近年来,几项作品采用了卷积神经网络(CNN)来诊断基于X射线图像或磁共振成像(MRI)的股骨头(AVNFH)的无血管坏死。但是,由于组织重叠,X射线图像很难为早期诊断提供细粒度。另一方面,MRI的成像时间很长,更昂贵,使其在大规模筛查中不切实际。计算机断层扫描(CT)显示了层的组织,图像速度更快,并且比MRI成本较小。但是,据我们所知,对于基于CT的AVNFH诊断没有工作。在这项工作中,我们收集并标记为AVNFH排名的大型数据集。此外,现有的端到端CNN仅产生分类结果,并且很难为诊断医生提供更多信息。为了解决这个问题,我们提出了结构正规化的专注网络(Sranet),该网络能够根据贴剂注意力在分类过程中突出坏死区域。 Sranet提取物在图像块中的特征,通过注意机制获得重量以汇总特征,并通过具有先验知识的结构正常化程序来限制它们以改善概括。 Sranet在我们的AVNFH-CT数据集上进行了评估。实验结果表明,Sranet优于CNN,用于AVNFH分类,此外,它可以定位病变并提供更多信息以帮助医生进行诊断。我们的代码在https://github.com/tomas-lilingfeng/sranet上公开。
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自首次报道以来,2019年冠状病毒病(Covid-19)已在全球范围内传播,并成为人类面临的健康危机。放射学成像技术,例如计算机断层扫描(CT)和胸部X射线成像(CXR)是诊断CoVID-19的有效工具。但是,在CT和CXR图像中,感染区域仅占据图像的一小部分。一些整合大规模接受场的常见深度学习方法可能会导致图像细节的丢失,从而导致省略了COVID-19图像中感兴趣区域(ROI),因此不适合进一步处理。为此,我们提出了一个深空金字塔池(D-SPP)模块,以在不同的分辨率上整合上下文信息,旨在有效地在COVID-19的不同尺度下提取信息。此外,我们提出了COVID-19感染检测(CID)模块,以引起人们对病变区域的注意,并从无关信息中消除干扰。在四个CT和CXR数据集上进行的广泛实验表明,我们的方法在检测CT和CXR图像中检测COVID-19病变的准确性更高。它可以用作计算机辅助诊断工具,以帮助医生有效地诊断和筛选COVID-19。
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我们考虑临床应用异常定位问题。虽然深入学习推动了最近的医学成像进展,但许多临床挑战都没有完全解决,限制了其更广泛的使用。虽然最近的方法报告了高的诊断准确性,但医生因普遍缺乏算法决策和解释性而涉及诊断决策的这些算法,这是关注这些算法。解决这个问题的一种潜在方法是进一步培训这些模型,以便除了分类它们之外,除了分类。然而,准确地进行这一临床专家需要大量的疾病定位注释,这是对大多数应用程序来实现昂贵的任务。在这项工作中,我们通过一种新的注意力弱监督算法来解决这些问题,该弱势监督算法包括分层关注挖掘框架,可以以整体方式统一激活和基于梯度的视觉关注。我们的关键算法创新包括明确序号注意约束的设计,实现了以弱监督的方式实现了原则的模型培训,同时还通过本地化线索促进了产生视觉关注驱动的模型解释。在两个大型胸部X射线数据集(NIH Chescx-Ray14和Chexpert)上,我们展示了对现有技术的显着本地化性能,同时也实现了竞争的分类性能。我们的代码可在https://github.com/oyxhust/ham上找到。
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Achieving accurate and automated tumor segmentation plays an important role in both clinical practice and radiomics research. Segmentation in medicine is now often performed manually by experts, which is a laborious, expensive and error-prone task. Manual annotation relies heavily on the experience and knowledge of these experts. In addition, there is much intra- and interobserver variation. Therefore, it is of great significance to develop a method that can automatically segment tumor target regions. In this paper, we propose a deep learning segmentation method based on multimodal positron emission tomography-computed tomography (PET-CT), which combines the high sensitivity of PET and the precise anatomical information of CT. We design an improved spatial attention network(ISA-Net) to increase the accuracy of PET or CT in detecting tumors, which uses multi-scale convolution operation to extract feature information and can highlight the tumor region location information and suppress the non-tumor region location information. In addition, our network uses dual-channel inputs in the coding stage and fuses them in the decoding stage, which can take advantage of the differences and complementarities between PET and CT. We validated the proposed ISA-Net method on two clinical datasets, a soft tissue sarcoma(STS) and a head and neck tumor(HECKTOR) dataset, and compared with other attention methods for tumor segmentation. The DSC score of 0.8378 on STS dataset and 0.8076 on HECKTOR dataset show that ISA-Net method achieves better segmentation performance and has better generalization. Conclusions: The method proposed in this paper is based on multi-modal medical image tumor segmentation, which can effectively utilize the difference and complementarity of different modes. The method can also be applied to other multi-modal data or single-modal data by proper adjustment.
