结构磁共振成像研究表明,大脑解剖异常与早产儿的认知缺陷有关。脑成熟和几何特征可以与机器学习模型一起使用,以预测以后的神经发育缺陷。但是,传统的机器学习模型将遭受较大的功能比率(即大量功能,但少数实例/样本)。合奏学习是一种范式,从战略上生成和集成了机器学习分类器库,并已成功地用于各种预测性建模问题,以提高模型性能。属性(即功能)包装方法是最常用的特征分区方案,它随机和反复从整个功能集中绘制特征子集。尽管属性装袋方法可以有效地降低特征维度以处理大型功能与实用比率,但它缺乏对域知识和特征之间的潜在关系的考虑。在这项研究中,我们提出了一种新型的本体论引导属性分区(OAP)方法,以通过考虑特征之间的特定于域的关系来更好地绘制特征子集。有了更好的分区功能子集,我们开发了一个合奏学习框架,该框架称为OAP汇总学习(OAP-EL)。我们应用了OAP-EL,以使用定量脑成熟和在非常早产的年龄在期限年龄获得的定量脑成熟和几何特征来预测2岁年龄的认知缺陷。我们证明,提出的OAP-EL方法显着优于同行集合学习和传统的机器学习方法。
translated by 谷歌翻译
痴呆症是一种神经精神脑障碍,通常会在一个或多个脑细胞停止部分或根本停止工作时发生。在疾病的早期阶段诊断这种疾病是从不良后果中挽救生命并为他们提供更好的医疗保健的至关重要的任务。事实证明,机器学习方法在预测疾病早期痴呆症方面是准确的。痴呆的预测在很大程度上取决于通常从归一化的全脑体积(NWBV)和地图集缩放系数(ASF)收集的收集数据类型,这些数据通常测量并从磁共振成像(MRIS)中进行校正。年龄和性别等其他生物学特征也可以帮助诊断痴呆症。尽管许多研究使用机器学习来预测痴呆症,但我们无法就这些方法的稳定性得出结论,而这些方法在不同的实验条件下更准确。因此,本文研究了有关痴呆预测的机器学习算法的性能的结论稳定性。为此,使用7种机器学习算法和两种功能还原算法,即信息增益(IG)和主成分分析(PCA)进行大量实验。为了检查这些算法的稳定性,IG的特征选择阈值从20%更改为100%,PCA尺寸从2到8。这导致了7x9 + 7x7 = 112实验。在每个实验中,都记录了各种分类评估数据。获得的结果表明,在七种算法中,支持向量机和天真的贝叶斯是最稳定的算法,同时更改选择阈值。同样,发现使用IG似乎比使用PCA预测痴呆症更有效。
translated by 谷歌翻译
Structural alterations have been thoroughly investigated in the brain during the early onset of schizophrenia (SCZ) with the development of neuroimaging methods. The objective of the paper is an efficient classification of SCZ in 2 different classes: Cognitive Normal (CN), and SCZ using magnetic resonance imaging (MRI) images. This paper proposed a lightweight 3D convolutional neural network (CNN) based framework for SCZ diagnosis using MRI images. In the proposed model, lightweight 3D CNN is used to extract both spatial and spectral features simultaneously from 3D volume MRI scans, and classification is done using an ensemble bagging classifier. Ensemble bagging classifier contributes to preventing overfitting, reduces variance, and improves the model's accuracy. The proposed algorithm is tested on datasets taken from three benchmark databases available as open-source: MCICShare, COBRE, and fBRINPhase-II. These datasets have undergone preprocessing steps to register all the MRI images to the standard template and reduce the artifacts. The model achieves the highest accuracy 92.22%, sensitivity 94.44%, specificity 90%, precision 90.43%, recall 94.44%, F1-score 92.39% and G-mean 92.19% as compared to the current state-of-the-art techniques. The performance metrics evidenced the use of this model to assist the clinicians for automatic accurate diagnosis of SCZ.
