虽然我们注意临床自然语言处理（NLP）的最新进展，但我们可以注意到临床和翻译研究界的一些抵抗，因为透明度，可解释性和可用性有限，采用NLP模型。在这项研究中，我们提出了一种开放的自然语言处理开发框架。我们通过实施NLP算法为国家Covid队列协作（N3C）进行了评估。基于Covid-19相关临床笔记的信息提取的利益，我们的工作包括1）使用Covid-19标志和症状作为用例的开放数据注释过程，2）一个社区驱动的规则集合平台，3）合成文本数据生成工作流程，用于生成信息提取任务的文本而不涉及人为受试者。 Corpora来自来自三个不同机构的文本（Mayo Clinic，肯塔基州大学，明尼苏达大学）。用单个机构（Mayo）规则集进行了金标准注释。这导致了0.876,0.706和0.694的F-Scors分别用于Mayo，Minnesota和肯塔基测试数据集。作为N3C NLP子群体的联盟努力的研究表明，创建联邦NLP算法开发和基准测试平台的可行性，以增强多机构临床NLP研究和采用。虽然我们在这项工作中使用Covid-19作为用例，但我们的框架足以适用于临床NLP的其他兴趣领域。

目的是对临床文本去识别的自然语言处理（NLP）模型的评估取决于临床注释的可用性，临床注释通常由于隐私问题而受到限制。 NLP沙盒是一种通过采用联合模型到数据的方法来减轻NLP模型缺乏数据和评估框架的方法。这使得无偏见的联合模型评估无需共享多个机构的敏感数据。材料和方法我们利用Synapse协作框架，容器化软件和OpenAPI Generator来构建NLP沙盒（NLPSANDBOX.IO）。我们使用来自三个机构的数据评估了两个最先进的NLP去识别注释模型Philter和Neuroner。我们使用来自外部验证站点的数据进一步验证了模型性能。结果我们通过去识别临床模型评估证明了NLP沙箱的有用性。外部开发人员能够将其模型纳入NLP沙盒模板中，并提供用户体验反馈。讨论我们证明了使用NLP沙箱对临床文本去识别模型进行多站点评估的可行性，而无需共享数据。标准化模型和数据模式可以使模型传输和实现平稳。为了概括NLP沙箱，数据所有者和模型开发人员需要进行工作，以开发合适和标准化的模式，并调整其数据或模型以适合模式。结论NLP沙箱降低了利用临床数据进行NLP模型评估的障碍，并促进了联合会的NLP模型的联合，多站点，无偏见的评估。

计算文本表型是从临床注释中鉴定出患有某些疾病和特征的患者的实践。由于很少有用于机器学习的案例和域专家的数据注释需求，因此难以识别的罕见疾病要确定。我们提出了一种使用本体论和弱监督的方法，并具有来自双向变压器（例如BERT）的最新预训练的上下文表示。基于本体的框架包括两个步骤：（i）文本到umls，通过上下文将提及与统一医学语言系统（UMLS）中的概念链接到命名的实体识别和链接（NER+L）工具，SemeHR中提取表型。 ，以及具有自定义规则和上下文提及表示的弱监督； （ii）UMLS-to-to-ordo，将UMLS概念与孤子罕见疾病本体论（ORDO）中的罕见疾病相匹配。提出了弱监督的方法来学习一个表型确认模型，以改善链接的文本对umls，而没有域专家的注释数据。我们评估了来自美国和英国两个机构的三个出院摘要和放射学报告的临床数据集的方法。我们最好的弱监督方法获得了81.4％的精度和91.4％的召回，从模仿III出院摘要中提取罕见疾病UMLS表型。总体管道处理临床笔记可以表面罕见疾病病例，其中大部分在结构化数据（手动分配的ICD代码）中没有受到平衡。关于模仿III和NHS Tayside的放射学报告的结果与放电摘要一致。我们讨论了弱监督方法的有用性，并提出了未来研究的方向。

Raredis Corpus含有超过5,000个罕见疾病，近6,000个临床表现都是注释。此外，跨候注释协议评估表明，相对高的协议（F1措施等于实体的完全匹配标准，与关系的81.3％等于83.5％）。基于这些结果，该毒品具有高质量，假设该领域的重要步骤由于稀缺具有稀有疾病的可用语料库。这可以将门打开到进一步的NLP应用，这将促进这些罕见疾病的诊断和治疗，因此将大大提高这些患者的生活质量。

