估计X射线图像上的肺深度可以在临床常规期间提供精确的机会肺部体积估计,并提高现代结构胸部成像技术中的图像对比,如X射线暗场成像。我们提出了一种基于卷积神经网络的方法,允许每像素肺厚度估计和随后的总肺容量估计。使用从5250个真实CT扫描生成的5250个模拟Xco.NoRh,网络培训并验证了网络。此外,我们能够在真正的X线片上推断使用仿真数据训练的模型。对于45名患者,对标准临床射线照相进行定量和定性评估。基于患者对应的CT扫描来定义每个患者总肺体积的地面真理。 45个真实射线照片上的估计肺体积与地基体积之间的平均值误差为0.83升。核算患者直径时,误差会降至0.66升。辅助,我们预测了131 X射线照片的合成数据集上的肺部厚度,其中平均值误差为0.21升。结果表明,可以将在仿真模型中获得的知识转移到真正的X射线图像。
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We propose a deep learning method for three-dimensional reconstruction in low-dose helical cone-beam computed tomography. We reconstruct the volume directly, i.e., not from 2D slices, guaranteeing consistency along all axes. In a crucial step beyond prior work, we train our model in a self-supervised manner in the projection domain using noisy 2D projection data, without relying on 3D reference data or the output of a reference reconstruction method. This means the fidelity of our results is not limited by the quality and availability of such data. We evaluate our method on real helical cone-beam projections and simulated phantoms. Our reconstructions are sharper and less noisy than those of previous methods, and several decibels better in quantitative PSNR measurements. When applied to full-dose data, our method produces high-quality results orders of magnitude faster than iterative techniques.
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金属伪影校正是锥形束计算机断层扫描(CBCT)扫描中的一个具有挑战性的问题。插入解剖结构的金属植入物在重建图像中导致严重的伪影。广泛使用的基于介入的金属伪像减少(MAR)方法需要对投影中的金属痕迹进行分割,这是一项艰巨的任务。一种方法是使用深度学习方法来细分投影中的金属。但是,深度学习方法的成功受到现实培训数据的可用性的限制。由于植入物边界和大量预测,获得可靠的地面真相注释是充满挑战和耗时的。我们建议使用X射线模拟从临床CBCT扫描中生成合成金属分割训练数据集。我们比较具有不同数量的光子的仿真效果,还比较了几种培训策略以增加可用数据。我们将模型在真实临床扫描中的性能与常规阈值MAR和最近的深度学习方法进行比较。我们表明,具有相对较少光子的模拟适用于金属分割任务,并且用全尺寸和裁剪的投影训练深度学习模型共同提高了模型的鲁棒性。我们显示出受严重运动,体素尺寸下采样和落水量金属影响的图像质量的显着改善。我们的方法可以轻松地在现有的基于投影的MAR管道中实现,以提高图像质量。该方法可以为准确分割CBCT投影中的金属提供新的范式。
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最近关于Covid-19的研究表明,CT成像提供了评估疾病进展和协助诊断的有用信息,以及帮助理解疾病。有越来越多的研究,建议使用深度学习来使用胸部CT扫描提供快速准确地定量Covid-19。兴趣的主要任务是胸部CT扫描的肺和肺病变的自动分割,确认或疑似Covid-19患者。在这项研究中,我们使用多中心数据集比较12个深度学习算法,包括开源和内部开发的算法。结果表明,合并不同的方法可以提高肺部分割,二元病变分割和多种子病变分割的总体测试集性能,从而分别为0.982,0.724和0.469的平均骰子分别。将得到的二元病变分段为91.3ml的平均绝对体积误差。通常,区分不同病变类型的任务更加困难,分别具有152mL的平均绝对体积差,分别为整合和磨碎玻璃不透明度为0.369和0.523的平均骰子分数。所有方法都以平均体积误差进行二元病变分割,该分段优于人类评估者的视觉评估,表明这些方法足以用于临床实践中使用的大规模评估。
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X射线成像是最受欢迎的医学成像技术。虽然X射线射线造影相当成本效益,但组织结构沿X射线路径叠加。另一方面,计算断层扫描(CT)重建内部结构,但CT增加辐射剂量,复杂且昂贵。在这里,我们提出了“X射线分析缩放”,以在深度学习框架中以少量的射线照相投影来分化以数字的靶器官/组织提取靶器官/组织。作为示例性实施例,我们提出了一般的X射线分解网络,专用的X射线绝地形网络和X射线成像系统以实现这些功能。我们的实验表明,在这种情况下,可以实现X射线立体术中孤立的器官,如这种情况下,表明将常规放射线读数转化为孤立器官的立体检查的可行性,这可能允许更高的敏感性和特异性,甚至目标的断层可视化。随着进一步的改进,X射线分解缩放有望成为辐射剂量和系统成本的CT级诊断的新X射线成像模型,与射线照相或造影术成像相当。
