This paper presents a novel positive and negative set selection strategy for contrastive learning of medical images based on labels that can be extracted from clinical data. In the medical field, there exists a variety of labels for data that serve different purposes at different stages of a diagnostic and treatment process. Clinical labels and biomarker labels are two examples. In general, clinical labels are easier to obtain in larger quantities because they are regularly collected during routine clinical care, while biomarker labels require expert analysis and interpretation to obtain. Within the field of ophthalmology, previous work has shown that clinical values exhibit correlations with biomarker structures that manifest within optical coherence tomography (OCT) scans. We exploit this relationship between clinical and biomarker data to improve performance for biomarker classification. This is accomplished by leveraging the larger amount of clinical data as pseudo-labels for our data without biomarker labels in order to choose positive and negative instances for training a backbone network with a supervised contrastive loss. In this way, a backbone network learns a representation space that aligns with the clinical data distribution available. Afterwards, we fine-tune the network trained in this manner with the smaller amount of biomarker labeled data with a cross-entropy loss in order to classify these key indicators of disease directly from OCT scans. Our method is shown to outperform state of the art self-supervised methods by as much as 5% in terms of accuracy on individual biomarker detection.
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眼睛的临床诊断是对多种数据模式进行的,包括标量临床标签,矢量化生物标志物,二维底面图像和三维光学相干性层析成像(OCT)扫描。临床从业者使用所有可用的数据模式来诊断和治疗糖尿病性视网膜病(DR)或糖尿病黄斑水肿(DME)等眼部疾病。在眼科医学领域启用机器学习算法的使用需要研究治疗期内所有相关数据之间的关系和相互作用。现有的数据集受到限制,因为它们既不提供数据,也没有考虑数据模式之间的显式关系建模。在本文中,我们介绍了用于研究以上限制的视觉眼睛语义(橄榄)数据集的眼科标签。这是第一个OCT和近IIR眼底数据集,其中包括临床标签,生物标记标签,疾病标签和时间序列的患者治疗信息,来自相关临床试验。该数据集由1268个近红外图像组成,每个图像至少具有49个10月扫描和16个生物标志物,以及4个临床标签和DR或DME的疾病诊断。总共有96张眼睛的数据在至少两年的时间内平均,每只眼睛平均治疗66周和7次注射。我们在医学图像分析中为橄榄数据集进行了橄榄数据集的实用性,并为核心和新兴机器学习范式提供了基准和具体研究方向。
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在地震解释中,各种岩石结构的像素级标签可能耗时且获得昂贵。结果,通常存在一系列非平凡的未标记数据,这些数据仅仅是因为传统的深度学习方法依赖于完全标记的卷。为了纠正这个问题,已经提出了使用自我监督的方法来从未标记的数据中学习有用的表示形式。但是,传统的对比学习方法是基于从自然图像领域的假设,这些假设不利用地震环境。为了将这种环境纳入对比学习中,我们提出了一种基于切片在地震量中的位置的新型积极选择策略。我们表明,在语义分割任务中,从我们的方法表现出的学术表现形式超出了艺术对比的学习方法。
