在本文中,我们提出了一种新的GPU实现了螺旋CT重建的Katsevich算法。我们的实现划分了宿函数,并通过音高来重建CT图像间距。通过利用katsevich算法参数的周期性属性,我们的方法只需要为所有音高计算这些参数一次,因此GPU-Memory负担较低,非常适合深度学习。通过将我们的实现嵌入到网络中,我们提出了一种具有稀疏探测器的高音高螺旋CT重建的端到端深网络。由于我们的网络利用了来自SINOGAGAMS和CT图像中提取的特征,因此它可以同时减少由SINOGRAMS的稀疏性引起的条纹伪像,并在CT图像中保持细节。实验表明,我们的网络在主观和客观评估中表明了相关方法。
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基于深度学习的解决方案正在为各种应用程序成功实施。最值得注意的是,临床用例已增加了兴趣,并且是过去几年提出的一些尖端数据驱动算法背后的主要驱动力。对于诸如稀疏视图重建等应用,其中测量数据的量很少,以使获取时间短而且辐射剂量较低,降低了串联的伪像,促使数据驱动的DeNoINEDENO算法的开发,其主要目标是获得获得的主要目标。只有一个全扫描数据的子集诊断可行的图像。我们提出了WNET,这是一个数据驱动的双域denoising模型,其中包含用于稀疏视图deNoising的可训练的重建层。两个编码器 - 模型网络同时在正式和重建域中执行deno,而实现过滤后的反向投影算法的第三层则夹在前两种之间,并照顾重建操作。我们研究了该网络在稀疏视图胸部CT扫描上的性能,并突出显示了比更传统的固定层具有可训练的重建层的额外好处。我们在两个临床相关的数据集上训练和测试我们的网络,并将获得的结果与三种不同类型的稀疏视图CT CT DeNoisis和重建算法进行了比较。
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We propose a deep learning method for three-dimensional reconstruction in low-dose helical cone-beam computed tomography. We reconstruct the volume directly, i.e., not from 2D slices, guaranteeing consistency along all axes. In a crucial step beyond prior work, we train our model in a self-supervised manner in the projection domain using noisy 2D projection data, without relying on 3D reference data or the output of a reference reconstruction method. This means the fidelity of our results is not limited by the quality and availability of such data. We evaluate our method on real helical cone-beam projections and simulated phantoms. Our reconstructions are sharper and less noisy than those of previous methods, and several decibels better in quantitative PSNR measurements. When applied to full-dose data, our method produces high-quality results orders of magnitude faster than iterative techniques.
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在计算机断层扫描成像的实际应用中,投影数据可以在有限角度范围内获取,并由于扫描条件的限制而被噪声损坏。嘈杂的不完全投影数据导致反问题的不良性。在这项工作中,我们从理论上验证了低分辨率重建问题的数值稳定性比高分辨率问题更好。在接下来的内容中,提出了一个新型的低分辨率图像先验的CT重建模型,以利用低分辨率图像来提高重建质量。更具体地说,我们在下采样的投影数据上建立了低分辨率重建问题,并将重建的低分辨率图像作为原始限量角CT问题的先验知识。我们通过交替的方向方法与卷积神经网络近似的所有子问题解决了约束最小化问题。数值实验表明,我们的双分辨率网络在嘈杂的有限角度重建问题上的变异方法和流行的基于学习的重建方法都优于变异方法。
