用于控制多助手群的动态系统模型对弹性，分散的导航算法进行了展示的进步。我们之前介绍了神经沃尔斯控制器，其中基于代理的相互作用是通过类复制网络交互来建模的，包括吸引子动力学和相位同步，这些相互作用和相同步在导航啮齿动物的海马地区电路内进行了理论上。这种复杂性妨碍了通常用于研究常规群模型的稳定性，可控性和性能的线性分析。此外，由于目标的复杂性，模型参数的复杂性和基于模拟的采样的计算成本，调谐动态控制器通常是不充分的。在这里，我们提出了一种基于贝叶斯优化（Bayesopt）的自主多智能体系动态控制器模型的框架。我们的方法利用了任务依赖性目标函数来培训高斯过程（GPS）作为代理模型，以实现对动态控制器模型的参数空间的自适应和有效探索。我们通过研究对在时间压力下协作定位和捕获空间分布的奖励的神经沃尔斯行为选择的目标函数来证明这种方法。我们通过在不同几何形状中组合模拟的分数来推广跨环境的任务性能。为了验证搜索性能，我们通过在均匀歧管近似和投影（UMAP）嵌入中的样本轨迹中比较高VS的高维聚类。我们的研究结果表明，适应性，样本有效地评估复杂系统的自组织行为能力，包括动态群体控制器，可以加速神经科学理论的翻译，以应用域。

We present the GPry algorithm for fast Bayesian inference of general (non-Gaussian) posteriors with a moderate number of parameters. GPry does not need any pre-training, special hardware such as GPUs, and is intended as a drop-in replacement for traditional Monte Carlo methods for Bayesian inference. Our algorithm is based on generating a Gaussian Process surrogate model of the log-posterior, aided by a Support Vector Machine classifier that excludes extreme or non-finite values. An active learning scheme allows us to reduce the number of required posterior evaluations by two orders of magnitude compared to traditional Monte Carlo inference. Our algorithm allows for parallel evaluations of the posterior at optimal locations, further reducing wall-clock times. We significantly improve performance using properties of the posterior in our active learning scheme and for the definition of the GP prior. In particular we account for the expected dynamical range of the posterior in different dimensionalities. We test our model against a number of synthetic and cosmological examples. GPry outperforms traditional Monte Carlo methods when the evaluation time of the likelihood (or the calculation of theoretical observables) is of the order of seconds; for evaluation times of over a minute it can perform inference in days that would take months using traditional methods. GPry is distributed as an open source Python package (pip install gpry) and can also be found at https://github.com/jonaselgammal/GPry.

贝叶斯优化提供了一种优化昂贵黑匣子功能的有效方法。它最近已应用于流体动力学问题。本文研究并在一系列合成测试函数上从经验上比较了常见的贝叶斯优化算法。它研究了采集函数和训练样本数量的选择，采集功能的精确计算以及基于蒙特卡洛的方法以及单点和多点优化。该测试功能被认为涵盖了各种各样的挑战，因此是理想的测试床，以了解贝叶斯优化的性能，并确定贝叶斯优化表现良好和差的一般情况。这些知识可以用于应用程序中，包括流体动力学的知识，这些知识是未知的。这项调查的结果表明，要做出的选择与相对简单的功能不相关，而乐观的采集功能（例如上限限制）应首选更复杂的目标函数。此外，蒙特卡洛方法的结果与分析采集函数的结果相当。在目标函数允许并行评估的情况下，多点方法提供了更快的替代方法，但它可能需要进行更多的客观函数评估。