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从积极和未标记的(PU)数据中学习是一种设置,学习者只能访问正面和未标记的样本,而没有关于负面示例的信息。这种PU环境在各种任务中非常重要,例如医学诊断,社交网络分析,金融市场分析和知识基础完成,这些任务也往往本质上是不平衡的,即大多数示例实际上是负面的。但是,大多数现有的PU学习方法仅考虑人工平衡的数据集,目前尚不清楚它们在不平衡和长尾数据分布的现实情况下的表现如何。本文提议通过强大而有效的自我监督预处理来应对这一挑战。但是,培训传统的自我监督学习方法使用高度不平衡的PU分布需要更好的重新重新制定。在本文中,我们提出\ textit {Impulses},这是\ usewanced {im}平衡\下划线{p} osive \ unesive \ usepline {u} nlabeLed \ underline {l}的统一表示的学习框架{p}。 \下划线{s}削弱了debiase预训练。 Impulses使用大规模无监督学习的通用组合以及对比度损失和额外重新持续的PU损失的一般组合。我们在多个数据集上进行了不同的实验,以表明Impuls能够使先前最新的错误率减半,即使与先前给出的真实先验的方法相比。此外,即使在无关的数据集上进行了预处理,我们的方法也表现出对事先错误指定和卓越性能的鲁棒性。我们预计,这种稳健性和效率将使从业者更容易在其他感兴趣的PU数据集上获得出色的结果。源代码可在\ url {https://github.com/jschweisthal/impulses}中获得
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Contrastive learning applied to self-supervised representation learning has seen a resurgence in recent years, leading to state of the art performance in the unsupervised training of deep image models. Modern batch contrastive approaches subsume or significantly outperform traditional contrastive losses such as triplet, max-margin and the N-pairs loss. In this work, we extend the self-supervised batch contrastive approach to the fully-supervised setting, allowing us to effectively leverage label information. Clusters of points belonging to the same class are pulled together in embedding space, while simultaneously pushing apart clusters of samples from different classes. We analyze two possible versions of the supervised contrastive (SupCon) loss, identifying the best-performing formulation of the loss. On ResNet-200, we achieve top-1 accuracy of 81.4% on the Ima-geNet dataset, which is 0.8% above the best number reported for this architecture. We show consistent outperformance over cross-entropy on other datasets and two ResNet variants. The loss shows benefits for robustness to natural corruptions, and is more stable to hyperparameter settings such as optimizers and data augmentations. Our loss function is simple to implement and reference TensorFlow code is released at https://t.ly/supcon 1 .
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最近的对比学习方法在低标签制度中实现了最新的。但是,培训需要大批量和重型增强,以创建图像的多个视图。使用非对抗性方法,负面因素被隐式地纳入损失中,允许不同的图像和模态作为对。尽管医学成像中的元信息(即年龄,性别)很丰富,但注释又嘈杂,容易出现阶级失衡。在这项工作中,我们使用纵向光学相干断层扫描(OCT)数据集利用了已经存在的时间信息(来自患者的不同访问),但使用时间知情的非对抗性损失(TINC),而没有增加复杂性和对负面对的需求。此外,我们的新颖配对方案可以避免重大增强,并将时间信息隐含地纳入对。最后,这些从训练中学到的表示在预测时间信息对于下游任务至关重要的情况下更为成功。更具体地说,我们的模型优于现有模型,可以预测从中期与年龄相关的黄斑变性(AMD)到晚期湿AMD阶段的转化风险。
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近年来,随着深度神经网络方法的普及,手术计算机视觉领域经历了相当大的突破。但是,用于培训的标准全面监督方法需要大量的带注释的数据,从而实现高昂的成本;特别是在临床领域。已经开始在一般计算机视觉社区中获得吸引力的自我监督学习(SSL)方法代表了对这些注释成本的潜在解决方案,从而使仅从未标记的数据中学习有用的表示形式。尽管如此,SSL方法在更复杂和有影响力的领域(例如医学和手术)中的有效性仍然有限且未开发。在这项工作中,我们通过在手术计算机视觉的背景下研究了四种最先进的SSL方法(Moco V2,Simclr,Dino,SWAV),以解决这一关键需求。我们对这些方法在cholec80数据集上的性能进行了广泛的分析,以在手术环境理解,相位识别和工具存在检测中为两个基本和流行的任务。我们检查了它们的参数化,然后在半监督设置中相对于训练数据数量的行为。如本工作所述和进行的那样,将这些方法的正确转移到手术中,可以使SSL的一般用途获得可观的性能 - 相位识别率高达7%,而在工具存在检测方面,则具有20% - 半监督相位识别方法高达14%。该代码将在https://github.com/camma-public/selfsupsurg上提供。
