在最近的文章中,Guo等人。[ARXIV:2206.11228]报告说,深网中对抗训练的神经表示可能已经像相应的灵长类动物IT神经表示一样强大。尽管我们发现该论文的主要实验有所照明,但我们对论文中介绍的结果的解释和措辞有疑问。
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分子机器学习的最新进展,特别是深度神经网络,如图形神经网络(GNNS),用于预测结构活动关系(SAR)在计算机辅助药物发现中表达了巨大的潜力。然而,这种深神经网络的适用性受到大量培训数据的限制。为了应对目标任务的有限培训数据,最近已采用对SAR建模的转移学习,从而利用相关任务数据的信息。在这项工作中,与最流行的基于参数的转移学习相比,诸如预先估计的基于流行的传输学习,我们开发了新颖的深度传输学习方法TAC和TAC-FC来利用源域数据并将有用信息传送到目标域。 TAC学习生成可以从一个域概括到另一个域的有效分子特征,并提高目标域中的分类性能。另外,TAC-FC通过掺入新的组分来选择性地学习特征和化合物方识的可转移性来延伸TAC。我们使用来自Pubchem的生物测定筛选数据,并确定了120对生物测定,使得与其无活性化合物相比,每对的活性化合物彼此更类似。总的来说,TAC实现了平均Roc-AUC的最佳性能为0.801;与最佳基线FCN-DMPNA(DT)相比,它显着提高了83%的目标任务的83%的目标任务,平均任务明智的性能提高为7.102%。我们的实验清楚地表明TAC在大量目标任务中对所有基线实现了重大改进。此外,尽管与TAC相比,TAC-FC略微较差的ROC-AUC(0.798 VS 0.801),但与其他方法相比,TAC-FC仍然在PR-AUC和F1方面实现了更好的性能。
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