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肺部以外的视野(FOV)组织截断在常规的肺筛查计算机断层扫描(CT)中很常见。这对机会性CT的身体组成(BC)评估构成了局限性,因为缺少关键的解剖结构。传统上,扩展CT的FOV被认为是使用有限数据的CT重建问题。但是,这种方法依赖于应用程序中可能无法使用的投影域数据。在这项工作中,我们从语义图像扩展角度提出问题,该角度仅需要图像数据作为输入。提出的两阶段方法根据完整体的估计范围识别新的FOV边框,并在截短区域中渗出了缺失的组织。使用在FOV中具有完整主体的CT切片对训练样品进行模拟,从而使模型开发自制。我们使用有限FOV的肺筛选CT评估了所提出的方法在自动BC评估中的有效性。提出的方法有效地恢复了缺失的组织并减少了FOV组织截断引入的BC评估误差。在大规模肺部筛查CT数据集的BC评估中,这种校正既可以提高受试者内的一致性和与人体测量近似值的相关性。已开发的方法可在https://github.com/masilab/s-efov上获得。
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了解模型预测在医疗保健方面至关重要,以促进模型正确性的快速验证,并防止利用利用混淆变量的模型。我们介绍了体积医学图像中可解释的多种异常分类的挑战新任务,其中模型必须指示用于预测每个异常的区域。为了解决这项任务,我们提出了一个多实例学习卷积神经网络,AxialNet,允许识别每个异常的顶部切片。接下来我们将赫雷库姆纳入注意机制,识别子切片区域。我们证明,对于Axialnet,Hirescam的说明得到保证,以反映所用模型的位置,与Grad-Cam不同,有时突出不相关的位置。使用一种产生忠实解释的模型,我们旨在通过一种新颖的面具损失来改善模型的学习,利用赫克斯克姆和3D允许的区域来鼓励模型仅预测基于器官的异常,其中出现的异常。 3D允许的区域通过新方法,分区自动获得,其组合从放射学报告中提取的位置信息与通过形态图像处理获得的器官分割图。总体而言,我们提出了第一种模型,用于解释容量医学图像中的可解释的多异常预测,然后使用掩模损耗来实现36,316扫描的Rad-Chessct数据集中多个异常的器官定位提高33%,代表状态本领域。这项工作推进了胸部CT卷中多种异常模型的临床适用性。
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Segmentation of lung tissue in computed tomography (CT) images is a precursor to most pulmonary image analysis applications. Semantic segmentation methods using deep learning have exhibited top-tier performance in recent years. This paper presents a fully automatic method for identifying the lungs in three-dimensional (3D) pulmonary CT images, which we call it Lung-Net. We conjectured that a significant deeper network with inceptionV3 units can achieve a better feature representation of lung CT images without increasing the model complexity in terms of the number of trainable parameters. The method has three main advantages. First, a U-Net architecture with InceptionV3 blocks is developed to resolve the problem of performance degradation and parameter overload. Then, using information from consecutive slices, a new data structure is created to increase generalization potential, allowing more discriminating features to be extracted by making data representation as efficient as possible. Finally, the robustness of the proposed segmentation framework was quantitatively assessed using one public database to train and test the model (LUNA16) and two public databases (ISBI VESSEL12 challenge and CRPF dataset) only for testing the model; each database consists of 700, 23, and 40 CT images, respectively, that were acquired with a different scanner and protocol. Based on the experimental results, the proposed method achieved competitive results over the existing techniques with Dice coefficient of 99.7, 99.1, and 98.8 for LUNA16, VESSEL12, and CRPF datasets, respectively. For segmenting lung tissue in CT images, the proposed model is efficient in terms of time and parameters and outperforms other state-of-the-art methods. Additionally, this model is publicly accessible via a graphical user interface.
