纵向电子健康记录（EHR）数据的可用性增加导致改善对疾病的理解和新颖表型的发现。大多数聚类算法仅关注患者轨迹，但具有类似轨迹的患者可能具有不同的结果。寻找不同轨迹和结果的患者亚组可以引导未来的药物开发，改善临床试验的招募。我们使用可以加权的重建，结果和聚类损耗开发经常性神经网络自动拓群体以群集EHR数据，以查找不同类型的患者群集。我们展示我们的模型能够从数据偏差和结果差异中发现已知的集群，表现优于基线模型。我们展示了29,222,229美元糖尿病患者的模型性能，显示出发现患有不同轨迹和不同结果的患者的簇，可用于帮助临床决策。

电子医疗保健记录是可用于患者分层的重要信息来源，以探索新型疾病表型。但是，它们可能具有挑战性，因为数据往往稀疏和不规则地采样。解决这些限制的一种方法是学习密集的嵌入，其代表使用经常性神经网络AutoEncoder（RNN-AE）的单个患者轨迹。该过程可以易于对不需要的数据偏差影响。我们表明，使用先前提出的RNN-AE模型的患者嵌入和群集可能受到轨迹偏差的影响，这意味着结果由每个患者轨迹中包含的数据量主导，而不是临床相关细节。我们调查了2个数据集（来自不同医院）和2个疾病区域的偏差，以及使用患者轨迹的不同部分。我们使用2个以前公布的基线方法的结果表示事件到最终轨迹的情况下特别强烈的偏见。我们提出了一种方法，可以使用RNN-AE顶部的对抗培训方案来克服这个问题。我们的研究结果表明，我们的方法可以减少所有情况下的轨迹偏差。

大型和深度电子医疗保健记录（EHR）数据集的可用性有可能更好地了解现实世界中的患者旅行，并鉴定出新的患者亚组。基于ML的EHR数据集合主要是工具驱动的，即基于可用或新开发的方法的构建。但是，这些方法，它们的输入要求以及最重要的是，通常难以解释产量，尤其是没有深入的数据科学或统计培训。这危害了需要进行可行且具有临床意义的解释的最后一步。这项研究研究了使用大型EHR数据集和多种聚类方法进行临床研究的方法进行大规模进行患者分层分析的方法。我们已经开发了几种工具来促进无监督的患者分层结果的临床评估和解释，即模式筛查，元聚类，替代建模和策展。这些工具可以在分析中的不同阶段使用。与标准分析方法相比，我们证明了凝结结果并优化分析时间的能力。在元聚类的情况下，我们证明了患者簇的数量可以从72减少到3。在另一个分层的结果中，通过使用替代模型，我们可以迅速确定如果有血液钠测量值可用，则可以对心力衰竭患者进行分层。由于这是对所有心力衰竭患者进行的常规测量，因此表明数据偏差。通过使用进一步的队列和特征策展，可以去除这些患者和其他无关的特征以提高临床意义。这些示例显示了拟议方法的有效性，我们希望鼓励在该领域的进一步研究。

从电子健康记录（EHR）数据中进行有效学习来预测临床结果，这通常是具有挑战性的，因为在不规则的时间段记录的特征和随访的损失以及竞争性事件（例如死亡或疾病进展）。为此，我们提出了一种生成的事实模型，即Survlatent Ode，该模型采用了基于基于微分方程的复发性神经网络（ODE-RNN）作为编码器，以有效地对不规则采样的输入数据进行潜在状态的动力学有效地参数化。然后，我们的模型利用所得的潜在嵌入来灵活地估计多个竞争事件的生存时间，而无需指定事件特定危害功能的形状。我们展示了我们在Mimic-III上的竞争性能，这是一种从重症监护病房收集的自由纵向数据集，预测医院死亡率以及DANA-FARBER癌症研究所（DFCI）的数据，以预测静脉血栓症（静脉血栓症（DFCI）（DFCI）（ VTE），是癌症患者的生命并发症，死亡作为竞争事件。幸存ODE优于分层VTE风险组的当前临床标准Khorana风险评分，同时提供临床上有意义且可解释的潜在表示。

