本文提出了一个新颖的像素间隔下采样网络(PID-NET),以较高的精度计算任务,以更高的精度计数任务。 PID-NET是具有编码器架构的端到端卷积神经网络(CNN)模型。像素间隔向下采样操作与最大功能操作相连,以结合稀疏和密集的特征。这解决了计数时茂密物体的轮廓凝结的局限性。使用经典分割指标(骰子,Jaccard和Hausdorff距离)以及计数指标进行评估。实验结果表明,所提出的PID-NET具有最佳的性能和潜力,可以实现密集的微小对象计数任务,该任务在数据集上具有2448个酵母单元图像在数据集上达到96.97 \%的计数精度。通过与最新的方法进行比较,例如注意U-NET,SWIN U-NET和TRANS U-NET,提出的PID-NET可以分割具有更清晰边界和较少不正确的碎屑的密集的微小物体,这表明PID网络在准确计数的任务中的巨大潜力。
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由于图像的复杂性和活细胞的时间变化,来自明亮场光显微镜图像的活细胞分割具有挑战性。最近开发的基于深度学习(DL)的方法由于其成功和有希望的结果而在医学和显微镜图像分割任务中变得流行。本文的主要目的是开发一种基于U-NET的深度学习方法,以在明亮场传输光学显微镜中分割HeLa系的活细胞。为了找到适合我们数据集的最合适的体系结构,提出了剩余的注意U-net,并将其与注意力和简单的U-NET体系结构进行了比较。注意机制突出了显着的特征,并抑制了无关图像区域中的激活。残余机制克服了消失的梯度问题。对于简单,注意力和剩余的关注U-NET,我们数据集的平均值得分分别达到0.9505、0.9524和0.9530。通过将残留和注意机制应用在一起,在平均值和骰子指标中实现了最准确的语义分割结果。应用的分水岭方法适用于这种最佳的(残留的关注)语义分割结果,使每个单元格的特定信息进行了分割。
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环境微生物(EMS)的使用通过监测和分解污染物提供了高效,低成本和无害的环境污染补救措施。这取决于如何正确分段和确定EMS。为了增强透明,嘈杂且对比度较低的弱可见EM图像的分割,在本研究中提出了成对深度学习功能网络(PDLF-NET)。 PDLFS的使用使网络通过将每个图像的成对深度学习特征与基本模型Segnet的不同块相连,从而使网络更加关注前景(EMS)。利用shi和tomas描述符,我们在贴片上提取每个图像的深度特征,这些图像使用VGG-16模型以每个描述符为中心。然后,为了学习描述符之间的中间特征,基于Delaunay三角定理进行功能的配对以形成成对的深度学习特征。在该实验中,PDLF-NET可实现89.24%,63.20%,77.27%,35.15%,89.72%,91.44%和89.30%的出色分割结果,分别为IOU,DICE,DICE,VOE,灵敏度,精确性和特定性,精确性和特定性,精确性和特定性,精确性和特定性。
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The lack of efficient segmentation methods and fully-labeled datasets limits the comprehensive assessment of optical coherence tomography angiography (OCTA) microstructures like retinal vessel network (RVN) and foveal avascular zone (FAZ), which are of great value in ophthalmic and systematic diseases evaluation. Here, we introduce an innovative OCTA microstructure segmentation network (OMSN) by combining an encoder-decoder-based architecture with multi-scale skip connections and the split-attention-based residual network ResNeSt, paying specific attention to OCTA microstructural features while facilitating better model convergence and feature representations. The proposed OMSN achieves excellent single/multi-task performances for RVN or/and FAZ segmentation. Especially, the evaluation metrics on multi-task models outperform single-task models on the same dataset. On this basis, a fully annotated retinal OCTA segmentation (FAROS) dataset is constructed semi-automatically, filling the vacancy of a pixel-level fully-labeled OCTA dataset. OMSN multi-task segmentation model retrained with FAROS further certifies its outstanding accuracy for simultaneous RVN and FAZ segmentation.
