慢性伤口显着影响生活质量。如果没有正确管理,他们可能会严重恶化。基于图像的伤口分析可以通过量化与愈合相关的重要特征来客观地评估伤口状态。然而,伤口类型,图像背景组成和捕获条件的高异质性挑战伤口图像的鲁棒分割。我们呈现了检测和段(DS),深度学习方法,以产生具有高泛化能力的伤口分割图。在我们的方法中,专门的深度神经网络检测到伤口位置,从未经信息背景隔离伤口,并计算伤口分割图。我们使用具有糖尿病脚溃疡图像的一个数据集评估了这种方法。为了进一步测试,使用4个补充独立数据组,具有来自不同体积的较大种类的伤口类型。当以相同的方法组合检测和分割时,在将完整图像上的分割到0.85时,Matthews的相关系数(MCC)从0.29提高到0.29。当从补充数据集汲取的卷绕图像上进行测试时,DS方法将平均MCC从0.17增加到0.85。此外,DS方法使得分段模型的培训能够在保持分割性能的同时培训高达90%的训练数据。
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X-ray imaging technology has been used for decades in clinical tasks to reveal the internal condition of different organs, and in recent years, it has become more common in other areas such as industry, security, and geography. The recent development of computer vision and machine learning techniques has also made it easier to automatically process X-ray images and several machine learning-based object (anomaly) detection, classification, and segmentation methods have been recently employed in X-ray image analysis. Due to the high potential of deep learning in related image processing applications, it has been used in most of the studies. This survey reviews the recent research on using computer vision and machine learning for X-ray analysis in industrial production and security applications and covers the applications, techniques, evaluation metrics, datasets, and performance comparison of those techniques on publicly available datasets. We also highlight some drawbacks in the published research and give recommendations for future research in computer vision-based X-ray analysis.
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不工会是骨科诊所面临的针对技术困难和高成本拍摄骨间毛细血管面临的挑战之一。细分容器和填充毛细血管对于理解毛细血管生长遇到的障碍至关重要。但是,现有用于血管分割的数据集主要集中在人体的大血管上,缺乏标记的毛细管图像数据集极大地限制了血管分割和毛细血管填充的方法论开发和应用。在这里,我们提出了一个名为IFCIS-155的基准数据集,由155个2D毛细管图像组成,该图像具有分割边界和由生物医学专家注释的血管填充物,以及19个大型高分辨率3D 3D毛细管图像。为了获得更好的骨间毛细血管图像,我们利用最先进的免疫荧光成像技术来突出骨间毛细血管的丰富血管形态。我们进行全面的实验,以验证数据集和基准测试深度学习模型的有效性(\ eg UNET/UNET ++和修改后的UNET/UNET ++)。我们的工作提供了一个基准数据集,用于培训毛细管图像细分的深度学习模型,并为未来的毛细管研究提供了潜在的工具。 IFCIS-155数据集和代码均可在\ url {https://github.com/ncclabsustech/ifcis-55}上公开获得。
