This paper proposes a new algorithm for an automatic variable selection procedure in High Dimensional Graphical Models. The algorithm selects the relevant variables for the node of interest on the basis of mutual information. Several contributions in literature have investigated the use of mutual information in selecting the appropriate number of relevant features in a large data-set, but most of them have focused on binary outcomes or required high computational effort. The algorithm here proposed overcomes these drawbacks as it is an extension of Chow and Liu's algorithm. Once, the probabilistic structure of a High Dimensional Graphical Model is determined via the said algorithm, the best path-step, including variables with the most explanatory/predictive power for a variable of interest, is determined via the computation of the entropy coefficient of determination. The latter, being based on the notion of (symmetric) Kullback-Leibler divergence, turns out to be closely connected to the mutual information of the involved variables. The application of the algorithm to a wide range of real-word and publicly data-sets has highlighted its potential and greater effectiveness compared to alternative extant methods.
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相关特征的识别,即确定系统的过程或属性的驱动变量,是对具有大量变量的数据集分析的重要组成部分。量化这些特征相关性的数学严格方法是相互信息。相互信息确定特征在其联合相互依赖与感兴趣的财产方面的相关性。但是,相互信息需要作为输入概率分布,这不能可靠地从连续分布(例如长度或能量)等连续分布中估计。在这里,我们介绍了总累积共同信息(TCMI),这是对相互依赖关系的相关性的度量,该信息将相互信息扩展到基于累积概率分布的连续分布的随机变量。 TCMI是一种非参数,鲁棒和确定性的度量,可促进具有不同基数的特征集之间的比较和排名。 TCMI诱导的排名允许特征选择,即,考虑到数据示例的数量以及一组变量集的基数,识别与感兴趣属性的非线性统计学相关的变量集的识别。我们通过模拟数据评估测量的性能,将其性能与类似的多元依赖性度量进行比较,并在一组标准数据集中证明了我们的功能选择方法的有效性以及材料科学中的典型情况。
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科学家经常优先考虑从数据学习,而不是培训最佳模型;但是,机器学习的研究通常优先考虑后者。边际特征重要的方法(例如边际贡献特征重要性(MCI))试图通过提供一个有用的框架来打破这种趋势,以量化以可解释方式量化数据的关系。在这项工作中,我们概括了MCI的框架,同时旨在通过引入超级边界特征的重要性(UMFI)来提高性能和运行时。为此,我们证明可以通过应用AI公平文献中的预处理方法直接计算UMFI来删除功能集中的依赖项。我们在真实和模拟数据上显示了UMFI至少和MCI的性能,在存在相关相互作用和无关特征的情况下,性能明显更好,同时大大降低了MCI的指数运行时间为超线性。
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考虑基于AI和ML的决策对这些新兴技术的安全和可接受的使用的决策的社会和道德后果至关重要。公平,特别是保证ML决定不会导致对个人或少数群体的歧视。使用因果关系,可以更好地实现和衡量可靠的公平/歧视,从而更好地实现了敏感属性(例如性别,种族,宗教等)之间的因果关系,仅仅是仅仅是关联,例如性别,种族,宗教等(例如,雇用工作,贷款授予等) )。然而,对因果关系解决公平性的最大障碍是因果模型的不可用(通常表示为因果图)。文献中现有的因果关系方法并不能解决此问题,并假设可获得因果模型。在本文中,我们没有做出这样的假设,并且我们回顾了从可观察数据中发现因果关系的主要算法。这项研究的重点是因果发现及其对公平性的影响。特别是,我们展示了不同的因果发现方法如何导致不同的因果模型,最重要的是,即使因果模型之间的轻微差异如何对公平/歧视结论产生重大影响。通过使用合成和标准公平基准数据集的经验分析来巩固这些结果。这项研究的主要目标是强调因果关系使用因果关系适当解决公平性的因果发现步骤的重要性。
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Selecting a minimal feature set that is maximally informative about a target variable is a central task in machine learning and statistics. Information theory provides a powerful framework for formulating feature selection algorithms -- yet, a rigorous, information-theoretic definition of feature relevancy, which accounts for feature interactions such as redundant and synergistic contributions, is still missing. We argue that this lack is inherent to classical information theory which does not provide measures to decompose the information a set of variables provides about a target into unique, redundant, and synergistic contributions. Such a decomposition has been introduced only recently by the partial information decomposition (PID) framework. Using PID, we clarify why feature selection is a conceptually difficult problem when approached using information theory and provide a novel definition of feature relevancy and redundancy in PID terms. From this definition, we show that the conditional mutual information (CMI) maximizes relevancy while minimizing redundancy and propose an iterative, CMI-based algorithm for practical feature selection. We demonstrate the power of our CMI-based algorithm in comparison to the unconditional mutual information on benchmark examples and provide corresponding PID estimates to highlight how PID allows to quantify information contribution of features and their interactions in feature-selection problems.