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在深度学习方法进行自动医学图像分析的最新成功之前,从业者使用手工制作的放射线特征来定量描述当地的医学图像斑块。但是,提取区分性放射素特征取决于准确的病理定位,这在现实世界中很难获得。尽管疾病分类和胸部X射线的定位方面取得了进步,但许多方法未能纳入临床知名的领域知识。由于这些原因,我们提出了一个放射素引导的变压器(RGT),该变压器(RGT)与\ textit {global}图像信息与\ textit {local}知识引导的放射线信息信息提供准确的心肺病理学定位和分类\ textit {无需任何界限盒{ }。 RGT由图像变压器分支,放射线变压器分支以及聚集图像和放射线信息的融合层组成。 RGT使用对图像分支的自我注意事项,提取了一个边界框来计算放射线特征,该特征由放射线分支进一步处理。然后通过交叉注意层融合学习的图像和放射线特征。因此,RGT利用了一种新型的端到端反馈回路,该回路只能使用图像水平疾病标签引导精确的病理定位。 NIH CHESTXRAR数据集的实验表明,RGT的表现优于弱监督疾病定位的先前作品(在各个相交联合阈值的平均余量为3.6 \%)和分类(在接收器操作方下平均1.1 \%\%\%\%曲线)。接受代码和训练有素的模型将在接受后发布。
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为医学图像评估构建准确和强大的人工智能系统,不仅需要高级深度学习模型的研究和设计,还需要创建大型和策划的注释训练示例。然而,构造这种数据集通常非常昂贵 - 由于注释任务的复杂性和解释医学图像所需的高度专业知识(例如,专家放射科医师)。为了对此限制来说,我们提出了一种基于对比学习和在线特征聚类的丰富图像特征自我监督学习方法。为此目的,我们利用各种方式的大超过100,000,000个医学图像的大型训练数据集,包括放射线照相,计算机断层扫描(CT),磁共振(MR)成像和超声检查。我们建议使用这些功能来指导在各种下游任务的监督和混合自我监督/监督制度的模型培训。我们突出了这种策略对射线照相,CT和MR:1的挑战性图像评估问题的许多优点,与最先进的(例如,检测3-7%的AUC升压为3-7%胸部射线照相扫描的异常和脑CT的出血检测); 2)与使用无预先训练(例如,83%,在培训MR扫描MR扫描中的脑转移的模型时,在训练期间训练期间的模型收敛在训练期间的培训期高达85%。 3)对各种图像增强的鲁棒性增加,例如在场中看到的数据变化的强度变化,旋转或缩放反射。
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背景:宫颈癌严重影响了女性生殖系统的健康。光学相干断层扫描(OCT)作为宫颈疾病检测的非侵入性,高分辨率成像技术。然而,OCT图像注释是知识密集型和耗时的,这阻碍了基于深度学习的分类模型的培训过程。目的:本研究旨在基于自我监督学习,开发一种计算机辅助诊断(CADX)方法来对体内宫颈OCT图像进行分类。方法:除了由卷积神经网络(CNN)提取的高电平语义特征外,建议的CADX方法利用了通过对比纹理学习来利用未标记的宫颈OCT图像的纹理特征。我们在中国733名患者的多中心临床研究中对OCT图像数据集进行了十倍的交叉验证。结果:在用于检测高风险疾病的二元分类任务中,包括高级鳞状上皮病变和宫颈癌,我们的方法实现了0.9798加号或减去0.0157的面积曲线值,灵敏度为91.17加或对于OCT图像贴片,减去4.99%,特异性为93.96加仑或减去4.72%;此外,它在测试集上的四位医学专家中表现出两种。此外,我们的方法在使用交叉形阈值投票策略的118名中国患者中达到了91.53%的敏感性和97.37%的特异性。结论:所提出的基于对比 - 学习的CADX方法表现优于端到端的CNN模型,并基于纹理特征提供更好的可解释性,其在“见和治疗”的临床协议中具有很大的潜力。
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机器学习在医学图像分析中发挥着越来越重要的作用,产卵在神经影像症的临床应用中的新进展。之前有一些关于机器学习和癫痫的综述,它们主要专注于电生理信号,如脑电图(EEG)和立体脑电图(SEENG),同时忽略癫痫研究中神经影像的潜力。 NeuroImaging在确认癫痫区域的范围内具有重要的优点,这对于手术后的前诊所评估和评估至关重要。然而,脑电图难以定位大脑中的准确癫痫病变区。在这篇综述中,我们强调了癫痫诊断和预后在癫痫诊断和预后的背景下神经影像学和机器学习的相互作用。我们首先概述癫痫诊所,MRI,DWI,FMRI和PET中使用的癫痫和典型的神经影像姿态。然后,我们在将机器学习方法应用于神经影像数据的方法:i)将手动特征工程和分类器的传统机器学习方法阐述了两种方法,即卷积神经网络和自动化器等深度学习方法。随后,详细地研究了对癫痫,定位和横向化任务等分割,本地化和横向化任务的应用,以及与诊断和预后直接相关的任务。最后,我们讨论了目前的成就,挑战和潜在的未来方向,希望为癫痫的计算机辅助诊断和预后铺平道路。