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语义图像分割是手术中的背景知识和自治机器人的重要前提。本领域的状态专注于在微创手术期间获得的传统RGB视频数据,但基于光谱成像数据的全景语义分割并在开放手术期间获得几乎没有注意到日期。为了解决文献中的这种差距,我们正在研究基于在开放手术环境中获得的猪的高光谱成像(HSI)数据的以下研究问题:(1)基于神经网络的HSI数据的充分表示是完全自动化的器官分割,尤其是关于数据的空间粒度(像素与Superpixels与Patches与完整图像)的空间粒度? (2)在执行语义器官分割时,是否有利用HSI数据使用HSI数据,即RGB数据和处理的HSI数据(例如氧合等组织参数)?根据基于20猪的506个HSI图像的全面验证研究,共注释了19个类,基于深度的学习的分割性能 - 贯穿模态 - 与输入数据的空间上下文一致。未处理的HSI数据提供优于RGB数据或来自摄像机提供商的处理数据,其中优势随着输入到神经网络的输入的尺寸而增加。最大性能(应用于整个图像的HSI)产生了0.89(标准偏差(SD)0.04)的平均骰子相似度系数(DSC),其在帧间间变异性(DSC为0.89(SD 0.07)的范围内。我们得出结论,HSI可以成为全自动手术场景理解的强大的图像模型,其具有传统成像的许多优点,包括恢复额外功能组织信息的能力。
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本文提出了第二版的头部和颈部肿瘤(Hecktor)挑战的概述,作为第24届医学图像计算和计算机辅助干预(Miccai)2021的卫星活动。挑战由三个任务组成与患有头颈癌(H&N)的患者的PET / CT图像的自动分析有关,专注于oropharynx地区。任务1是FDG-PET / CT图像中H&N主肿瘤肿瘤体积(GTVT)的自动分割。任务2是来自同一FDG-PET / CT的进展自由生存(PFS)的自动预测。最后,任务3与任务2的任务2与参与者提供的地面真理GTVT注释相同。这些数据从六个中心收集,总共325个图像,分为224个培训和101个测试用例。通过103个注册团队和448个结果提交的重要参与,突出了对挑战的兴趣。在第一任务中获得0.7591的骰子相似度系数(DSC),分别在任务2和3中的0.7196和0.6978的一致性指数(C-Index)。在所有任务中,发现这种方法的简单性是确保泛化性能的关键。 PFS预测性能在任务2和3中的比较表明,提供GTVT轮廓对于实现最佳结果,这表明可以使用完全自动方法。这可能避免了对GTVT轮廓的需求,用于可重复和大规模的辐射瘤研究的开头途径,包括千元潜在的受试者。
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最近关于Covid-19的研究表明,CT成像提供了评估疾病进展和协助诊断的有用信息,以及帮助理解疾病。有越来越多的研究,建议使用深度学习来使用胸部CT扫描提供快速准确地定量Covid-19。兴趣的主要任务是胸部CT扫描的肺和肺病变的自动分割,确认或疑似Covid-19患者。在这项研究中,我们使用多中心数据集比较12个深度学习算法,包括开源和内部开发的算法。结果表明,合并不同的方法可以提高肺部分割,二元病变分割和多种子病变分割的总体测试集性能,从而分别为0.982,0.724和0.469的平均骰子分别。将得到的二元病变分段为91.3ml的平均绝对体积误差。通常,区分不同病变类型的任务更加困难,分别具有152mL的平均绝对体积差,分别为整合和磨碎玻璃不透明度为0.369和0.523的平均骰子分数。所有方法都以平均体积误差进行二元病变分割,该分段优于人类评估者的视觉评估,表明这些方法足以用于临床实践中使用的大规模评估。
