With the development of natural language processing techniques(NLP), automatic diagnosis of eye diseases using ophthalmology electronic medical records (OEMR) has become possible. It aims to evaluate the condition of both eyes of a patient respectively, and we formulate it as a particular multi-label classification task in this paper. Although there are a few related studies in other diseases, automatic diagnosis of eye diseases exhibits unique characteristics. First, descriptions of both eyes are mixed up in OEMR documents, with both free text and templated asymptomatic descriptions, resulting in sparsity and clutter of information. Second, OEMR documents contain multiple parts of descriptions and have long document lengths. Third, it is critical to provide explainability to the disease diagnosis model. To overcome those challenges, we present an effective automatic eye disease diagnosis framework, NEEDED. In this framework, a preprocessing module is integrated to improve the density and quality of information. Then, we design a hierarchical transformer structure for learning the contextualized representations of each sentence in the OEMR document. For the diagnosis part, we propose an attention-based predictor that enables traceable diagnosis by obtaining disease-specific information. Experiments on the real dataset and comparison with several baseline models show the advantage and explainability of our framework.

我们提出了一种三级等级变压器网络（3级），用于在临床笔记上建模长期依赖性，以患者级预测的目的。该网络配备了三个级别的基于变压器的编码器，以逐步地从单词中学到句子，句子票据，最后给患者注释。单词到句子的第一级直接将预先训练的BERT模型应用为完全可训练的组件。虽然第二和第三级实现了一堆基于变压器的编码器，但在最终患者表示进入临床预测的分类层之前。与传统的BERT模型相比，我们的模型将512个令牌的最大输入长度增加到适合建模大量临床笔记的更长的序列。我们经验检查不同的超参数，以识别给定的计算资源限制的最佳权衡。我们的实验结果对不同预测任务的模拟-III数据集表明，所提出的等级变压器网络优于以前的最先进的模型，包括但不限于BigBird。

The peer merit review of research proposals has been the major mechanism for deciding grant awards. However, research proposals have become increasingly interdisciplinary. It has been a longstanding challenge to assign interdisciplinary proposals to appropriate reviewers, so proposals are fairly evaluated. One of the critical steps in reviewer assignment is to generate accurate interdisciplinary topic labels for proposal-reviewer matching. Existing systems mainly collect topic labels manually generated by principal investigators. However, such human-reported labels can be non-accurate, incomplete, labor intensive, and time costly. What role can AI play in developing a fair and precise proposal reviewer assignment system? In this study, we collaborate with the National Science Foundation of China to address the task of automated interdisciplinary topic path detection. For this purpose, we develop a deep Hierarchical Interdisciplinary Research Proposal Classification Network (HIRPCN). Specifically, we first propose a hierarchical transformer to extract the textual semantic information of proposals. We then design an interdisciplinary graph and leverage GNNs for learning representations of each discipline in order to extract interdisciplinary knowledge. After extracting the semantic and interdisciplinary knowledge, we design a level-wise prediction component to fuse the two types of knowledge representations and detect interdisciplinary topic paths for each proposal. We conduct extensive experiments and expert evaluations on three real-world datasets to demonstrate the effectiveness of our proposed model.

自动化医疗编码，医疗保健操作和交付的基本任务，通过从临床文献预测医学代码来实现非结构化数据。自然语言处理中深入学习模型的最新进展已被广泛应用于此任务。然而，它缺乏对医学编码的神经网络架构设计的统一视图。本综述提出了一个统一的框架，为医疗编码模型的构建块提供了一般性的理解，并概述了近期框架下的最新模型。我们的统一框架将医疗编码分解为四个主要组件，即文本特征提取的编码器模块，为构建深编码器架构的机制，解码器模块，用于将隐藏的表示转换为医学代码，以及辅助信息的使用。最后，我们讨论了关键的研究挑战和未来方向。