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医生经常基于患者的图像扫描,例如磁共振成像(MRI),以及患者的电子健康记录(EHR),如年龄,性别,血压等。尽管在计算机视觉或自然语言研究领域的图像或文本分析中提出了大量的自动方法,但已经为医学图像的融合和医疗问题的EHR数据进行了更少的研究。在现有的早期或中间融合方法中,两种方式的特征串联仍然是一个主流。为了更好地利用图像和EHR数据,我们提出了一种多模态注意力模块,该模块使用EHR数据来帮助选择传统CNN的图像特征提取过程期间的重要区域。此外,我们建议将多头Machnib纳入门控多媒体单元(GMU),使其能够在不同子空间中平行熔断图像和EHR特征。在两个模块的帮助下,可以使用两个模态增强现有的CNN架构。预测脑内出血患者的Glasgow结果规模(GOS)和分类Alzheimer病的实验表明,该方法可以自动关注任务相关领域,并通过更好地利用图像和EHR功能来实现更好的结果。
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肾细胞癌(RCC)是一种常见的癌症,随着临床行为的变化。懒惰的RCC通常是低级的,没有坏死,可以在没有治疗的情况下监测。激进的RCC通常是高级的,如果未及时检测和治疗,可能会导致转移和死亡。虽然大多数肾脏癌在CT扫描中都检测到,但分级是基于侵入性活检或手术的组织学。确定对CT图像的侵略性在临床上很重要,因为它促进了风险分层和治疗计划。这项研究旨在使用机器学习方法来识别与病理学特征相关的放射学特征,以促进评估CT图像而不是组织学上的癌症侵略性。本文提出了一种新型的自动化方法,即按区域(Corrfabr)相关的特征聚集,用于通过利用放射学和相应的不对齐病理学图像之间的相关性来对透明细胞RCC进行分类。 CORRFABR由三个主要步骤组成:(1)特征聚集,其中从放射学和病理图像中提取区域级特征,(2)融合,放射学特征与病理特征相关的放射学特征在区域级别上学习,并且(3)在其中预测的地方学到的相关特征用于仅使用CT作为输入来区分侵略性和顽固的透明细胞RCC。因此,在训练过程中,Corrfabr从放射学和病理学图像中学习,但是在没有病理图像的情况下,Corrfabr将使用CORFABR将侵略性与顽固的透明细胞RCC区分开。 Corrfabr仅比放射学特征改善了分类性能,二进制分类F1分数从0.68(0.04)增加到0.73(0.03)。这证明了将病理疾病特征纳入CT图像上透明细胞RCC侵袭性的分类的潜力。
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The devastation caused by the coronavirus pandemic makes it imperative to design automated techniques for a fast and accurate detection. We propose a novel non-invasive tool, using deep learning and imaging, for delineating COVID-19 infection in lungs. The Ensembling Attention-based Multi-scaled Convolution network (EAMC), employing Leave-One-Patient-Out (LOPO) training, exhibits high sensitivity and precision in outlining infected regions along with assessment of severity. The Attention module combines contextual with local information, at multiple scales, for accurate segmentation. Ensemble learning integrates heterogeneity of decision through different base classifiers. The superiority of EAMC, even with severe class imbalance, is established through comparison with existing state-of-the-art learning models over four publicly-available COVID-19 datasets. The results are suggestive of the relevance of deep learning in providing assistive intelligence to medical practitioners, when they are overburdened with patients as in pandemics. Its clinical significance lies in its unprecedented scope in providing low-cost decision-making for patients lacking specialized healthcare at remote locations.