社会和自然中的极端事件，例如大流行尖峰，流氓波浪或结构性失败，可能会带来灾难性的后果。极端的表征很困难，因为它们很少出现，这似乎是由良性的条件引起的，并且属于复杂且通常是未知的无限维系统。这种挑战使他们将其描述为“毫无意义”。我们通过将贝叶斯实验设计（BED）中的新型训练方案与深神经操作员（DNOS）合奏结合在一起来解决这些困难。这个模型不足的框架配对了一个床方案，该床方案积极选择数据以用近似于无限二二维非线性运算符的DNO集合来量化极端事件。我们发现，这个框架不仅清楚地击败了高斯流程（GPS），而且只有两个成员的浅色合奏表现最好； 2）无论初始数据的状态如何（即有或没有极端），都会发现极端； 3）我们的方法消除了“双研究”现象； 4）与逐步全球Optima相比，使用次优的采集点的使用不会阻碍床的性能； 5）蒙特卡洛的获取优于高量级的标准优化器。这些结论共同构成了AI辅助实验基础设施的基础，该基础设施可以有效地推断并查明从物理到社会系统的许多领域的关键情况。

机器学习算法中多个超参数的最佳设置是发出大多数可用数据的关键。为此目的，已经提出了几种方法，例如进化策略，随机搜索，贝叶斯优化和启发式拇指规则。在钢筋学习（RL）中，学习代理在与其环境交互时收集的数据的信息内容严重依赖于许多超参数的设置。因此，RL算法的用户必须依赖于基于搜索的优化方法，例如网格搜索或Nelder-Mead单简单算法，这对于大多数R1任务来说是非常效率的，显着减慢学习曲线和离开用户的速度有目的地偏见数据收集的负担。在这项工作中，为了使RL算法更加用户独立，提出了一种使用贝叶斯优化的自主超参数设置的新方法。来自过去剧集和不同的超参数值的数据通过执行行为克隆在元学习水平上使用，这有助于提高最大化获取功能的加强学习变体的有效性。此外，通过紧密地整合在加强学习代理设计中的贝叶斯优化，还减少了收敛到给定任务的最佳策略所需的状态转换的数量。与其他手动调整和基于优化的方法相比，计算实验显示了有希望的结果，这突出了改变算法超级参数来增加所生成数据的信息内容的好处。

由于其数据效率，贝叶斯优化已经出现在昂贵的黑盒优化的最前沿。近年来，关于新贝叶斯优化算法及其应用的发展的研究激增。因此，本文试图对贝叶斯优化的最新进展进行全面和更新的调查，并确定有趣的开放问题。我们将贝叶斯优化的现有工作分为九个主要群体，并根据所提出的算法的动机和重点。对于每个类别，我们介绍了替代模型的构建和采集功能的适应的主要进步。最后，我们讨论了开放的问题，并提出了有希望的未来研究方向，尤其是在分布式和联合优化系统中的异质性，隐私保护和公平性方面。

Agent-based modeling (ABM) is a well-established paradigm for simulating complex systems via interactions between constituent entities. Machine learning (ML) refers to approaches whereby statistical algorithms 'learn' from data on their own, without imposing a priori theories of system behavior. Biological systems -- from molecules, to cells, to entire organisms -- consist of vast numbers of entities, governed by complex webs of interactions that span many spatiotemporal scales and exhibit nonlinearity, stochasticity and intricate coupling between entities. The macroscopic properties and collective dynamics of such systems are difficult to capture via continuum modelling and mean-field formalisms. ABM takes a 'bottom-up' approach that obviates these difficulties by enabling one to easily propose and test a set of well-defined 'rules' to be applied to the individual entities (agents) in a system. Evaluating a system and propagating its state over discrete time-steps effectively simulates the system, allowing observables to be computed and system properties to be analyzed. Because the rules that govern an ABM can be difficult to abstract and formulate from experimental data, there is an opportunity to use ML to help infer optimal, system-specific ABM rules. Once such rule-sets are devised, ABM calculations can generate a wealth of data, and ML can be applied there too -- e.g., to probe statistical measures that meaningfully describe a system's stochastic properties. As an example of synergy in the other direction (from ABM to ML), ABM simulations can generate realistic datasets for training ML algorithms (e.g., for regularization, to mitigate overfitting). In these ways, one can envision various synergistic ABM$\rightleftharpoons$ML loops. This review summarizes how ABM and ML have been integrated in contexts that span spatiotemporal scales, from cellular to population-level epidemiology.