临床编码是将患者健康记录中的医疗信息转换为结构化代码的任务，以便它们可用于统计分析。这是一项认知且耗时的任务，遵循标准过程，以达到高水平的一致性。自动化系统可以支持临床编码，以提高该过程的效率和准确性。我们介绍了自动临床编码的想法，并从人工智能（AI）和自然语言处理（NLP）（NLP）的角度总结了挑战，该文献是根据文献，我们在过去两年半（2019年末 - 2022年初）的项目经验），以及与苏格兰和英国的临床编码专家的讨论。我们的研究揭示了应用于临床编码的当前基于深度学习的方法与现实世界实践中的解释性和一致性之间的差距。基于知识的方法代表和推理了标准，可以解释的任务过程，可能需要将其纳入基于深度学习的临床编码方法中。尽管面临技术和组织的挑战，但自动化的临床编码是AI的一项有前途的任务。编码人员需要参与开发过程。在未来五年及以后，开发和部署基于AI的自动化系统需要实现很多目标。

Electronic Health Records (EHRs) hold detailed longitudinal information about each patient's health status and general clinical history, a large portion of which is stored within the unstructured text. Temporal modelling of this medical history, which considers the sequence of events, can be used to forecast and simulate future events, estimate risk, suggest alternative diagnoses or forecast complications. While most prediction approaches use mainly structured data or a subset of single-domain forecasts and outcomes, we processed the entire free-text portion of EHRs for longitudinal modelling. We present Foresight, a novel GPT3-based pipeline that uses NER+L tools (i.e. MedCAT) to convert document text into structured, coded concepts, followed by providing probabilistic forecasts for future medical events such as disorders, medications, symptoms and interventions. Since large portions of EHR data are in text form, such an approach benefits from a granular and detailed view of a patient while introducing modest additional noise. On tests in two large UK hospitals (King's College Hospital, South London and Maudsley) and the US MIMIC-III dataset precision@10 of 0.80, 0.81 and 0.91 was achieved for forecasting the next biomedical concept. Foresight was also validated on 34 synthetic patient timelines by 5 clinicians and achieved relevancy of 97% for the top forecasted candidate disorder. Foresight can be easily trained and deployed locally as it only requires free-text data (as a minimum). As a generative model, it can simulate follow-on disorders, medications and interventions for as many steps as required. Foresight is a general-purpose model for biomedical concept modelling that can be used for real-world risk estimation, virtual trials and clinical research to study the progression of diseases, simulate interventions and counterfactuals, and for educational purposes.

通用数据模型解决了标准化电子健康记录（EHR）数据的许多挑战，但无法将其集成深度表型所需的资源。开放的生物学和生物医学本体论（OBO）铸造本体论提供了可用于生物学知识的语义计算表示，并能够整合多种生物医学数据。但是，将EHR数据映射到OBO Foundry本体论需要大量的手动策展和域专业知识。我们介绍了一个框架，用于将观察性医学成果合作伙伴关系（OMOP）标准词汇介绍给OBO铸造本体。使用此框架，我们制作了92,367条条件，8,615种药物成分和10,673个测量结果的映射。域专家验证了映射准确性，并且在24家医院进行检查时，映射覆盖了99％的条件和药物成分和68％的测量结果。最后，我们证明OMOP2OBO映射可以帮助系统地识别可能受益于基因检测的未诊断罕见病患者。

电子医疗记录（EMRS）包含对医学研究人员具有巨大潜在价值的临床叙述文本。但是，将该信息与个人身份信息（PII）混合，这会给患者和临床医生机密的风险带来风险。本文介绍了端到端的去除识别框架，以自动从医院排放摘要中删除PII。我们的语料库包括600名医院出院摘要，该摘要是从澳大利亚悉尼的两家主要推荐医院的EMRS中提取的。我们的端到端去识别框架由三个组件组成：1）注释：使用五个预定类别的600家医院放电摘要标记PII：人，地址，出生日期，识别号码，电话号码; 2）建模：培训六个命名实体识别（NER）深度学习基础 - 平衡和不平衡数据集;并评估组合所有六种基础型号的合奏，这三种基础模型，具有最佳的F1分数和三种基础型号，分别使用令牌级多数投票和堆叠方法分别具有最佳的召回分数; 3）去鉴定：从医院排放摘要中移除PII。我们的研究结果表明，使用堆叠支持向量机（SVM）方法在三种基础上使用最佳F1分数的堆栈模型实现了优异的结果，在我们的语料库的测试组上的F1得分为99.16％。我们还评估了2014年I2B2去识别数据集上的建模组件的稳健性。我们在所有六种基础型号上使用令牌级多数投票方法的集合模型，在严格的实体匹配中实现了96.24％的最高F1得分，并且在二进制令牌级匹配中的最高F1得分为98.64％，而二进制符合两个州-Of-最现实的方法。该框架提供了一种强大的解决方案，可以安全地去识别临床叙述文本。