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最近的人工智能(AI)算法已在各种医学分类任务上实现了放射科医生级的性能。但是,只有少数研究涉及CXR扫描异常发现的定位,这对于向放射学家解释图像级分类至关重要。我们在本文中介绍了一个名为Vindr-CXR的可解释的深度学习系统,该系统可以将CXR扫描分类为多种胸部疾病,同时将大多数类型的关键发现本地化在图像上。 Vindr-CXR接受了51,485次CXR扫描的培训,并通过放射科医生提供的边界盒注释进行了培训。它表现出与经验丰富的放射科医生相当的表现,可以在3,000张CXR扫描的回顾性验证集上对6种常见的胸部疾病进行分类,而在接收器操作特征曲线(AUROC)下的平均面积为0.967(95%置信区间[CI]:0.958---------0.958------- 0.975)。 VINDR-CXR在独立患者队列中也得到了外部验证,并显示出其稳健性。对于具有14种类型病变的本地化任务,我们的自由响应接收器操作特征(FROC)分析表明,VINDR-CXR以每扫描确定的1.0假阳性病变的速率达到80.2%的敏感性。还进行了一项前瞻性研究,以衡量VINDR-CXR在协助六名经验丰富的放射科医生方面的临床影响。结果表明,当用作诊断工具时,提出的系统显着改善了放射科医生本身之间的一致性,平均Fleiss的Kappa的同意增加了1.5%。我们还观察到,在放射科医生咨询了Vindr-CXR的建议之后,在平均Cohen的Kappa中,它们和系统之间的一致性显着增加了3.3%。
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机器学习和深度学习方法对医学的计算机辅助预测成为必需的,在乳房X光检查领域也具有越来越多的应用。通常,这些算法训练,针对特定任务,例如,病变的分类或乳房X乳线图的病理学状态的预测。为了获得患者的综合视图,随后整合或组合所有针对同一任务培训的模型。在这项工作中,我们提出了一种管道方法,我们首先培训一组个人,任务特定的模型,随后调查其融合,与标准模型合并策略相反。我们使用混合患者模型的深度学习模型融合模型预测和高级功能,以在患者水平上构建更强的预测因子。为此,我们提出了一种多分支深度学习模型,其跨不同任务和乳房X光检查有效地融合了功能,以获得全面的患者级预测。我们在公共乳房X线摄影数据,即DDSM及其策划版本CBIS-DDSM上培训并评估我们的全部管道,并报告AUC评分为0.962,以预测任何病变和0.791的存在,以预测患者水平对恶性病变的存在。总体而言,与标准模型合并相比,我们的融合方法将显着提高AUC得分高达0.04。此外,通过提供与放射功能相关的特定于任务的模型结果,提供了与放射性特征相关的任务特定模型结果,我们的管道旨在密切支持放射科学家的阅读工作流程。
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Late-life depression (LLD) is a highly prevalent mood disorder occurring in older adults and is frequently accompanied by cognitive impairment (CI). Studies have shown that LLD may increase the risk of Alzheimer's disease (AD). However, the heterogeneity of presentation of geriatric depression suggests that multiple biological mechanisms may underlie it. Current biological research on LLD progression incorporates machine learning that combines neuroimaging data with clinical observations. There are few studies on incident cognitive diagnostic outcomes in LLD based on structural MRI (sMRI). In this paper, we describe the development of a hybrid representation learning (HRL) framework for predicting cognitive diagnosis over 5 years based on T1-weighted sMRI data. Specifically, we first extract prediction-oriented MRI features via a deep neural network, and then integrate them with handcrafted MRI features via a Transformer encoder for cognitive diagnosis prediction. Two tasks are investigated in this work, including (1) identifying cognitively normal subjects with LLD and never-depressed older healthy subjects, and (2) identifying LLD subjects who developed CI (or even AD) and those who stayed cognitively normal over five years. To the best of our knowledge, this is among the first attempts to study the complex heterogeneous progression of LLD based on task-oriented and handcrafted MRI features. We validate the proposed HRL on 294 subjects with T1-weighted MRIs from two clinically harmonized studies. Experimental results suggest that the HRL outperforms several classical machine learning and state-of-the-art deep learning methods in LLD identification and prediction tasks.