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我们为Covid-19的快速准确CT(DL-FACT)测试提供了一系列深度学习的计算框架。我们开发了基于CT的DL框架,通过基于DL的CT图像增强和分类来提高Covid-19(加上其变体)的测试速度和准确性。图像增强网络适用于DDNet,短暂的Dennet和基于Deconvolulate的网络。为了展示其速度和准确性,我们在Covid-19 CT图像的几个来源中评估了DL-FARE。我们的结果表明,DL-FACT可以显着缩短几天到几天的周转时间,并提高Covid-19测试精度高达91%。DL-FACT可以用作诊断和监测Covid-19的医学专业人员的软件工具。
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现在,人工智能(AI)可以自动解释医学图像以供临床使用。但是,AI在介入图像中的潜在用途(相对于参与分类或诊断的图像),例如在手术期间的指导,在很大程度上尚未开发。这是因为目前,使用现场分析对现场手术收集的数据进行了事后分析,这是因为手术AI系统具有基本和实际限制,包括道德考虑,费用,可扩展性,数据完整性以及缺乏地面真相。在这里,我们证明从人类模型中创建逼真的模拟图像是可行的替代方法,并与大规模的原位数据收集进行了补充。我们表明,对现实合成数据的训练AI图像分析模型,结合当代域的概括或适应技术,导致在实际数据上的模型与在精确匹配的真实数据训练集中训练的模型相当地执行的模型。由于从基于人类的模型尺度的合成生成培训数据,因此我们发现我们称为X射线图像分析的模型传输范式(我们称为Syntheex)甚至可以超越实际数据训练的模型,因为训练的有效性较大的数据集。我们证明了合成在三个临床任务上的潜力:髋关节图像分析,手术机器人工具检测和COVID-19肺病变分割。 Synthex提供了一个机会,可以极大地加速基于X射线药物的智能系统的概念,设计和评估。此外,模拟图像环境还提供了测试新颖仪器,设计互补手术方法的机会,并设想了改善结果,节省时间或减轻人为错误的新技术,从实时人类数据收集的道德和实际考虑方面摆脱了人为错误。
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基准标记通常用于导航辅助微创脊柱手术(Miss),他们帮助将图像坐标转移到现实世界坐标中。在实践中,这些标记可能位于视野(FOV)之外,由于术中手术中使用的C形臂锥形束计算机断层扫描(CBCT)系统的有限检测器尺寸。因此,CBCT体积中的重建标记遭受伪影并且具有扭曲的形状,其设定了导航的障碍。在这项工作中,我们提出了两个基准标记检测方法:直接检测从失真标记(直接方法)和标记恢复后检测(恢复方法)。为了直接检测重构体积中的失真标记,提出了一种使用两个神经网络和传统圆检测算法的有效的自动标记检测方法。对于标记恢复,提出了一种特定于任务的学习策略,以从严重截断的数据中恢复标记。之后,施加传统的标记检测算法用于位置检测。在模拟数据和实际数据上评估这两种方法,两者都可以实现小于0.2mm的标记配准误差。我们的实验表明,直接方法能够准确地检测扭曲的标记,并且具有任务特定学习的恢复方法对各种数据集具有高的鲁棒性和概括性。此外,特定于任务的学习能够准确地重建其他感兴趣的结构结构,例如,用于图像引导针活检的肋骨,来自严重截断的数据,从而使CBCT系统具有新的潜在应用。
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人类生理学中的各种结构遵循特异性形态,通常在非常细的尺度上表达复杂性。这种结构的例子是胸前气道,视网膜血管和肝血管。可以观察到可以观察到可以观察到可以观察到可以观察到空间排列的磁共振成像(MRI),计算机断层扫描(CT),光学相干断层扫描(OCT)等医学成像模式(MRI),计算机断层扫描(CT),可以观察到空间排列的大量2D和3D图像的集合。这些结构在医学成像中的分割非常重要,因为对结构的分析提供了对疾病诊断,治疗计划和预后的见解。放射科医生手动标记广泛的数据通常是耗时且容易出错的。结果,在过去的二十年中,自动化或半自动化的计算模型已成为医学成像的流行研究领域,迄今为止,许多计算模型已经开发出来。在这项调查中,我们旨在对当前公开可用的数据集,细分算法和评估指标进行全面审查。此外,讨论了当前的挑战和未来的研究方向。