无监督的学习通常用于揭示数据中的群集。然而，不同类型的噪声可能会妨碍来自真实世界的时间序列数据的有用模式的发现。在这项工作中，我们专注于减轻疾病表型群体任务中的间隔审查的干扰。我们开发了一个深入的生成，连续时间模型，时间序列数据串联时间系列，同时纠正审查时间。我们提供了在无噪声模型下的数据中识别群集和延迟条目的条件。

Electronic Health Records (EHRs) are a valuable asset to facilitate clinical research and point of care applications; however, many challenges such as data privacy concerns impede its optimal utilization. Deep generative models, particularly, Generative Adversarial Networks (GANs) show great promise in generating synthetic EHR data by learning underlying data distributions while achieving excellent performance and addressing these challenges. This work aims to review the major developments in various applications of GANs for EHRs and provides an overview of the proposed methodologies. For this purpose, we combine perspectives from healthcare applications and machine learning techniques in terms of source datasets and the fidelity and privacy evaluation of the generated synthetic datasets. We also compile a list of the metrics and datasets used by the reviewed works, which can be utilized as benchmarks for future research in the field. We conclude by discussing challenges in GANs for EHRs development and proposing recommended practices. We hope that this work motivates novel research development directions in the intersection of healthcare and machine learning.

电子健康记录（EHRS）在患者级别汇总了多种信息，并保留了整个时间内患者健康状况进化的轨迹代表。尽管此信息提供了背景，并且可以由医生利用以监控患者的健康并进行更准确的预后/诊断，但患者记录可以包含长期跨度的信息，这些信息与快速生成的医疗数据速率相结合，使临床决策变得更加复杂。患者轨迹建模可以通过以可扩展的方式探索现有信息来帮助，并可以通过促进预防医学实践来增强医疗保健质量。我们为建模患者轨迹提出了一种解决方案，该解决方案结合了不同类型的信息并考虑了临床数据的时间方面。该解决方案利用了两种不同的架构：一组支持灵活的输入功能集，以将患者的录取转换为密集的表示；以及在基于复发的架构中进行的第二次探索提取的入院表示，其中使用滑动窗口机制在子序列中处理患者轨迹。使用公开可用的模仿III临床数据库评估了开发的解决方案，以两种不同的临床结果，意外的患者再入院和疾病进展。获得的结果证明了第一个体系结构使用单个患者入院进行建模和诊断预测的潜力。虽然临床文本中的信息并未显示在其他现有作品中观察到的判别能力，但这可以通过微调临床模型来解释。最后，我们使用滑动窗口机制来表示基于序列的体系结构的潜力，以表示输入数据，从而获得与其他现有解决方案的可比性能。

癌症是一种复杂的疾病，具有重大的社会和经济影响。高通量分子测定的进步以及进行高质量多摩斯测量的成本降低，通过机器学习促进了见解。先前的研究表明，使用多个OMIC预测生存和分层癌症患者的希望。在本文中，我们开发了一种有监督的自动编码器（SAE）模型，用于基于生存的多摩变集成，该模型在以前的工作中改进，并报告一种具体的监督自动编码器模型（CSAE），该模型（CSAE）也使用功能选择来共同重建输入功能。作为预测生存。我们的实验表明，我们的模型表现优于或与一些最常用的基线相提并论，同时提供更好的生存分离（SAE）或更容易解释（CSAE）。我们还对我们的模型进行了特征选择稳定性分析，并注意到与通常与生存有关的特征存在幂律关系。该项目的代码可在以下网址获得：https：//github.com/phcavelar/coxae