自然语言处理（NLP）是一个人工智能领域，它应用信息技术来处理人类语言，在一定程度上理解并在各种应用中使用它。在过去的几年中，该领域已经迅速发展，现在采用了深层神经网络的现代变体来从大型文本语料库中提取相关模式。这项工作的主要目的是调查NLP在药理学领域的最新使用。正如我们的工作所表明的那样，NLP是药理学高度相关的信息提取和处理方法。它已被广泛使用，从智能搜索到成千上万的医疗文件到在社交媒体中找到对抗性药物相互作用的痕迹。我们将覆盖范围分为五个类别，以调查现代NLP方法论，常见的任务，相关的文本数据，知识库和有用的编程库。我们将这五个类别分为适当的子类别，描述其主要属性和想法，并以表格形式进行总结。最终的调查介绍了该领域的全面概述，对从业者和感兴趣的观察者有用。

Artificial Intelligence (AI) has become commonplace to solve routine everyday tasks. Because of the exponential growth in medical imaging data volume and complexity, the workload on radiologists is steadily increasing. We project that the gap between the number of imaging exams and the number of expert radiologist readers required to cover this increase will continue to expand, consequently introducing a demand for AI-based tools that improve the efficiency with which radiologists can comfortably interpret these exams. AI has been shown to improve efficiency in medical-image generation, processing, and interpretation, and a variety of such AI models have been developed across research labs worldwide. However, very few of these, if any, find their way into routine clinical use, a discrepancy that reflects the divide between AI research and successful AI translation. To address the barrier to clinical deployment, we have formed MONAI Consortium, an open-source community which is building standards for AI deployment in healthcare institutions, and developing tools and infrastructure to facilitate their implementation. This report represents several years of weekly discussions and hands-on problem solving experience by groups of industry experts and clinicians in the MONAI Consortium. We identify barriers between AI-model development in research labs and subsequent clinical deployment and propose solutions. Our report provides guidance on processes which take an imaging AI model from development to clinical implementation in a healthcare institution. We discuss various AI integration points in a clinical Radiology workflow. We also present a taxonomy of Radiology AI use-cases. Through this report, we intend to educate the stakeholders in healthcare and AI (AI researchers, radiologists, imaging informaticists, and regulators) about cross-disciplinary challenges and possible solutions.

Objective: We aim to develop an open-source natural language processing (NLP) package, SODA (i.e., SOcial DeterminAnts), with pre-trained transformer models to extract social determinants of health (SDoH) for cancer patients, examine the generalizability of SODA to a new disease domain (i.e., opioid use), and evaluate the extraction rate of SDoH using cancer populations. Methods: We identified SDoH categories and attributes and developed an SDoH corpus using clinical notes from a general cancer cohort. We compared four transformer-based NLP models to extract SDoH, examined the generalizability of NLP models to a cohort of patients prescribed with opioids, and explored customization strategies to improve performance. We applied the best NLP model to extract 19 categories of SDoH from the breast (n=7,971), lung (n=11,804), and colorectal cancer (n=6,240) cohorts. Results and Conclusion: We developed a corpus of 629 cancer patients notes with annotations of 13,193 SDoH concepts/attributes from 19 categories of SDoH. The Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) model achieved the best strict/lenient F1 scores of 0.9216 and 0.9441 for SDoH concept extraction, 0.9617 and 0.9626 for linking attributes to SDoH concepts. Fine-tuning the NLP models using new annotations from opioid use patients improved the strict/lenient F1 scores from 0.8172/0.8502 to 0.8312/0.8679. The extraction rates among 19 categories of SDoH varied greatly, where 10 SDoH could be extracted from >70% of cancer patients, but 9 SDoH had a low extraction rate (<70% of cancer patients). The SODA package with pre-trained transformer models is publicly available at https://github.com/uf-hobiinformatics-lab/SDoH_SODA.