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在过去几年中,无监督的学习取得了很大的进展,特别是通过对比的自我监督学习。用于基准测试自我监督学习的主导数据集已经想象,最近的方法正在接近通过完全监督培训实现的性能。然而,ImageNet DataSet在很大程度上是以对象为中心的,并且目前尚不清楚这些方法的广泛不同的数据集和任务,这些方法是非以对象为中心的,例如数字病理学。虽然自我监督的学习已经开始在这个领域探讨了令人鼓舞的结果,但有理由看起来更接近这个环境与自然图像和想象成的不同。在本文中,我们对组织病理学进行了对比学学习的深入分析,引脚指向对比物镜的表现如何不同,由于组织病理学数据的特征。我们提出了一些考虑因素,例如对比目标和超参数调整的观点。在大量的实验中,我们分析了组织分类的下游性能如何受到这些考虑因素的影响。结果指出了对比学习如何减少数字病理中的注释工作,但需要考虑特定的数据集特征。为了充分利用对比学习目标,需要不同的视野和超参数校准。我们的结果为实现组织病理学应用的自我监督学习的全部潜力铺平了道路。
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Contrastive learning has become a key component of self-supervised learning approaches for computer vision. By learning to embed two augmented versions of the same image close to each other and to push the embeddings of different images apart, one can train highly transferable visual representations. As revealed by recent studies, heavy data augmentation and large sets of negatives are both crucial in learning such representations. At the same time, data mixing strategies, either at the image or the feature level, improve both supervised and semi-supervised learning by synthesizing novel examples, forcing networks to learn more robust features. In this paper, we argue that an important aspect of contrastive learning, i.e. the effect of hard negatives, has so far been neglected. To get more meaningful negative samples, current top contrastive self-supervised learning approaches either substantially increase the batch sizes, or keep very large memory banks; increasing memory requirements, however, leads to diminishing returns in terms of performance. We therefore start by delving deeper into a top-performing framework and show evidence that harder negatives are needed to facilitate better and faster learning. Based on these observations, and motivated by the success of data mixing, we propose hard negative mixing strategies at the feature level, that can be computed on-the-fly with a minimal computational overhead. We exhaustively ablate our approach on linear classification, object detection, and instance segmentation and show that employing our hard negative mixing procedure improves the quality of visual representations learned by a state-of-the-art self-supervised learning method.Project page: https://europe.naverlabs.com/mochi 34th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2020),
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使用超越欧几里德距离的神经网络,深入的Bregman分歧测量数据点的分歧,并且能够捕获分布的发散。在本文中,我们提出了深深的布利曼对视觉表现的对比学习的分歧,我们的目标是通过基于功能Bregman分歧培训额外的网络来提高自我监督学习中使用的对比损失。与完全基于单点之间的分歧的传统对比学学习方法相比,我们的框架可以捕获分布之间的发散,这提高了学习表示的质量。我们展示了传统的对比损失和我们提出的分歧损失优于基线的结合,并且最先前的自我监督和半监督学习的大多数方法在多个分类和对象检测任务和数据集中。此外,学习的陈述在转移到其他数据集和任务时概括了良好。源代码和我们的型号可用于补充,并将通过纸张释放。