传统机器学习方法面临两种主要挑战，在处理医疗保健预测分析任务方面。首先，医疗保健数据的高维性质需要劳动密集型和耗时的过程，为每项新任务选择适当的功能集。其次，这些方法依赖于特征工程来捕获患者数据的顺序性，这可能无法充分利用医疗事件的时间模式及其依赖性。最近的深度学习方法通​​过解决医疗数据的高维和时间挑战，对各种医疗保健预测任务显示了有希望的性能。这些方法可以学习关键因素（例如，医学概念或患者）的有用表示及其与高维原始或最低处理的医疗保健数据的相互作用。在本文中，我们系统地审查了专注于推进和使用深神经网络的研究，以利用患者结构化时间序列数据进行医疗保健预测任务。为了识别相关研究，搜索MEDLINE，IEEE，SCOPUS和ACM数字图书馆于2021年2月7日出版的研究。我们发现研究人员在十个研究流中为深度时间序列预测文献做出了贡献：深入学习模型，缺少价值处理，不规则处理，患者表示，静态数据包容，关注机制，解释，纳入医疗本体，学习策略和可扩展性。本研究总结了这些文献流的研究见解，确定了几个关键研究差距，并提出了未来的患者时间序列数据深入学习的研究机会。

基于变压器模型架构的最近深入学习研究在各种域和任务中展示了最先进的性能，主要是在计算机视觉和自然语言处理域中。虽然最近的一些研究已经实施了使用电子健康记录数据的临床任务的变压器，但它们的范围，灵活性和全面性有限。在本研究中，我们提出了一种灵活的基于变换器的EHR嵌入管道和预测模型框架，它引入了利用了医疗域唯一的数据属性的现有工作流程的几个新颖修改。我们展示了灵活设计的可行性，在重症监护病房的案例研究中，我们的模型准确地预测了七种临床结果，这些临床结果与多个未来的时间范围有关的入院和患者死亡率。

合成健康数据在共享数据以支持生物医学研究和创新医疗保健应用的发展时有可能减轻隐私问题。基于机器学习，尤其是生成对抗网络（GAN）方法的现代方法生成的现代方法继续发展并表现出巨大的潜力。然而，缺乏系统的评估框架来基准测试方法，并确定哪些方法最合适。在这项工作中，我们引入了一个可推广的基准测试框架，以评估综合健康数据的关键特征在实用性和隐私指标方面。我们将框架应用框架来评估来自两个大型学术医疗中心的电子健康记录（EHRS）数据的合成数据生成方法。结果表明，共享合成EHR数据存在公用事业私人关系权衡。结果进一步表明，在每个用例中，在所有标准上都没有明确的方法是最好的，这使得为什么需要在上下文中评估合成数据生成方法。

Electronic health records (EHR) offer unprecedented opportunities for in-depth clinical phenotyping and prediction of clinical outcomes. Combining multiple data sources is crucial to generate a complete picture of disease prevalence, incidence and trajectories. The standard approach to combining clinical data involves collating clinical terms across different terminology systems using curated maps, which are often inaccurate and/or incomplete. Here, we propose sEHR-CE, a novel framework based on transformers to enable integrated phenotyping and analyses of heterogeneous clinical datasets without relying on these mappings. We unify clinical terminologies using textual descriptors of concepts, and represent individuals' EHR as sections of text. We then fine-tune pre-trained language models to predict disease phenotypes more accurately than non-text and single terminology approaches. We validate our approach using primary and secondary care data from the UK Biobank, a large-scale research study. Finally, we illustrate in a type 2 diabetes use case how sEHR-CE identifies individuals without diagnosis that share clinical characteristics with patients.