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医学图像分割的主要困难之一是这些图像的高可变性,这是由它们的起源(多中心),获取协议(多参数)以及人类解剖学的可变性引起的,以及人的严重程度疾病,年龄和性别的影响等。在这项工作中解决的问题是使用卷积神经网络的腰椎磁共振图像的自动语义分割。目的是为图像的每个像素分配类标签。课程由放射科学家定义,对应于不同的结构元素,如椎骨,椎间盘,神经,血管和其他组织。所提出的网络拓扑是U-Net架构的变体。几个互补块用于定义变体:三种类型的卷积块,空间注意模型,深度监督和多级特征提取器。本文档描述了拓扑,并分析了获得最准确的细分的神经网络设计的结果。其中一些建议的设计优于使用作为基线的标准U-Net,特别是当在与不同的策略组合的多个神经网络的输出中使用的集合时使用。
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组织学图像中核和腺体的实例分割是用于癌症诊断,治疗计划和生存分析的计算病理学工作流程中的重要一步。随着现代硬件的出现,大规模质量公共数据集的最新可用性以及社区组织的宏伟挑战已经看到了自动化方法的激增,重点是特定领域的挑战,这对于技术进步和临床翻译至关重要。在这项调查中,深入分析了过去五年(2017-2022)中发表的原子核和腺体实例细分的126篇论文,进行了深入分析,讨论了当前方法的局限性和公开挑战。此外,提出了潜在的未来研究方向,并总结了最先进方法的贡献。此外,还提供了有关公开可用数据集的概括摘要以及关于说明每种挑战的最佳性能方法的巨大挑战的详细见解。此外,我们旨在使读者现有研究的现状和指针在未来的发展方向上开发可用于临床实践的方法,从而可以改善诊断,分级,预后和癌症的治疗计划。据我们所知,以前没有工作回顾了朝向这一方向的组织学图像中的实例细分。
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胎儿超声(US)中胎盘的自动分割由于(i)(i)胎盘外观的高度多样性而具有挑战性我们禁止在妊娠晚期进行整个胎盘评估的观点。在这项工作中,我们通过多任务学习方法解决了这三个挑战,该方法结合了单个卷积神经网络中胎盘位置(例如,前,后部)和语义胎盘分段的分类。通过分类任务,模型可以从更大,更多样化的数据集中学习,同时在有限的训练集条件下提高分割任务的准确性。通过这种方法,我们研究了多个评估者的注释的变异性,并表明我们的自动分割(前胎盘的骰子为0.86,后胎盘的骰子为0.83),与观察者内和观察者间的变异性相比,我们的自动段性能达到了人级的性能。最后,我们的方法可以使用由三个阶段组成的多视图US采集管道提供整个胎盘分割:多探针图像采集,图像融合和图像分段。这会导致对较大结构(例如胎盘中的胎盘)的高质量分割,其图像伪像降低,这超出了单个探针的视野。
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外围插入的中央导管(PICC)由于其长期的血管内渗透感具有低感染率,因此已被广泛用作代表性的中央静脉线(CVC)之一。但是,PICC的尖端错位频率很高,增加了刺穿,栓塞和心律不齐等并发症的风险。为了自动,精确地检测到它,使用最新的深度学习(DL)技术进行了各种尝试。但是,即使采用了这些方法,实际上仍然很难确定尖端位置,因为多个片段现象(MFP)发生在预测和提取PICC线之前预测尖端之前所需的PICC线的过程。这项研究旨在开发一种通常应用于现有模型的系统,并通过删除模型输出的MF来更准确地恢复PICC线路,从而精确地定位了检测其处置的实际尖端位置。为此,我们提出了一个基于多阶段DL的框架后处理,以后处理现有技术的PICC线提取结果。根据是否将MFCN应用于五个常规模型,将每个均方根误差(RMSE)和MFP发病率比较性能。在内部验证中,当将MFCN应用于现有单个模型时,MFP平均提高了45%。 RMSE从平均26.85mm(17.16至35.80mm)到9.72mm(9.37至10.98mm)的平均增长了63%以上。在外部验证中,当应用MFCN时,MFP的发病率平均下降32%,RMSE平均下降了65 \%。因此,通过应用提出的MFCN,我们观察到与现有模型相比,PICC尖端位置的显着/一致检测性能提高。
