We present a Machine Learning (ML) study case to illustrate the challenges of clinical translation for a real-time AI-empowered echocardiography system with data of ICU patients in LMICs. Such ML case study includes data preparation, curation and labelling from 2D Ultrasound videos of 31 ICU patients in LMICs and model selection, validation and deployment of three thinner neural networks to classify apical four-chamber view. Results of the ML heuristics showed the promising implementation, validation and application of thinner networks to classify 4CV with limited datasets. We conclude this work mentioning the need for (a) datasets to improve diversity of demographics, diseases, and (b) the need of further investigations of thinner models to be run and implemented in low-cost hardware to be clinically translated in the ICU in LMICs. The code and other resources to reproduce this work are available at https://github.com/vital-ultrasound/ai-assisted-echocardiography-for-low-resource-countries.
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超声使用是因为其成本低,非电离和非侵入性特征,并且已成为基石放射学检查。超声应用程序的研究也扩大了,尤其是通过机器学习的图像分析。但是,超声数据通常仅限于封闭的数据集,只有少数几个公开可用。尽管经常检查器官,但肾脏缺乏公开可用的超声数据集。拟议的开放肾脏超声数据集是第一套公开可用的肾脏B模式超声数据,其中包括用于多级语义分段的注释。它基于5年以上500多名患者的回顾性收集的数据,平均年龄为53.2 +/- 14。7年,体重指数为27.0 +/- 5.4 kg/m2,最常见的原发性疾病是糖尿病,IgA肾病和高血压。有两位专家超声师的视图标签和细粒度的手动注释。值得注意的是,该数据包括天然和移植的肾脏。进行了初始的基准测量测量,证明了一种最先进的算法,该算法达到了肾脏胶囊的骰子Sorenson系数为0.74。该数据集是一个高质量的数据集,包括两组专家注释,图像比以前可用的更大。为了增加获得肾脏超声数据的访问,未来的研究人员可能能够创建用于组织表征,疾病检测和预后的新型图像分析技术。
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Artificial intelligence is set to be deployed in operating rooms to improve surgical care. This early-stage clinical evaluation shows the feasibility of concurrently attaining real-time, high-quality predictions from several deep neural networks for endoscopic video analysis deployed for assistance during three laparoscopic cholecystectomies.
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机器学习(ML)是人工智能(AI)的子场,其放射学中的应用正在以不断加速的速度增长。研究最多的ML应用程序是图像的自动解释。但是,可以将自然语言处理(NLP)与文本解释任务组合的ML结合使用,在放射学中也具有许多潜在的应用。一种这样的应用是放射学原始胶体的自动化,涉及解释临床放射学转介并选择适当的成像技术。这是一项必不可少的任务,可确保执行正确的成像。但是,放射科医生必须将专门用于原始胶片的时间进行报告,与推荐人或教学进行报告,交流。迄今为止,很少有使用临床文本自动选择协议选择的ML模型的出版物。本文回顾了该领域的现有文献。参考机器学习公约建议的最佳实践对已发布模型进行系统评估。讨论了在临床环境中实施自动质胶的进展。
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Artificial Intelligence (AI) has become commonplace to solve routine everyday tasks. Because of the exponential growth in medical imaging data volume and complexity, the workload on radiologists is steadily increasing. We project that the gap between the number of imaging exams and the number of expert radiologist readers required to cover this increase will continue to expand, consequently introducing a demand for AI-based tools that improve the efficiency with which radiologists can comfortably interpret these exams. AI has been shown to improve efficiency in medical-image generation, processing, and interpretation, and a variety of such AI models have been developed across research labs worldwide. However, very few of these, if any, find their way into routine clinical use, a discrepancy that reflects the divide between AI research and successful AI translation. To address the barrier to clinical deployment, we have formed MONAI Consortium, an open-source community which is building standards for AI deployment in healthcare institutions, and developing tools and infrastructure to facilitate their implementation. This report represents several years of weekly discussions and hands-on problem solving experience by groups of industry experts and clinicians in the MONAI Consortium. We identify barriers between AI-model development in research labs and subsequent clinical deployment and propose solutions. Our report provides guidance on processes which take an imaging AI model from development to clinical implementation in a healthcare institution. We discuss various AI integration points in a clinical Radiology workflow. We also present a taxonomy of Radiology AI use-cases. Through this report, we intend to educate the stakeholders in healthcare and AI (AI researchers, radiologists, imaging informaticists, and regulators) about cross-disciplinary challenges and possible solutions.
