虽然罕见疾病的特征在于患病率低，但大约3亿人受到罕见疾病的影响。对这些条件的早期和准确诊断是一般从业者的主要挑战，没有足够的知识来识别它们。除此之外，罕见疾病通常会显示各种表现形式，这可能会使诊断更加困难。延迟的诊断可能会对患者的生命产生负面影响。因此，迫切需要增加关于稀有疾病的科学和医学知识。自然语言处理（NLP）和深度学习可以帮助提取有关罕见疾病的相关信息，以促进其诊断和治疗。本文探讨了几种深度学习技术，例如双向长期内存（BILSTM）网络或基于来自变压器（BERT）的双向编码器表示的深层语境化词表示，以识别罕见疾病及其临床表现（症状和症状） Raredis语料库。该毒品含有超过5,000名罕见疾病和近6,000个临床表现。 Biobert，基于BERT和培训的生物医学Corpora培训的域特定语言表示，获得了最佳结果。特别是，该模型获得罕见疾病的F1分数为85.2％，表现优于所有其他模型。

与生物医学命名实体识别任务有关的挑战是：现有方法考虑了较少数量的生物医学实体（例如疾病，症状，蛋白质，基因）；这些方法不考虑健康的社会决定因素（年龄，性别，就业，种族），这是与患者健康有关的非医学因素。我们提出了一条机器学习管道，该管道通过以下方式改善了以前的努力：首先，它认识到标准类型以外的许多生物医学实体类型；其次，它考虑了与患者健康有关的非临床因素。该管道还包括阶段，例如预处理，令牌化，映射嵌入查找和命名实体识别任务，以从自由文本中提取生物医学命名实体。我们提出了一个新的数据集，我们通过策划COVID-19案例报告来准备。所提出的方法的表现优于五个基准数据集上的基线方法，其宏观和微平均F1得分约为90，而我们的数据集则分别为95.25和93.18的宏观和微平均F1得分。

Named Entity Recognition and Intent Classification are among the most important subfields of the field of Natural Language Processing. Recent research has lead to the development of faster, more sophisticated and efficient models to tackle the problems posed by those two tasks. In this work we explore the effectiveness of two separate families of Deep Learning networks for those tasks: Bidirectional Long Short-Term networks and Transformer-based networks. The models were trained and tested on the ATIS benchmark dataset for both English and Greek languages. The purpose of this paper is to present a comparative study of the two groups of networks for both languages and showcase the results of our experiments. The models, being the current state-of-the-art, yielded impressive results and achieved high performance.

Motivation: Biomedical text mining is becoming increasingly important as the number of biomedical documents rapidly grows. With the progress in natural language processing (NLP), extracting valuable information from biomedical literature has gained popularity among researchers, and deep learning has boosted the development of effective biomedical text mining models. However, directly applying the advancements in NLP to biomedical text mining often yields unsatisfactory results due to a word distribution shift from general domain corpora to biomedical corpora. In this article, we investigate how the recently introduced pre-trained language model BERT can be adapted for biomedical corpora. Results: We introduce BioBERT (Bidirectional Encoder Representations from Transformers for Biomedical Text Mining), which is a domain-specific language representation model pre-trained on large-scale biomedical corpora. With almost the same architecture across tasks, BioBERT largely outperforms BERT and previous state-of-the-art models in a variety of biomedical text mining tasks when pre-trained on biomedical corpora. While BERT obtains performance comparable to that of previous state-of-the-art models, BioBERT significantly outperforms them on the following three representative biomedical text mining tasks: biomedical named entity recognition (0.62% F1 score improvement), biomedical relation extraction (2.80% F1 score improvement) and biomedical question answering (12.24% MRR improvement). Our analysis results show that pre-training BERT on biomedical corpora helps it to understand complex biomedical texts.

Raredis Corpus含有超过5,000个罕见疾病，近6,000个临床表现都是注释。此外，跨候注释协议评估表明，相对高的协议（F1措施等于实体的完全匹配标准，与关系的81.3％等于83.5％）。基于这些结果，该毒品具有高质量，假设该领域的重要步骤由于稀缺具有稀有疾病的可用语料库。这可以将门打开到进一步的NLP应用，这将促进这些罕见疾病的诊断和治疗，因此将大大提高这些患者的生活质量。