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海洋生态系统及其鱼类栖息地越来越重要,因为它们在提供有价值的食物来源和保护效果方面的重要作用。由于它们的偏僻且难以接近自然,因此通常使用水下摄像头对海洋环境和鱼类栖息地进行监测。这些相机产生了大量数字数据,这些数据无法通过当前的手动处理方法有效地分析,这些方法涉及人类观察者。 DL是一种尖端的AI技术,在分析视觉数据时表现出了前所未有的性能。尽管它应用于无数领域,但仍在探索其在水下鱼类栖息地监测中的使用。在本文中,我们提供了一个涵盖DL的关键概念的教程,该教程可帮助读者了解对DL的工作原理的高级理解。该教程还解释了一个逐步的程序,讲述了如何为诸如水下鱼类监测等挑战性应用开发DL算法。此外,我们还提供了针对鱼类栖息地监测的关键深度学习技术的全面调查,包括分类,计数,定位和细分。此外,我们对水下鱼类数据集进行了公开调查,并比较水下鱼类监测域中的各种DL技术。我们还讨论了鱼类栖息地加工深度学习的新兴领域的一些挑战和机遇。本文是为了作为希望掌握对DL的高级了解,通过遵循我们的分步教程而为其应用开发的海洋科学家的教程,并了解如何发展其研究,以促进他们的研究。努力。同时,它适用于希望调查基于DL的最先进方法的计算机科学家,以进行鱼类栖息地监测。
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截至2017年,鱼类产品约占全球人类饮食的16%。计数作用是生产和生产这些产品的重要组成部分。种植者必须准确计算鱼类,以便这样做技术解决方案。开发了两个计算机视觉系统,以自动计算在工业池塘中生长的甲壳类幼虫。第一个系统包括带有3024x4032分辨率的iPhone 11摄像头,该摄像头在室内条件下从工业池塘中获取图像。使用该系统进行了两次实验,第一部实验包括在一天的增长阶段,在9,10的一天中使用iPhone 11相机在特定照明条件下获得的200张图像。在第二个实验中,用两个设备iPhone 11和索尼DSCHX90V摄像机拍摄了一个幼虫工业池。使用第一个设备(iPhone 11)测试了两个照明条件。在每种情况下,都获得了110张图像。该系统的准确性为88.4%的图像检测。第二个系统包括DSLR Nikon D510相机,具有2000x2000分辨率,在工业池塘外进行了七次实验。在幼虫生长阶段的第1天获取图像,从而获得了总共700张图像。该系统的密度为50的精度为86%。一种基于Yolov5 CNN模型开发的算法,该算法自动计算两种情况的幼虫数量。此外,在这项研究中,开发了幼虫生长函数。每天,从工业池塘手动取几个幼虫,并在显微镜下进行分析。确定生长阶段后,就获得了幼虫的图像。每个幼虫的长度都是通过图像手动测量的。最合适的模型是Gompertz模型,其拟合指数的良好性r平方为0.983。
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膝关节X射线上的膝盖骨关节炎(KOA)的评估是使用总膝关节置换术的中心标准。但是,该评估遭受了不精确的标准,并且读取器间的可变性非常高。对KOA严重性的算法,自动评估可以通过提高其使用的适当性来改善膝盖替代程序的总体结果。我们提出了一种基于深度学习的新型五步算法,以自动从X光片后验(PA)视图对KOA进行评级:(1)图像预处理(2)使用Yolo V3-tiny模型,图像在图像中定位膝关节, (3)使用基于卷积神经网络的分类器对骨关节炎的严重程度进行初步评估,(4)关节分割和关节空间狭窄(JSN)的计算(JSN)和(5),JSN和最初的结合评估确定最终的凯尔格伦法律(KL)得分。此外,通过显示用于进行评估的分割面具,我们的算法与典型的“黑匣子”深度学习分类器相比表现出更高的透明度。我们使用我们机构的两个公共数据集和一个数据集进行了全面的评估,并表明我们的算法达到了最先进的性能。此外,我们还从机构中的多个放射科医生那里收集了评分,并表明我们的算法在放射科医生级别进行。该软件已在https://github.com/maciejmazurowowski/osteoarthitis-classification上公开提供。
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通过磁共振成像(MRI)评估肿瘤负担对于评估胶质母细胞瘤的治疗反应至关重要。由于疾病的高异质性和复杂性,该评估的性能很复杂,并且与高变异性相关。在这项工作中,我们解决了这个问题,并提出了一条深度学习管道,用于对胶质母细胞瘤患者进行全自动的端到端分析。我们的方法同时确定了肿瘤的子区域,包括第一步的肿瘤,周围肿瘤和手术腔,然后计算出遵循神经符号学(RANO)标准的当前响应评估的体积和双相测量。此外,我们引入了严格的手动注释过程,其随后是人类专家描绘肿瘤子区域的,并捕获其分割的信心,后来在训练深度学习模型时被使用。我们广泛的实验研究的结果超过了760次术前和504例从公共数据库获得的神经胶质瘤后患者(2021 - 2020年在19个地点获得)和临床治疗试验(47和69个地点,可用于公共数据库(在19个地点获得)(47和69个地点)术前/术后患者,2009-2011)并以彻底的定量,定性和统计分析进行了备份,表明我们的管道在手动描述时间的一部分中对术前和术后MRI进行了准确的分割(最高20比人更快。二维和体积测量与专家放射科医生非常吻合,我们表明RANO测量并不总是足以量化肿瘤负担。