与生物医学命名实体识别任务有关的挑战是：现有方法考虑了较少数量的生物医学实体（例如疾病，症状，蛋白质，基因）；这些方法不考虑健康的社会决定因素（年龄，性别，就业，种族），这是与患者健康有关的非医学因素。我们提出了一条机器学习管道，该管道通过以下方式改善了以前的努力：首先，它认识到标准类型以外的许多生物医学实体类型；其次，它考虑了与患者健康有关的非临床因素。该管道还包括阶段，例如预处理，令牌化，映射嵌入查找和命名实体识别任务，以从自由文本中提取生物医学命名实体。我们提出了一个新的数据集，我们通过策划COVID-19案例报告来准备。所提出的方法的表现优于五个基准数据集上的基线方法，其宏观和微平均F1得分约为90，而我们的数据集则分别为95.25和93.18的宏观和微平均F1得分。

人类编码人员将标准化的医疗法规分配给患者住院期间产生的临床文件，该文件容易出错且劳动力密集。使用机器学习方法（例如深神经网络）开发了自动化的医学编码方法。然而，由于冗长的文档中的班级问题，复杂的代码关联和噪音，自动化的医疗编码仍然具有挑战性。为了解决这些问题，我们提出了一个新型的神经网络，称为多任务和重新校准的神经网络。值得注意的是，多任务学习方案共享不同代码分支之间的关系知识以捕获代码关联。重新校准的聚合模块是通过级联卷积块来提取高级语义特征来开发的，从而减轻噪声在文档中的影响。同样，重新校准的模块的级联结构可以从冗长的音符中受益。为了解决类不平衡的问题，我们部署了焦点损失，以重新分布低频和高频医疗法规的注意力。实验结果表明，我们提出的模型在现实世界中的临床数据集模拟于III上优于竞争基线。

多标签学习在考虑标签相关的同时，从给定标签设置的标签中的一个子集。具有多标签分类的已知挑战是标签的长尾分布。许多研究侧重于改善模型的整体预测，从而不优先考虑尾端标签。改善医学文本的多标签分类中的尾端标签预测使得能够更好地了解患者并改善护理。一个或多个不频繁标签所获得的知识可能会影响医学决策和治疗计划的原因。本研究介绍了包括多生物传感器的级联特定语言模型的变化，以实现两个主要目标。首先，在多标签问题上改善F1罕见标签，特别是长尾标签;其次，要处理长医疗文本和多源电子健康记录（EHRS），对于旨在在短输入序列上工作的标准变压器的具有挑战性的任务。本研究的重要贡献是使用变换器XL获得的新的最先进的（SOTA）结果，以预测医学代码。在医疗信息MART进行各种实验，用于重症监护（MIMIC-III）数据库。结果表明，连接的生物化变压器在整体微观和宏F1分数和尾端标签的单独F1分数方面优于标准变压器，而不是对长输入序列的现有变压器的解决方案产生较低的训练时间。

名人认可是品牌交流中最重要的策略之一。如今，越来越多的公司试图为自己建立生动的特征。因此，他们的品牌身份交流应符合人类和法规的某些特征。但是，以前的作品主要是通过假设停止的，而不是提出一种特定的品牌和名人之间匹配的方式。在本文中，我们建议基于自然语言处理（NLP）技术的品牌名人匹配模型（BCM）。鉴于品牌和名人，我们首先从互联网上获得了一些描述性文档，然后总结了这些文档，最后计算品牌和名人之间的匹配程度，以确定它们是否匹配。根据实验结果，我们提出的模型以0.362 F1得分和精度的6.3％优于最佳基线，这表明我们模型在现实世界中的有效性和应用值。更重要的是，据我们所知，拟议的BCM模型是使用NLP解决认可问题的第一项工作，因此它可以为以下工作提供一些新颖的研究思想和方法。

