多任务高斯流程(MTGP)是高斯流程(GP)框架的多输出回归问题的解决方案,其中在观察值的情况下,回归器的$ T $元素不能被认为是有条件独立的。标准MTGP模型假设同时存在多任务协方差矩阵,该矩阵是插入式矩阵的函数和噪声协方差矩阵。这些矩阵需要通过订单$ p $的低级简化来近似,以减少从$ t^2 $到$ tp $学习的参数数量。在这里,我们介绍了一种新颖的方法,该方法通过将其减少到一组条件的单变量GP来简化了多任务学习,而无需任何低级近似值,因此完全消除了为超参数$ p $选择足够值的要求。同时,通过使用层次结构和近似模型扩展此方法,提出的扩展可以在仅学习$ 2T $参数后能够恢复多任务协方差和噪声矩阵,从而避免对任何模型超参数的验证并减少整体的验证模型的复杂性以及过度拟合的风险。关于合成和实际问题的实验结果证实了这种推论方法在其准确恢复原始噪声和信号矩阵的能力方面的优势,以及与其他最先进的MTGP方法相比,实现的性能提高。我们还将该模型与标准GP工具箱集成在一起,表明它具有与最先进的选项的计算竞争。
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We provide a new unifying view, including all existing proper probabilistic sparse approximations for Gaussian process regression. Our approach relies on expressing the effective prior which the methods are using. This allows new insights to be gained, and highlights the relationship between existing methods. It also allows for a clear theoretically justified ranking of the closeness of the known approximations to the corresponding full GPs. Finally we point directly to designs of new better sparse approximations, combining the best of the existing strategies, within attractive computational constraints.
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高斯进程(GPS)是通过工程学的社会和自然科学的应用程序学习和统计数据的重要工具。它们构成具有良好校准的不确定性估计的强大的内核非参数方法,然而,由于其立方计算复杂度,从货架上的GP推理程序仅限于具有数千个数据点的数据集。因此,在过去几年中已经开发出许多稀疏的GPS技术。在本文中,我们专注于GP回归任务,并提出了一种基于来自几个本地和相关专家的聚合预测的新方法。因此,专家之间的相关程度可以在独立于完全相关的专家之间变化。考虑到他们的相关性导致了一致的不确定性估算,汇总了专家的个人预测。我们的方法在限制案件中恢复了专家的独立产品,稀疏GP和全GP。呈现的框架可以处理一般的内核函数和多个变量,并且具有时间和空间复杂性,在专家和数据样本的数量中是线性的,这使得我们的方法是高度可扩展的。我们展示了我们提出的方法的卓越性能,这是我们提出的综合性和几个实际数据集的最先进的GP近似方法的卓越性能,以及具有确定性和随机优化的若干现实世界数据集。
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引入了涉及高斯流程(GPS)的模型,以同时处理多个功能数据的多任务学习,聚类和预测。该过程充当了功能数据的基于模型的聚类方法,也是对新任务进行后续预测的学习步骤。该模型是将多任务GPS与常见平均过程的混合物实例化。得出了一种用于处理超参数的优化以及超构件对潜在变量和过程的估计的优化。我们建立了明确的公式,用于将平均过程和潜在聚类变量整合到预测分布中,这是两个方面的不确定性。该分布定义为集群特异性GP预测的混合物,在处理组结构数据时,可以增强性能。该模型处理观察的不规则网格,并提供了关于协方差结构的不同假设,用于在任务之间共享其他信息。聚类和预测任务上的性能将通过各种模拟方案和真实数据集进行评估。总体算法称为magmaclust,可公开作为R包。
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多维时空数据的概率建模对于许多现实世界应用至关重要。然而,现实世界时空数据通常表现出非平稳性的复杂依赖性,即相关结构随位置/时间而变化,并且在空间和时间之间存在不可分割的依赖性,即依赖关系。开发有效和计算有效的统计模型,以适应包含远程和短期变化的非平稳/不可分割的过程,成为一项艰巨的任务,尤其是对于具有各种腐败/缺失结构的大规模数据集。在本文中,我们提出了一个新的统计框架 - 贝叶斯互补内核学习(BCKL),以实现多维时空数据的可扩展概率建模。为了有效地描述复杂的依赖性,BCKL与短距离时空高斯过程(GP)相结合的内核低级分解(GP),其中两个组件相互补充。具体而言,我们使用多线性低级分组组件来捕获数据中的全局/远程相关性,并基于紧凑的核心函数引入加法短尺度GP,以表征其余的局部变异性。我们为模型推断开发了有效的马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)算法,并在合成和现实世界时空数据集上评估了所提出的BCKL框架。我们的结果证实了BCKL在提供准确的后均值和高质量不确定性估计方面的出色表现。
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Existing deep-learning based tomographic image reconstruction methods do not provide accurate estimates of reconstruction uncertainty, hindering their real-world deployment. This paper develops a method, termed as the linearised deep image prior (DIP), to estimate the uncertainty associated with reconstructions produced by the DIP with total variation regularisation (TV). Specifically, we endow the DIP with conjugate Gaussian-linear model type error-bars computed from a local linearisation of the neural network around its optimised parameters. To preserve conjugacy, we approximate the TV regulariser with a Gaussian surrogate. This approach provides pixel-wise uncertainty estimates and a marginal likelihood objective for hyperparameter optimisation. We demonstrate the method on synthetic data and real-measured high-resolution 2D $\mu$CT data, and show that it provides superior calibration of uncertainty estimates relative to previous probabilistic formulations of the DIP. Our code is available at https://github.com/educating-dip/bayes_dip.
