整个幻灯片图像(WSI)分类通常依赖于深度监督的多个实例学习(MIL)方法来处理Gigapixel分辨率图像和幻灯片级标签。然而,深度学习的不错的表现来自利用大量数据集和不同的样本,敦促需要有效的培训管道来扩展到大型数据集和数据增强技术以进行多元化样品。但是,当前基于MIL的WSI分类管道是内存量的且计算的,因为它们通常组装成千上万的补丁作为计算袋。另一方面,尽管它们在其他任务中很受欢迎,但对于WSI MIL Frameworks来说,数据增强尚未探索。为了解决它们,我们提出了Remix,这是基于MIL WSI分类的一般有效框架。它包括两个步骤:减少和混合。首先,它通过用实例原型(即贴片群质心)代替实例,从而减少了WSI袋中的实例数量。然后,我们提出了一个``混合式''增强,其中包含四个在线,随机和灵活的潜在空间扩展。它带来了潜在空间的多样化和可靠的班级身份的语义变化,同时实施语义扰动不变性。我们通过两种最先进的MIL方法在两个公共数据集上评估混音。在我们的实验中,已经实现了精确度,准确性和召回率的一致提高,但随着训练时间和记忆消耗的减少阶段,它表明了混音的有效性和效率。代码可用。
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在计算病理学工作流程中检测和分裂ObjectSwithinWholesLideImagesis。自我监督学习(SSL)吸引了这种重度注释的任务。尽管自然图像的密集任务具有广泛的基准,但不幸的是,在当前的病理学作品中,此类研究仍然没有。我们的论文打算缩小这一差距。我们首先基于病理图像中密集预测任务的代表性SSL方法。然后,我们提出了概念对比学习(结论),这是密集预训练的SSL框架。我们探讨了结论如何使用不同来源提供的概念,并最终提出了一种简单的无依赖性概念生成方法,该方法不依赖于外部分割算法或显着检测模型。广泛的实验表明,在不同环境中,结论比以前的最新SSL方法具有优势。沿着我们的探索,我们弥补了几个重要而有趣的组成部分,这有助于致力于病理图像的密集预训练。我们希望这项工作可以提供有用的数据点,并鼓励社区为感兴趣的问题进行结论预培训。代码可用。
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Unsupervised image representations have significantly reduced the gap with supervised pretraining, notably with the recent achievements of contrastive learning methods. These contrastive methods typically work online and rely on a large number of explicit pairwise feature comparisons, which is computationally challenging. In this paper, we propose an online algorithm, SwAV, that takes advantage of contrastive methods without requiring to compute pairwise comparisons. Specifically, our method simultaneously clusters the data while enforcing consistency between cluster assignments produced for different augmentations (or "views") of the same image, instead of comparing features directly as in contrastive learning. Simply put, we use a "swapped" prediction mechanism where we predict the code of a view from the representation of another view. Our method can be trained with large and small batches and can scale to unlimited amounts of data. Compared to previous contrastive methods, our method is more memory efficient since it does not require a large memory bank or a special momentum network. In addition, we also propose a new data augmentation strategy, multi-crop, that uses a mix of views with different resolutions in place of two full-resolution views, without increasing the memory or compute requirements. We validate our findings by achieving 75.3% top-1 accuracy on ImageNet with ResNet-50, as well as surpassing supervised pretraining on all the considered transfer tasks.