医疗保健自动化的机会可以改善临床医生的吞吐量。一个这样的例子是辅助工具记录诊断代码时，当临床医生写笔记时。我们使用课程学习研究了医学法规预测的自动化，这是机器学习模型的培训策略，可逐渐将学习任务的硬度从易于到困难提高。课程学习的挑战之一是课程的设计 - 即，在逐渐增加难度的任务设计中。我们提出了分层课程学习（HICU），这是一种在输出空间中使用图形结构的算法，以设计用于多标签分类的课程。我们为多标签分类模型创建课程，以预测患者自然语言描述的ICD诊断和程序代码。通过利用ICD代码的层次结构，该层次基于人体的各种器官系统进行诊断代码，我们发现我们的建议课程改善了基于反复，卷积和基于变压器的体系结构的基于神经网络的预测模型的概括。我们的代码可在https://github.com/wren93/hicu-icd上找到。

虽然罕见疾病的特征在于患病率低，但大约3亿人受到罕见疾病的影响。对这些条件的早期和准确诊断是一般从业者的主要挑战，没有足够的知识来识别它们。除此之外，罕见疾病通常会显示各种表现形式，这可能会使诊断更加困难。延迟的诊断可能会对患者的生命产生负面影响。因此，迫切需要增加关于稀有疾病的科学和医学知识。自然语言处理（NLP）和深度学习可以帮助提取有关罕见疾病的相关信息，以促进其诊断和治疗。本文探讨了几种深度学习技术，例如双向长期内存（BILSTM）网络或基于来自变压器（BERT）的双向编码器表示的深层语境化词表示，以识别罕见疾病及其临床表现（症状和症状） Raredis语料库。该毒品含有超过5,000名罕见疾病和近6,000个临床表现。 Biobert，基于BERT和培训的生物医学Corpora培训的域特定语言表示，获得了最佳结果。特别是，该模型获得罕见疾病的F1分数为85.2％，表现优于所有其他模型。

资金机构在很大程度上依赖于领域专家与研究建议之间的主题匹配来分配提案审查员。随着建议越来越跨学科，概述提案的跨学科性质是一项挑战，此后，找到具有适当专业知识的专家审阅者。解决这一挑战的重要步骤是准确对建议的跨学科标签进行分类。现有的方法论和申请相关文献，例如文本分类和提案分类，不足以共同解决跨学科建议数据引入的三个关键独特问题：1）提案的纪律标签的层次结构，谷物，例如，从信息科学到AI，再到AI的基础。 2）在提案中起着不同作用的各种主要文本部分的异质语义； 3）提案的数量在非学科和跨学科研究之间存在不平衡。我们可以同时解决该提案的跨学科性质时的三个问题吗？为了回答这个问题，我们提出了一个层次混音多标签分类框架，我们称之为H-Mixup。 H-Mixup利用基于变压器的语义信息提取器和基于GCN的跨学科知识提取器来解决第一期和第二个问题。 H-Mixup开发了Wold级混音，Word级cutmix，歧管混音和文档级混音的融合训练方法，以解决第三期。

尽管变压器语言模型（LMS）是信息提取的最新技术，但长文本引入了需要次优的预处理步骤或替代模型体系结构的计算挑战。稀疏注意的LMS可以代表更长的序列，克服性能障碍。但是，目前尚不清楚如何解释这些模型的预测，因为并非所有令牌都在自我发项层中相互参加，而在运行时，长序列对可解释性算法提出了计算挑战，而当运行时取决于文档长度。这些挑战在文档可能很长的医学环境中是严重的，机器学习（ML）模型必须是审核和值得信赖的。我们介绍了一种新颖的蒙版抽样程序（MSP），以识别有助于预测的文本块，将MSP应用于预测医学文本诊断的背景下，并通过两位临床医生的盲目审查来验证我们的方法。我们的方法比以前的最先进的临床信息块高约1.7倍，速度更快100倍，并且可用于生成重要的短语对。 MSP特别适合长LMS，但可以应用于任何文本分类器。我们提供了MSP的一般实施。