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目的:开发和验证基于临床阴性ALN的早期乳腺癌(EBC)术后预测腋窝淋巴结(ALN)转移的深度学习(DL)的主要肿瘤活检签名。方法:从2010年5月到2020年5月,共注册了1,058名具有病理证实ALN状态的eBC患者。基于关注的多实例学习(AMIL)框架,建立了一种DL核心针活检(DL-CNB)模型利用DL特征预测ALN状态,该DL特征从两位病理学家注释的乳腺CNB样本的数字化全幻灯片(WSIS)的癌症区域提取。分析了准确性,灵敏度,特异性,接收器操作特征(ROC)曲线和ROC曲线(AUC)下的区域进行评估,评估我们的模型。结果:具有VGG16_BN的最佳性DL-CNB模型作为特征提取器实现了0.816的AUC(95%置信区间(CI):0.758,0.865),以预测独立测试队列的阳性Aln转移。此外,我们的模型包含称为DL-CNB + C的临床数据,得到了0.831的最佳精度(95%CI:0.775,0.878),特别是对于50岁以下的患者(AUC:0.918,95%CI: 0.825,0.971)。 DL-CNB模型的解释表明,最高度预测ALN转移的顶部签名的特征在于包括密度($ P $ 0.015),周长($ P $ 0.009),循环($ P $ = 0.010)和方向($ p $ = 0.012)。结论:我们的研究提供了一种基于DL的基于DL的生物标志物在原发性肿瘤CNB上,以预先验证EBC患者的术前预测ALN的转移状态。
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视网膜脉管系统的研究是筛查和诊断许多疾病的基本阶段。完整的视网膜血管分析需要将视网膜的血管分为动脉和静脉(A/V)。早期自动方法在两个顺序阶段接近这些分割和分类任务。但是,目前,这些任务是作为联合语义分割任务处理的,因为分类结果在很大程度上取决于血管分割的有效性。在这方面,我们提出了一种新的方法,用于从眼睛眼睛图像中对视网膜A/V进行分割和分类。特别是,我们提出了一种新颖的方法,该方法与以前的方法不同,并且由于新的损失,将联合任务分解为针对动脉,静脉和整个血管树的三个分割问题。这种配置允许直观地处理容器交叉口,并直接提供不同靶血管树的精确分割罩。提供的关于公共视网膜图血管树提取(RITE)数据集的消融研究表明,所提出的方法提供了令人满意的性能,尤其是在不同结构的分割中。此外,与最新技术的比较表明,我们的方法在A/V分类中获得了高度竞争的结果,同时显着改善了血管分割。提出的多段方法允许检测更多的血管,并更好地分割不同的结构,同时实现竞争性分类性能。同样,用这些术语来说,我们的方法优于各种参考作品的方法。此外,与以前的方法相比,该方法允许直接检测到容器交叉口,并在这些复杂位置保留A/V的连续性。
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深度学习已被广​​泛用于医学图像分割,并且录制了录制了该领域深度学习的成功的大量论文。在本文中,我们使用深层学习技术对医学图像分割的全面主题调查。本文进行了两个原创贡献。首先,与传统调查相比,直接将深度学习的文献分成医学图像分割的文学,并为每组详细介绍了文献,我们根据从粗略到精细的多级结构分类目前流行的文献。其次,本文侧重于监督和弱监督的学习方法,而不包括无监督的方法,因为它们在许多旧调查中引入而且他们目前不受欢迎。对于监督学习方法,我们分析了三个方面的文献:骨干网络的选择,网络块的设计,以及损耗功能的改进。对于虚弱的学习方法,我们根据数据增强,转移学习和交互式分割进行调查文献。与现有调查相比,本调查将文献分类为比例不同,更方便读者了解相关理由,并将引导他们基于深度学习方法思考医学图像分割的适当改进。
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大量标记的医学图像对于准确检测异常是必不可少的,但是手动注释是劳动密集型且耗时的。自我监督学习(SSL)是一种培训方法,可以在没有手动注释的情况下学习特定于数据的功能。在医学图像异常检测中已采用了几种基于SSL的模型。这些SSL方法有效地学习了几个特定特定图像的表示形式,例如自然和工业产品图像。但是,由于需要医学专业知识,典型的基于SSL的模型在医疗图像异常检测中效率低下。我们提出了一个基于SSL的模型,该模型可实现基于解剖结构的无监督异常检测(UAD)。该模型采用解剖学意识粘贴(Anatpaste)增强工具。 Anatpaste采用基于阈值的肺部分割借口任务来在正常的胸部X光片上创建异常,用于模型预处理。这些异常类似于实际异常,并帮助模型识别它们。我们在三个OpenSource胸部X光片数据集上评估了我们的模型。我们的模型在曲线(AUC)下展示了92.1%,78.7%和81.9%的模型,在现有UAD模型中最高。这是第一个使用解剖信息作为借口任务的SSL模型。 Anatpaste可以应用于各种深度学习模型和下游任务。它可以通过修复适当的细分来用于其他方式。我们的代码可在以下网址公开获取:https://github.com/jun-sato/anatpaste。