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对比性自我监督学习(CSL)是一种实用解决方案,它以无监督的方法从大量数据中学习有意义的视觉表示。普通的CSL将从神经网络提取的特征嵌入到特定的拓扑结构上。在训练进度期间,对比度损失将同一输入的不同视图融合在一起,同时将不同输入分开的嵌入。 CSL的缺点之一是,损失项需要大量的负样本才能提供更好的相互信息理想。但是,通过较大的运行批量大小增加负样本的数量也增强了错误的负面影响:语义上相似的样品与锚分开,因此降低了下游性能。在本文中,我们通过引入一个简单但有效的对比学习框架来解决这个问题。关键的见解是使用暹罗风格的度量损失来匹配原型内特征,同时增加了原型间特征之间的距离。我们对各种基准测试进行了广泛的实验,其中结果证明了我们方法在提高视觉表示质量方面的有效性。具体而言,我们使用线性探针的无监督预训练的Resnet-50在Imagenet-1K数据集上超过了受访的训练有素的版本。
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近年来,深度学习算法在地球观察(EO)中的应用使依赖远程感知数据的领域取得了重大进展。但是,鉴于EO中的数据量表,创建具有专家使用像素级注释的大型数据集是昂贵且耗时的。在这种情况下,先验被视为一种有吸引力的方法,可以减轻在训练EO的深度学习方法时手动标签的负担。对于某些应用,这些先验很容易获得。本研究以许多计算机视觉任务中的自我监督特征表示学习的对比学习方法取得了巨大成功的动机,本研究提出了一种使用作物标签比例的在线深度聚类方法,作为研究基于政府作物的样本级别的先验者 - 整个农业地区的比例数据。我们使用来自巴西两个不同农业地区的两个大数据集评估了该方法。广泛的实验表明,该方法对不同的数据类型(合成句子雷达和光学图像)具有鲁棒性,考虑到目标区域中主要的作物类型,报告了更高的精度值。因此,它可以减轻EO应用中大规模图像注释的负担。
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由于其弱监督性,多个实例学习(MIL)在许多现实生活中的机器学习应用中都获得了受欢迎程度。但是,解释MIL滞后的相应努力,通常仅限于提出对特定预测至关重要的袋子的实例。在本文中,我们通过引入Protomil,这是一种新型的自我解释的MIL方法,该方法受到基于案例的推理过程的启发,该方法是基于案例的推理过程,该方法在视觉原型上运行。由于将原型特征纳入对象描述中,Protomil空前加入了模型的准确性和细粒度的可解释性,我们在五个公认的MIL数据集上进行了实验。
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Computational pathology can lead to saving human lives, but models are annotation hungry and pathology images are notoriously expensive to annotate. Self-supervised learning has shown to be an effective method for utilizing unlabeled data, and its application to pathology could greatly benefit its downstream tasks. Yet, there are no principled studies that compare SSL methods and discuss how to adapt them for pathology. To address this need, we execute the largest-scale study of SSL pre-training on pathology image data, to date. Our study is conducted using 4 representative SSL methods on diverse downstream tasks. We establish that large-scale domain-aligned pre-training in pathology consistently out-performs ImageNet pre-training in standard SSL settings such as linear and fine-tuning evaluations, as well as in low-label regimes. Moreover, we propose a set of domain-specific techniques that we experimentally show leads to a performance boost. Lastly, for the first time, we apply SSL to the challenging task of nuclei instance segmentation and show large and consistent performance improvements under diverse settings.