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机器学习渗透到许多行业,这为公司带来了新的利益来源。然而,在人寿保险行业中,机器学习在实践中并未被广泛使用,因为在过去几年中,统计模型表明了它们的风险评估效率。因此,保险公司可能面临评估人工智能价值的困难。随着时间的流逝,专注于人寿保险行业的修改突出了将机器学习用于保险公司的利益以及通过释放数据价值带来的利益。本文回顾了传统的生存建模方法论,并通过机器学习技术扩展了它们。它指出了与常规机器学习模型的差异,并强调了特定实现在与机器学习模型家族中面对审查数据的重要性。在本文的补充中,已经开发了Python库。已经调整了不同的开源机器学习算法,以适应人寿保险数据的特殊性,即检查和截断。此类模型可以轻松地从该SCOR库中应用,以准确地模拟人寿保险风险。
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We present a new algorithm for Bayesian network structure learning, called Max-Min Hill-Climbing (MMHC). The algorithm combines ideas from local learning, constraint-based, and search-and-score techniques in a principled and effective way. It first reconstructs the skeleton of a Bayesian network and then performs a Bayesian-scoring greedy hill-climbing search to orient the edges. In our extensive empirical evaluation MMHC outperforms on average and in terms of various metrics several prototypical and state-of-the-art algorithms, namely the PC, Sparse Candidate, Three Phase Dependency Analysis, Optimal Reinsertion, Greedy Equivalence Search, and Greedy Search. These are the first empirical results simultaneously comparing most of the major Bayesian network algorithms against each other. MMHC offers certain theoretical advantages, specifically over the Sparse Candidate algorithm, corroborated by our experiments. MMHC and detailed results of our study are publicly available at http://www.dsl-lab.org/supplements/mmhc paper/mmhc index.html.
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无论是在功能选择的领域还是可解释的AI领域,都有基于其重要性的“排名”功能的愿望。然后可以将这种功能重要的排名用于:(1)减少数据集大小或(2)解释机器学习模型。但是,在文献中,这种特征排名没有以系统的,一致的方式评估。许多论文都有不同的方式来争论哪些具有重要性排名最佳的特征。本文通过提出一种新的评估方法来填补这一空白。通过使用合成数据集,可以事先知道特征重要性得分,从而可以进行更系统的评估。为了促进使用新方法的大规模实验,在Python建造了一个名为FSEVAL的基准测定框架。该框架允许并行运行实验,并在HPC系统上的计算机上分布。通过与名为“权重和偏见”的在线平台集成,可以在实时仪表板上进行交互探索图表。该软件作为开源软件发布,并在PYPI平台上以包裹发行。该研究结束时,探索了一个这样的大规模实验,以在许多方面找到参与算法的优势和劣势。
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估计平均因果效应的理想回归(如果有)是什么?我们在离散协变量的设置中研究了这个问题,从而得出了各种分层估计器的有限样本方差的表达式。这种方法阐明了许多广泛引用的结果的基本统计现象。我们的博览会结合了研究因果效应估计的三种不同的方法论传统的见解:潜在结果,因果图和具有加性误差的结构模型。
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Variable and feature selection have become the focus of much research in areas of application for which datasets with tens or hundreds of thousands of variables are available. These areas include text processing of internet documents, gene expression array analysis, and combinatorial chemistry. The objective of variable selection is three-fold: improving the prediction performance of the predictors, providing faster and more cost-effective predictors, and providing a better understanding of the underlying process that generated the data. The contributions of this special issue cover a wide range of aspects of such problems: providing a better definition of the objective function, feature construction, feature ranking, multivariate feature selection, efficient search methods, and feature validity assessment methods.