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机器学习和计算机视觉技术近年来由于其自动化,适合性和产生惊人结果的能力而迅速发展。因此,在本文中,我们调查了2014年至2022年之间发表的关键研究,展示了不同的机器学习算法研究人员用来分割肝脏,肝肿瘤和肝脉管结构的研究。我们根据感兴趣的组织(肝果,肝肿瘤或肝毒剂)对被调查的研究进行了划分,强调了同时解决多个任务的研究。此外,机器学习算法被归类为受监督或无监督的,如果属于某个方案的工作量很大,则将进一步分区。此外,对文献和包含上述组织面具的网站发现的不同数据集和挑战进行了彻底讨论,强调了组织者的原始贡献和其他研究人员的贡献。同样,在我们的评论中提到了文献中过度使用的指标,这强调了它们与手头的任务的相关性。最后,强调创新研究人员应对需要解决的差距的关键挑战和未来的方向,例如许多关于船舶分割挑战的研究的稀缺性以及为什么需要早日处理他们的缺席。
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Indonesia holds the second-highest-ranking country for the highest number of malaria cases in Southeast Asia. A different malaria parasite semantic segmentation technique based on a deep learning approach is an alternative to reduce the limitations of traditional methods. However, the main problem of the semantic segmentation technique is raised since large parasites are dominant, and the tiny parasites are suppressed. In addition, the amount and variance of data are important influences in establishing their models. In this study, we conduct two contributions. First, we collect 559 microscopic images containing 691 malaria parasites of thin blood smears. The dataset is named PlasmoID, and most data comes from rural Indonesia. PlasmoID also provides ground truth for parasite detection and segmentation purposes. Second, this study proposes a malaria parasite segmentation and detection scheme by combining Faster RCNN and a semantic segmentation technique. The proposed scheme has been evaluated on the PlasmoID dataset. It has been compared with recent studies of semantic segmentation techniques, namely UNet, ResFCN-18, DeepLabV3, DeepLabV3plus and ResUNet-18. The result shows that our proposed scheme can improve the segmentation and detection of malaria parasite performance compared to original semantic segmentation techniques.