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X-ray imaging technology has been used for decades in clinical tasks to reveal the internal condition of different organs, and in recent years, it has become more common in other areas such as industry, security, and geography. The recent development of computer vision and machine learning techniques has also made it easier to automatically process X-ray images and several machine learning-based object (anomaly) detection, classification, and segmentation methods have been recently employed in X-ray image analysis. Due to the high potential of deep learning in related image processing applications, it has been used in most of the studies. This survey reviews the recent research on using computer vision and machine learning for X-ray analysis in industrial production and security applications and covers the applications, techniques, evaluation metrics, datasets, and performance comparison of those techniques on publicly available datasets. We also highlight some drawbacks in the published research and give recommendations for future research in computer vision-based X-ray analysis.
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准确,快速的双核细胞(BC)检测在预测白血病和其他恶性肿瘤的风险中起着重要作用。但是,手动显微镜计数是耗时的,缺乏客观性。此外,由于bc显微镜整体幻灯片图像(WSIS)的染色质量和多样性的限制,传统的图像处理方法是无助的。为了克服这一挑战,我们提出了一种基于深度学习的结构启发的两阶段检测方法,该方法是基于深度学习的,该方法是在斑块级别的WSI-Level和细粒度分类处实施BCS粗略检测的级联。粗糙检测网络是基于用于细胞检测的圆形边界框的多任务检测框架,以及用于核检测的中心关键点。圆的表示降低了自由度,与通常的矩形盒子相比,减轻周围杂质的影响,并且在WSI中可能是旋转不变的。检测细胞核中的关键点可以帮助网络感知,并在后来的细粒分类中用于无监督的颜色层分割。精细的分类网络由基于颜色层掩模的监督和基于变压器的关键区域选择模块组成的背景区域抑制模块,其全局建模能力。此外,首先提出了无监督和未配对的细胞质发生器网络来扩展长尾分配数据集。最后,在BC多中心数据集上进行实验。拟议的BC罚款检测方法在几乎所有评估标准中都优于其他基准,从而为诸如癌症筛查等任务提供了澄清和支持。
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