近年来,基于复杂的卷积神经网络架构的越来越复杂的方法一直在缓慢推动良好的基准数据集的性能。在本文中,我们返回返回检查真正需要这种复杂性。我们呈现RC-Net,一个完全卷积的网络,其中每层过滤器数量被优化,以减少特征重叠和复杂性。我们还使用跳过连接来将空间信息丢失保持为最小,通过将网络中的汇集操作保持到最小。在我们的实验中使用了两个公开的视网膜血管分段数据集。在我们的实验中,RC-Net是非常有竞争力的,表现优于替代方案的分割方法,具有两种甚至三个数量级的训练参数。
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Encoder-解码器神经网络架构设计的最新进展导致了广泛的医学图像分割任务中的显着性能改进。然而,给定任务的最先进的网络可能太需要运行经济实惠的硬件,因此用户通常通过修改各种宏观级别的设计方面来验证实用的解决方法。两个常见示例是对输入图像的下采样,并减少网络深度以满足计算机内存约束。在本文中,我们调查这些变化对细分性能的影响,并显示图像复杂性可以用作选择最适合给定数据集的指导方针。我们考虑了四项统计措施来量化图像复杂性,并评估其在十个不同的公共数据集上的适用性。出于我们的实验的目的,我们还提出了两个新的编码器解码器架构,代表浅层和深度网络,这些宽度比目前流行的网络更高效。我们的研究结果表明,中位数是决定可接受的输入下采样因子和网络深度的最佳复杂性度量。对于高复杂性数据集,在原始图像上运行的浅网络可以产生比在下采样的图像上运行的深网络的更好的分段结果,而相反可能是低复杂性图像的情况。
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准确的视网膜血管分割是许多计算机辅助诊断系统的重要任务。然而,由于眼睛的复杂血管结构,它仍然是一个具有挑战性的问题。最近提出了许多血管分割方法,但需要更多的研究来处理薄薄和微小血管的细分。为了解决这个问题,我们提出了一种新的深度学习管道,结合了残留致密净块的效率以及剩余挤压和励磁块。我们在实验上验证了我们在三个数据集中的方法,并表明我们的管道优于最新的现有技术,以评估小血管的捕获度量相关的敏感度量。
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眼底图像中血管的自动分割可以帮助分析视网膜脉管系统的状况,这对于确定各种全身性疾病(如高血压,糖尿病等)至关重要大量参数化,因此在实际应用中使用有限。本文提出了Itermiunet,这是一种新的基于轻量级卷积的细分模型,需要更少的参数,但提供了类似于现有模型的性能。该模型利用了ITERNET体系结构的出色分割功能,但通过将Miunet模型的编码器解码器结合在其中克服了严重的参数化性质。因此,新模型可减少参数,而不会与网络的深度进行任何妥协,这对于在深模型中学习抽象的层次概念是必不可少的。这种轻巧的分割模型可以加快训练和推理时间的速度,并且在数据稀缺的医疗领域可能会有所帮助,因此,大量参数化的模型往往过于拟合。在三个公开可用的数据集上评估了所提出的模型:驱动器,凝视和Chase-DB1。还进行了进一步的交叉培训和评估者之间的变异性评估。提出的模型具有很大的潜力,可以用作早期诊断许多疾病的工具。
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视网膜脉管系统的研究是筛查和诊断许多疾病的基本阶段。完整的视网膜血管分析需要将视网膜的血管分为动脉和静脉(A/V)。早期自动方法在两个顺序阶段接近这些分割和分类任务。但是,目前,这些任务是作为联合语义分割任务处理的,因为分类结果在很大程度上取决于血管分割的有效性。在这方面,我们提出了一种新的方法,用于从眼睛眼睛图像中对视网膜A/V进行分割和分类。特别是,我们提出了一种新颖的方法,该方法与以前的方法不同,并且由于新的损失,将联合任务分解为针对动脉,静脉和整个血管树的三个分割问题。这种配置允许直观地处理容器交叉口,并直接提供不同靶血管树的精确分割罩。提供的关于公共视网膜图血管树提取(RITE)数据集的消融研究表明,所提出的方法提供了令人满意的性能,尤其是在不同结构的分割中。此外,与最新技术的比较表明,我们的方法在A/V分类中获得了高度竞争的结果,同时显着改善了血管分割。提出的多段方法允许检测更多的血管,并更好地分割不同的结构,同时实现竞争性分类性能。同样,用这些术语来说,我们的方法优于各种参考作品的方法。此外,与以前的方法相比,该方法允许直接检测到容器交叉口,并在这些复杂位置保留A/V的连续性。
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由于图像的复杂性和活细胞的时间变化,来自明亮场光显微镜图像的活细胞分割具有挑战性。最近开发的基于深度学习(DL)的方法由于其成功和有希望的结果而在医学和显微镜图像分割任务中变得流行。本文的主要目的是开发一种基于U-NET的深度学习方法,以在明亮场传输光学显微镜中分割HeLa系的活细胞。为了找到适合我们数据集的最合适的体系结构,提出了剩余的注意U-net,并将其与注意力和简单的U-NET体系结构进行了比较。注意机制突出了显着的特征,并抑制了无关图像区域中的激活。残余机制克服了消失的梯度问题。对于简单,注意力和剩余的关注U-NET,我们数据集的平均值得分分别达到0.9505、0.9524和0.9530。通过将残留和注意机制应用在一起,在平均值和骰子指标中实现了最准确的语义分割结果。应用的分水岭方法适用于这种最佳的(残留的关注)语义分割结果,使每个单元格的特定信息进行了分割。