Biomedical named entity recognition (BioNER) seeks to automatically recognize biomedical entities in natural language text, serving as a necessary foundation for downstream text mining tasks and applications such as information extraction and question answering. Manually labeling training data for the BioNER task is costly, however, due to the significant domain expertise required for accurate annotation. The resulting data scarcity causes current BioNER approaches to be prone to overfitting, to suffer from limited generalizability, and to address a single entity type at a time (e.g., gene or disease). We therefore propose a novel all-in-one (AIO) scheme that uses external data from existing annotated resources to improve generalization. We further present AIONER, a general-purpose BioNER tool based on cutting-edge deep learning and our AIO schema. We evaluate AIONER on 14 BioNER benchmark tasks and show that AIONER is effective, robust, and compares favorably to other state-of-the-art approaches such as multi-task learning. We further demonstrate the practical utility of AIONER in three independent tasks to recognize entity types not previously seen in training data, as well as the advantages of AIONER over existing methods for processing biomedical text at a large scale (e.g., the entire PubMed data).

指定的实体识别（NER）或从临床文本中提取概念是识别文本中的实体并将其插入诸如问题，治疗，测试，临床部门，事件（例如录取和出院）等类别的任务。 NER构成了处理和利用电子健康记录（EHR）的非结构化数据的关键组成部分。尽管识别概念的跨度和类别本身是一项具有挑战性的任务，但这些实体也可能具有诸如否定属性，即否定其含义暗示着指定实体的消费者。几乎没有研究致力于将实体及其合格属性一起确定。这项研究希望通过将NER任务建模为有监督的多标签标记问题，为检测实体及其相应属性做出贡献。在本文中，我们提出了3种架构来实现此多标签实体标签：Bilstm N-CRF，Bilstm-Crf-Smax-TF和Bilstm N-CRF-TF。我们在2010 I2B2/VA和I2B2 2012共享任务数据集上评估了这些方法。我们的不同模型分别在I2B2 2010/VA和I2B2 2012上获得最佳NER F1分数为0. 894和0.808。在I2B2 2010/VA和I2B2 2012数据集上，获得的最高跨度微积的F1极性得分分别为0.832和0.836，获得的最高宏观平均F1极性得分分别为0.924和0.888。对I2B2 2012数据集进行的模态研究显示，基于SPAN的微平均F1和宏观平均F1的高分分别为0.818和0.501。

多字表达式（MWES）呈现单词组，其中整体的含义不是源于其部分的含义。处理MWE的任务在许多自然语言处理（NLP）应用中至关重要，包括机器翻译和术语提取。因此，检测MWE是一个流行的研究主题。在本文中，我们在检测MWES的任务中探索了最新的神经变压器。我们在数据集中凭经验评估了Semeval-2016任务10：检测最小的语义单元及其含义（DIMSUM）。我们表明，变压器模型的表现优于先前基于长期记忆（LSTM）的神经模型。该代码和预培训模型将免费提供给社区。

确保适当的标点符号和字母外壳是朝向应用复杂的自然语言处理算法的关键预处理步骤。这对于缺少标点符号和壳体的文本源，例如自动语音识别系统的原始输出。此外，简短的短信和微博的平台提供不可靠且经常错误的标点符号和套管。本调查概述了历史和最先进的技术，用于恢复标点符号和纠正单词套管。此外，突出了当前的挑战和研究方向。

命名实体识别是一项信息提取任务，可作为其他自然语言处理任务的预处理步骤，例如机器翻译，信息检索和问题答案。命名实体识别能够识别专有名称以及开放域文本中的时间和数字表达式。对于诸如阿拉伯语，阿姆哈拉语和希伯来语之类的闪族语言，由于这些语言的结构严重变化，指定的实体识别任务更具挑战性。在本文中，我们提出了一个基于双向长期记忆的Amharic命名实体识别系统，并带有条件随机字段层。我们注释了一种新的Amharic命名实体识别数据集（8,070个句子，具有182,691个令牌），并将合成少数群体过度采样技术应用于我们的数据集，以减轻不平衡的分类问题。我们命名的实体识别系统的F_1得分为93％，这是Amharic命名实体识别的新最新结果。

从非结构化网络文本中提取网络安全实体，例如攻击者和漏洞是安全分析的重要组成部分。但是，智能数据的稀疏性是由较高的频率变化产生的，并且网络安全实体名称的随机性使得当前方法在提取与安全相关的概念和实体方面很难表现良好。为此，我们提出了一种语义增强方法，该方法结合了不同的语言特征，以丰富输入令牌的表示，以通过非结构化文本检测和对网络安全名称进行分类。特别是，我们编码和汇总每个输入令牌的组成特征，形态特征和语音特征的一部分，以提高方法的鲁棒性。不仅如此，令牌从其在网络安全域中最相似的k单词获得了增强的语义信息，在该语料库中，将一个细心的模块借给了一个单词的差异，并从基于大规模的一般田野语料库的上下文线索中权衡了差异。我们已经在网络安全数据集DNRTI和MalwaretextDB上进行了实验，结果证明了该方法的有效性。