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基于模型的经颅超声疗法的治疗计划通常涉及从头部的X射线计算机断层扫描(CT)图像中映射头骨的声学特性。在这里,将三种用于从磁共振(MR)图像中生成伪CT图像的方法作为CT的替代方法。在配对的MR-CT图像上训练了卷积神经网络(U-NET),以从T1加权或零回波时间(ZTE)MR图像(分别表示TCT和ZCT)生成伪CT图像。还实施了从中兴通讯到伪CT的直接映射(表示为CCT)。在比较测试集的伪CT和地面真相CT图像时,整个头部的平均绝对误差为133、83和145 Hounsfield单位(HU),以及398、222和336 HU的头骨内的颅骨内部的平均误差为133、83和145个。 TCT,ZCT和CCT图像。还使用生成的伪CT图像进行了超声模拟,并将其与基于CT的模拟进行了比较。使用环形阵列传感器针对视觉或运动皮层。基于TCT图像的模拟,模拟局灶性局灶性,焦点位置和焦距的平均差异为9.9%,1.5 mm和15.1%,ZCT的平均差异为5.7%,0.6 mm和5.7%,为6.7%,和5.7% CCT为0.9毫米,为12.1%。映射的图像的改进结果突出了使用成像序列的优势,从而改善了颅骨的对比度。总体而言,这些结果表明,基于MR图像的声学仿真可以与基于CT的声学相比精度。
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我们提出了一种新型的深度学习方法,以分类19.Covid-19患者的肺CTS。具体而言,我们将扫描分为健康的肺组织,非肺部区域,以及两个不同但视觉上相似的病理性肺组织,即地面玻璃透明度和巩固。这是通过独特的端到端层次网络架构和整体学习来实现的,这有助于分割并为细分不确定性提供衡量标准。提出的框架为三个Covid-19数据集实现了竞争成果和出色的概括能力。我们的方法在COVID-19 CT图像细分的公共Kaggle竞赛中排名第二。此外,分割不确定性区域显示与两种不同放射科医生的手动注释之间的分歧相对应。最后,在比较患者的COVID-19严重程度评分(基于临床指标)和分割的肺病理时,显示了我们的私人数据集的初步有希望的对应结果。代码和数据可在我们的存储库中找到:https://github.com/talbenha/covid-seg
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机器学习和计算机视觉技术近年来由于其自动化,适合性和产生惊人结果的能力而迅速发展。因此,在本文中,我们调查了2014年至2022年之间发表的关键研究,展示了不同的机器学习算法研究人员用来分割肝脏,肝肿瘤和肝脉管结构的研究。我们根据感兴趣的组织(肝果,肝肿瘤或肝毒剂)对被调查的研究进行了划分,强调了同时解决多个任务的研究。此外,机器学习算法被归类为受监督或无监督的,如果属于某个方案的工作量很大,则将进一步分区。此外,对文献和包含上述组织面具的网站发现的不同数据集和挑战进行了彻底讨论,强调了组织者的原始贡献和其他研究人员的贡献。同样,在我们的评论中提到了文献中过度使用的指标,这强调了它们与手头的任务的相关性。最后,强调创新研究人员应对需要解决的差距的关键挑战和未来的方向,例如许多关于船舶分割挑战的研究的稀缺性以及为什么需要早日处理他们的缺席。
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光子计数CT(PCCT)通过更好的空间和能量分辨率提供了改进的诊断性能,但是开发可以处理这些大数据集的高质量图像重建方法是具有挑战性的。基于模型的解决方案结合了物理采集的模型,以重建更准确的图像,但取决于准确的前向操作员,并在寻找良好的正则化方面遇到困难。另一种方法是深度学习的重建,这在CT中表现出了巨大的希望。但是,完全数据驱动的解决方案通常需要大量的培训数据,并且缺乏解释性。为了结合两种方法的好处,同时最大程度地降低了各自的缺点,希望开发重建算法,以结合基于模型和数据驱动的方法。在这项工作中,我们基于展开/展开的迭代网络提出了一种新颖的深度学习解决方案,用于PCCT中的材料分解。我们评估了两种情况:一种学识渊博的后处理,隐含地利用了模型知识,以及一种学到的梯度,该梯度在体系结构中具有明确的基于模型的组件。借助我们提出的技术,我们解决了一个具有挑战性的PCCT模拟情况:低剂量,碘对比度和很小的训练样品支持的腹部成像中的三材料分解。在这种情况下,我们的方法的表现优于最大似然估计,一种变异方法以及一个完整的网络。