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Delineation of the left ventricular cavity, myocardium and right ventricle from cardiac magnetic resonance images (multi-slice 2D cine MRI) is a common clinical task to establish diagnosis. The automation of the corresponding tasks has thus been the subject of intense research over the past decades. In this paper, we introduce the "Automatic Cardiac Diagnosis Challenge" dataset (ACDC), the largest publicly-available and fully-annotated dataset for the purpose of Cardiac MRI (CMR) assessment. The dataset contains data from 150 multi-equipments CMRI recordings with reference measurements and classification O. Bernard and F. Cervenansky are with the
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本文提供了在过去十年中开发糖尿病足溃疡数据集的概念基础和程序,有一个时间线来证明进步。我们对脚踏照片的数据捕获方法进行了调查,概述了开发私立和公共数据集的研究,相关的计算机视觉任务(检测,分割和分类),糖尿病足溃疡挑战和未来发展的发展方向数据集。我们通过国家和年度报告数据集用户的分发。我们的目标是分享我们与DataSet开发的良好做法遇到的技术挑战,并为其他研究人员提供参与该域中的数据共享的动机。
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超越地球轨道的人类空间勘探将涉及大量距离和持续时间的任务。为了有效减轻无数空间健康危害,数据和空间健康系统的范式转移是实现地球独立性的,而不是Earth-Reliance所必需的。有希望在生物学和健康的人工智能和机器学习领域的发展可以解决这些需求。我们提出了一个适当的自主和智能精密空间健康系统,可以监控,汇总和评估生物医学状态;分析和预测个性化不良健康结果;适应并响应新累积的数据;并提供对其船员医务人员的个人深度空间机组人员和迭代决策支持的预防性,可操作和及时的见解。在这里,我们介绍了美国国家航空航天局组织的研讨会的建议摘要,以便在太空生物学和健康中未来的人工智能应用。在未来十年,生物监测技术,生物标志科学,航天器硬件,智能软件和简化的数据管理必须成熟,并编织成精确的空间健康系统,以使人类在深空中茁壮成长。
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尽管对临床机器学习研究有强烈的关注和相当大的投资,但在现实世界的临床环境中,在大规模的应用中已经部署了相对较少的应用。虽然研究在推进最先进的情况下很重要,但翻译同样重要的是,使这些技术和技术能够最终影响医疗保健。我们认为对几个考虑缺乏升值是在期望和现实之间这种差异的主要原因。为了更好地描述研究人员和从业者之间的整体视角,我们调查了几个从业人员在开发CML中进行临床部署的商业经验。使用这些洞察力,我们确定了几个主要类别的挑战,以便更好地设计和开发临床机学习应用。
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计算机辅助方法为诊断和预测脑疾病显示了附加的价值,因此可以支持临床护理和治疗计划中的决策。本章将洞悉方法的类型,其工作,输入数据(例如认知测试,成像和遗传数据)及其提供的输出类型。我们将专注于诊断的特定用例,即估计患者的当前“状况”,例如痴呆症的早期检测和诊断,对脑肿瘤的鉴别诊断以及中风的决策。关于预测,即对患者的未来“状况”的估计,我们将缩小用例,例如预测多发性硬化症中的疾病病程,并预测脑癌治疗后患者的结局。此外,根据这些用例,我们将评估当前的最新方法,并强调当前对这些方法进行基准测试的努力以及其中的开放科学的重要性。最后,我们评估了计算机辅助方法的当前临床影响,并讨论了增加临床影响所需的下一步。