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随机微分方程的系统定义了一系列随机波动率模型。尽管这些模型在金融和统计气候学等领域中取得了广泛的成功,但它们通常缺乏在历史数据上条件产生真正的后验分布的能力。为了解决这一基本限制,我们展示了如何将一类随机波动率模型重新塑造为具有专门协方差函数的层次高斯工艺(GP)模型。该GP模型保留了随机波动率模型的电感偏差,同时提供了GP推断给出的后验预测分布。在此框架内,我们从研究良好的域中汲取灵感,以引入新的型号,即Volt和Magpie,这些模型在库存和风速预测中的表现明显超过了基线,并且自然扩展到多任务设置。
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The kernel function and its hyperparameters are the central model selection choice in a Gaussian proces (Rasmussen and Williams, 2006). Typically, the hyperparameters of the kernel are chosen by maximising the marginal likelihood, an approach known as Type-II maximum likelihood (ML-II). However, ML-II does not account for hyperparameter uncertainty, and it is well-known that this can lead to severely biased estimates and an underestimation of predictive uncertainty. While there are several works which employ a fully Bayesian characterisation of GPs, relatively few propose such approaches for the sparse GPs paradigm. In this work we propose an algorithm for sparse Gaussian process regression which leverages MCMC to sample from the hyperparameter posterior within the variational inducing point framework of Titsias (2009). This work is closely related to Hensman et al. (2015b) but side-steps the need to sample the inducing points, thereby significantly improving sampling efficiency in the Gaussian likelihood case. We compare this scheme against natural baselines in literature along with stochastic variational GPs (SVGPs) along with an extensive computational analysis.
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隐式过程(IPS)代表一个灵活的框架,可用于描述各种模型,从贝叶斯神经网络,神经抽样器和数据生成器到许多其他模型。 IP还允许在功能空间上进行大致推断。公式的这种变化解决了参数空间的固有退化问题近似推断,即参数数量及其在大型模型中的强大依赖性。为此,文献中先前的作品试图采用IPS来设置先验并近似产生的后部。但是,这被证明是一项具有挑战性的任务。现有的方法可以调整先前的IP导致高斯预测分布,该分布未能捕获重要的数据模式。相比之下,通过使用另一个IP近似后验过程产生灵活预测分布的方法不能将先前的IP调整到观察到的数据中。我们在这里建议第一个可以实现这两个目标的方法。为此,我们依赖于先前IP的诱导点表示,就像在稀疏高斯过程中所做的那样。结果是一种可扩展的方法,用于与IP的近似推断,可以将先前的IP参数调整到数据中,并提供准确的非高斯预测分布。
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许多机器学习问题可以在估计功能的背景下构成,并且通常是时间依赖的功能,随着观察结果的到来,这些功能是实时估计的。高斯工艺(GPS)是建模实现非线性函数的吸引人选择,这是由于其灵活性和不确定性定量。但是,典型的GP回归模型有几个缺点:1)相对于观测值的常规GP推理量表$ O(n^{3})$; 2)顺序更新GP模型并非微不足道; 3)协方差内核通常在该函数上执行平稳性约束,而具有非平稳协方差内核的GP通常在实践中使用了很难使用。为了克服这些问题,我们提出了一种顺序的蒙特卡洛算法,以适合GP的无限混合物,这些混合物捕获非平稳行为,同时允许在线分布式推理。我们的方法从经验上改善了在时间序列数据中存在非平稳性的在线GP估计的最先进方法的性能。为了证明我们在应用设置中提出的在线高斯流程混合物方法的实用性,我们表明我们可以使用在线高斯工艺匪徒成功实现优化算法。