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人行道表面数据的获取和评估在路面条件评估中起着至关重要的作用。在本文中,提出了一个称为RHA-NET的自动路面裂纹分割的有效端到端网络,以提高路面裂纹分割精度。 RHA-NET是通过将残留块(重阻)和混合注意块集成到编码器架构结构中来构建的。这些重组用于提高RHA-NET提取高级抽象特征的能力。混合注意块旨在融合低级功能和高级功能,以帮助模型专注于正确的频道和裂纹区域,从而提高RHA-NET的功能表现能力。构建并用于训练和评估所提出的模型的图像数据集,其中包含由自设计的移动机器人收集的789个路面裂纹图像。与其他最先进的网络相比,所提出的模型在全面的消融研究中验证了添加残留块和混合注意机制的功能。此外,通过引入深度可分离卷积生成的模型的轻加权版本可以更好地实现性能和更快的处理速度,而U-NET参数数量的1/30。开发的系统可以在嵌入式设备Jetson TX2(25 fps)上实时划分路面裂纹。实时实验拍摄的视频将在https://youtu.be/3xiogk0fig4上发布。
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不工会是骨科诊所面临的针对技术困难和高成本拍摄骨间毛细血管面临的挑战之一。细分容器和填充毛细血管对于理解毛细血管生长遇到的障碍至关重要。但是,现有用于血管分割的数据集主要集中在人体的大血管上,缺乏标记的毛细管图像数据集极大地限制了血管分割和毛细血管填充的方法论开发和应用。在这里,我们提出了一个名为IFCIS-155的基准数据集,由155个2D毛细管图像组成,该图像具有分割边界和由生物医学专家注释的血管填充物,以及19个大型高分辨率3D 3D毛细管图像。为了获得更好的骨间毛细血管图像,我们利用最先进的免疫荧光成像技术来突出骨间毛细血管的丰富血管形态。我们进行全面的实验,以验证数据集和基准测试深度学习模型的有效性(\ eg UNET/UNET ++和修改后的UNET/UNET ++)。我们的工作提供了一个基准数据集,用于培训毛细管图像细分的深度学习模型,并为未来的毛细管研究提供了潜在的工具。 IFCIS-155数据集和代码均可在\ url {https://github.com/ncclabsustech/ifcis-55}上公开获得。
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从侵入性冠状动脉造影(ICA)中准确提取冠状动脉(ICA)在临床决策中对于冠状动脉疾病的诊断和风险分层(CAD)很重要。在这项研究中,我们开发了一种使用深度学习来自动提取冠状动脉腔的方法。方法。提出了一个深度学习模型U-NET 3+,其中包含了全面的跳过连接和深度监督,以自动从ICAS中自动提取冠状动脉。在这个新型的冠状动脉提取框架中采用了转移学习和混合损失功能。结果。使用了一个包含从210名患者获得的616个ICA的数据集。在技​​术评估中,U-NET 3+的骰子得分为0.8942,灵敏度为0.8735,高于U-NET ++(骰子得分:0.8814:0.8814,灵敏度为0.8331)和U-net(骰子分数) :0.8799,灵敏度为0.8305)。结论。我们的研究表明,U-NET 3+优于其他分割框架,用于自动从ICA中提取冠状动脉。该结果表明了临床使用的巨大希望。
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深度学习已被广​​泛用于医学图像分割,并且录制了录制了该领域深度学习的成功的大量论文。在本文中,我们使用深层学习技术对医学图像分割的全面主题调查。本文进行了两个原创贡献。首先,与传统调查相比,直接将深度学习的文献分成医学图像分割的文学,并为每组详细介绍了文献,我们根据从粗略到精细的多级结构分类目前流行的文献。其次,本文侧重于监督和弱监督的学习方法,而不包括无监督的方法,因为它们在许多旧调查中引入而且他们目前不受欢迎。对于监督学习方法,我们分析了三个方面的文献:骨干网络的选择,网络块的设计,以及损耗功能的改进。对于虚弱的学习方法,我们根据数据增强,转移学习和交互式分割进行调查文献。与现有调查相比,本调查将文献分类为比例不同,更方便读者了解相关理由,并将引导他们基于深度学习方法思考医学图像分割的适当改进。
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准确的视网膜血管分割是许多计算机辅助诊断系统的重要任务。然而,由于眼睛的复杂血管结构,它仍然是一个具有挑战性的问题。最近提出了许多血管分割方法,但需要更多的研究来处理薄薄和微小血管的细分。为了解决这个问题,我们提出了一种新的深度学习管道,结合了残留致密净块的效率以及剩余挤压和励磁块。我们在实验上验证了我们在三个数据集中的方法,并表明我们的管道优于最新的现有技术,以评估小血管的捕获度量相关的敏感度量。
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人类生理学中的各种结构遵循特异性形态,通常在非常细的尺度上表达复杂性。这种结构的例子是胸前气道,视网膜血管和肝血管。可以观察到可以观察到可以观察到可以观察到可以观察到空间排列的磁共振成像(MRI),计算机断层扫描(CT),光学相干断层扫描(OCT)等医学成像模式(MRI),计算机断层扫描(CT),可以观察到空间排列的大量2D和3D图像的集合。这些结构在医学成像中的分割非常重要,因为对结构的分析提供了对疾病诊断,治疗计划和预后的见解。放射科医生手动标记广泛的数据通常是耗时且容易出错的。结果,在过去的二十年中,自动化或半自动化的计算模型已成为医学成像的流行研究领域,迄今为止,许多计算模型已经开发出来。在这项调查中,我们旨在对当前公开可用的数据集,细分算法和评估指标进行全面审查。此外,讨论了当前的挑战和未来的研究方向。