我们考虑基于活动的运输模拟器的校准和不确定性分析问题。基于活动的模型（ABM）依靠单个旅行者行为的统计模型来预测大都市地区的高阶旅行模式。输入参数通常是使用最大似然从旅行者调查中估算的。我们开发了一种使用高斯工艺模拟器使用流量流数据校准这些参数的方法。我们的方法扩展了传统的模拟器，以处理运输模拟器的高维和非平稳性。我们介绍了一个深度学习维度降低模型，该模型与高斯工艺模型共同估计以近似模拟器。我们使用几个模拟示例以及校准伊利诺伊州布卢明顿的关键参数来证明方法。

深度强化学习（DRL）和深度多机构的强化学习（MARL）在包括游戏AI，自动驾驶汽车，机器人技术等各种领域取得了巨大的成功。但是，众所周知，DRL和Deep MARL代理的样本效率低下，即使对于相对简单的问题设置，通常也需要数百万个相互作用，从而阻止了在实地场景中的广泛应用和部署。背后的一个瓶颈挑战是众所周知的探索问题，即如何有效地探索环境和收集信息丰富的经验，从而使政策学习受益于最佳研究。在稀疏的奖励，吵闹的干扰，长距离和非平稳的共同学习者的复杂环境中，这个问题变得更加具有挑战性。在本文中，我们对单格和多代理RL的现有勘探方法进行了全面的调查。我们通过确定有效探索的几个关键挑战开始调查。除了上述两个主要分支外，我们还包括其他具有不同思想和技术的著名探索方法。除了算法分析外，我们还对一组常用基准的DRL进行了全面和统一的经验比较。根据我们的算法和实证研究，我们终于总结了DRL和Deep Marl中探索的公开问题，并指出了一些未来的方向。

我们介绍一种用于推断和预测潜伏状态的方法，以便只能模拟观察，并且转换动态未知。在此设置中，观察的可能性不可用，并且只能从黑盒模拟器生成合成观察。我们提出了一种在有限数量的模拟中完成状态的似然推理（LFI）和状态预测的方法。我们的方法使用多输出高斯工艺进行状态推理，以及贝叶斯神经网络作为状态预测的转换动态的模型。我们改进了现有的推断任务的LFI方法，同时还准确学习过渡动态。所提出的方法对于使用计算昂贵的模拟来建模动态系统中的逆问题是必要的，如使用非静止用户模型的实验中所示。

贝叶斯优化已被证明是优化昂贵至尊评估系统的有效方法。然而，根据单一观察的成本，一个或多个目标的多维优化可能仍然是昂贵的。多保真优化通过包括多个更便宜的信息来源，例如数值模拟中的低分辨率近似来解决这个问题。用于多保真优化的采集功能通常基于勘探重算法，这些算法难以与多种目标的优化结合。在这里，我们认为预期的超越改善政策可以在许多情况下作为合适的替代品起作用。我们通过两步评估或在单个采集函数内纳入评估成本，额外的保真相关目标。这允许同时多目标和多保真优化，这允许以分数成本准确地建立帕累托集和前部。基准显示成本降低了一个数量级或更多的顺序。因此，我们的方法允许极其膨胀的黑盒功能进行静态优化。在现有的优化贝叶斯优化框架中实现了本方法简单且直接，可以立即扩展到批量优化。该技术还可用于组合不同的连续和/或离散保真度尺寸，这使得它们特别相关地与等离子体物理，流体动力学和许多科学计算分支中的模拟问题相关。

机器学习方法的最新进展以及扫描探针显微镜（SPMS）的可编程接口的新兴可用性使自动化和自动显微镜在科学界的关注方面推向了最前沿。但是，启用自动显微镜需要开发特定于任务的机器学习方法，了解物理发现与机器学习之间的相互作用以及完全定义的发现工作流程。反过来，这需要平衡领域科学家的身体直觉和先验知识与定义实验目标和机器学习算法的奖励，这些算法可以将它们转化为特定的实验协议。在这里，我们讨论了贝叶斯活跃学习的基本原理，并说明了其对SPM的应用。我们从高斯过程作为一种简单的数据驱动方法和对物理模型的贝叶斯推断作为基于物理功能的扩展的贝叶斯推断，再到更复杂的深内核学习方法，结构化的高斯过程和假设学习。这些框架允许使用先验数据，在光谱数据中编码的特定功能以及在实验过程中表现出的物理定律的探索。讨论的框架可以普遍应用于结合成像和光谱，SPM方法，纳米识别，电子显微镜和光谱法以及化学成像方法的所有技术，并且对破坏性或不可逆测量的影响特别影响。