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基于深入的学习的断层摄影图像重建一直在这些年来引起了很多关注。稀疏视图数据重建是典型的未确定逆问题之一,如何从数十个投影重建高质量CT图像仍然是实践中的挑战。为了解决这一挑战,在本文中,我们提出了一个多域一体化的Swin变压器网络(MIST-NET)。首先,使用灵活的网络架构,所提出的雾网掺入了来自数据,残差数据,图像和剩余图像的豪华域特征。这里,残差数据和残差 - 图像域网组件可以被认为是数据一致性模块,以消除残差数据和图像域中的插值误差,然后进一步保持图像细节。其次,为了检测图像特征和进一步保护图像边缘,将培训的Sobel滤波器结合到网络中以提高编码解码能力。第三,随着经典的Swin变压器,我们进一步设计了高质量的重建变压器(即,REFFORMER)来提高重建性能。 REFFORMER继承了SWIN变压器的功率以捕获重建图像的全局和本地特征。具有48种视图的数值数据集的实验证明了我们所提出的雾网提供更高的重建图像质量,具有小的特征恢复和边缘保护,而不是其他竞争对手,包括高级展开网络。定量结果表明,我们的雾网也获得了最佳性能。训练有素的网络被转移到真实的心脏CT数据集,48次视图,重建结果进一步验证了我们的雾网的优势,进一步证明了临床应用中雾的良好稳健性。
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CT和MRI是两种广泛使用的临床成像方式,用于非侵入性诊断。然而,这两种方式都有一定的问题。 CT使用有害电离辐射,MRI患有缓慢的采集速度。欠采样可以解决这两个问题,例如稀疏抽样。然而,这种向下采样的数据导致降低分辨率并引入人工制品。已经提出了几种技术,包括基于深度的学习方法,以重建此类数据。然而,这两个方式的欠采样重建问题总是被认为是两个不同的问题,并通过不同的研究工作分开解决。本文通过在径向MRI上应用傅立叶变换的预处理来实现稀疏CT和缺口MRI重建的统一解决方案,然后使用SCOMAGE ups采样与滤波后投影结合使用SCOMAGE Cups采样来实现的基于傅里叶变换的预处理。原始网络是一种基于深度学习的方法,用于重建稀疏采样的CT数据。本文介绍了原始 - 双工UNET,从精度和重建速度方面提高了原始双网络。所提出的方法导致平均SSSIM为0.932,同时对风扇束几何进行稀疏CT重建,其稀疏水平为16,实现了对先前模型的统计上显着的改进,这导致0.919。此外,所提出的模型导致0.903和0.957平均SSIM,同时重建具有16-统计上显着改善的加速因子,在原始模型上重建了缺乏采样的脑和腹部MRI数据,这导致0.867和0.949。最后,本文表明,所提出的网络不仅提高了整体图像质量,而且还提高了兴趣区域的图像质量;以及在针的存在下更好地推广。
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Incorporating computed tomography (CT) reconstruction operators into differentiable pipelines has proven beneficial in many applications. Such approaches usually focus on the projection data and keep the acquisition geometry fixed. However, precise knowledge of the acquisition geometry is essential for high quality reconstruction results. In this paper, the differentiable formulation of fan-beam CT reconstruction is extended to the acquisition geometry. This allows to propagate gradient information from a loss function on the reconstructed image into the geometry parameters. As a proof-of-concept experiment, this idea is applied to rigid motion compensation. The cost function is parameterized by a trained neural network which regresses an image quality metric from the motion affected reconstruction alone. Using the proposed method, we are the first to optimize such an autofocus-inspired algorithm based on analytical gradients. The algorithm achieves a reduction in MSE by 35.5 % and an improvement in SSIM by 12.6 % over the motion affected reconstruction. Next to motion compensation, we see further use cases of our differentiable method for scanner calibration or hybrid techniques employing deep models.