非结构化的文本数据是卫生系统的核心：医生之间的联络信，操作报告，根据ICD-10标准编码的程序等。这些文件中包含的详细信息使得更好地了解患者，更好地管理他或她，以更好地研究病理，以准确地偿还相关的医学行为\ ldots，这似乎（至少在部分）被人工智能技术触及了。但是，出于明显的隐私保护原因，这些AIS的设计师只要包含识别数据，就没有合法权利访问这些文件。取消识别这些文档，即检测和删除它们中存在的所有识别信息，是在两个互补世界之间共享此数据的法律必要步骤。在过去的十年中，已经提出了一些建议，主要是用英语来识别文件。虽然检测分数通常很高，但替代方法通常不是很健壮。在法语中，很少有基于任意检测和/或替代规则的方法。在本文中，我们提出了一种专门针对法语医学文件的新的综合识别方法。识别要素（基于深度学习）的检测方法及其替代（基于差异隐私）的方法都是基于最有效的现有方法。结果是一种方法，可以有效保护患者的隐私，这是这些医疗文件的核心。整个方法已经在法国公立医院的法语医学数据集上进行了评估，结果非常令人鼓舞。

近年来，人们对使用电子病历（EMR）进行次要目的特别感兴趣，以增强医疗保健提供的质量和安全性。 EMR倾向于包含大量有价值的临床笔记。学习嵌入是一种将笔记转换为使其可比性的格式的方法。基于变压器的表示模型最近取得了巨大的飞跃。这些模型在大型在线数据集上进行了预训练，以有效地了解自然语言文本。学习嵌入的质量受临床注释如何用作表示模型的输入的影响。临床注释有几个部分具有不同水平的信息价值。医疗保健提供者通常使用不同的表达方式来实现同一概念也很常见。现有方法直接使用临床注释或初始预处理作为表示模型的输入。但是，要学习良好的嵌入，我们确定了最重要的临床笔记部分。然后，我们将提取的概念从选定部分映射到统一医学语言系统（UMLS）中的标准名称。我们使用与唯一概念相对应的标准短语作为临床模型的输入。我们进行了实验，以测量在公共可用的医疗信息集市（MIMIC-III）数据集的子集中，在医院死亡率预测的任务中，学到的嵌入向量的实用性。根据实验，与其他输入格式相比，基于临床变压器的表示模型通过提取的独特概念的标准名称产生的输入产生了更好的结果。表现最好的模型分别是Biobert，PubMedbert和Umlsbert。

我们提出了一种新颖的基准和相关的评估指标，用于评估文本匿名方法的性能。文本匿名化定义为编辑文本文档以防止个人信息披露的任务，目前遭受了面向隐私的带注释的文本资源的短缺，因此难以正确评估各种匿名方法提供的隐私保护水平。本文介绍了标签（文本匿名基准），这是一种新的开源注释语料库，以解决此短缺。该语料库包括欧洲人权法院（ECHR）的1,268个英语法院案件，并充满了有关每个文档中出现的个人信息的全面注释，包括其语义类别，标识符类型，机密属性和共同参考关系。与以前的工作相比，TAB语料库旨在超越传统的识别（仅限于检测预定义的语义类别），并且明确标记了这些文本跨越的标记，这些文本应该被掩盖，以掩盖该人的身份受到保护。除了介绍语料库及其注释层外，我们还提出了一套评估指标，这些指标是针对衡量文本匿名性的性能而定制的，无论是在隐私保护和公用事业保护方面。我们通过评估几个基线文本匿名模型的经验性能来说明基准和提议的指标的使用。完整的语料库及其面向隐私的注释准则，评估脚本和基线模型可在以下网址提供：

不利的童年经历（ACE）定义为在整个儿童期和/或青春期中发生的高度压力和可能创伤的事件或情况的集合。它们已被证明与后来生活中心理健康疾病或其他异常行为的风险增加有关。但是，通过自然语言处理（NLP）从文本数据中识别ACE是具有挑战性的，因为（a）没有NLP准备就绪的本体论； （b）几乎没有用于机器学习的资源，因此需要临床专家的数据注释； （c）域专家和大量文档以支持大型机器学习模型的昂贵注释。在本文中，我们提出了一种本体驱动的自我监督方法（使用基线NLP结果的自动编码器衍生概念嵌入），以产生一种公开可用的资源，该资源将支持大规模的机器学习（例如，培训基于培训变形金刚的大语言，模型）在社交媒体语料库上。该资源以及拟议的方法旨在促进社区培训可转移的NLP模型，以在电子健康记录中的临床注释中在诸如NLP之类的低资源场景中有效地浮出水面。该资源包括ACE本体术语，ACE概念嵌入和NLP注释语料库的列表，请访问https://github.com/knowlab/ace-nlp。