疾病的早​​期诊断可能会改善健康结果，例如较高的存活率和较低的治疗成本。随着电子健康记录中的大量信息（EHR），使用机器学习（ML）方法有很大的潜力来对疾病进展进行建模，以旨在早期预测疾病发作和其他结果。在这项工作中，我们采用了神经odes的最新创新来利用EHR的全部时间信息。我们提出了冰节（将临床嵌入与神经普通微分方程的整合），该体系结构在时间上整合临床代码和神经ODE的嵌入，以学习和预测EHR中的患者轨迹。我们将我们的方法应用于公共可用的模拟III和模拟IV数据集，与最新方法相比，报告了预测结果的改进，特别是针对EHR中经常观察到的临床代码。我们还表明，冰节在预测某些医疗状况（例如急性肾衰竭和肺心脏病）方面更有能力，并且还能够随着时间的推移产生患者的风险轨迹，以进行进一步的预测。

食管障碍的发病机制与食管壁力学有关。因此，要了解各种食管障碍背后的潜在基本机制，将基于食管壁力学的参数映射到与改变的推注途径和超级性IBP对应的生理和病理生理学条件至关重要。在这项工作中，我们提出了一种混合框架，将流体力学和机器学习结合，以识别各种食管障碍的底层物理，并将它们映射到我们称之为虚拟疾病景观（VDL）的参数空间上。一维逆模型处理来自食道诊断装置的输出，称为内窥镜功能腔成像探针（endoflip）来估计食道的机械“健康”，通过预测一组基于机械基的参数，例如食道壁刚度，肌肉收缩食管墙的模式和活跃放松。然后使用基于机械基的参数来训练由改变空间（VAE）组成的神经网络，其产生潜在空间和侧面网络，该侧面网络预测用于估计食道古代结动性的机械工作度量。潜在的矢量以及一组基于基于机械的参数定义VDL并形成与各种食管疾病相对应的簇。 VDL不仅区分不同的疾病，而且还可用于预测疾病进展及时。最后，我们还证明了该框架的临床适用性，用于估算治疗后治疗和追踪患者状况的有效性。

我们描述了作为黑暗机器倡议和LES Houches 2019年物理学研讨会进行的数据挑战的结果。挑战的目标是使用无监督机器学习算法检测LHC新物理学的信号。首先，我们提出了如何实现异常分数以在LHC搜索中定义独立于模型的信号区域。我们定义并描述了一个大型基准数据集，由> 10亿美元的Muton-Proton碰撞，其中包含> 10亿美元的模拟LHC事件组成。然后，我们在数据挑战的背景下审查了各种异常检测和密度估计算法，我们在一组现实分析环境中测量了它们的性能。我们绘制了一些有用的结论，可以帮助开发无监督的新物理搜索在LHC的第三次运行期间，并为我们的基准数据集提供用于HTTPS://www.phenomldata.org的未来研究。重现分析的代码在https://github.com/bostdiek/darkmachines-unsupervisedChallenge提供。

时间序列数据生成近年来越来越受到关注。已经提出了几种生成的对抗网络（GaN）的方法通常是假设目标时间序列数据良好格式化并完成的假设来解决问题。然而，现实世界时间序列（RTS）数据远离该乌托邦，例如，具有可变长度的长序列和信息缺失数据，用于设计强大的发电算法的棘手挑战。在本文中，我们向RTS数据提出了一种新的生成框架 - RTSGAN来解决上述挑战。 RTSGAN首先学习编码器 - 解码器模块，该模块提供时间序列实例和固定维度潜在载体之间的映射，然后学习生成模块以在同一潜在空间中生成vectors。通过组合发电机和解码器，RTSGAN能够生成尊重原始特征分布和时间动态的RTS。为了生成具有缺失值的时间序列，我们进一步用观察嵌入层和决定和生成解码器装备了RTSGAN，以更好地利用信息缺失模式。四个RTS数据集上的实验表明，该框架在用于下游分类和预测任务的合成数据实用程序方面优于前一代方法。