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高斯流程(GPS)实际应用的主要挑战是选择适当的协方差函数。 GPS的移动平均值或过程卷积的构建可以提供一些额外的灵活性,但仍需要选择合适的平滑核,这是非平凡的。以前的方法通过在平滑内核上使用GP先验,并通过扩展协方差来构建协方差函数,以绕过预先指定它的需求。但是,这样的模型在几种方面受到限制:它们仅限于单维输入,例如时间;它们仅允许对单个输出进行建模,并且由于推理并不简单,因此不会扩展到大型数据集。在本文中,我们引入了GPS的非参数过程卷积公式,该公式通过使用基于Matheron规则的功能采样方法来减轻这些弱点,以使用诱导变量的间域间采样进行快速采样。此外,我们提出了这些非参数卷积的组成,可作为经典深度GP模型的替代方案,并允许从数据中推断中间层的协方差函数。我们测试了单个输出GP,多个输出GPS和DEEP GPS在基准测试上的模型性能,并发现在许多情况下,我们的方法可以提供比标准GP模型的改进。
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我们制定自然梯度变推理(VI),期望传播(EP),和后线性化(PL)作为牛顿法用于优化贝叶斯后验分布的参数扩展。这种观点明确地把数值优化框架下的推理算法。我们表明,通用近似牛顿法从优化文献,即高斯 - 牛顿和准牛顿方法(例如,该BFGS算法),仍然是这种“贝叶斯牛顿”框架下有效。这导致了一套这些都保证以产生半正定协方差矩阵,不像标准VI和EP新颖算法。我们统一的观点提供了新的见解各种推理方案之间的连接。所有提出的方法适用于具有高斯事先和非共轭的可能性,这是我们与(疏)高斯过程和状态空间模型展示任何模型。
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Machine learning models can be improved by adapting them to respect existing background knowledge. In this paper we consider multitask Gaussian processes, with background knowledge in the form of constraints that require a specific sum of the outputs to be constant. This is achieved by conditioning the prior distribution on the constraint fulfillment. The approach allows for both linear and nonlinear constraints. We demonstrate that the constraints are fulfilled with high precision and that the construction can improve the overall prediction accuracy as compared to the standard Gaussian process.
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随机过程提供了数学上优雅的方式模型复杂数据。从理论上讲,它们为可以编码广泛有趣的假设的功能类提供了灵活的先验。但是,实际上,难以通过优化或边缘化来有效推断,这一问题进一步加剧了大数据和高维输入空间。我们提出了一种新颖的变性自动编码器(VAE),称为先前的编码变量自动编码器($ \ pi $ vae)。 $ \ pi $ vae是有限的交换且Kolmogorov一致的,因此是一个连续的随机过程。我们使用$ \ pi $ vae学习功能类的低维嵌入。我们表明,我们的框架可以准确地学习表达功能类,例如高斯流程,也可以学习函数的属性以启用统计推断(例如log高斯过程的积分)。对于流行的任务,例如空间插值,$ \ pi $ vae在准确性和计算效率方面都达到了最先进的性能。也许最有用的是,我们证明了所学的低维独立分布的潜在空间表示提供了一种优雅,可扩展的方法,可以在概率编程语言(例如Stan)中对随机过程进行贝叶斯推断。
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我们考虑使用高斯工艺(GP)先验在贝叶斯框架中解决反问题。众所周知,GPS的计算复杂性在数据点数中立方缩放。我们在这里表明,在涉及整体操作员的反问题的背景下,人们面临的其他困难阻碍了大网格上的倒置。此外,在这种情况下,协方差矩阵可能会变得太大而无法存储。通过利用有关高斯措施的顺序分解的结果,我们能够引入后协方差矩阵的隐式表示,该矩阵仅通过存储低级中间矩阵来降低记忆足迹,同时允许在不用的情况下访问单个元素建立完整的后协方差矩阵。此外,它允许快速顺序包含新的观测值。在考虑顺序实验设计任务时,这些功能至关重要。我们通过计算重量逆问题的偏移集合恢复的顺序数据收集计划来证明我们的方法,该计划的目标是提供意大利Stromboli火山内高密度区域的精细分辨率估计。顺序数据收集计划是通过将加权集成方差降低(WIVR)标准扩展到反问题来计算的。我们的结果表明,该标准能够显着减少偏移量的不确定性,达到接近最小的残余不确定性水平。总体而言,我们的技术允许将概率模型的优势带到自然科学中引起的大规模逆问题上。
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高斯过程(GP),其结合了分类和连续输入变量模型已发现使用例如在纵向数据分析和计算机实验。然而,对于这些模型标准推理具有典型的立方缩放,并且不能应用于GPS共可扩展近似方案自协方差函数是不连续的。在这项工作中,我们导出用于混合域协方差函数,其中对于观察和基函数总数的数量成线性比例的基础函数近似方案。所提出的方法自然是适用于GP贝叶斯回归任意观测模型。我们证明在纵向数据建模上下文和显示的方法,它精确地近似于确切GP模型,只需要一个比较拟合对应精确模型运行时间的几分之一。