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由于成本,采集时间或剂量的限制,稀疏视图CT重建在广泛的应用中是重要的。然而,传统的直接重建方法如滤波后投影(FBP)导致子奈奎斯特政权中的低质量重建。相比之下,深度神经网络(DNN)可以从稀疏和嘈杂的数据产生高质量的重建,例如,通过FBP重建的后处理,作为基于模型的迭代重建(MBIR),尽管计算成本更高。在本文中,我们介绍了一种称为反复间隔的DNN方法,称为反复化堆叠的背部投影(RSBP),其使用顺序获取的单个视图的反投影作为反复卷积LSTM网络的输入。 SBP结构维护SinoGram中的所有信息,而经常性处理利用相邻视图之间的相关性并在每个新视图后产生更新的重建。我们在模拟和实际数据上培训我们的网络上的网络和测试,并证明RSBP优于FBP图像和基本MBIR的DNN后处理,其计算成本低于MBIR。
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在目前的工作中,我们提出了一个自制的坐标投影网络(范围),以通过解决逆断层扫描成像问题来从单个SV正弦图中重建无伪像的CT图像。与使用隐式神经代表网络(INR)解决类似问题的最新相关工作相比,我们的基本贡献是一种有效而简单的重新注射策略,可以将层析成像图像重建质量推向监督的深度学习CT重建工作。提出的策略是受线性代数与反问题之间的简单关系的启发。为了求解未确定的线性方程式系统,我们首先引入INR以通过图像连续性之前限制解决方案空间并实现粗糙解决方案。其次,我们建议生成一个密集的视图正式图,以改善线性方程系统的等级并产生更稳定的CT图像解决方案空间。我们的实验结果表明,重新投影策略显着提高了图像重建质量(至少为PSNR的+3 dB)。此外,我们将最近的哈希编码集成到我们的范围模型中,这极大地加速了模型培训。最后,我们评估并联和风扇X射线梁SVCT重建任务的范围。实验结果表明,所提出的范围模型优于两种基于INR的方法和两种受欢迎的监督DL方法。
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这项工作与科学机器学习中的以下基本问题有关:基于深度学习的方法是否可以解决无噪声逆问题到近乎完美的准确性?首次提供了积极的证据,重点是原型计算机断层扫描(CT)设置。我们证明,迭代的端到端网络方案可以实现接近数值精度的重建,与经典的压缩传感策略相当。我们的结果是基于我们对最近的AAPM DL-SPARSE-VIEW CT挑战的获胜提交的基础。它的目标是确定用数据驱动技术解决稀疏视图CT逆问题的最新技术。挑战设置的特定困难是,参与者的精确前进模型仍然未知。因此,我们方法的关键特征是最初在数据驱动的校准步骤中估算未知的粉丝几何形状。除了对我们的方法的深入分析外,我们还证明了其在开放式现实世界数据集Lodopab CT上的最先进性能。
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在呼吸运动下重建肺部锥体束计算机断层扫描(CBCT)是一个长期的挑战。这项工作更进一步,以解决一个具有挑战性的设置,以重建仅来自单个} 3D CBCT采集的多相肺图像。为此,我们介绍了对观点或Regas的概述综合。 Regas提出了一种自我监督的方法,以合成不足的层析成像视图并减轻重建图像中的混叠伪像。该方法可以更好地估计相间变形矢量场(DVF),这些矢量场(DVF)用于增强无合成的直接观察结果的重建质量。为了解决高分辨率4D数据上深神经网络的庞大记忆成本,Regas引入了一种新颖的射线路径变换(RPT),该射线路径转换(RPT)允许分布式,可区分的远期投影。 REGA不需要其他量度尺寸,例如先前的扫描,空气流量或呼吸速度。我们的广泛实验表明,REGA在定量指标和视觉质量方面的表现明显优于可比的方法。
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最近在图像重建之前被引入了深度图像。它表示要作为深度卷积神经网络的输出恢复的图像,并学习网络的参数,使得输出适合损坏的观察。尽管它令人印象深刻的重建属性,但与学到的学习或传统的重建技术相比,该方法缓慢。我们的工作开发了一个两阶段学习范式来解决计算挑战:(i)我们在合成数据集上执行网络的监督预测;(ii)我们微调网络的参数,以适应目标重建。我们展示了预先预测的预测,从实际测量的生物样本的实际微型计算机断层扫描数据中提高了随后的重建。代码和附加实验材料可在https://educateddip.github.io/docs.educated_deep_image_prior/处获得。
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从有限角度范围内获取的X射线投影的计算机断层扫描(CT)重建是具有挑战性的,特别是当角度范围非常小时。分析和迭代模型都需要更多的投影来有效建模。由于其出色的重建性能,深度学习方法已经取得了普遍存在,但此类成功主要限制在同一数据集中,并且在具有不同分布的数据集中不概括。在此,我们通过引入铭顶推销模块来提出用于有限角度CT重建的外推网,这是理论上的合理的。该模块补充了额外的铭顶信息和靴子型号概括性。广泛的实验结果表明,我们的重建模型在NIH-AAPM数据集上实现了最先进的性能,类似于现有方法。更重要的是,我们表明,与现有方法相比,使用这种Sinogram推断模块显着提高了在未经持续数据集(例如,Covid-19和LIDC数据集)上的模型的泛化能力。