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Deep learning has made a breakthrough in medical image segmentation in recent years due to its ability to extract high-level features without the need for prior knowledge. In this context, U-Net is one of the most advanced medical image segmentation models, with promising results in mammography. Despite its excellent overall performance in segmenting multimodal medical images, the traditional U-Net structure appears to be inadequate in various ways. There are certain U-Net design modifications, such as MultiResUNet, Connected-UNets, and AU-Net, that have improved overall performance in areas where the conventional U-Net architecture appears to be deficient. Following the success of UNet and its variants, we have presented two enhanced versions of the Connected-UNets architecture: ConnectedUNets+ and ConnectedUNets++. In ConnectedUNets+, we have replaced the simple skip connections of Connected-UNets architecture with residual skip connections, while in ConnectedUNets++, we have modified the encoder-decoder structure along with employing residual skip connections. We have evaluated our proposed architectures on two publicly available datasets, the Curated Breast Imaging Subset of Digital Database for Screening Mammography (CBIS-DDSM) and INbreast.
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自动肿瘤或病变分割是用于计算机辅助诊断的医学图像分析的关键步骤。尽管基于卷积神经网络(CNN)的现有方法已经达到了最先进的表现,但医疗肿瘤分割中仍然存在许多挑战。这是因为,尽管人类视觉系统可以有效地检测到2D图像中的对称性,但常规CNN只能利用翻译不变性,忽略医学图像中存在的进一步固有的对称性,例如旋转和反射。为了解决这个问题,我们通过编码那些固有的对称性来学习更精确的表示形式,提出了一个新型的群体模棱两可的分割框架。首先,在每个方向上都设计了基于内核的模棱两可的操作,这使其能够有效地解决现有方法中学习对称性的差距。然后,为了保持全球分割网络,我们设计具有层面对称性约束的独特组层。最后,基于我们的新框架,对现实世界临床数据进行的广泛实验表明,一个群体含量的res-unet(名为GER-UNET)优于其基于CNN的常规对应物,并且在最新的分段方法中优于其最新的分段方法。肝肿瘤分割,COVID-19肺部感染分割和视网膜血管检测的任务。更重要的是,新建的GER-UNET还显示出在降低样品复杂性和过滤器的冗余,升级当前分割CNN和划定器官上的其他医学成像方式上的潜力。
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The lack of efficient segmentation methods and fully-labeled datasets limits the comprehensive assessment of optical coherence tomography angiography (OCTA) microstructures like retinal vessel network (RVN) and foveal avascular zone (FAZ), which are of great value in ophthalmic and systematic diseases evaluation. Here, we introduce an innovative OCTA microstructure segmentation network (OMSN) by combining an encoder-decoder-based architecture with multi-scale skip connections and the split-attention-based residual network ResNeSt, paying specific attention to OCTA microstructural features while facilitating better model convergence and feature representations. The proposed OMSN achieves excellent single/multi-task performances for RVN or/and FAZ segmentation. Especially, the evaluation metrics on multi-task models outperform single-task models on the same dataset. On this basis, a fully annotated retinal OCTA segmentation (FAROS) dataset is constructed semi-automatically, filling the vacancy of a pixel-level fully-labeled OCTA dataset. OMSN multi-task segmentation model retrained with FAROS further certifies its outstanding accuracy for simultaneous RVN and FAZ segmentation.