translated by 谷歌翻译
快速准确地检测该疾病可以大大帮助减少任何国家医疗机构对任何大流行期间死亡率降低死亡率的压力。这项工作的目的是使用新型的机器学习框架创建多模式系统,该框架同时使用胸部X射线(CXR)图像和临床数据来预测COVID-19患者的严重程度。此外,该研究还提出了一种基于nom图的评分技术,用于预测高危患者死亡的可能性。这项研究使用了25种生物标志物和CXR图像,以预测意大利第一波Covid-19(3月至6月2020年3月至6月)在930名Covid-19患者中的风险。提出的多模式堆叠技术分别产生了89.03%,90.44%和89.03%的精度,灵敏度和F1分数,以识别低风险或高危患者。与CXR图像或临床数据相比,这种多模式方法可提高准确性6%。最后,使用多元逻辑回归的列线图评分系统 - 用于对第一阶段确定的高风险患者的死亡风险进行分层。使用随机森林特征选择模型将乳酸脱氢酶(LDH),O2百分比,白细胞(WBC)计数,年龄和C反应蛋白(CRP)鉴定为有用的预测指标。开发了五个预测因素参数和基于CXR图像的列函数评分,以量化死亡的概率并将其分为两个风险组:分别存活(<50%)和死亡(> = 50%)。多模式技术能够预测F1评分为92.88%的高危患者的死亡概率。开发和验证队列曲线下的面积分别为0.981和0.939。
translated by 谷歌翻译
在全球范围内,有实质性的未满足需要有效地诊断各种疾病。不同疾病机制的复杂性和患者人群的潜在症状具有巨大挑战,以发展早期诊断工具和有效治疗。机器学习(ML),人工智能(AI)区域,使研究人员,医师和患者能够解决这些问题的一些问题。基于相关研究,本综述解释了如何使用机器学习(ML)和深度学习(DL)来帮助早期识别许多疾病。首先,使用来自Scopus和Science(WOS)数据库的数据来给予所述出版物的生物计量研究。对1216个出版物的生物计量研究进行了确定,以确定最多产的作者,国家,组织和最引用的文章。此次审查总结了基于机器学习的疾病诊断(MLBDD)的最新趋势和方法,考虑到以下因素:算法,疾病类型,数据类型,应用和评估指标。最后,该文件突出了关键结果,并向未来的未来趋势和机遇提供了解。
translated by 谷歌翻译
COVID-19的大流行造成了毁灭性的经济和社会破坏,使全球医疗机构的资源紧张。这导致全国范围内呼吁模型预测Covid-19患者的住院和严重疾病,以告知有限医疗资源的分配。我们回应针对儿科人群的其中一种。为了应对这一挑战,我们使用电子健康记录研究了针对儿科人群的两项预测任务:1)预测哪些儿童更有可能住院,而2)在住院儿童中,哪些孩子更有可能出现严重的症状。我们通过新颖的机器学习模型MEDML应对国家儿科Covid-19数据挑战。 MEDML根据超过600万个医学概念的医学知识和倾向得分提取了最预测的特征,并通过图神经网络(GNN)结合了异质医学特征之间的功能间关系。我们使用来自国家队列协作(N3C)数据集的数据评估了143,605名患者的MEDML,并在143,605名患者的住院预测任务中评估了严重性预测任务的11,465名患者。我们还报告了详细的小组级和个人级特征的重要性分析,以评估模型的解释性。与最佳的基线机器学习模型相比,MEDML的AUROC得分高达7%,AUPRC得分高达14%,并且自大流行以来的所有九个国家地理区域以及所有三个月的跨度都表现良好。我们的跨学科研究团队开发了一种将临床领域知识纳入新型机器学习模型的框架的方法,该框架比当前最新的数据驱动的功能选择方法更具预测性和可解释。
translated by 谷歌翻译
Pneumonia, a respiratory infection brought on by bacteria or viruses, affects a large number of people, especially in developing and impoverished countries where high levels of pollution, unclean living conditions, and overcrowding are frequently observed, along with insufficient medical infrastructure. Pleural effusion, a condition in which fluids fill the lung and complicate breathing, is brought on by pneumonia. Early detection of pneumonia is essential for ensuring curative care and boosting survival rates. The approach most usually used to diagnose pneumonia is chest X-ray imaging. The purpose of this work is to develop a method for the automatic diagnosis of bacterial and viral pneumonia in digital x-ray pictures. This article first presents the authors' technique, and then gives a comprehensive report on recent developments in the field of reliable diagnosis of pneumonia. In this study, here tuned a state-of-the-art deep convolutional neural network to classify plant diseases based on images and tested its performance. Deep learning architecture is compared empirically. VGG19, ResNet with 152v2, Resnext101, Seresnet152, Mobilenettv2, and DenseNet with 201 layers are among the architectures tested. Experiment data consists of two groups, sick and healthy X-ray pictures. To take appropriate action against plant diseases as soon as possible, rapid disease identification models are preferred. DenseNet201 has shown no overfitting or performance degradation in our experiments, and its accuracy tends to increase as the number of epochs increases. Further, DenseNet201 achieves state-of-the-art performance with a significantly a smaller number of parameters and within a reasonable computing time. This architecture outperforms the competition in terms of testing accuracy, scoring 95%. Each architecture was trained using Keras, using Theano as the backend.