对于许多强化学习（RL）应用程序，指定奖励是困难的。本文考虑了一个RL设置，其中代理仅通过查询可以询问可以的专家来获取有关奖励的信息，例如，评估单个状态或通过轨迹提供二进制偏好。从如此昂贵的反馈中，我们的目标是学习奖励的模型，允许标准RL算法实现高预期的回报，尽可能少的专家查询。为此，我们提出了信息定向奖励学习（IDRL），它使用奖励的贝叶斯模型，然后选择要最大化信息增益的查询，这些查询是有关合理的最佳策略之间的返回差异的差异。与针对特定类型查询设计的先前主动奖励学习方法相比，IDRL自然地适应不同的查询类型。此外，它通过将焦点转移降低奖励近似误差来实现类似或更好的性能，从而降低奖励近似误差，以改善奖励模型引起的策略。我们支持我们的调查结果，在多个环境中进行广泛的评估，并具有不同的查询类型。

Machine learning frameworks such as Genetic Programming (GP) and Reinforcement Learning (RL) are gaining popularity in flow control. This work presents a comparative analysis of the two, bench-marking some of their most representative algorithms against global optimization techniques such as Bayesian Optimization (BO) and Lipschitz global optimization (LIPO). First, we review the general framework of the model-free control problem, bringing together all methods as black-box optimization problems. Then, we test the control algorithms on three test cases. These are (1) the stabilization of a nonlinear dynamical system featuring frequency cross-talk, (2) the wave cancellation from a Burgers' flow and (3) the drag reduction in a cylinder wake flow. We present a comprehensive comparison to illustrate their differences in exploration versus exploitation and their balance between `model capacity' in the control law definition versus `required complexity'. We believe that such a comparison paves the way toward the hybridization of the various methods, and we offer some perspective on their future development in the literature on flow control problems.

贝叶斯优化是黑匣子功能优化的流行框架。多重方法方法可以通过利用昂贵目标功能的低保真表示来加速贝叶斯优化。流行的多重贝叶斯策略依赖于采样政策，这些策略解释了在特定意见下评估目标函数的立即奖励，从而排除了更多的信息收益，这些收益可能会获得更多的步骤。本文提出了一个非侧重多倍数贝叶斯框架，以掌握优化的未来步骤的长期奖励。我们的计算策略具有两步的lookahead多因素采集函数，可最大程度地提高累积奖励，从而测量解决方案的改进，超过了前面的两个步骤。我们证明，所提出的算法在流行的基准优化问题上优于标准的多尺寸贝叶斯框架。

基因组学的主要目标是正确捕获基因调节网络（GRN）的复杂动力学行为。这包括推断基因之间的复杂相互作用，这些基因可用于广泛的基因组学分析，包括诊断或预后疾病以及为诸如癌症等慢性疾病的有效治疗方法。布尔网络已成为成功捕获GRN行为的成功类型。在大多数实用的环境中，应通过有限且时间稀疏的基因组数据来实现GRN的推论。 GRN中的大量基因会导致大量可能的拓扑候选空间，由于计算资源的限制，通常无法详尽地搜索。本文使用贝叶斯优化和基于内核的方法为GRN提供了可扩展有效的拓扑推断。所提出的方法不是对可能的拓扑结构进行详尽的搜索，而是构建具有拓扑启发的内核函数的高斯过程（GP），以说明可能性函数的相关性。然后，使用GP模型的后验分布，贝叶斯优化有效地搜索具有最高可能性值的拓扑，通过在勘探和剥削之间进行最佳平衡。通过使用众所周知的哺乳动物细胞周期网络的综合数值实验来证明所提出的方法的性能。

