，Ade，NYT和ACE2005数据集）上实现了新的最先进的结果，与关系分类（偶尔和默示）和语义角色标签（Conll-2005和Conll-2012）。我们在使用相同的架构和超参数的同时为所有任务使用相同的架构和超级参数，甚至在培训单个模型时同时解决所有任务（多任务学习）。最后，我们表明，由于更好地利用标签语义，我们的框架也可以显着提高低资源制度的性能。

生物医学文献中的自动关系提取（RE）对于研究和现实世界中的许多下游文本挖掘应用至关重要。但是，用于生物医学的大多数现有基准测试数据集仅关注句子级别的单一类型（例如蛋白质 - 蛋白质相互作用）的关系，从而极大地限制了生物医学中RE系统的开发。在这项工作中，我们首先审查了常用的名称实体识别（NER）和RE数据集。然后，我们提出了Biored，这是一种具有多种实体类型（例如，基因/蛋白质，疾病，化学）和关系对（例如，基因 - 疾病；化学化学化学化学）的首个生物医学RE语料库，在文档水平上，在一组600个PubMed摘要中。此外，我们将每个关系标记为描述一种新颖的发现或先前已知的背景知识，使自动化算法能够区分新颖和背景信息。我们通过基准在NER和RE任务上对几种现有的最新方法（包括基于BERT的模型）进行基准测试来评估Biored的实用性。我们的结果表明，尽管现有方法可以在NER任务上达到高性能（F-评分为89.3％），但重新任务的改进空间很大，尤其是在提取新颖的关系时（F-评分为47.7％）。我们的实验还表明，如此丰富的数据集可以成功地促进生物医学更准确，高效和健壮的RE系统的开发。 Biored数据集和注释指南可在https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/lu/biored/中免费获得。

A long-running goal of the clinical NLP community is the extraction of important variables trapped in clinical notes. However, roadblocks have included dataset shift from the general domain and a lack of public clinical corpora and annotations. In this work, we show that large language models, such as InstructGPT, perform well at zero- and few-shot information extraction from clinical text despite not being trained specifically for the clinical domain. Whereas text classification and generation performance have already been studied extensively in such models, here we additionally demonstrate how to leverage them to tackle a diverse set of NLP tasks which require more structured outputs, including span identification, token-level sequence classification, and relation extraction. Further, due to the dearth of available data to evaluate these systems, we introduce new datasets for benchmarking few-shot clinical information extraction based on a manual re-annotation of the CASI dataset for new tasks. On the clinical extraction tasks we studied, the GPT-3 systems significantly outperform existing zero- and few-shot baselines.

Objective: Social Determinants of Health (SDOH) influence personal health outcomes and health systems interactions. Health systems capture SDOH information through structured data and unstructured clinical notes; however, clinical notes often contain a more comprehensive representation of several key SDOH. The objective of this work is to assess the SDOH information gain achievable by extracting structured semantic representations of SDOH from the clinical narrative and combining these extracted representations with available structured data. Materials and Methods: We developed a natural language processing (NLP) information extraction model for SDOH that utilizes a deep learning entity and relation extraction architecture. In an electronic health record (EHR) case study, we applied the SDOH extractor to a large existing clinical data set with over 200,000 patients and 400,000 notes and compared the extracted information with available structured data. Results: The SDOH extractor achieved 0.86 F1 on a withheld test set. In the EHR case study, we found 19\% of current tobacco users, 10\% of drug users, and 32\% of homeless patients only include documentation of these risk factors in the clinical narrative. Conclusions: Patients who are at-risk for negative health outcomes due to SDOH may be better served if health systems are able to identify SDOH risk factors and associated social needs. Structured semantic representations of text-encoded SDOH information can augment existing structured, and this more comprehensive SDOH representation can assist health systems in identifying and addressing social needs.