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对骨关节炎(OA)的磁共振成像(MRI)扫描的客观评估可以解决当前OA评估的局限性。 OA客观评估是必需的骨,软骨和关节液的分割。大多数提出的分割方法都不执行实例分割,并且遭受了类不平衡问题。这项研究部署了蒙版R-CNN实例分割并改进了IT(改进的面罩R-CNN(IMASKRCNN)),以获得与OA相关组织的更准确的广义分割。该方法的训练和验证是使用骨关节炎倡议(OAI)数据集的500次MRI膝盖和有症状髋关节OA患者的97次MRI扫描进行的。掩盖R-CNN的三个修改产生了iMaskRCNN:添加第二个Roialigned块,在掩码标先中添加了额外的解码器层,并通过跳过连接将它们连接起来。使用Hausdorff距离,骰子评分和变异系数(COV)评估结果。与面膜RCNN相比,iMaskRCNN导致骨骼和软骨分割的改善,这表明股骨的骰子得分从95%增加到98%,胫骨的95%到97%,股骨软骨的71%至80%,81%和81%胫骨软骨的%至82%。对于积液检测,iMaskRCNN 72%比MaskRCNN 71%改善了骰子。 Reader1和Mask R-CNN(0.33),Reader1和ImaskRCNN(0.34),Reader2和Mask R-CNN(0.22),Reader2和iMaskRCNN(0.29)之间的积液检测的COV值(0.34),读取器2和mask r-CNN(0.22)接近COV之间,表明人类读者与蒙版R-CNN和ImaskRCNN之间的一致性很高。蒙版R-CNN和ImaskRCNN可以可靠,同时提取与OA有关的不同规模的关节组织,从而为OA的自动评估构成基础。 iMaskRCNN结果表明,修改改善了边缘周围的网络性能。
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该卷包含来自机器学习挑战的选定贡献“发现玛雅人的奥秘”,该挑战在欧洲机器学习和数据库中知识发现的欧洲挑战赛曲目(ECML PKDD 2021)中提出。遥感大大加速了古代玛雅人森林地区的传统考古景观调查。典型的探索和发现尝试,除了关注整个古老的城市外,还集中在单个建筑物和结构上。最近,已经成功地尝试了使用机器学习来识别古代玛雅人定居点。这些尝试虽然相关,但却集中在狭窄的区域上,并依靠高质量的空中激光扫描(ALS)数据,该数据仅涵盖古代玛雅人曾经定居的地区的一小部分。另一方面,由欧洲航天局(ESA)哨兵任务制作的卫星图像数据很丰富,更重要的是公开。旨在通过执行不同类型的卫星图像(Sentinel-1和Sentinel-2和ALS)的集成图像细分来定位和识别古老的Maya架构(建筑物,Aguadas和平台)的“发现和识别古代玛雅体系结构(建筑物,Aguadas和平台)的挑战的“发现和识别古老的玛雅体系结构(建筑物,阿吉达斯和平台)的“发现玛雅的奥秘”的挑战, (LIDAR)数据。
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人类生理学中的各种结构遵循特异性形态,通常在非常细的尺度上表达复杂性。这种结构的例子是胸前气道,视网膜血管和肝血管。可以观察到可以观察到可以观察到可以观察到可以观察到空间排列的磁共振成像(MRI),计算机断层扫描(CT),光学相干断层扫描(OCT)等医学成像模式(MRI),计算机断层扫描(CT),可以观察到空间排列的大量2D和3D图像的集合。这些结构在医学成像中的分割非常重要,因为对结构的分析提供了对疾病诊断,治疗计划和预后的见解。放射科医生手动标记广泛的数据通常是耗时且容易出错的。结果,在过去的二十年中,自动化或半自动化的计算模型已成为医学成像的流行研究领域,迄今为止,许多计算模型已经开发出来。在这项调查中,我们旨在对当前公开可用的数据集,细分算法和评估指标进行全面审查。此外,讨论了当前的挑战和未来的研究方向。
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随着深度学习方法的进步,如深度卷积神经网络,残余神经网络,对抗网络的进步。 U-Net架构最广泛利用生物医学图像分割,以解决目标区域或子区域的识别和检测的自动化。在最近的研究中,基于U-Net的方法在不同应用中显示了最先进的性能,以便在脑肿瘤,肺癌,阿尔茨海默,乳腺癌等疾病的早期诊断和治疗中发育计算机辅助诊断系统等,使用各种方式。本文通过描述U-Net框架来提出这些方法的成功,然后通过执行1)型号的U-Net变体进行综合分析,2)模特内分类,建立更好的见解相关的挑战和解决方案。此外,本文还强调了基于U-Net框架在持续的大流行病,严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-COV-2)中的贡献也称为Covid-19。最后,分析了这些U-Net变体的优点和相似性以及生物医学图像分割所涉及的挑战,以发现该领域的未来未来的研究方向。
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