传统中药（TCM）是一种自然，安全且有效的疗法，已在全球范围内传播和应用。独特的TCM诊断和治疗系统需要对隐藏在自由文本编写的临床记录中的患者症状进行全面分析。先前的研究表明，该系统可以在人工智能（AI）技术（例如自然语言处理（NLP））的帮助下进行通知和智能。但是，现有数据集没有足够的质量或数量来支持TCM中数据驱动的AI技术的进一步开发。因此，在本文中，我们专注于TCM诊断和治疗系统的核心任务 - 综合征分化（SD） - 我们介绍了第一个用于SD的公共大型数据集，称为TCM-SD。我们的数据集包含54,152个现实世界临床记录，涵盖148个综合征。此外，我们在TCM领域收集了一个大规模的未标记文本语料库，并提出了一种特定领域的预训练的语言模型，称为Zy-Bert。我们使用深层神经网络进行了实验，以建立强大的性能基线，揭示了SD中的各种挑战，并证明了特定领域的预训练性语言模型的潜力。我们的研究和分析揭示了将计算机科学和语言学知识纳入探索TCM理论的经验有效性的机会。

建模法检索和检索作为预测问题最近被出现为法律智能的主要方法。专注于法律文章检索任务，我们展示了一个名为Lamberta的深度学习框架，该框架被设计用于民法代码，并在意大利民法典上专门培训。为了我们的知识，这是第一项研究提出了基于伯特（来自变压器的双向编码器表示）学习框架的意大利法律制度对意大利法律制度的高级法律文章预测的研究，最近引起了深度学习方法的增加，呈现出色的有效性在几种自然语言处理和学习任务中。我们通过微调意大利文章或其部分的意大利预先训练的意大利预先训练的伯爵来定义Lamberta模型，因为法律文章作为分类任务检索。我们Lamberta框架的一个关键方面是我们构思它以解决极端的分类方案，其特征在于课程数量大，少量学习问题，以及意大利法律预测任务的缺乏测试查询基准。为了解决这些问题，我们为法律文章的无监督标签定义了不同的方法，原则上可以应用于任何法律制度。我们提供了深入了解我们Lamberta模型的解释性和可解释性，并且我们对单一标签以及多标签评估任务进行了广泛的查询模板实验分析。经验证据表明了Lamberta的有效性，以及对广泛使用的深度学习文本分类器和一些构思的几次学习者来说，其优越性是对属性感知预测任务的优势。

临床笔记是临床医生在患者遭遇期间产生的非结构化文本。临床票据通常伴随着来自疾病的国际分类（ICD）的一组元数据代码。 ICD代码是各种操作中使用的重要代码，包括保险，报销，医学诊断等，因此，重要的是快速准确地分类ICD代码。但是，注释这些代码是昂贵且耗时的。因此，我们使用用于自动ICD代码分配的序列注意方法，提出基于来自变压器（BERT）的双向编码器表示的模型。我们评估我们对重症监护III（MIMIC-III）基准数据集的医疗信息MART的方法。我们的模型实现了宏观平均为F1：0.62898和微平均F1：0.68555的性能，并且使用MIMIC-III数据集执行优于最先进模型的性能。本研究的贡献提出了一种使用伯特的方法，该方法可以应用于文档和序列注意方法，该方法可以捕获在文档中出现的重要序列形式。

近年来，人们对开发自然语言处理（NLP）中可解释模型的利益越来越多。大多数现有模型旨在识别输入功能，例如对于模型预测而言重要的单词或短语。然而，在NLP中开发的神经模型通常以层次结构的方式构成单词语义，文本分类需要层次建模来汇总本地信息，以便处理主题和标签更有效地转移。因此，单词或短语的解释不能忠实地解释文本分类中的模型决策。本文提出了一种新型的层次解释性神经文本分类器，称为提示，该分类器可以自动以层次结构方式以标记相关主题的形式生成模型预测的解释。模型解释不再处于单词级别，而是基于主题作为基本语义单元。评论数据集和新闻数据集的实验结果表明，我们所提出的方法与现有最新的文本分类器相当地达到文本分类结果，并比其他可解释的神经文本更忠实于模型的预测和更好地理解人类的解释分类器。