学术研究是解决以前从未解决过的问题的探索活动。通过这种性质，每个学术研究工作都需要进行文献审查，以区分其Novelties尚未通过事先作品解决。在自然语言处理中，该文献综述通常在“相关工作”部分下进行。鉴于研究文件的其余部分和引用的论文列表，自动相关工作生成的任务旨在自动生成“相关工作”部分。虽然这项任务是在10年前提出的，但直到最近，它被认为是作为科学多文件摘要问题的变种。然而，即使在今天，尚未标准化了自动相关工作和引用文本生成的问题。在这项调查中，我们进行了一个元研究，从问题制定，数据集收集，方法方法，绩效评估和未来前景的角度来比较相关工作的现有文献，以便为读者洞察到国家的进步 - 最内容的研究，以及如何进行未来的研究。我们还调查了我们建议未来工作要考虑整合的相关研究领域。

培训和评估语言模型越来越多地要求构建元数据 - 多样化的策划数据收集，并具有清晰的出处。自然语言提示最近通过将现有的，有监督的数据集转换为多种新颖的预处理任务，突出了元数据策划的好处，从而改善了零击的概括。尽管将这些以数据为中心的方法转化为生物医学语言建模的通用域文本成功，但由于标记的生物医学数据集在流行的数据中心中的代表性大大不足，因此仍然具有挑战性。为了应对这一挑战，我们介绍了BigBio一个由126个以上的生物医学NLP数据集的社区库，目前涵盖12个任务类别和10多种语言。 BigBio通过对数据集及其元数据进行程序化访问来促进可再现的元数据策划，并与当前的平台兼容，以及时工程和端到端的几个/零射击语言模型评估。我们讨论了我们的任务架构协调，数据审核，贡献指南的过程，并概述了两个说明性用例：生物医学提示和大规模，多任务学习的零射门评估。 BigBio是一项持续的社区努力，可在https://github.com/bigscience-workshop/biomedical上获得。

Coreference resolution (CR) is one of the most challenging areas of natural language processing. This task seeks to identify all textual references to the same real-world entity. Research in this field is divided into coreference resolution and anaphora resolution. Due to its application in textual comprehension and its utility in other tasks such as information extraction systems, document summarization, and machine translation, this field has attracted considerable interest. Consequently, it has a significant effect on the quality of these systems. This article reviews the existing corpora and evaluation metrics in this field. Then, an overview of the coreference algorithms, from rule-based methods to the latest deep learning techniques, is provided. Finally, coreference resolution and pronoun resolution systems in Persian are investigated.

我们提出了一种新颖的基准和相关的评估指标，用于评估文本匿名方法的性能。文本匿名化定义为编辑文本文档以防止个人信息披露的任务，目前遭受了面向隐私的带注释的文本资源的短缺，因此难以正确评估各种匿名方法提供的隐私保护水平。本文介绍了标签（文本匿名基准），这是一种新的开源注释语料库，以解决此短缺。该语料库包括欧洲人权法院（ECHR）的1,268个英语法院案件，并充满了有关每个文档中出现的个人信息的全面注释，包括其语义类别，标识符类型，机密属性和共同参考关系。与以前的工作相比，TAB语料库旨在超越传统的识别（仅限于检测预定义的语义类别），并且明确标记了这些文本跨越的标记，这些文本应该被掩盖，以掩盖该人的身份受到保护。除了介绍语料库及其注释层外，我们还提出了一套评估指标，这些指标是针对衡量文本匿名性的性能而定制的，无论是在隐私保护和公用事业保护方面。我们通过评估几个基线文本匿名模型的经验性能来说明基准和提议的指标的使用。完整的语料库及其面向隐私的注释准则，评估脚本和基线模型可在以下网址提供：

Objective. The impact of social determinants of health (SDoH) on patients' healthcare quality and the disparity is well-known. Many SDoH items are not coded in structured forms in electronic health records. These items are often captured in free-text clinical notes, but there are limited methods for automatically extracting them. We explore a multi-stage pipeline involving named entity recognition (NER), relation classification (RC), and text classification methods to extract SDoH information from clinical notes automatically. Materials and Methods. The study uses the N2C2 Shared Task data, which was collected from two sources of clinical notes: MIMIC-III and University of Washington Harborview Medical Centers. It contains 4480 social history sections with full annotation for twelve SDoHs. In order to handle the issue of overlapping entities, we developed a novel marker-based NER model. We used it in a multi-stage pipeline to extract SDoH information from clinical notes. Results. Our marker-based system outperformed the state-of-the-art span-based models at handling overlapping entities based on the overall Micro-F1 score performance. It also achieved state-of-the-art performance compared to the shared task methods. Conclusion. The major finding of this study is that the multi-stage pipeline effectively extracts SDoH information from clinical notes. This approach can potentially improve the understanding and tracking of SDoHs in clinical settings. However, error propagation may be an issue, and further research is needed to improve the extraction of entities with complex semantic meanings and low-resource entities using external knowledge.