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晶体中砂岩的晶粒分割从其周围基质/水泥划分薄片是计算机辅助矿物识别和砂岩分类的主要步骤。砂岩的显微图像含有许多矿物颗粒及其周围的基质/水泥。相邻谷物和基质之间的区别通常是模糊的,使晶粒分割困难。文献中存在各种解决方案来处理这些问题;然而,他们对砂岩岩画的不同模式并不强大。在本文中,我们将谷物分割制定为像素 - 明智的两类(即谷物和背景)语义分割任务。我们开发一个基于深度学习的端到端培训框架,名为Deep语义粒度分割网络(DSGSN),数据驱动方法,提供通用解决方案。根据作者的知识,这是探索深度神经网络来解决谷物分割问题的第一个工作。对微观图像的广泛实验强调我们的方法比具有更多参数的各种分段架构获得更好的分割精度。
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医学图像分割可以为临床分析提供详细信息,这对于发现的详细位置很重要的情况可能是有用的。了解疾病的位置可以在治疗和决策中发挥重要作用。基于卷积神经网络(CNN)的编码器 - 解码器技术具有自动化医学图像分割系统的性能。几种基于CNN的方法利用了诸如空间和渠道的技术来提高性能。近年来引起关注的另一种技术是残留致密块(RDB)。密集连接块中的连续卷积层能够用不同的接收领域提取各种特征,从而提高性能。然而,连续堆积的卷积运营商可能不一定生成有助于识别目标结构的功能。在本文中,我们提出了一种逐步的交替注意网络(PAANET)。我们开发逐步交替注意密度(Paad)块,其在密集块中的每个卷积层中使用来自所有尺度的特征构建指导注意力图(GAM)。 GAM允许密集块中的以下层集中在与目标区域相关的空间位置。每个备用Paad块都反转GAM以生成反向注意地图,指导后面的图层,以提取边界和边缘相关信息,精炼分割过程。我们对三种不同的生物医学图像分割数据集的实验表明,与其他最先进的方法相比,我们的Paanet达到了有利的性能。
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需要连续监测足部溃疡愈合,以确保给定治疗的功效并避免任何恶化。脚下溃疡分割是伤口诊断的重要步骤。我们开发了一种模型,其精神与良好的编码器编码器和残留卷积神经网络相似。我们的模型包括剩余的连接以及在每个卷积块中集成的通道和空间注意力。一种基于贴剂训练,测试时间增加以及对获得预测的多数投票的简单方法,导致了卓越的性能。我们的模型没有利用任何容易获得的骨干架构,在类似的外部数据集或任何转移学习技术上进行预训练。与用于足球溃疡细分任务的可用最新模型相比,网络参数的总数约为500万,这使其成为一个显着的轻巧模型。我们的实验在斑块级和图像级别上呈现了结果。我们的模型应用于Miccai 2021的公开脚步溃疡细分(Fuseg)挑战数据集,就骰子相似性得分而言,最先进的图像级绩效为88.22%,在官方挑战排行榜中排名第二。我们还展示了一个非常简单的解决方案,可以将其与更高级的体系结构进行比较。
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从侵入性冠状动脉造影(ICA)中准确提取冠状动脉(ICA)在临床决策中对于冠状动脉疾病的诊断和风险分层(CAD)很重要。在这项研究中,我们开发了一种使用深度学习来自动提取冠状动脉腔的方法。方法。提出了一个深度学习模型U-NET 3+,其中包含了全面的跳过连接和深度监督,以自动从ICAS中自动提取冠状动脉。在这个新型的冠状动脉提取框架中采用了转移学习和混合损失功能。结果。使用了一个包含从210名患者获得的616个ICA的数据集。在技​​术评估中,U-NET 3+的骰子得分为0.8942,灵敏度为0.8735,高于U-NET ++(骰子得分:0.8814:0.8814,灵敏度为0.8331)和U-net(骰子分数) :0.8799,灵敏度为0.8305)。结论。我们的研究表明,U-NET 3+优于其他分割框架,用于自动从ICA中提取冠状动脉。该结果表明了临床使用的巨大希望。