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In this paper, we propose a novel deep convolutional neural network (CNN)-based algorithm for solving ill-posed inverse problems. Regularized iterative algorithms have emerged as the standard approach to ill-posed inverse problems in the past few decades. These methods produce excellent results, but can be challenging to deploy in practice due to factors including the high computational cost of the forward and adjoint operators and the difficulty of hyper parameter selection. The starting point of our work is the observation that unrolled iterative methods have the form of a CNN (filtering followed by point-wise non-linearity) when the normal operator (H * H, the adjoint of H times H) of the forward model is a convolution. Based on this observation, we propose using direct inversion followed by a CNN to solve normal-convolutional inverse problems. The direct inversion encapsulates the physical model of the system, but leads to artifacts when the problem is ill-posed; the CNN combines multiresolution decomposition and residual learning in order to learn to remove these artifacts while preserving image structure. We demonstrate the performance of the proposed network in sparse-view reconstruction (down to 50 views) on parallel beam X-ray computed tomography in synthetic phantoms as well as in real experimental sinograms. The proposed network outperforms total variation-regularized iterative reconstruction for the more realistic phantoms and requires less than a second to reconstruct a 512 × 512 image on the GPU. K.H. Jin acknowledges the support from the "EPFL Fellows" fellowship program co-funded by Marie Curie from the European Unions Horizon 2020 Framework Programme for Research and Innovation under grant agreement 665667.
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本文解决了利益区域(ROI)计算机断层扫描(CT)的图像重建问题。尽管基于模型的迭代方法可用于此问题,但由于乏味的参数化和缓慢的收敛性,它们的实用性通常受到限制。另外,当保留的先验不完全适合溶液空间时,可以获得不足的溶液。深度学习方法提供了一种快速的替代方法,从大型数据集中利用信息,因此可以达到高重建质量。但是,这些方法通常依赖于不考虑成像系统物理学的黑匣子,而且它们缺乏可解释性通常会感到沮丧。在两种方法的十字路口,最近都提出了展开的深度学习技术。它们将模型的物理和迭代优化算法纳入神经网络设计中,从而在各种应用中均具有出色的性能。本文介绍了一种新颖的,展开的深度学习方法,称为U-RDBFB,为ROI CT重建而设计为有限的数据。由于强大的非凸数据保真功能与稀疏性诱导正则化功能相结合,因此有效地处理了很少的截断数据。然后,嵌入在迭代重新加权方案中的块双重前向(DBFB)算法的迭代将在神经网络体系结构上展开,从而以监督的方式学习各种参数。我们的实验显示了对各种最新方法的改进,包括基于模型的迭代方案,深度学习体系结构和深度展开的方法。
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计算机断层扫描(CT)使用从身体周围的传感器取出的X射线测量以产生人体的断层图像。如果X射线数据充分采样和高质量,则可以使用传统的重建算法;然而,诸如将剂量减少给患者的问题,或数据采集的几何限制可能导致低质量或不完整的数据。由于噪声和其他伪像,使用传统方法从这些数据重建的图像具有差的质量。本研究的目的是训练单个神经网络,从嘈杂或不完全CT扫描数据重建高质量CT图像,包括低剂量,稀疏视图和有限的角度场景。为了完成这项任务,我们将生成的对冲网络(GaN)作为信号训练,以与CT数据的迭代同步代数重建技术(SART)结合使用。网络包括自我关注块,以模拟数据中的远程依赖性。我们将我们的自我关注GaN进行CT图像重建,包括几种最先进的方法,包括去噪循环GaN,Circle GaN和总变化的校长算法。我们的方法被证明是可以相当的整体性能来圈出GaN,同时优于其他两种方法。