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这篇综述的目的是将读者介绍到图表内,以将其应用于化学信息学中的分类问题。图内核是使我们能够推断分子的化学特性的功能,可以帮助您完成诸如寻找适合药物设计的化合物等任务。内核方法的使用只是一种特殊的两种方式量化了图之间的相似性。我们将讨论限制在这种方法上,尽管近年来已经出现了流行的替代方法,但最著名的是图形神经网络。
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转移学习中最关键的问题之一是域适应的任务,其中目标是将在一个或多个源域中培训的算法应用于不同(但相关)的目标域。本文在域内存在协变量转变时,涉及域适应。解决此问题的现有因果推断方法的主要限制之一是可扩展性。为了克服这种困难,我们提出了一种避免穷举搜索的算法,并识别基于Markov毯子发现的源和目标域的不变因果特征。 SCTL不需要先前了解因果结构,干预措施的类型或干预目标。有一个与SCTL相关的内在位置,使其实现实际上可扩展且稳健,因为本地因果发现增加了计算独立性测试的力量,并使域适配的任务进行了计算地进行了易行的。我们通过低维和高维设置中的合成和实际数据集显示SCTL的可扩展性和稳健性。
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随机森林已被广泛用于其提供的所谓重要措施,在输入变量的相关性来预测某一输出全局(每个数据集)级洞察能力。在另一方面,根据沙普利值方法已被引入特征相关的基于树的模型分析细化到本地(每个实例)的水平。在这种情况下,我们首先证明杂质(MDI)变量重要性得分的全球平均减少对应的Shapley值在某些条件下。然后,我们推导出变量相关的本地MDI重要的措施,这与全球MDI衡量一个非常自然的连接,并且可以与局部特征相关的一个新概念。我们进一步联系当地MDI重要性有关与沙普利值和从文献中有关措施的光进行讨论。这些措施是通过实验在几个分类和回归问题的说明。
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在许多学科中,在大量解释变量中推断反应变量的直接因果父母的问题具有很高的实际意义。但是,建立的方法通常至少会随着解释变量的数量而呈指数级扩展,难以扩展到非线性关系,并且很难扩展到周期性数据。受{\ em Debiased}机器学习方法的启发,我们研究了一种单Vs.-the-Rest特征选择方法,以发现响应的直接因果父母。我们提出了一种用于纯观测数据的算法,同时还提供理论保证,包括可能在周期存在下的部分非线性关系的情况。由于它仅需要对每个变量进行一个估计,因此我们的方法甚至适用于大图。与既定方法相比,我们证明了显着改善。
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Model-X条件随机测试是有条件独立性测试的通用框架,解锁了新的可能性,以发现与感兴趣的响应有条件相关的特征,同时控制I型错误率。该测试的一个吸引力的优势是,它可以与任何机器学习模型一起使用来设计强大的测试统计数据。反过来,Model-X文献中的常见实践是使用机器学习模型形成测试统计量,经过培训,以最大程度地提高预测精度,希望能够获得良好的功率测试。但是,这里的理想目标是推动模型(在训练期间)以最大程度地提高测试功能,而不仅仅是预测精度。在本文中,我们通过首次引入新型模型拟合方案来弥合这一差距,这些方案旨在明确提高Model-X测试的功能。这是通过引入新的成本函数来完成的,该功能旨在最大化用于衡量有条件独立性违反的测试统计量。使用合成和真实的数据集,我们证明了我们提出的损失函数与各种基本预测模型(Lasso,弹性网和深神经网络)的组合始终增加所获得的正确发现的数量,同时维持I型错误率下的I型错误率控制。
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因果关系是理解世界的科学努力的基本组成部分。不幸的是,在心理学和社会科学中,因果关系仍然是禁忌。由于越来越多的建议采用因果方法进行研究的重要性,我们重新制定了心理学研究方法的典型方法,以使不可避免的因果理论与其余的研究渠道协调。我们提出了一个新的过程,该过程始于从因果发现和机器学习的融合中纳入技术的发展,验证和透明的理论形式规范。然后,我们提出将完全指定的理论模型的复杂性降低到与给定目标假设相关的基本子模型中的方法。从这里,我们确定利息量是否可以从数据中估算出来,如果是的,则建议使用半参数机器学习方法来估计因果关系。总体目标是介绍新的研究管道,该管道可以(a)促进与测试因果理论的愿望兼容的科学询问(b)鼓励我们的理论透明代表作为明确的数学对象,(c)将我们的统计模型绑定到我们的统计模型中该理论的特定属性,因此减少了理论到模型间隙通常引起的规范不足问题,以及(d)产生因果关系和可重复性的结果和估计。通过具有现实世界数据的教学示例来证明该过程,我们以摘要和讨论来结论。