背景：在信息提取和自然语言处理域中，可访问的数据集对于复制和比较结果至关重要。公开可用的实施和工具可以用作基准，并促进更复杂的应用程序的开发。但是，在临床文本处理的背景下，可访问数据集的数量很少 - 现有工具的数量也很少。主要原因之一是数据的敏感性。对于非英语语言，这个问题更为明显。方法：为了解决这种情况，我们介绍了一个工作台：德国临床文本处理模型的集合。这些模型接受了德国肾脏病报告的识别语料库的培训。结果：提出的模型为内域数据提供了有希望的结果。此外，我们表明我们的模型也可以成功应用于德语的其他生物医学文本。我们的工作台公开可用，因此可以开箱即用，或转移到相关问题上。

根据诸如医疗条件，程序和药物使用之类的资格标准，识别患者队列对于临床试验的招募至关重要。这种标准通常是在自由文本中最自然地描述的，使用临床医生和研究人员熟悉的语言。为了大规模识别潜在参与者，必须首先将这些标准转换为临床数据库的查询，这可能是劳动密集型且容易出错的。自然语言处理（NLP）方法提供了一种可能自动转换为数据库查询的潜在手段。但是，必须首先使用Corpora对其进行培训和评估，该语料库详细列出临床试验标准。在本文中，我们介绍了叶片临床试验（LCT）语料库，该语料库是一种使用高度颗粒状结构化标签，捕获一系列生物医学现象的人类向超过1000个临床试验资格标准描述。我们提供了我们的模式，注释过程，语料库质量和统计数据的详细信息。此外，我们提出了该语料库的基线信息提取结果，作为未来工作的基准。

由于对高效有效的大数据分析解决方案的需求，医疗保健行业中数据分析的合并已取得了重大进展。知识图（KGS）已在该领域证明了效用，并且植根于许多医疗保健应用程序，以提供更好的数据表示和知识推断。但是，由于缺乏代表性的kg施工分类法，该指定领域中的几种现有方法不足和劣等。本文是第一个提供综合分类法和鸟类对医疗kg建筑的眼光的看法。此外，还对与各种医疗保健背景相关的学术工作中最新的技术进行了彻底的检查。这些技术是根据用于知识提取的方法，知识库和来源的类型以及合并评估协议的方法进行了严格评估的。最后，报道和讨论了文献中的一些研究发现和现有问题，为这个充满活力的地区开放了未来研究的视野。

由于结构化数据通常不足，因此在开发用于临床信息检索和决策支持系统模型时，需要从电子健康记录中的自由文本中提取标签。临床文本中最重要的上下文特性之一是否定，这表明没有发现。我们旨在通过比较荷兰临床注释中的三种否定检测方法来改善标签的大规模提取。我们使用Erasmus医疗中心荷兰临床语料库比较了基于ContextD的基于规则的方法，即使用MEDCAT和（Fineted）基于Roberta的模型的BilstM模型。我们发现，Bilstm和Roberta模型都在F1得分，精度和召回方面始终优于基于规则的模型。此外，我们将每个模型的分类错误系统地分类，这些错误可用于进一步改善特定应用程序的模型性能。在性能方面，将三个模型结合起来并不有益。我们得出的结论是，尤其是基于Bilstm和Roberta的模型在检测临床否定方面非常准确，但是最终，根据手头的用例，这三种方法最终都可以可行。

循证医学，医疗保健专业人员在做出决定时提到最佳证据的实践，形成现代医疗保健的基础。但是，它依赖于劳动密集型系统评论，其中域名专家必须从数千个出版物中汇总和提取信息，主要是随机对照试验（RCT）结果转化为证据表。本文通过对两个语言处理任务分解的问题来调查自动化证据表生成：\ texit {命名实体识别}，它标识文本中的关键实体，例如药物名称，以及\ texit {关系提取}，它会映射它们的关系将它们分成有序元组。我们专注于发布的RCT摘要的句子的自动制表，报告研究结果的结果。使用转移学习和基于变压器的语言表示的原则，开发了两个深度神经网络模型作为联合提取管道的一部分。为了培训和测试这些模型，开发了一种新的金标语，包括来自六种疾病区域的近600个结果句。这种方法表现出显着的优势，我们的系统在多种自然语言处理任务和疾病区域中表现良好，以及在训练期间不均匀地展示疾病域。此外，我们显示这些结果可以通过培训我们的模型仅在200个例句中培训。最终系统是一个概念证明，即证明表的产生可以是半自动的，代表全自动系统评论的一步。