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在过去几年中,无监督的学习取得了很大的进展,特别是通过对比的自我监督学习。用于基准测试自我监督学习的主导数据集已经想象,最近的方法正在接近通过完全监督培训实现的性能。然而,ImageNet DataSet在很大程度上是以对象为中心的,并且目前尚不清楚这些方法的广泛不同的数据集和任务,这些方法是非以对象为中心的,例如数字病理学。虽然自我监督的学习已经开始在这个领域探讨了令人鼓舞的结果,但有理由看起来更接近这个环境与自然图像和想象成的不同。在本文中,我们对组织病理学进行了对比学学习的深入分析,引脚指向对比物镜的表现如何不同,由于组织病理学数据的特征。我们提出了一些考虑因素,例如对比目标和超参数调整的观点。在大量的实验中,我们分析了组织分类的下游性能如何受到这些考虑因素的影响。结果指出了对比学习如何减少数字病理中的注释工作,但需要考虑特定的数据集特征。为了充分利用对比学习目标,需要不同的视野和超参数校准。我们的结果为实现组织病理学应用的自我监督学习的全部潜力铺平了道路。
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Whole slide images (WSI) are microscopy images of stained tissue slides routinely prepared for diagnosis and treatment selection in medical practice. WSI are very large (gigapixel size) and complex (made of up to millions of cells). The current state-of-the-art (SoTA) approach to classify WSI subdivides them into tiles, encodes them by pre-trained networks and applies Multiple Instance Learning (MIL) to train for specific downstream tasks. However, annotated datasets are often small, typically a few hundred to a few thousand WSI, which may cause overfitting and underperforming models. Conversely, the number of unannotated WSI is ever increasing, with datasets of tens of thousands (soon to be millions) of images available. While it has been previously proposed to use these unannotated data to identify suitable tile representations by self-supervised learning (SSL), downstream classification tasks still require full supervision because parts of the MIL architecture is not trained during tile level SSL pre-training. Here, we propose a strategy of slide level SSL to leverage the large number of WSI without annotations to infer powerful slide representations. Applying our method to The Cancer-Genome Atlas, one of the most widely used data resources in cancer research (16 TB image data), we are able to downsize the dataset to 23 MB without any loss in predictive power: we show that a linear classifier trained on top of these embeddings maintains or improves previous SoTA performances on various benchmark WSI classification tasks. Finally, we observe that training a classifier on these representations with tiny datasets (e.g. 50 slides) improved performances over SoTA by an average of +6.3 AUC points over all downstream tasks.
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组织病理学图像包含丰富的表型信息和病理模式,这是疾病诊断的黄金标准,对于预测患者预后和治疗结果至关重要。近年来,在临床实践中迫切需要针对组织病理学图像的计算机自动化分析技术,而卷积神经网络代表的深度学习方法已逐渐成为数字病理领域的主流。但是,在该领域获得大量细粒的注释数据是一项非常昂贵且艰巨的任务,这阻碍了基于大量注释数据的传统监督算法的进一步开发。最新的研究开始从传统的监督范式中解放出来,最有代表性的研究是基于弱注释,基于有限的注释的半监督学习范式以及基于自我监督的学习范式的弱监督学习范式的研究图像表示学习。这些新方法引发了针对注释效率的新自动病理图像诊断和分析。通过对130篇论文的调查,我们对从技术和方法论的角度来看,对计算病理学领域中有关弱监督学习,半监督学习以及自我监督学习的最新研究进行了全面的系统综述。最后,我们提出了这些技术的关键挑战和未来趋势。
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现有的深度聚类方法依赖于对比学习的对比学习,这需要否定例子来形成嵌入空间,其中所有情况都处于良好分离状态。但是,否定的例子不可避免地引起阶级碰撞问题,损害了群集的表示学习。在本文中,我们探讨了对深度聚类的非对比表示学习,被称为NCC,其基于Byol,一种没有负例的代表性方法。首先,我们建议将一个增强的实例与嵌入空间中的另一个视图的邻居对齐,称为正抽样策略,该域避免了由否定示例引起的类碰撞问题,从而提高了集群内的紧凑性。其次,我们建议鼓励在所有原型中的一个原型和均匀性的两个增强视图之间的对准,命名的原型是原型的对比损失或protocl,这可以最大化簇间距离。此外,我们在期望 - 最大化(EM)框架中制定了NCC,其中E-Step利用球面K手段来估计实例的伪标签和来自目标网络的原型的分布,并且M-Step利用了所提出的损失优化在线网络。结果,NCC形成了一个嵌入空间,其中所有集群都处于分离良好,而内部示例都很紧凑。在包括ImageNet-1K的几个聚类基准数据集上的实验结果证明了NCC优于最先进的方法,通过显着的余量。