translated by 谷歌翻译
Late-life depression (LLD) is a highly prevalent mood disorder occurring in older adults and is frequently accompanied by cognitive impairment (CI). Studies have shown that LLD may increase the risk of Alzheimer's disease (AD). However, the heterogeneity of presentation of geriatric depression suggests that multiple biological mechanisms may underlie it. Current biological research on LLD progression incorporates machine learning that combines neuroimaging data with clinical observations. There are few studies on incident cognitive diagnostic outcomes in LLD based on structural MRI (sMRI). In this paper, we describe the development of a hybrid representation learning (HRL) framework for predicting cognitive diagnosis over 5 years based on T1-weighted sMRI data. Specifically, we first extract prediction-oriented MRI features via a deep neural network, and then integrate them with handcrafted MRI features via a Transformer encoder for cognitive diagnosis prediction. Two tasks are investigated in this work, including (1) identifying cognitively normal subjects with LLD and never-depressed older healthy subjects, and (2) identifying LLD subjects who developed CI (or even AD) and those who stayed cognitively normal over five years. To the best of our knowledge, this is among the first attempts to study the complex heterogeneous progression of LLD based on task-oriented and handcrafted MRI features. We validate the proposed HRL on 294 subjects with T1-weighted MRIs from two clinically harmonized studies. Experimental results suggest that the HRL outperforms several classical machine learning and state-of-the-art deep learning methods in LLD identification and prediction tasks.
translated by 谷歌翻译
多视图数据是指特征被分成特征集的设置,例如因为它们对应于不同的源。堆叠惩罚的逻辑回归(Staplr)是最近引入的方法,可用于分类并自动选择对预测最重要的视图。我们将此方法的扩展引入到数据具有分层多视图结构的位置。我们还为STAPLR介绍了一个新的视图重要性措施,这使我们能够比较层次结构的任何级别的视图的重要性。我们将扩展的STAPLR算法应用于Alzheimer的疾病分类,其中来自三种扫描类型的不同MRI措施:结构MRI,扩散加权MRI和休息状态FMRI。Staplr可以识别哪种扫描类型以及MRI措施对于分类最重要,并且在分类性能方面优于弹性净回归。
translated by 谷歌翻译
放射线学使用定量医学成像特征来预测临床结果。目前,在新的临床应用中,必须通过启发式试验和纠正过程手动完成各种可用选项的最佳放射组方法。在这项研究中,我们提出了一个框架,以自动优化每个应用程序的放射线工作流程的构建。为此,我们将放射线学作为模块化工作流程,并为每个组件包含大量的常见算法。为了优化每个应用程序的工作流程,我们使用随机搜索和结合使用自动化机器学习。我们在十二个不同的临床应用中评估我们的方法,从而在曲线下导致以下区域:1)脂肪肉瘤(0.83); 2)脱粘型纤维瘤病(0.82); 3)原发性肝肿瘤(0.80); 4)胃肠道肿瘤(0.77); 5)结直肠肝转移(0.61); 6)黑色素瘤转移(0.45); 7)肝细胞癌(0.75); 8)肠系膜纤维化(0.80); 9)前列腺癌(0.72); 10)神经胶质瘤(0.71); 11)阿尔茨海默氏病(0.87);和12)头颈癌(0.84)。我们表明,我们的框架具有比较人类专家的竞争性能,优于放射线基线,并且表现相似或优于贝叶斯优化和更高级的合奏方法。最后,我们的方法完全自动优化了放射线工作流的构建,从而简化了在新应用程序中对放射线生物标志物的搜索。为了促进可重复性和未来的研究,我们公开发布了六个数据集,框架的软件实施以及重现这项研究的代码。