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回归模型用于各种应用,为来自不同领域的研究人员提供强大的科学工具。线性或简单的参数,模型通常不足以描述输入变量与响应之间的复杂关系。通过诸如神经网络的灵活方法可以更好地描述这种关系,但这导致不太可解释的模型和潜在的过度装备。或者,可以使用特定的参数非线性函数,但是这种功能的规范通常是复杂的。在本文中,我们介绍了一种灵活的施工方法,高度灵活的非线性参数回归模型。非线性特征是分层的,类似于深度学习,但对要考虑的可能类型的功能具有额外的灵活性。这种灵活性,与变量选择相结合,使我们能够找到一小部分重要特征,从而可以更具可解释的模型。在可能的功能的空间内,考虑了贝叶斯方法,基于它们的复杂性引入功能的前沿。采用遗传修改模式跳跃马尔可夫链蒙特卡罗算法来执行贝叶斯推理和估计模型平均的后验概率。在各种应用中,我们说明了我们的方法如何用于获得有意义的非线性模型。此外,我们将其预测性能与多个机器学习算法进行比较。
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我们介绍了数据科学预测生命周期中各个阶段开发和采用自动化的技术和文化挑战的说明概述,从而将重点限制为使用结构化数据集的监督学习。此外,我们回顾了流行的开源Python工具,这些工具实施了针对自动化挑战的通用解决方案模式,并突出了我们认为进步仍然需要的差距。
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从观察数据中推断出因果关系很少直接,但是在高维度中,问题尤其困难。对于这些应用,因果发现算法通常需要参数限制或极端稀疏限制。我们放松这些假设,并专注于一个重要但更专业的问题,即在已知的变量子中恢复因果秩序,这些变量已知会从某些(可能很大的)混杂的协变量(即$ \ textit {Confounder Blanset} $)中降下。这在许多环境中很有用,例如,在研究具有背景信息的遗传数据的动态生物分子子系统时。在一个称为$ \ textit {混杂的毯子原理} $的结构假设下,我们认为这对于在高维度中的可拖动因果发现至关重要,我们的方法可容纳低或高稀疏性的图形,同时保持多项式时间复杂性。我们提出了一种结构学习算法,相对于所谓的$ \ textit {Lazy Oracle} $,该算法是合理且完整的。我们设计了线性和非线性系统有限样本误差控制的推理过程,并在一系列模拟和现实世界数据集上演示了我们的方法。随附的$ \ texttt {r} $ package,$ \ texttt {cbl} $可从$ \ texttt {cran} $获得。
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最近有一项激烈的活动在嵌入非常高维和非线性数据结构的嵌入中,其中大部分在数据科学和机器学习文献中。我们分四部分调查这项活动。在第一部分中,我们涵盖了非线性方法,例如主曲线,多维缩放,局部线性方法,ISOMAP,基于图形的方法和扩散映射,基于内核的方法和随机投影。第二部分与拓扑嵌入方法有关,特别是将拓扑特性映射到持久图和映射器算法中。具有巨大增长的另一种类型的数据集是非常高维网络数据。第三部分中考虑的任务是如何将此类数据嵌入中等维度的向量空间中,以使数据适合传统技术,例如群集和分类技术。可以说,这是算法机器学习方法与统计建模(所谓的随机块建模)之间的对比度。在论文中,我们讨论了两种方法的利弊。调查的最后一部分涉及嵌入$ \ mathbb {r}^ 2 $,即可视化中。提出了三种方法:基于第一部分,第二和第三部分中的方法,$ t $ -sne,UMAP和大节。在两个模拟数据集上进行了说明和比较。一个由嘈杂的ranunculoid曲线组成的三胞胎,另一个由随机块模型和两种类型的节点产生的复杂性的网络组成。
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