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与高斯过程(GPS)的变异近似通常使用一组诱导点来形成与协方差矩阵的低级别近似值。在这项工作中,我们相反利用了精度矩阵的稀疏近似。我们提出了差异最近的邻居高斯工艺(VNNGP),该过程引入了先验,该过程仅保留在k最近的邻居观测中的相关性,从而诱导稀疏精度结构。使用变分框架,可以将VNNGP的目标分解在观测值和诱导点上,从而以O($ k^3 $)的时间复杂性实现随机优化。因此,我们可以任意扩展诱导点大小,甚至可以在每个观察到的位置放置诱导点。我们通过各种实验将VNNGP与其他可扩展的GP进行比较,并证明VNNGP(1)可以极大地超过低级别方法,而(2)比其他最近的邻居方法较不适合过度拟合。
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We present the GPry algorithm for fast Bayesian inference of general (non-Gaussian) posteriors with a moderate number of parameters. GPry does not need any pre-training, special hardware such as GPUs, and is intended as a drop-in replacement for traditional Monte Carlo methods for Bayesian inference. Our algorithm is based on generating a Gaussian Process surrogate model of the log-posterior, aided by a Support Vector Machine classifier that excludes extreme or non-finite values. An active learning scheme allows us to reduce the number of required posterior evaluations by two orders of magnitude compared to traditional Monte Carlo inference. Our algorithm allows for parallel evaluations of the posterior at optimal locations, further reducing wall-clock times. We significantly improve performance using properties of the posterior in our active learning scheme and for the definition of the GP prior. In particular we account for the expected dynamical range of the posterior in different dimensionalities. We test our model against a number of synthetic and cosmological examples. GPry outperforms traditional Monte Carlo methods when the evaluation time of the likelihood (or the calculation of theoretical observables) is of the order of seconds; for evaluation times of over a minute it can perform inference in days that would take months using traditional methods. GPry is distributed as an open source Python package (pip install gpry) and can also be found at https://github.com/jonaselgammal/GPry.
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基于高斯工艺(GP)建立的解码器由于非线性函数空间的边缘化而诱人。这样的模型(也称为GP-LVM)通常很昂贵且众所周知,在实践中训练,但可以使用变异推理和诱导点来缩放。在本文中,我们重新访问主动集近似值。我们基于最近发现的交叉验证链接来开发对数 - 边界可能性的新随机估计,并提出了其计算有效近似。我们证明,所得的随机活动集(SAS)近似显着提高了GP解码器训练的鲁棒性,同时降低了计算成本。SAS-GP在潜在空间中获得更多的结构,比例为许多数据点,并且比变异自动编码器更好地表示表示,这对于GP解码器来说很少是这种情况。
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隐式过程(IP)是高斯过程(GPS)的概括。 IP可能缺乏封闭形式的表达,但很容易采样。例子包括贝叶斯神经网络或神经抽样器。 IP可以用作功能的先验,从而产生具有良好预测不确定性估计值的灵活模型。基于IP的方法通常进行函数空间近似推断,从而克服了参数空间近似推断的一些困难。然而,所采用的近似值通常会限制最终模型的表现力,结果是\ emph {e.g。},在高斯预测分布中,这可能是限制的。我们在这里提出了IPS的多层概括,称为“深层隐式”过程(DVIP)。这种概括与GPS上的深GPS相似,但是由于使用IPs作为潜在函数的先前分布,因此更灵活。我们描述了用于训练DVIP的可扩展变异推理算法,并表明它的表现优于先前的基于IP的方法和深度GPS。我们通过广泛的回归和分类实验来支持这些主张。我们还在大型数据集上评估了DVIP,最多可达数百万个数据实例,以说明其良好的可扩展性和性能。
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