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近年来,基于深度卷积神经网络(CNN)的细分方法已为许多医学分析任务做出了最先进的成就。但是,这些方法中的大多数通过优化结构或添加U-NET的新功能模块来改善性能,从而忽略了粗粒和细粒的语义信息的互补和融合。为了解决上述问题,我们提出了一个称为渐进学习网络​​(PL-NET)的医学图像分割框架,其中包括内部渐进式学习(IPL)和外部渐进学习(EPL)。 PL-NET具有以下优点:(1)IPL将特征提取为两个“步骤”,它们可以混合不同尺寸的接收场并捕获从粗粒度到细粒度的语义信息,而无需引入其他参数; (2)EPL将训练过程分为两个“阶段”以优化参数,并在上一阶段中实现粗粒信息的融合,并在后期阶段进行细粒度。我们在不同的医学图像分析任务中评估了我们的方法,结果表明,PL-NET的分割性能优于U-NET及其变体的最新方法。
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深度学习技术的进步为生物医学图像分析应用产生了巨大的贡献。随着乳腺癌是女性中最致命的疾病,早期检测是提高生存能力的关键手段。如超声波的医学成像呈现出色器官功能的良好视觉表现;然而,对于任何分析这种扫描的放射科学家,这种扫描是挑战和耗时,这延迟了诊断过程。虽然提出了各种深度学习的方法,但是通过乳房超声成像介绍了具有最有效的残余交叉空间关注引导u-Net(RCA-IUnet)模型的最小训练参数,以进一步改善肿瘤分割不同肿瘤尺寸的分割性能。 RCA-IUNET模型跟随U-Net拓扑,剩余初始化深度可分离卷积和混合池(MAX池和光谱池)层。此外,添加了交叉空间注意滤波器以抑制无关的特征并专注于目标结构。建议模型的分割性能在使用标准分割评估指标的两个公共数据集上验证,其中它表现出其他最先进的分段模型。
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在过去的几年中,卷积神经网络(CNN),尤其是U-NET,一直是医学图像处理时代的流行技术。具体而言,开创性的U-NET及其替代方案成功地设法解决了各种各样的医学图像分割任务。但是,这些体系结构在本质上是不完美的,因为它们无法表现出长距离相互作用和空间依赖性,从而导致具有可变形状和结构的医学图像分割的严重性能下降。针对序列到序列预测的初步提议的变压器已成为替代体系结构,以精确地模拟由自我激进机制辅助的全局信息。尽管设计了可行的设计,但利用纯变压器来进行图像分割目的,可能导致限制的定位容量,导致低级功能不足。因此,一系列研究旨在设计基于变压器的U-NET的强大变体。在本文中,我们提出了Trans-Norm,这是一种新型的深层分割框架,它随同将变压器模块合并为标准U-NET的编码器和跳过连接。我们认为,跳过连接的方便设计对于准确的分割至关重要,因为它可以帮助扩展路径和收缩路径之间的功能融合。在这方面,我们从变压器模块中得出了一种空间归一化机制,以适应性地重新校准跳过连接路径。对医学图像分割的三个典型任务进行了广泛的实验,证明了透气的有效性。代码和训练有素的模型可在https://github.com/rezazad68/transnorm上公开获得。
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图像分类的深卷卷神经网络(CNN)依次交替交替进行卷积和下采样操作,例如合并层或陷入困境的卷积,从而导致较低的分辨率特征网络越深。这些降采样操作节省了计算资源,并在下一层提供了一些翻译不变性以及更大的接收领域。但是,这样做的固有副作用是,在网络深端产生的高级特征始终以低分辨率特征图捕获。逆也是如此,因为浅层总是包含小规模的特征。在生物医学图像分析中,工程师通常负责对仅包含有限信息的非常小的图像贴片进行分类。从本质上讲,这些补丁甚至可能不包含对象,而分类取决于图像纹理中未知量表的微妙基础模式的检测。在这些情况下,每一个信息都是有价值的。因此,重要的是要提取最大数量的信息功能。在这些考虑因素的推动下,我们引入了一种新的CNN体​​系结构,该体系结构可通过利用跳过连接以及连续的收缩和特征图的扩展来保留深,中间和浅层层的多尺度特征。使用来自胰腺导管腺癌(PDAC)CT扫描的非常低分辨率斑块的数据集,我们证明我们的网络可以超越最新模型的当前状态。