临床领域中的事件提取是一个探索较少的研究领域。除了大量的特定领域的行话外，缺乏培训数据，包括较长的实体，具有模糊的边界，使该任务尤其具有挑战性。在本文中，我们介绍了DICE，这是一种用于临床事件提取的强大而数据效率的生成模型。骰子框架事件提取作为有条件的生成问题，并利用域专家提供的描述来提高低资源设置下的性能。此外，DICE学会了与辅助提及的识别任务一起定位和约束生物医学提及，该任务与事件提取任务共同培训，以利用任务间的依赖性，并进一步纳入确定的提及作为其各自任务的触发和论证候选者。我们还介绍了MacCrobat-EE，这是第一个带有事件参数注释的临床事件提取数据集。我们的实验证明了在临床领域的低数据设置下骰子的鲁棒性，以及将柔性关节训练并提及标记纳入生成方法的好处。

循证医学，医疗保健专业人员在做出决定时提到最佳证据的实践，形成现代医疗保健的基础。但是，它依赖于劳动密集型系统评论，其中域名专家必须从数千个出版物中汇总和提取信息，主要是随机对照试验（RCT）结果转化为证据表。本文通过对两个语言处理任务分解的问题来调查自动化证据表生成：\ texit {命名实体识别}，它标识文本中的关键实体，例如药物名称，以及\ texit {关系提取}，它会映射它们的关系将它们分成有序元组。我们专注于发布的RCT摘要的句子的自动制表，报告研究结果的结果。使用转移学习和基于变压器的语言表示的原则，开发了两个深度神经网络模型作为联合提取管道的一部分。为了培训和测试这些模型，开发了一种新的金标语，包括来自六种疾病区域的近600个结果句。这种方法表现出显着的优势，我们的系统在多种自然语言处理任务和疾病区域中表现良好，以及在训练期间不均匀地展示疾病域。此外，我们显示这些结果可以通过培训我们的模型仅在200个例句中培训。最终系统是一个概念证明，即证明表的产生可以是半自动的，代表全自动系统评论的一步。

许多自然语言处理任务，例如核心解决方案和语义角色标签，都需要选择文本跨度并就其做出决定。此类任务的典型方法是为所有可能的跨度评分，并贪婪地选择特定任务的下游处理的跨度。然而，这种方法并未纳入有关应选择哪种跨度的诱导偏见，例如，选定的跨度倾向于是句法成分。在本文中，我们提出了一种新型的基于语法的结构化选择模型，该模型学会了利用为此类问题提供的部分跨度注释。与以前的方法相比，我们的方法摆脱了启发式贪婪的跨度选择方案，使我们能够在一组最佳跨度上对下游任务进行建模。我们在两个流行的跨度预测任务上评估我们的模型：核心分辨率和语义角色标签。我们对两者都展示了经验改进。

随着信息技术的快速发展，在线平台已经产生了巨大的文本资源。作为一种特定形式的信息提取（即），事件提取（EE）由于其自动从人类语言提取事件的能力而增加了普及。但是，事件提取有限的文献调查。现有审查工作要么花费很多努力，用于描述各种方法的细节或专注于特定领域。本研究提供了全面概述了最先进的事件提取方法及其从文本的应用程序，包括闭域和开放式事件提取。这项调查的特点是它提供了适度复杂性的概要，避免涉及特定方法的太多细节。本研究侧重于讨论代表作品的常见角色，应用领域，优势和缺点，忽略各个方法的特殊性。最后，我们总结了常见问题，当前解决方案和未来的研究方向。我们希望这项工作能够帮助研究人员和从业者获得最近的事件提取的快速概述。

事件参数提取（EAE）在句子级别进行了很好的研究，但在文档级别进行了探索。在本文中，我们研究以捕获实际上分布在文档中的句子的事件论点。先前的工作主要假设对丰富的文档监督的完全访问，而忽略了该论点监督在文档中受到限制的事实。为了填补这一空白，我们基于最大的文档级事件提取数据集DOCEE提出了几个示波的文档级事件参数提取基准。我们首先定义了新问题，并通过新颖的N-Way-D-Doc采样而不是传统的NWay-K-shot策略来重建语料库。然后，我们将高级文档级神经模型调整为几个弹出设置，以在内部和跨域设置下提供基线结果。由于参数提取取决于多个句子的上下文，并且学习过程仅限于很少的示例，因此我们发现该任务在实质上较低的性能中非常具有挑战性。考虑到很少有Docae与低资源制度下的实际使用密切相关，我们希望这种基准能够朝着这一方向发展进行更多的研究。我们的数据和代码将在线提供。