自动言论（POS）标记是许多自然语言处理（NLP）任务的预处理步骤，例如名称实体识别（NER），语音处理，信息提取，单词sense sisse disampigation和Machine Translation。它已经在英语和欧洲语言方面取得了令人鼓舞的结果，但是使用印度语言，尤其是在Odia语言中，由于缺乏支持工具，资源和语言形态丰富性，因此尚未得到很好的探索。不幸的是，我们无法为ODIA找到一个开源POS标记，并且仅尝试为ODIA语言开发POS标记器的尝试。这项研究工作的主要贡献是介绍有条件的随机场（CRF）和基于深度学习的方法（CNN和双向长期短期记忆）来开发ODIA的语音部分。我们使用了一个公开访问的语料库，并用印度标准局（BIS）标签设定了数据集。但是，全球的大多数语言都使用了带有通用依赖项（UD）标签集注释的数据集。因此，要保持统一性，odia数据集应使用相同的标签集。因此，我们已经构建了一个从BIS标签集到UD标签集的简单映射。我们对CRF模型进行了各种特征集输入，观察到构造特征集的影响。基于深度学习的模型包括BI-LSTM网络，CNN网络，CRF层，角色序列信息和预训练的单词向量。通过使用卷积神经网络（CNN）和BI-LSTM网络提取角色序列信息。实施了神经序列标记模型的六种不同组合，并研究了其性能指标。已经观察到具有字符序列特征和预训练的单词矢量的BI-LSTM模型取得了显着的最新结果。

多标签学习在考虑标签相关的同时，从给定标签设置的标签中的一个子集。具有多标签分类的已知挑战是标签的长尾分布。许多研究侧重于改善模型的整体预测，从而不优先考虑尾端标签。改善医学文本的多标签分类中的尾端标签预测使得能够更好地了解患者并改善护理。一个或多个不频繁标签所获得的知识可能会影响医学决策和治疗计划的原因。本研究介绍了包括多生物传感器的级联特定语言模型的变化，以实现两个主要目标。首先，在多标签问题上改善F1罕见标签，特别是长尾标签;其次，要处理长医疗文本和多源电子健康记录（EHRS），对于旨在在短输入序列上工作的标准变压器的具有挑战性的任务。本研究的重要贡献是使用变换器XL获得的新的最先进的（SOTA）结果，以预测医学代码。在医疗信息MART进行各种实验，用于重症监护（MIMIC-III）数据库。结果表明，连接的生物化变压器在整体微观和宏F1分数和尾端标签的单独F1分数方面优于标准变压器，而不是对长输入序列的现有变压器的解决方案产生较低的训练时间。

指定的实体识别任务是信息提取的核心任务之一。单词歧义和单词缩写是命名实体低识别率的重要原因。在本文中，我们提出了一种名为“实体识别模型WCL-BBCD”（与Bert-Bilstm-Crf-Dbpedia的单词对比学习），结合了对比度学习的概念。该模型首先在文本中训练句子对，计算句子对通过余弦的相似性中的单词对之间的相似性，以及通过相似性通过相似性来命名实体识别任务的BERT模型，以减轻单词歧义。然后，将微调的BERT模型与Bilstm-CRF模型相结合，以执行指定的实体识别任务。最后，将识别结果与先验知识（例如知识图）结合使用，以减轻单词缩写引起的低速问题的识别。实验结果表明，我们的模型在Conll-2003英语数据集和Ontonotes V5英语数据集上优于其他类似的模型方法。

State-of-the-art named entity recognition systems rely heavily on hand-crafted features and domain-specific knowledge in order to learn effectively from the small, supervised training corpora that are available. In this paper, we introduce two new neural architectures-one based on bidirectional LSTMs and conditional random fields, and the other that constructs and labels segments using a transition-based approach inspired by shift-reduce parsers. Our models rely on two sources of information about words: character-based word representations learned from the supervised corpus and unsupervised word representations learned from unannotated corpora. Our models obtain state-of-the-art performance in NER in four languages without resorting to any language-specific knowledge or resources such as gazetteers. 1