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X-ray imaging technology has been used for decades in clinical tasks to reveal the internal condition of different organs, and in recent years, it has become more common in other areas such as industry, security, and geography. The recent development of computer vision and machine learning techniques has also made it easier to automatically process X-ray images and several machine learning-based object (anomaly) detection, classification, and segmentation methods have been recently employed in X-ray image analysis. Due to the high potential of deep learning in related image processing applications, it has been used in most of the studies. This survey reviews the recent research on using computer vision and machine learning for X-ray analysis in industrial production and security applications and covers the applications, techniques, evaluation metrics, datasets, and performance comparison of those techniques on publicly available datasets. We also highlight some drawbacks in the published research and give recommendations for future research in computer vision-based X-ray analysis.
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卷积神经网络(CNN)的深度学习体系结构在计算机视野领域取得了杰出的成功。 CNN构建的编码器架构U-Net在生物医学图像分割方面取得了重大突破,并且已在各种实用的情况下应用。但是,编码器部分中每个下采样层和简单堆积的卷积的平等设计不允许U-NET从不同深度提取足够的特征信息。医学图像的复杂性日益增加为现有方法带来了新的挑战。在本文中,我们提出了一个更深层,更紧凑的分裂注意U形网络(DCSAU-NET),该网络有效地利用了基于两个新颖框架的低级和高级语义信息:主要功能保护和紧凑的分裂注意力堵塞。我们评估了CVC-ClinicDB,2018 Data Science Bowl,ISIC-2018和SEGPC-2021数据集的建议模型。结果,DCSAU-NET在联合(MIOU)和F1-SOCRE的平均交点方面显示出比其他最先进的方法(SOTA)方法更好的性能。更重要的是,提出的模型在具有挑战性的图像上表现出了出色的细分性能。我们的工作代码以及更多技术细节,请访问https://github.com/xq141839/dcsau-net。
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组织学图像中核和腺体的实例分割是用于癌症诊断,治疗计划和生存分析的计算病理学工作流程中的重要一步。随着现代硬件的出现,大规模质量公共数据集的最新可用性以及社区组织的宏伟挑战已经看到了自动化方法的激增,重点是特定领域的挑战,这对于技术进步和临床翻译至关重要。在这项调查中,深入分析了过去五年(2017-2022)中发表的原子核和腺体实例细分的126篇论文,进行了深入分析,讨论了当前方法的局限性和公开挑战。此外,提出了潜在的未来研究方向,并总结了最先进方法的贡献。此外,还提供了有关公开可用数据集的概括摘要以及关于说明每种挑战的最佳性能方法的巨大挑战的详细见解。此外,我们旨在使读者现有研究的现状和指针在未来的发展方向上开发可用于临床实践的方法,从而可以改善诊断,分级,预后和癌症的治疗计划。据我们所知,以前没有工作回顾了朝向这一方向的组织学图像中的实例细分。
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Background and Purpose: Colorectal cancer is a common fatal malignancy, the fourth most common cancer in men, and the third most common cancer in women worldwide. Timely detection of cancer in its early stages is essential for treating the disease. Currently, there is a lack of datasets for histopathological image segmentation of rectal cancer, which often hampers the assessment accuracy when computer technology is used to aid in diagnosis. Methods: This present study provided a new publicly available Enteroscope Biopsy Histopathological Hematoxylin