translated by 谷歌翻译
Purpose: Hard-to-interpret Black-box Machine Learning (ML) were often used for early Alzheimer's Disease (AD) detection. Methods: To interpret eXtreme Gradient Boosting (XGBoost), Random Forest (RF), and Support Vector Machine (SVM) black-box models a workflow based on Shapley values was developed. All models were trained on the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) dataset and evaluated for an independent ADNI test set, as well as the external Australian Imaging and Lifestyle flagship study of Ageing (AIBL), and Open Access Series of Imaging Studies (OASIS) datasets. Shapley values were compared to intuitively interpretable Decision Trees (DTs), and Logistic Regression (LR), as well as natural and permutation feature importances. To avoid the reduction of the explanation validity caused by correlated features, forward selection and aspect consolidation were implemented. Results: Some black-box models outperformed DTs and LR. The forward-selected features correspond to brain areas previously associated with AD. Shapley values identified biologically plausible associations with moderate to strong correlations with feature importances. The most important RF features to predict AD conversion were the volume of the amygdalae, and a cognitive test score. Good cognitive test performances and large brain volumes decreased the AD risk. The models trained using cognitive test scores significantly outperformed brain volumetric models ($p<0.05$). Cognitive Normal (CN) vs. AD models were successfully transferred to external datasets. Conclusion: In comparison to previous work, improved performances for ADNI and AIBL were achieved for CN vs. Mild Cognitive Impairment (MCI) classification using brain volumes. The Shapley values and the feature importances showed moderate to strong correlations.
translated by 谷歌翻译
口服食物挑战(OFC)对于准确诊断患者的食物过敏至关重要。但是,患者不愿接受OFC,对于那些这样做的患者,在农村/社区医疗保健环境中,对过敏症患者的使用率有限。通过机器学习方法对OFC结果的预测可以促进在家中食品过敏原的删除,在OFC中改善患者和医师的舒适度,并通过最大程度地减少执行的OFC的数量来节省医疗资源。临床数据是从共同接受1,284个OFC的1,12例患者那里收集的,包括临床因素,包括血清特异性IgE,总IgE,皮肤刺测试(SPTS),症状,性别和年龄。使用这些临床特征,构建了机器学习模型,以预测花生,鸡蛋和牛奶挑战的结果。每种过敏原的最佳性能模型是使用凹入和凸内核(LUCCK)方法创建的,该方法在曲线(AUC)(AUC)下分别用于花生,鸡蛋和牛奶OFC预测为0.76、0.68和0.70, 。通过Shapley添加说明(SHAP)的模型解释表明,特定的IgE以及SPTS的Wheal和Flare值高度预测了OFC结果。该分析的结果表明,机器学习有可能预测OFC结果,并揭示了相关的临床因素进行进一步研究。