自然语言处理（NLP）是一个人工智能领域，它应用信息技术来处理人类语言，在一定程度上理解并在各种应用中使用它。在过去的几年中，该领域已经迅速发展，现在采用了深层神经网络的现代变体来从大型文本语料库中提取相关模式。这项工作的主要目的是调查NLP在药理学领域的最新使用。正如我们的工作所表明的那样，NLP是药理学高度相关的信息提取和处理方法。它已被广泛使用，从智能搜索到成千上万的医疗文件到在社交媒体中找到对抗性药物相互作用的痕迹。我们将覆盖范围分为五个类别，以调查现代NLP方法论，常见的任务，相关的文本数据，知识库和有用的编程库。我们将这五个类别分为适当的子类别，描述其主要属性和想法，并以表格形式进行总结。最终的调查介绍了该领域的全面概述，对从业者和感兴趣的观察者有用。

我们利用预训练的语言模型来解决两种低资源语言的复杂NER任务：中文和西班牙语。我们使用整个单词掩码（WWM）的技术来提高大型和无监督的语料库的掩盖语言建模目标。我们在微调的BERT层之上进行多个神经网络体系结构，将CRF，Bilstms和线性分类器结合在一起。我们所有的模型都优于基线，而我们的最佳性能模型在盲目测试集的评估排行榜上获得了竞争地位。

放射学报告含有在其解释图像中被放射科学家记录的多样化和丰富的临床异常。放射发现的综合语义表示将使广泛的次要使用应用来支持诊断，分类，结果预测和临床研究。在本文中，我们提出了一种新的放射学报告语料库，注释了临床调查结果。我们的注释模式捕获了可观察到的病理发现的详细说明（“病变”）和其他类型的临床问题（“医学问题”）。该模式使用了基于事件的表示来捕获细粒细节，包括断言，解剖学，特征，大小，计数等。我们的黄金标准语料库包含总共500个注释的计算机断层扫描（CT）报告。我们利用两个最先进的深度学习架构提取了触发器和论证实体，包括伯特。然后，我们使用基于BERT的关系提取模型预测触发器和参数实体（称为参数角色）之间的连接。我们使用预先从我们的机构的300万放射学报告预先培训的BERT模型实现了最佳提取性能：90.9％-93.4％f1用于查找触发器的触发器72.0％-85.6％f1，用于参数角色。为了评估型号的概括性，我们使用了从模拟胸部X射线（MIMIC-CXR）数据库中随机采样的外部验证。该验证集的提取性能为95.6％，用于发现触发器和参数角色的79.1％-89.7％，表明模型与具有不同的成像模型的跨机构数据一致。我们从模拟CXR数据库中的所有放射学报告中提取了查找事件，并为研究界提供了提取。

在网络和社交媒体上生成的大量数据增加了检测在线仇恨言论的需求。检测仇恨言论将减少它们对他人的负面影响和影响。在自然语言处理（NLP）域中的许多努力旨在宣传仇恨言论或检测特定的仇恨言论，如宗教，种族，性别或性取向。讨厌的社区倾向于使用缩写，故意拼写错误和他们的沟通中的编码词来逃避检测，增加了讨厌语音检测任务的更多挑战。因此，词表示将在检测仇恨言论中发挥越来越关的作用。本文研究了利用基于双向LSTM的深度模型中嵌入的域特定词语的可行性，以自动检测/分类仇恨语音。此外，我们调查转移学习语言模型（BERT）对仇恨语音问题作为二进制分类任务。实验表明，与双向LSTM基于LSTM的深层模型嵌入的域特异性词嵌入了93％的F1分数，而BERT在可用仇恨语音数据集中的组合平衡数据集上达到了高达96％的F1分数。

与伯特（Bert）等语言模型相比，已证明知识增强语言表示的预培训模型在知识基础构建任务（即〜关系提取）中更有效。这些知识增强的语言模型将知识纳入预训练中，以生成实体或关系的表示。但是，现有方法通常用单独的嵌入表示每个实体。结果，这些方法难以代表播出的实体和大量参数，在其基础代币模型之上（即〜变压器），必须使用，并且可以处理的实体数量为由于内存限制，实践限制。此外，现有模型仍然难以同时代表实体和关系。为了解决这些问题，我们提出了一个新的预培训模型，该模型分别从图书中学习实体和关系的表示形式，并分别在文本中跨越跨度。通过使用SPAN模块有效地编码跨度，我们的模型可以代表实体及其关系，但所需的参数比现有模型更少。我们通过从Wikipedia中提取的知识图对我们的模型进行了预训练，并在广泛的监督和无监督的信息提取任务上进行了测试。结果表明，我们的模型比基线学习对实体和关系的表现更好，而在监督的设置中，微调我们的模型始终优于罗伯塔，并在信息提取任务上取得了竞争成果。