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上下文信息对于各种计算机视觉任务至关重要,以前的作品通常设计插件模块和结构损失,以有效地提取和汇总全局上下文。这些方法利用优质标签来优化模型,但忽略了精细训练的特征也是宝贵的训练资源,可以将优选的分布引入硬像素(即错误分类的像素)。受到无监督范式的对比学习的启发,我们以监督的方式应用了对比度损失,并重新设计了损失功能,以抛弃无监督学习的刻板印象(例如,积极和负面的不平衡,对锚定计算的混淆)。为此,我们提出了阳性阴性相等的对比损失(PNE损失),这增加了阳性嵌入对锚的潜在影响,并同时对待阳性和阴性样本对。 PNE损失可以直接插入现有的语义细分框架中,并以可忽视的额外计算成本导致出色的性能。我们利用许多经典的分割方法(例如,DeepLabv3,Ocrnet,Upernet)和骨干(例如Resnet,Hrnet,Swin Transformer)进行全面的实验,并在两个基准数据集(例如,例如,例如,,例如城市景观和可可固定)。我们的代码将公开
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自我监督的对比表示学习提供了从未标记的医学数据集中学习有意义的视觉表示的优势,以进行转移学习。但是,将当前的对比度学习方法应用于医疗数据而不考虑其特定区域的解剖学特征可能会导致视觉表示,这些视觉表示在外观和语义上是不一致的。在本文中,我们建议通过解剖学对比度学习(AWCL)改善医学图像的视觉表示,该学习结合了解剖学信息,以以对比度学习方式增强正/阴性对采样。为自动化的胎儿超声成像任务展示了所提出的方法,从而使从解剖学上相似的相同或不同的超声扫描实现了正对,这些扫描在解剖学上相似,可以将其拉在一起,从而改善了表示的学习。我们从经验上研究了与粗粒和细粒度的粒度纳入解剖信息的效果,以进行对比学习,并发现使用细粒度的解剖学信息的学习能够保留阶层内差异比其对应物更有效。我们还分析了解剖比对我们的AWCL框架的影响,发现使用更独特但解剖学上的样品构成阳性对的影响会带来更好的质量表示。大规模胎儿超声数据集的实验表明,我们的方法对学习表征有效,可以很好地转移到三个临床下游任务,并且与受监督的Imagenet和当前的先进对比度学习方法相比,取得了优越的性能。特别是,在跨域分割任务上,AWCL的表现优于Imagenet监督方法,高于13.8%,基于最先进的对比度方法的方法为7.1%。
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对比度学习是视觉表示学习最成功的方法之一,可以通过在学习的表示上共同执行聚类来进一步提高其性能。但是,现有的联合聚类和对比度学习的方法在长尾数据分布上表现不佳,因为多数班级压倒了少数群体的损失,从而阻止了学习有意义的表示形式。由此激励,我们通过适应偏见的对比损失,以避免群集中的少数群体类别的不平衡数据集来开发一种新颖的联合聚类和对比度学习框架。我们表明,我们提出的修改后的对比损失和分歧聚类损失可改善多个数据集和学习任务的性能。源代码可从https://anonymon.4open.science/r/ssl-debiased-clustering获得
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This paper presents SimCLR: a simple framework for contrastive learning of visual representations. We simplify recently proposed contrastive selfsupervised learning algorithms without requiring specialized architectures or a memory bank. In order to understand what enables the contrastive prediction tasks to learn useful representations, we systematically study the major components of our framework. We show that (1) composition of data augmentations plays a critical role in defining effective predictive tasks, (2) introducing a learnable nonlinear transformation between the representation and the contrastive loss substantially improves the quality of the learned representations, and (3) contrastive learning benefits from larger batch sizes and more training steps compared to supervised learning. By combining these findings, we are able to considerably outperform previous methods for self-supervised and semi-supervised learning on ImageNet. A linear classifier trained on self-supervised representations learned by Sim-CLR achieves 76.5% top-1 accuracy, which is a 7% relative improvement over previous state-ofthe-art, matching the performance of a supervised ResNet-50. When fine-tuned on only 1% of the labels, we achieve 85.8% top-5 accuracy, outperforming AlexNet with 100× fewer labels. 1