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在这项工作中,我们介绍了我们提出的方法,该方法是使用SWIN UNETR和基于U-NET的深神经网络体系结构从CT扫描中分割肺动脉的方法。六个型号,基于SWIN UNETR的三个型号以及基于3D U-NET的三个模型,使用加权平均值来制作最终的分割掩码。我们的团队通过这种方法获得了84.36%的多级骰子得分。我们的工作代码可在以下链接上提供:https://github.com/akansh12/parse2022。这项工作是Miccai Parse 2022挑战的一部分。
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在核成像中,有限的分辨率会导致影响图像清晰度和定量准确性的部分体积效应(PVE)。已证明来自CT或MRI的高分辨率解剖信息的部分体积校正(PVC)已被证明是有效的。但是,这种解剖学引导的方法通常需要乏味的图像注册和分割步骤。由于缺乏具有高端CT和相关运动伪像的混合体SPECT/CT扫描仪,因此很难获得准确的分段器官模板,尤其是在心脏SPECT成像中。轻微的错误注册/错误分段将导致PVC后的图像质量严重降解。在这项工作中,我们开发了一种基于深度学习的方法,用于快速心脏SPECT PVC,而无需解剖信息和相关的器官分割。所提出的网络涉及密集连接的多维动态机制,即使网络经过充分训练,也可以根据输入图像对卷积内核进行调整。引入了心脏内血容量(IMBV)作为网络优化的附加临床损失函数。提出的网络表明,使用Technetium-99M标记的红细胞在GE发现NM/CT 570C专用心脏SPECT扫描仪上获得的28个犬类研究表现有希望的表现。这项工作表明,与没有这种机制的同一网络相比,具有密集连接的动态机制的提议网络产生了较高的结果。结果还表明,没有解剖信息的提出的网络可以与解剖学引导的PVC方法产生的图像产生具有统计上可比的IMBV测量的图像,这可能有助于临床翻译。
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异常气道扩张,称为牵引支气管扩张,是特发性肺纤维化(IPF)的典型特征。体积计算断层扫描(CT)成像捕获IPF中逐渐变细的丢失。我们假设气道异常的自动化量化可以提供IPF疾病程度和严重程度的估算。我们提出了一种自动化计算管道,系统地将气道树木从基于深度学习的气道分割中划分到其裂片和世代分支,从而从胸部CT获得气道结构措施。重要的是,透气阻止通过厚波传播的杂散气道分支的发生,并通过图表搜索去除气道树中的环,克服现有气道骨架算法的限制。在14名健康参与者和14名IPF患者之间比较了透气段(跨空间)和透气曲线曲线之间的逐渐变化。 IPF患者中,Airway interberering显着降低,与健康对照相比,Airway曲线曲调显着增加。差异在下叶中最大标记,符合IPF相关损伤的典型分布。透气是一种开源管道,避免了现有的气道定量算法的限制,并具有临床解释性。自动化气道测量可能具有作为IPF严重程度和疾病程度的新型成像生物标志物。
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肺癌是最致命的癌症之一,部分诊断和治疗取决于肿瘤的准确描绘。目前是最常见的方法的人以人为本的分割,须遵守观察者间变异性,并且考虑到专家只能提供注释的事实,也是耗时的。最近展示了有前途的结果,自动和半自动肿瘤分割方法。然而,随着不同的研究人员使用各种数据集和性能指标验证了其算法,可靠地评估这些方法仍然是一个开放的挑战。通过2018年IEEE视频和图像处理(VIP)杯竞赛创建的计算机断层摄影扫描(LOTUS)基准测试的肺起源肿瘤分割的目标是提供唯一的数据集和预定义的指标,因此不同的研究人员可以开发和以统一的方式评估他们的方法。 2018年VIP杯始于42个国家的全球参与,以获得竞争数据。在注册阶段,有129名成员组成了来自10个国家的28个团队,其中9个团队将其达到最后阶段,6队成功完成了所有必要的任务。简而言之,竞争期间提出的所有算法都是基于深度学习模型与假阳性降低技术相结合。三种决赛选手开发的方法表明,有希望的肿瘤细分导致导致越来越大的努力应降低假阳性率。本次竞争稿件概述了VIP-Cup挑战,以及所提出的算法和结果。
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