and Eosin Image Dataset for Image Segmentation Tasks (EBHI-Seg). To demonstrate the validity and extensiveness of EBHI-Seg, the experimental results for EBHI-Seg are evaluated using classical machine learning methods and deep learning methods. Results: The experimental results showed that deep learning methods had a better image segmentation performance when utilizing EBHI-Seg. The maximum accuracy of the Dice evaluation metric for the classical machine learning method is 0.948, while the Dice evaluation metric for the deep learning method is 0.965. Conclusion: This publicly available dataset contained 5,170 images of six types of tumor differentiation stages and the corresponding ground truth images. The dataset can provide researchers with new segmentation algorithms for medical diagnosis of colorectal cancer, which can be used in the clinical setting to help doctors and patients.
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肺癌是最致命的癌症之一,部分诊断和治疗取决于肿瘤的准确描绘。目前是最常见的方法的人以人为本的分割,须遵守观察者间变异性,并且考虑到专家只能提供注释的事实,也是耗时的。最近展示了有前途的结果,自动和半自动肿瘤分割方法。然而,随着不同的研究人员使用各种数据集和性能指标验证了其算法,可靠地评估这些方法仍然是一个开放的挑战。通过2018年IEEE视频和图像处理(VIP)杯竞赛创建的计算机断层摄影扫描(LOTUS)基准测试的肺起源肿瘤分割的目标是提供唯一的数据集和预定义的指标,因此不同的研究人员可以开发和以统一的方式评估他们的方法。 2018年VIP杯始于42个国家的全球参与,以获得竞争数据。在注册阶段,有129名成员组成了来自10个国家的28个团队,其中9个团队将其达到最后阶段,6队成功完成了所有必要的任务。简而言之,竞争期间提出的所有算法都是基于深度学习模型与假阳性降低技术相结合。三种决赛选手开发的方法表明,有希望的肿瘤细分导致导致越来越大的努力应降低假阳性率。本次竞争稿件概述了VIP-Cup挑战,以及所提出的算法和结果。
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Mitosis nuclei count is one of the important indicators for the pathological diagnosis of breast cancer. The manual annotation needs experienced pathologists, which is very time-consuming and inefficient. With the development of deep learning methods, some models with good performance have emerged, but the generalization ability should be further strengthened. In this paper, we propose a two-stage mitosis segmentation and classification method, named SCMitosis. Firstly, the segmentation performance with a high recall rate is achieved by the proposed depthwise separable convolution residual block and channel-spatial attention gate. Then, a classification network is cascaded to further improve the detection performance of mitosis nuclei. The proposed model is verified on the ICPR 2012 dataset, and the highest F-score value of 0.8687 is obtained compared with the current state-of-the-art algorithms. In addition, the model also achieves good performance on GZMH dataset, which is prepared by our group and will be firstly released with the publication of this paper. The code will be available at: https://github.com/antifen/mitosis-nuclei-segmentation.