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通过对比学习,自我监督学习最近在视觉任务中显示了巨大的潜力,这旨在在数据集中区分每个图像或实例。然而,这种情况级别学习忽略了实例之间的语义关系,有时不希望地从语义上类似的样本中排斥锚,被称为“假否定”。在这项工作中,我们表明,对于具有更多语义概念的大规模数据集来说,虚假否定的不利影响更为重要。为了解决这个问题,我们提出了一种新颖的自我监督的对比学习框架,逐步地检测并明确地去除假阴性样本。具体地,在训练过程之后,考虑到编码器逐渐提高,嵌入空间变得更加语义结构,我们的方法动态地检测增加的高质量假否定。接下来,我们讨论两种策略,以明确地在对比学习期间明确地消除检测到的假阴性。广泛的实验表明,我们的框架在有限的资源设置中的多个基准上表现出其他自我监督的对比学习方法。
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深度学习方法缺乏无线胶囊内窥镜检查(WCE)自动诊断的可普遍性,这阻止了任何显着优势降低到真实的临床实践。结果,使用WCE的疾病管理继续依赖医学专家的详尽手动调查。尽管有几个优势,但这解释了其有限的用途。先前的工作已经考虑使用更高质量和数量的标签作为解决缺乏概括的一种方式,但是考虑到病理多样性,这几乎是无法扩展的,更不用说标记大型数据集的标签还会支持医务人员。我们建议使用免费可用的域知识作为先验,以学习更多可靠和可推广的表示。我们通过实验表明,领域先验可以通过在标签的代理中作用来使表示形式受益,从而大大减少了标签要求,同时仍可以完全无监督而又感知的学习。我们在预处理过程中使用对比度目标以及先前的指导观点,在此观点选择激发了对病理信息的敏感性。在三个数据集上进行的广泛实验表明,我们的方法的性能要比(或与)域中的最新技术更好,在病理分类和跨数据库概括方面建立了新的基准,并扩展到不看病的病理学类别。
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在对比学习中,最近的进步表现出了出色的表现。但是,绝大多数方法仅限于封闭世界的环境。在本文中,我们通过挖掘开放世界的环境来丰富表示学习的景观,其中新颖阶级的未标记样本自然可以在野外出现。为了弥合差距,我们引入了一个新的学习框架,开放世界的对比学习(Opencon)。Opencon应对已知和新颖阶级学习紧凑的表现的挑战,并促进了一路上的新颖性发现。我们证明了Opencon在挑战基准数据集中的有效性并建立竞争性能。在Imagenet数据集上,Opencon在新颖和总体分类精度上分别胜过当前最佳方法的最佳方法,分别胜过11.9%和7.4%。我们希望我们的工作能为未来的工作打开新的大门,以解决这一重要问题。
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眼科图像和衍生物,例如视网膜神经纤维层(RNFL)厚度图对于检测和监测眼科疾病至关重要(例如,青光眼)。对于计算机辅助诊断眼疾病,关键技术是自动从眼科图像中提取有意义的特征,这些特征可以揭示与功能视觉丧失相关的生物标志物(例如RNFL变薄模式)。然而,将结构性视网膜损伤与人类视力丧失联系起来的眼科图像的表示,主要是由于患者之间的解剖学变化很大。在存在图像伪像的情况下,这项任务变得更加具有挑战性,由于图像采集和自动细分,这很常见。在本文中,我们提出了一个耐伪造的无监督的学习框架,该框架称为眼科图像的学习表示。 Eyelearn具有一个伪影校正模块,可以学习可以最好地预测无伪影眼镜图像的表示形式。此外,Eyelearn采用聚类引导的对比度学习策略,以明确捕获内部和间形的亲和力。在训练过程中,图像在簇中动态组织,以形成对比样品,其中鼓励在相同或不同的簇中分别学习相似或不同的表示形式。为了评估包冰者,我们使用青光眼患者的现实世界眼科摄影图数据集使用学习的表示形式进行视野预测和青光眼检测。广泛的实验和与最先进方法的比较验证了眼球从眼科图像中学习最佳特征表示的有效性。
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我们介绍了一种对比视频表示方法,它使用课程学习在对比度培训中施加动态抽样策略。更具体地说,Concur以易于正面样本(在时间上和语义上相似的剪辑上)开始对比度训练,并且随着训练的进行,它会有效地提高时间跨度,从而有效地采样了硬质阳性(时间为时间和语义上不同)。为了学习更好的上下文感知表示形式,我们还提出了一个辅助任务,以预测积极剪辑之间的时间距离。我们对两个流行的动作识别数据集进行了广泛的实验,即UCF101和HMDB51,我们提出的方法在两项视频动作识别和视频检索的基准任务上实现了最新的性能。我们通过使用R(2+1)D和C3D编码器以及对Kinetics-400和Kinetics-200200数据集的R(2+1)D和C3D编码器以及预训练的影响来探讨编码器骨架和预训练策略的影响。此外,一项详细的消融研究显示了我们提出的方法的每个组成部分的有效性。
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自我监督的代表学习使对比学习的进步推动了显着的跨利赛,这旨在学习嵌入附近积极投入对的转变,同时推动负对的对。虽然可以可靠地生成正对(例如,作为相同图像的不同视图),但是难以准确地建立负对对,定义为来自不同图像的样本,而不管它们的语义内容或视觉功能如何。对比学习中的一个基本问题正在减轻假底片的影响。对比假否定引起了两个代表学习的关键问题:丢弃语义信息和缓慢的收敛。在本文中,我们提出了识别错误否定的新方法,以及减轻其效果的两种策略,即虚假的消极消除和吸引力,同时系统地执行严格的评估,详细阐述了这个问题。我们的方法表现出对基于对比学习的方法的一致性改进。没有标签,我们在想象中的1000个语义课程中识别出具有40%的精度,并且在使用1%标签的FINETUNING时,在先前最先进的最先进的前1个精度的绝对提高5.8%的绝对提高。我们的代码可在https://github.com/gogle-research/fnc上获得。
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