translated by 谷歌翻译
精神分裂症是一种慢性神经精神疾病,会引起大脑内部的不同结构改变。我们假设将深度学习应用于结构性神经影像学数据集可以检测到与疾病相关的改变,并提高分类和诊断准确性。我们使用单一可用的,常规的T1加权MRI扫描测试了这一假设,我们使用标准后处理方法从中提取了3D全脑结构。然后在三个开放数据集上开发,优化和评估了一个深度学习模型,并对精神分裂症患者进行T1加权MRI扫描。我们提出的模型优于基准模型,该模型还使用3D CNN体系结构对结构MR图像进行了训练。我们的模型几乎能够完美地(ROC曲线下的区域= 0.987),将精神分裂症患者与看不见的结构MRI扫描中的健康对照区分开。区域分析将皮质下区域和心室局部作为最预测的大脑区域。皮层结构在人类的认知,情感和社会功能中起关键作用,这些区域的结构异常与精神分裂症有关。我们的发现证实了精神分裂症与皮质下大脑结构的广泛改变有关,皮层结构信息在诊断分类中提供了突出的特征。总之,这些结果进一步证明了深度学习的潜力,以改善精神分裂症的诊断,并从单个标准的T1加权脑MRI中确定其结构性神经影像学特征。
translated by 谷歌翻译
胆道是一个管网络,将肝脏与胆囊连接到胆囊,这是一个正下方的器官。胆管是胆汁树中的主要管。胆管的扩张是人体中更多主要问题的关键指标,例如石头和肿瘤,这些问题通常是由胰腺或Vater的乳头状引起的。在许多情况下,胆管扩张的检测对于初学者或未经训练的医务人员来说可能具有挑战性。即使是专业人士也无法用肉眼检测到胆管扩张。这项研究提出了一种基于视觉的独特模型,用于初始诊断。为了从磁共振图像分割胆道树,框架使用了不同的图像处理方法(MRI)。在对图像的感兴趣区域进行了细分后,对其进行了许多计算,以提取10个特征,包括主要轴和次要轴,胆管区域,胆汁树面积,紧凑性和某些纹理特征(对比度,平均值,方差和相关性)。这项研究使用了约旦安曼国王侯赛因医学中心的图像数据库,其中包括200张MRI图像,100例正常病例和100例胆管扩张的患者。提取特征后,使用各种分类器来确定患者的健康状况(正常或扩张)。研究结果表明,提取的特征在曲线下的准确性和面积方面与所有分类器都很好。这项研究的独特之处在于,它使用自动方法从MRI图像中分割胆汁树,并且科学地将检索到的特征与胆道树状态相关联,而文献中从未做过。
translated by 谷歌翻译
血浆定义为物质的第四个状态,在高电场下可以在大气压下产生非热血浆。现在众所周知,血浆激活液体(PAL)的强和广谱抗菌作用。机器学习(ML)在医疗领域的可靠适用性也鼓励其在等离子体医学领域的应用。因此,在PALS上的ML应用可以提出一种新的观点,以更好地了解各种参数对其抗菌作用的影响。在本文中,通过使用先前获得的数据来定性预测PAL的体外抗菌活性,从而介绍了比较监督的ML模型。进行了文献搜索,并从33个相关文章中收集了数据。在所需的预处理步骤之后,将两种监督的ML方法(即分类和回归)应用于数据以获得微生物灭活(MI)预测。对于分类,MI分为四类,对于回归,MI被用作连续变量。为分类和回归模型进行了两种不同的可靠交叉验证策略,以评估所提出的方法。重复分层的K折交叉验证和K折交叉验证。我们还研究了不同特征对模型的影响。结果表明,高参数优化的随机森林分类器(ORFC)和随机森林回归者(ORFR)分别比其他模型进行了分类和回归的模型更好。最后,获得ORFC的最佳测试精度为82.68%,ORFR的R2为0.75。 ML技术可能有助于更好地理解在所需的抗菌作用中具有主要作用的血浆参数。此外,此类发现可能有助于将来的血浆剂量定义。
translated by 谷歌翻译
用于预测神经影像数据的深度学习算法在各种应用中显示出巨大的希望。先前的工作表明,利用数据的3D结构的深度学习模型可以在几个学习任务上胜过标准机器学习。但是,该领域的大多数先前研究都集中在成年人的神经影像学数据上。在一项大型纵向发展研究的青少年大脑和认知发展(ABCD)数据集中,我们检查了结构性MRI数据,以预测性别并确定与性别相关的大脑结构变化。结果表明,性别预测准确性异常高(> 97%),训练时期> 200,并且这种准确性随着年龄的增长而增加。大脑区域被确定为研究的任务中最歧视性的,包括主要的额叶区域和颞叶。当评估年龄增加两年的性别预测变化时,揭示了一组更广泛的视觉,扣带和孤立区域。我们的发现表明,即使在较小的年龄范围内,也显示出与性别相关的结构变化模式。这表明,通过查看这些变化与不同的行为和环境因素如何相关,可以研究青春期大脑如何变化。
translated by 谷歌翻译
背景:虽然卷积神经网络(CNN)实现了检测基于磁共振成像(MRI)扫描的阿尔茨海默病(AD)痴呆的高诊断准确性,但它们尚未应用于临床常规。这是一个重要原因是缺乏模型可理解性。最近开发的用于导出CNN相关性图的可视化方法可能有助于填补这种差距。我们调查了具有更高准确性的模型还依赖于先前知识预定义的判别脑区域。方法:我们培训了CNN,用于检测痴呆症和Amnestic认知障碍(MCI)患者的N = 663 T1加权MRI扫描的AD,并通过交叉验证和三个独立样本验证模型的准确性= 1655例。我们评估了相关评分和海马体积的关联,以验证这种方法的临床效用。为了提高模型可理解性,我们实现了3D CNN相关性图的交互式可视化。结果:跨三个独立数据集,组分离表现出广告痴呆症与控制的高精度(AUC $ \ GEQUQ $ 0.92)和MCI与控制的中等精度(AUC $ \约0.75美元)。相关性图表明海马萎缩被认为是广告检测的最具信息性因素,其其他皮质和皮质区域中的萎缩额外贡献。海马内的相关评分与海马体积高度相关(Pearson的r $ \大约$ -0.86,p <0.001)。结论:相关性地图突出了我们假设先验的地区的萎缩。这加强了CNN模型的可理解性,这些模型基于扫描和诊断标签以纯粹的数据驱动方式培训。