选择每个患者的最佳治疗计划需要随着时间的推移而准确地预测其结果轨迹的函数。虽然大型观察数据集构成丰富的信息来源，但他们也包含偏差，因为处理很少在实践中随机分配。为了提供准确和无偏见的预测，我们介绍了解除戒备的反事实经常性网络（DCRN），一种新的序列到序列架构，其通过学习患者历史的时间随时间估计治疗结果，这些历史记录被解除为三个单独的潜在因子：治疗因素，影响只有治疗选择;结果因素，影响结果;和一个混杂因素，影响两者。通过架构，完全受到治疗影响的因果结构随着时间的推移，我们推进预测准确性和疾病的理解，因为我们的建筑允许从业者推断哪个患者的轨迹影响哪些患者的轨迹，对比该领域的其他方法对比其他方法。我们证明DCRN在预测治疗响应中的当前最先进的方法，在实际和模拟数据中优于最新的方法。

肥胖是一个重大的健康问题，增加了各种主要慢性病的风险，如糖尿病，癌症和中风。虽然通过横断面BMI录音识别的肥胖作用已经过分研究，但BMI轨迹的作用远远不大。在这项研究中，我们利用从大型和地理位置的EHR数据集中提取的BMI轨迹捕获大约200万个人的健康状况为期六年的健康状况。我们根据BMI轨迹定义九个新的可解释和基于证据的变量，以使用K-Means聚类方法将患者聚类为子组。我们在人口统计学，社会经济和生理测量变量方面彻底审查了每个集群特征，以指定簇中患者的不同性质。在我们的实验中，已被重新建立肥胖，高血压，阿尔茨海默和痴呆症的肥胖，高血压，阿尔茨海默氏症和痴呆症的直接关系，并且已经发现有几种慢性疾病的特异性特征的不同簇符合或与现有的知识体系互补。

Deep learning (DL) methods where interpretability is intrinsically considered as part of the model are required to better understand the relationship of clinical and imaging-based attributes with DL outcomes, thus facilitating their use in the reasoning behind medical decisions. Latent space representations built with variational autoencoders (VAE) do not ensure individual control of data attributes. Attribute-based methods enforcing attribute disentanglement have been proposed in the literature for classical computer vision tasks in benchmark data. In this paper, we propose a VAE approach, the Attri-VAE, that includes an attribute regularization term to associate clinical and medical imaging attributes with different regularized dimensions in the generated latent space, enabling a better-disentangled interpretation of the attributes. Furthermore, the generated attention maps explained the attribute encoding in the regularized latent space dimensions. Using the Attri-VAE approach we analyzed healthy and myocardial infarction patients with clinical, cardiac morphology, and radiomics attributes. The proposed model provided an excellent trade-off between reconstruction fidelity, disentanglement, and interpretability, outperforming state-of-the-art VAE approaches according to several quantitative metrics. The resulting latent space allowed the generation of realistic synthetic data in the trajectory between two distinct input samples or along a specific attribute dimension to better interpret changes between different cardiac conditions.

近年来，拥抱集群研究中的表演学习的深度学习技术引起了广泛的关注，产生了一个新开发的聚类范式，QZ。深度聚类（DC）。通常，DC型号大写AutoEncoders，以了解促进聚类过程的内在特征。如今，一个名为变变AualEncoder（VAE）的生成模型在DC研究中得到了广泛的认可。然而，平原VAE不足以察觉到综合潜在特征，导致细分性能恶化。本文提出了一种新的DC方法来解决这个问题。具体地，生成的逆势网络和VAE被聚结成了一种名为Fusion AutoEncoder（FAE）的新的AutoEncoder，以辨别出更多的辨别性表示，从而使下游聚类任务受益。此外，FAE通过深度剩余网络架构实施，进一步提高了表示学习能力。最后，将FAE的潜在空间转变为由深密神经网络的嵌入空间，用于彼此从彼此拉出不同的簇，并将数据点折叠在单个簇内。在几个图像数据集上进行的实验证明了所提出的DC模型对基线方法的有效性。