将电子健康记录（EHR）自动分为诊断代码对NLP社区的挑战。最先进的方法将此问题视为多标签分类问题，并提出了各种架构来对此问题进行建模。但是，这些系统并未利用验证的语言模型的出色性能，这在自然语言理解任务上实现了出色的性能。先前的工作表明，经常使用的填充方案在此任务上表现不佳。因此，本文旨在分析表现不佳的原因，并通过验证的语言模型为自动编码开发一个框架。我们通过实验发现了三个主要问题：1）大标签空间，2）长输入序列和3）域预读和微调之间的域不匹配。我们提出了PLMICD，该框架通过各种策略来应对挑战。实验结果表明，我们提出的框架可以在基准模拟数据上以多个指标来克服挑战和实现最新性能。源代码可从https://github.com/miulab/plm-icd获得

本教程展示了工作流程，将文本数据纳入精算分类和回归任务。主要重点是采用基于变压器模型的方法。平均长度为400个单词的车祸描述的数据集，英语和德语可用，以及具有简短财产保险索赔的数据集用来证明这些技术。案例研究应对与多语言环境和长输入序列有关的挑战。他们还展示了解释模型输出，评估和改善模型性能的方法，通过将模型调整到应用程序领域或特定预测任务。最后，该教程提供了在没有或仅有少数标记数据的情况下处理分类任务的实用方法。通过使用最少的预处理和微调的现成自然语言处理（NLP）模型的语言理解技能（NLP）模型实现的结果清楚地证明了用于实际应用的转移学习能力。

临床试验对于药物开发至关重要，但非常昂贵且耗时。在设计临床试验时，研究类似的历史试验是有益的。但是，冗长的试用文件和缺乏标记的数据使试验相似性搜索变得困难。我们提出了一种零拍的临床试验检索方法试验2VEC，该方法通过自学知识学习而无需注释类似的临床试验。具体而言，试验文件的元结构（例如，标题，资格标准，目标疾病）以及临床知识（例如，UMLS知识库https://www.nlm.nih.gov/research/umls/inmls/index.html）被杠杆化以自动生成对比样品。此外，Trial2VEC编码考虑元结构的试验文件，从而产生紧凑的嵌入，从而从整个文档中汇总了多相关信息。我们表明，我们的方法通过可视化产生了可解释的医学解释的嵌入，并且在试验检索的精确/召回率上的最佳基线比最佳基线得到15％的改善，这是在我们标记的1600个试验对中评估的。此外，我们证明预先训练的嵌入在240K试验中受益于下游试验结果预测任务。

电子健康记录（EHR）已经大量用于现代医疗保健系统，用于将患者的入场信息记录到医院。许多数据驱动方法采用EHR中的时间特征，用于预测患者的特定疾病，阅告期或诊断。然而，由于某些时间事件的监督培训中固有的标签，大多数现有的预测模型不能充分利用EHR数据。此外，对于现有的作品很难同时提供通用和个性化的解释性。为解决这些挑战，我们首先提出了一种具有信息流到分层结构的信息流的双曲线嵌入方法。我们将这些预先训练的表征纳入了图形神经网络以检测疾病并发症，并设计一种计算特定疾病和入学贡献的多级注意方法，从而提高个性化的可解释性。我们在自我监督的学习框架中提出了一个新的层次结构增强的历史预测代理任务，以充分利用EHR数据和利用医疗领域知识。我们开展一套全面的实验和案例研究，广泛使用的公开可用的EHR数据集以验证我们模型的有效性。结果表明我们的模型在预测任务和可解释能力方面的优势。