translated by 谷歌翻译
Over the years, Machine Learning models have been successfully employed on neuroimaging data for accurately predicting brain age. Deviations from the healthy brain aging pattern are associated to the accelerated brain aging and brain abnormalities. Hence, efficient and accurate diagnosis techniques are required for eliciting accurate brain age estimations. Several contributions have been reported in the past for this purpose, resorting to different data-driven modeling methods. Recently, deep neural networks (also referred to as deep learning) have become prevalent in manifold neuroimaging studies, including brain age estimation. In this review, we offer a comprehensive analysis of the literature related to the adoption of deep learning for brain age estimation with neuroimaging data. We detail and analyze different deep learning architectures used for this application, pausing at research works published to date quantitatively exploring their application. We also examine different brain age estimation frameworks, comparatively exposing their advantages and weaknesses. Finally, the review concludes with an outlook towards future directions that should be followed by prospective studies. The ultimate goal of this paper is to establish a common and informed reference for newcomers and experienced researchers willing to approach brain age estimation by using deep learning models
translated by 谷歌翻译
由于欺诈模式随着时间的流逝而变化,并且欺诈示例的可用性有限,以学习这种复杂的模式,因此欺诈检测是一项具有挑战性的任务。因此,借助智能版本的机器学习(ML)工具的欺诈检测对于确保安全至关重要。欺诈检测是主要的ML分类任务;但是,相应的ML工具的最佳性能取决于最佳的超参数值的使用。此外,在不平衡类中的分类非常具有挑战性,因为它在少数群体中导致绩效差,大多数ML分类技术都忽略了。因此,我们研究了四种最先进的ML技术,即逻辑回归,决策树,随机森林和极端梯度提升,它们适用于处理不平衡类别以最大程度地提高精度并同时降低假阳性。首先,这些分类器经过两个原始基准测试不平衡检测数据集的培训,即网站网站URL和欺诈性信用卡交易。然后,通过实现采样框架,即RandomundSampler,Smote和Smoteenn,为每个原始数据集生产了三个合成平衡的数据集。使用RandomzedSearchCV方法揭示了所有16个实验的最佳超参数。使用两个基准性能指标比较了欺诈检测中16种方法的有效性,即接收器操作特性(AUC ROC)和精度和召回曲线下的面积(AUC PR)(AUC PR)。对于网络钓鱼网站URL和信用卡欺诈事务数据集,结果表明,对原始数据的极端梯度提升显示了不平衡数据集中值得信赖的性能,并以AUC ROC和AUC PR来超越其他三种方法。
translated by 谷歌翻译
扩散张量成像(DTI)已被用于研究神经退行性疾病对神经途径的影响,这可能导致这些疾病的更可靠和早期诊断,以及更好地了解它们如何影响大脑。我们介绍了一种基于标记为DTI光纤数据和相应统计数据的智能视觉分析系统,用于研究患者组。系统的AI增强界面通过组织和整体分析空间引导用户,包括统计特征空间,物理空间和不同组的患者的空间。我们使用自定义机器学习管道来帮助缩小此大型分析空间,然后通过一系列链接可视化务实拨动它。我们使用来自Parkinson进展标记倡议的研究数据库的实际数据进行多种案例研究。
translated by 谷歌翻译