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Low-dose computed tomography (CT) plays a significant role in reducing the radiation risk in clinical applications. However, lowering the radiation dose will significantly degrade the image quality. With the rapid development and wide application of deep learning, it has brought new directions for the development of low-dose CT imaging algorithms. Therefore, we propose a fully unsupervised one sample diffusion model (OSDM)in projection domain for low-dose CT reconstruction. To extract sufficient prior information from single sample, the Hankel matrix formulation is employed. Besides, the penalized weighted least-squares and total variation are introduced to achieve superior image quality. Specifically, we first train a score-based generative model on one sinogram by extracting a great number of tensors from the structural-Hankel matrix as the network input to capture prior distribution. Then, at the inference stage, the stochastic differential equation solver and data consistency step are performed iteratively to obtain the sinogram data. Finally, the final image is obtained through the filtered back-projection algorithm. The reconstructed results are approaching to the normal-dose counterparts. The results prove that OSDM is practical and effective model for reducing the artifacts and preserving the image quality.
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我们为Covid-19的快速准确CT(DL-FACT)测试提供了一系列深度学习的计算框架。我们开发了基于CT的DL框架,通过基于DL的CT图像增强和分类来提高Covid-19(加上其变体)的测试速度和准确性。图像增强网络适用于DDNet,短暂的Dennet和基于Deconvolulate的网络。为了展示其速度和准确性,我们在Covid-19 CT图像的几个来源中评估了DL-FARE。我们的结果表明,DL-FACT可以显着缩短几天到几天的周转时间,并提高Covid-19测试精度高达91%。DL-FACT可以用作诊断和监测Covid-19的医学专业人员的软件工具。
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虽然来自X-ray Sinograms的计算机断层摄影(CT)重建是临床诊断所必需的,但成像过程中的碘辐射诱导不可逆损伤,从而驾驶研究人员研究稀疏视图CT重建,即恢复高质量CT图像一套稀疏的一组席克图。建议迭代模型缓解稀疏视图CT图像中出现的伪像,但计算成本太昂贵。然后,基于深度学习的方法由于性能优异和计算而获得了普遍存在。但是,这些方法忽略了CNN的\ TextBF {本地}特征提取功能和Sinogram的\ TextBF {Global}特征之间的不匹配。为了克服这个问题,我们提出\ textbf {du} al- \ textbf {do} main \ textbf {trans}以前(\ textbf {dudotrans}),通过变压器的远程依赖性建模能力同时恢复信息化的中文曲线图和重建CT图像与增强和未加工的叠层图。利用如此新颖的设计,NIH-AAPM数据集和Covid-19数据集上的重建性能实验证实了Dudotrans的有效性和概括性与较少涉及的参数。广泛的实验还展示了具有稀疏视图CT重建的不同噪声级方面的鲁棒性。代码和模型在https://github.com/dudotrans/code上公开使用
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深度学习在加速磁共振成像(MRI)中表现出惊人的性能。最先进的深度学习重建采用强大的卷积神经网络,并且由于许多磁共振图像或其对应的k空间是2D的许多磁共振图像或其对应的k空间。在这项工作中,我们展示了一种探讨了1D卷积的新方法,使得深度网络更容易受到培训和广义。我们进一步将1D卷积集成到所提出的深网络中,命名为一维深度低级和稀疏网络(ODL),它展开了低级和稀疏重建模型的迭代过程。在体内膝盖和脑数据集中的广泛结果表明,所提出的ODLS非常适合培训受试者的情况,并提供比视觉和定量的最先进的方法改进的重建性能。此外,ODL还向不同的欠采样场景显示出良好的稳健性以及培训和测试数据之间的一些不匹配。总之,我们的工作表明,在快速MRI中,1D深度学习方案是内存高效且强大的。
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