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随着深度学习方法的进步,如深度卷积神经网络,残余神经网络,对抗网络的进步。 U-Net架构最广泛利用生物医学图像分割,以解决目标区域或子区域的识别和检测的自动化。在最近的研究中,基于U-Net的方法在不同应用中显示了最先进的性能,以便在脑肿瘤,肺癌,阿尔茨海默,乳腺癌等疾病的早期诊断和治疗中发育计算机辅助诊断系统等,使用各种方式。本文通过描述U-Net框架来提出这些方法的成功,然后通过执行1)型号的U-Net变体进行综合分析,2)模特内分类,建立更好的见解相关的挑战和解决方案。此外,本文还强调了基于U-Net框架在持续的大流行病,严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-COV-2)中的贡献也称为Covid-19。最后,分析了这些U-Net变体的优点和相似性以及生物医学图像分割所涉及的挑战,以发现该领域的未来未来的研究方向。
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目的:多发性硬化症(MS)是一种自身免疫和脱髓鞘疾病,导致中枢神经系统的病变。可以使用磁共振成像(MRI)跟踪和诊断该疾病。到目前为止,多数多层自动生物医学方法用于在成本,时间和可用性方面对患者没有有益的病变。本文的作者提出了一种使用只有一个模态(Flair Image)的方法,准确地将MS病变分段。方法:由3D-Reset和空间通道注意模块进行设计,灵活的基于补丁的卷积神经网络(CNN),以段MS病变。该方法由三个阶段组成:(1)对比度限制自适应直方图均衡(CLAHE)被施加到原始图像并连接到提取的边缘以形成4D图像; (2)尺寸80 * 80 * 80 * 2的贴片从4D图像中随机选择; (3)将提取的贴片传递到用于分割病变的关注的CNN中。最后,将所提出的方法与先前的相同数据集进行比较。结果:目前的研究评估了模型,具有测试集的ISIB挑战数据。实验结果表明,该方法在骰子相似性和绝对体积差方面显着超越了现有方法,而该方法仅使用一种模态(Flair)来分割病变。结论:作者推出了一种自动化的方法来分割基于最多两种方式作为输入的损伤。所提出的架构由卷积,解卷积和SCA-VOXRES模块作为注意模块组成。结果表明,所提出的方法优于与其他方法相比良好。
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尽管近期基于深度学习的语义细分,但远程感测图像的自动建筑检测仍然是一个具有挑战性的问题,由于全球建筑物的出现巨大变化。误差主要发生在构建足迹的边界,阴影区域,以及检测外表面具有与周围区域非常相似的反射率特性的建筑物。为了克服这些问题,我们提出了一种生成的对抗基于网络的基于网络的分割框架,其具有嵌入在发电机中的不确定性关注单元和改进模块。由边缘和反向关注单元组成的细化模块,旨在精炼预测的建筑地图。边缘注意力增强了边界特征,以估计更高的精度,并且反向关注允许网络探索先前估计区域中缺少的功能。不确定性关注单元有助于网络解决分类中的不确定性。作为我们方法的权力的衡量标准,截至2021年12月4日,它在Deepglobe公共领导板上的第二名,尽管我们的方法的主要重点 - 建筑边缘 - 并不完全对齐用于排行榜排名的指标。 DeepGlobe充满挑战数据集的整体F1分数为0.745。我们还报告了对挑战的Inria验证数据集的最佳成绩,我们的网络实现了81.28%的总体验证,总体准确性为97.03%。沿着同一条线,对于官方Inria测试数据集,我们的网络总体上得分77.86%和96.41%,而且准确性。
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