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大规模数据集的预培训模型,如想象成,是计算机视觉中的标准实践。此范例对于具有小型培训套的任务特别有效,其中高容量模型往往会过度装备。在这项工作中,我们考虑一个自我监督的预训练场景,只能利用目标任务数据。我们考虑数据集,如斯坦福汽车,草图或可可,这是比想象成小的数量的顺序。我们的研究表明,在本文中介绍的Beit或诸如Beit或Variant的去噪对预训练数据的类型和大小比通过比较图像嵌入来训练的流行自我监督方法更加强大。我们获得了竞争性能与ImageNet预训练相比,来自不同域的各种分类数据集。在Coco上,当专注于使用Coco Images进行预训练时,检测和实例分割性能超过了可比设置中的监督Imagenet预训练。
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元学习已成为几乎没有图像分类的实用方法,在该方法中,“学习分类器的策略”是在标记的基础类别上进行元学习的,并且可以应用于具有新颖类的任务。我们删除了基类标签的要求,并通过无监督的元学习(UML)学习可通用的嵌入。具体而言,任务发作是在元训练过程中使用未标记的基本类别的数据增强构建的,并且我们将基于嵌入式的分类器应用于新的任务,并在元测试期间使用标记的少量示例。我们观察到两个元素在UML中扮演着重要角色,即进行样本任务和衡量实例之间的相似性的方法。因此,我们获得了具有两个简单修改的​​强基线 - 一个足够的采样策略,每情节有效地构建多个任务以及半分解的相似性。然后,我们利用来自两个方向的任务特征以获得进一步的改进。首先,合成的混淆实例被合并以帮助提取更多的判别嵌入。其次,我们利用额外的特定任务嵌入转换作为元训练期间的辅助组件,以促进预先适应的嵌入式的概括能力。几乎没有学习基准的实验证明,我们的方法比以前的UML方法优于先前的UML方法,并且比其监督变体获得了可比甚至更好的性能。
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多个实例学习(MIL)广泛用于分析组织病理学全幻灯片图像(WSIS)。但是,现有的MIL方法不会明确地对数据分配进行建模,而仅通过训练分类器来歧视行李级或实例级决策边界。在本文中,我们提出了DGMIL:一个特征分布引导为WSI分类和阳性贴剂定位的深度MIL框架。我们没有设计复杂的判别网络体系结构,而是揭示组织病理学图像数据的固有特征分布可以作为分类的非常有效的指南。我们提出了一种集群条件的特征分布建模方法和基于伪标签的迭代特征空间改进策略,以便在最终特征空间中,正面和负面实例可以轻松分离。 CamelyOn16数据集和TCGA肺癌数据集的实验表明,我们的方法为全球分类和阳性贴剂定位任务提供了新的SOTA。
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本文解决了新型类别发现(NCD)的问题,该问题旨在区分大规模图像集中的未知类别。 NCD任务由于与现实世界情景的亲密关系而具有挑战性,我们只遇到了一些部分类和图像。与NCD上的其他作品不同,我们利用原型强调类别歧视的重要性,并减轻缺少新颖阶级注释的问题。具体而言,我们提出了一种新型的适应性原型学习方法,该方法由两个主要阶段组成:原型表示学习和原型自我训练。在第一阶段,我们获得了一个可靠的特征提取器,该功能提取器可以为所有具有基础和新颖类别的图像提供。该功能提取器的实例和类别歧视能力通过自我监督的学习和适应性原型来提高。在第二阶段,我们再次利用原型来整理离线伪标签,并训练类别聚类的最终参数分类器。我们对四个基准数据集进行了广泛的实验,并证明了该方法具有最先进的性能的有效性和鲁棒性。
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我们介绍了代表学习(CARL)的一致分配,通过组合来自自我监督对比学习和深层聚类的思路来学习视觉表现的无监督学习方法。通过从聚类角度来看对比学习,Carl通过学习一组一般原型来学习无监督的表示,该原型用作能量锚来强制执行给定图像的不同视图被分配给相同的原型。与与深层聚类的对比学习的当代工作不同,Carl建议以在线方式学习一组一般原型,使用梯度下降,而无需使用非可微分算法或k手段来解决群集分配问题。卡尔在许多代表性学习基准中超越了竞争对手,包括线性评估,半监督学习和转移学习。
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Jitendra Malik once said, "Supervision is the opium of the AI researcher". Most deep learning techniques heavily rely on extreme amounts of human labels to work effectively. In today's world, the rate of data creation greatly surpasses the rate of data annotation. Full reliance on human annotations is just a temporary means to solve current closed problems in AI. In reality, only a tiny fraction of data is annotated. Annotation Efficient Learning (AEL) is a study of algorithms to train models effectively with fewer annotations. To thrive in AEL environments, we need deep learning techniques that rely less on manual annotations (e.g., image, bounding-box, and per-pixel labels), but learn useful information from unlabeled data. In this thesis, we explore five different techniques for handling AEL.