许多昂贵的黑匣子优化问题对其输入敏感。在这些问题中，定位一个良好的设计区域更有意义，而不是一个可能的脆弱的最佳设计。昂贵的黑盒功能可以有效地优化贝叶斯优化，在那里高斯过程是在昂贵的功能之前的流行选择。我们提出了一种利用贝叶斯优化的强大优化方法，找到一种设计空间区域，其中昂贵的功能的性能对输入相对不敏感，同时保持质量好。这是通过从正在建模昂贵的功能的高斯进程的实现来实现这一点，并评估每个实现的改进。这些改进的期望可以用进化算法廉价地优化，以确定评估昂贵功能的下一个位置。我们描述了一个有效的过程来定位最佳预期改进。我们凭经验展示了评估候选不确定区域的昂贵功能的昂贵功能，该模型最不确定，或随机地产生最佳收敛与利用方案相比。我们在两个，五个和十个维度中说明了我们的六个测试功能的方法，并证明它能够优于来自文献的两种最先进的方法。我们还展示了我们的方法在4和8维中展示了两个真实问题，这涉及训练机器人臂，将物体推到目标上。

学习涉及时变和不断发展的系统动态的控制政策通常对主流强化学习算法构成了巨大的挑战。在大多数标准方法中，通常认为动作是一组刚性的，固定的选择，这些选择以预定义的方式顺序应用于状态空间。因此，在不诉诸于重大学习过程的情况下，学识渊博的政策缺乏适应动作集和动作的“行为”结果的能力。此外，标准行动表示和动作引起的状态过渡机制固有地限制了如何将强化学习应用于复杂的现实世界应用中，这主要是由于所得大的状态空间的棘手性以及缺乏概括的学术知识对国家空间未知部分的政策。本文提出了一个贝叶斯味的广义增强学习框架，首先建立参数动作模型的概念，以更好地应对不确定性和流体动作行为，然后将增强领域的概念作为物理启发的结构引入通过“极化体验颗粒颗粒建立） “维持在学习代理的工作记忆中。这些粒子有效地编码了以自组织方式随时间演变的动态学习体验。在强化领域之上，我们将进一步概括策略学习过程，以通过将过去的记忆视为具有隐式图结构来结合高级决策概念，在该结构中，过去的内存实例（或粒子）与决策之间的相似性相互联系。定义，因此，可以应用“关联记忆”原则来增强学习代理的世界模型。

有效推论是一种数学框架，它起源于计算神经科学，作为大脑如何实现动作，感知和学习的理论。最近，已被证明是在不确定性下存在国家估算和控制问题的有希望的方法，以及一般的机器人和人工代理人的目标驱动行为的基础。在这里，我们审查了最先进的理论和对国家估计，控制，规划和学习的积极推断的实现;描述当前的成就，特别关注机器人。我们展示了相关实验，以适应，泛化和稳健性而言说明其潜力。此外，我们将这种方法与其他框架联系起来，并讨论其预期的利益和挑战：使用变分贝叶斯推理具有功能生物合理性的统一框架。

Bayesian optimization provides sample-efficient global optimization for a broad range of applications, including automatic machine learning, engineering, physics, and experimental design. We introduce BOTORCH, a modern programming framework for Bayesian optimization that combines Monte-Carlo (MC) acquisition functions, a novel sample average approximation optimization approach, autodifferentiation, and variance reduction techniques. BOTORCH's modular design facilitates flexible specification and optimization of probabilistic models written in PyTorch, simplifying implementation of new acquisition functions. Our approach is backed by novel theoretical convergence results and made practical by a distinctive algorithmic foundation that leverages fast predictive distributions, hardware acceleration, and deterministic optimization. We also propose a novel "one-shot" formulation of the Knowledge Gradient, enabled by a combination of our theoretical and software contributions. In experiments, we demonstrate the improved sample efficiency of BOTORCH relative to other popular libraries.34th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2020),