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肝脏的准确细分是诊断疾病的先决条件。自动分割是计算机辅助检测和肝病诊断的重要应用。近年来,医学图像的自动化处理已经取得了突破。然而,腹部扫描CT图像的低对比度和肝脏形态的复杂性使得精确的自动分割具有挑战性。在本文中,我们提出了RA V-NET,这是基于U-Net的改进的医学图像自动分割模型。它有以下三个主要创新。建议Cofres模块(复合原始功能剩余模块)。通过更复杂的卷积层和跳过连接,使其获得更高级别的图像特征提取功能并防止梯度消失或爆炸。建议AR模块(注意恢复模块)以减少模型的计算工作。另外,通过调整通道和LSTM卷积来感测编码和解码模块的数据像素之间的空间特征。最后,有效地保留了图像特征。介绍了CA模块(通道注意模块),用于提取具有依赖性的相关通道,并通过矩阵点产品加强它们,同时在没有依赖性的情况下削弱无关的通道。达到关注的目的。 LSTM卷积和CA模块提供的注意机制是强证神经网络性能的保证。 U-Net网络的准确性:0.9862,精确度:0.9118,DSC:0.8547,JSC:0.82。 RA V-NET的评估指标,精度:0.9968,精确度:0.9597,DSC:0.9654,JSC:0.9414。分割效果的最代表性度量是DSC,其在U-NET上改善0.1107,JSC改善0.1214。
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尽管近期基于深度学习的语义细分,但远程感测图像的自动建筑检测仍然是一个具有挑战性的问题,由于全球建筑物的出现巨大变化。误差主要发生在构建足迹的边界,阴影区域,以及检测外表面具有与周围区域非常相似的反射率特性的建筑物。为了克服这些问题,我们提出了一种生成的对抗基于网络的基于网络的分割框架,其具有嵌入在发电机中的不确定性关注单元和改进模块。由边缘和反向关注单元组成的细化模块,旨在精炼预测的建筑地图。边缘注意力增强了边界特征,以估计更高的精度,并且反向关注允许网络探索先前估计区域中缺少的功能。不确定性关注单元有助于网络解决分类中的不确定性。作为我们方法的权力的衡量标准,截至2021年12月4日,它在Deepglobe公共领导板上的第二名,尽管我们的方法的主要重点 - 建筑边缘 - 并不完全对齐用于排行榜排名的指标。 DeepGlobe充满挑战数据集的整体F1分数为0.745。我们还报告了对挑战的Inria验证数据集的最佳成绩,我们的网络实现了81.28%的总体验证,总体准确性为97.03%。沿着同一条线,对于官方Inria测试数据集,我们的网络总体上得分77.86%和96.41%,而且准确性。
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Deep learning has made a breakthrough in medical image segmentation in recent years due to its ability to extract high-level features without the need for prior knowledge. In this context, U-Net is one of the most advanced medical image segmentation models, with promising results in mammography. Despite its excellent overall performance in segmenting multimodal medical images, the traditional U-Net structure appears to be inadequate in various ways. There are certain U-Net design modifications, such as MultiResUNet, Connected-UNets, and AU-Net, that have improved overall performance in areas where the conventional U-Net architecture appears to be deficient. Following the success of UNet and its variants, we have presented two enhanced versions of the Connected-UNets architecture: ConnectedUNets+ and ConnectedUNets++. In ConnectedUNets+, we have replaced the simple skip connections of Connected-UNets architecture with residual skip connections, while in ConnectedUNets++, we have modified the encoder-decoder structure along with employing residual skip connections. We have evaluated our proposed architectures on two publicly available datasets, the Curated Breast Imaging Subset of Digital Database for Screening Mammography (CBIS-DDSM) and INbreast.
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深度学习技术的进步为生物医学图像分析应用产生了巨大的贡献。随着乳腺癌是女性中最致命的疾病,早期检测是提高生存能力的关键手段。如超声波的医学成像呈现出色器官功能的良好视觉表现;然而,对于任何分析这种扫描的放射科学家,这种扫描是挑战和耗时,这延迟了诊断过程。虽然提出了各种深度学习的方法,但是通过乳房超声成像介绍了具有最有效的残余交叉空间关注引导u-Net(RCA-IUnet)模型的最小训练参数,以进一步改善肿瘤分割不同肿瘤尺寸的分割性能。 RCA-IUNET模型跟随U-Net拓扑,剩余初始化深度可分离卷积和混合池(MAX池和光谱池)层。此外,添加了交叉空间注意滤波器以抑制无关的特征并专注于目标结构。建议模型的分割性能在使用标准分割评估指标的两个公共数据集上验证,其中它表现出其他最先进的分段模型。
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