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自我监督学习的最新进展证明了多种视觉任务的有希望的结果。高性能自我监督方法中的一个重要成分是通过培训模型使用数据增强,以便在嵌入空间附近的相同图像的不同增强视图。然而,常用的增强管道整体地对待图像,忽略图像的部分的语义相关性-e.g。主题与背景 - 这可能导致学习杂散相关性。我们的工作通过调查一类简单但高度有效的“背景增强”来解决这个问题,这鼓励模型专注于语义相关内容,劝阻它们专注于图像背景。通过系统的调查,我们表明背景增强导致在各种任务中跨越一系列最先进的自我监督方法(MOCO-V2,BYOL,SWAV)的性能大量改进。 $ \ SIM $ + 1-2%的ImageNet收益,使得与监督基准的表现有关。此外,我们发现有限标签设置的改进甚至更大(高达4.2%)。背景技术增强还改善了许多分布换档的鲁棒性,包括天然对抗性实例,想象群-9,对抗性攻击,想象成型。我们还在产生了用于背景增强的显着掩模的过程中完全无监督的显着性检测进展。
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对比度学习最近在无监督的视觉表示学习中显示出巨大的潜力。在此轨道中的现有研究主要集中于图像内不变性学习。学习通常使用丰富的图像内变换来构建正对,然后使用对比度损失最大化一致性。相反,相互影响不变性的优点仍然少得多。利用图像间不变性的一个主要障碍是,尚不清楚如何可靠地构建图像间的正对,并进一步从它们中获得有效的监督,因为没有配对注释可用。在这项工作中,我们提出了一项全面的实证研究,以更好地了解从三个主要组成部分的形象间不变性学习的作用:伪标签维护,采样策略和决策边界设计。为了促进这项研究,我们引入了一个统一的通用框架,该框架支持无监督的内部和间形内不变性学习的整合。通过精心设计的比较和分析,揭示了多个有价值的观察结果:1)在线标签收敛速度比离线标签更快; 2)半硬性样品比硬否定样品更可靠和公正; 3)一个不太严格的决策边界更有利于形象间的不变性学习。借助所有获得的食谱,我们的最终模型(即InterCLR)对多个标准基准测试的最先进的内图内不变性学习方法表现出一致的改进。我们希望这项工作将为设计有效的无监督间歇性不变性学习提供有用的经验。代码:https://github.com/open-mmlab/mmselfsup。
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This paper presents SimCLR: a simple framework for contrastive learning of visual representations. We simplify recently proposed contrastive selfsupervised learning algorithms without requiring specialized architectures or a memory bank. In order to understand what enables the contrastive prediction tasks to learn useful representations, we systematically study the major components of our framework. We show that (1) composition of data augmentations plays a critical role in defining effective predictive tasks, (2) introducing a learnable nonlinear transformation between the representation and the contrastive loss substantially improves the quality of the learned representations, and (3) contrastive learning benefits from larger batch sizes and more training steps compared to supervised learning. By combining these findings, we are able to considerably outperform previous methods for self-supervised and semi-supervised learning on ImageNet. A linear classifier trained on self-supervised representations learned by Sim-CLR achieves 76.5% top-1 accuracy, which is a 7% relative improvement over previous state-ofthe-art, matching the performance of a supervised ResNet-50. When fine-tuned on only 1% of the labels, we achieve 85.8% top-5 accuracy, outperforming AlexNet with 100× fewer labels. 1
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