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左心室(LV)功能是心脏病患者的患者管理,结局和长期存活方面的重要因素。最近发表的心力衰竭临床指南认识到,仅依赖一种心脏功能(LV射血分数)作为诊断和治疗分层生物标志物的依赖是次优。基于AI的超声心动图分析的最新进展已在LV体积和LV射血分数的自动估计上显示出良好的结果。但是,从随时间变化的2D超声心动图摄取,可以通过从完整的心脏周期中估算功能性生物标志物来获得对心脏功能的更丰富的描述。在这项工作中,我们首次提出了一种基于全心脏周期分割的2D超声心动图的AI方法,用于从2D超声心动图中得出高级生物标志物。这些生物标志物将允许临床医生获得健康和疾病中心脏的丰富图片。 AI模型基于“ NN-UNET”框架,并使用四个不同的数据库进行了训练和测试。结果表明,手动分析和自动分析之间的一致性很高,并展示了晚期收缩期和舒张期生物标志物在患者分层中的潜力。最后,对于50例病例的子集,我们在超声心动图和CMR的临床生物标志物之间进行了相关分析,我们在两种方式之间表现出了极好的一致性。
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胎儿镜检查激光​​光凝是一种广泛采用的方法,用于治疗双胞胎输血综合征(TTTS)。该过程涉及光凝病理吻合术以调节双胞胎之间的血液交换。由于观点有限,胎儿镜的可操作性差,可见性差和照明的可变性,因此该程序尤其具有挑战性。这些挑战可能导致手术时间增加和消融不完全。计算机辅助干预措施(CAI)可以通过识别场景中的关键结构并通过视频马赛克来扩展胎儿镜观景领域,从而为外科医生提供决策支持和背景意识。由于缺乏设计,开发和测试CAI算法的高质量数据,该领域的研究受到了阻碍。通过作为MICCAI2021内窥镜视觉挑战组织的胎儿镜胎盘胎盘分割和注册(FETREG2021)挑战,我们发布了第一个Largescale Multencentre TTTS数据集,用于开发广义和可靠的语义分割和视频摩擦质量algorithms。对于这一挑战,我们发布了一个2060张图像的数据集,该数据集是从18个体内TTTS胎儿镜检查程序和18个简短视频剪辑的船只,工具,胎儿和背景类别的像素通道。七个团队参与了这一挑战,他们的模型性能在一个看不见的测试数据集中评估了658个从6个胎儿镜程序和6个短剪辑的图像的图像。这项挑战为创建通用解决方案提供了用于胎儿镜面场景的理解和摩西式解决方案的机会。在本文中,我们介绍了FETREG2021挑战的发现,以及报告TTTS胎儿镜检查中CAI的详细文献综述。通过这一挑战,它的分析和多中心胎儿镜数据的发布,我们为该领域的未来研究提供了基准。
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A digital health twin can be defined as a virtual model of a physical person, in this specific case, a patient. This virtual model is constituted by multidimensional data that can host from clinical, molecular and therapeutic parameters to sensor data and living conditions. Given that in computational pathology, it is very important to have the information from image donors to create computational models, the integration of digital twins in this field could be crucial. However, since these virtual entities collect sensitive data from physical people, privacy safeguards must also be considered and implemented. With these data safeguards in place, health digital twins could integrate digital clinical trials and be necessary participants in the generation of real-world evidence, which could positively change both fields.
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超声心动图图像质量评估不是经胸检查中的微不足道问题。随着对心脏结构的体内检查在心脏诊断方面的突出性,已经确认,准确诊断左心室功能取决于回声图像的质量。到目前为止,回声图像的视觉评估是高度主观的,需要在临床病理下进行特定的定义。尽管质量较差的图像损害了量化和诊断,但超声心动图图像质量标准的固有变化表明,在临床试验下,在临床试验下,尤其是在经验不足的心脏病学家下,在不同观察者之间面临的复杂性,并提供了明显的证据。在这项研究中,我们的目的是分析和定义专家主要讨论的特定质量属性,并提出一个完全训练的卷积神经网络模型,以客观地评估此类质量功能。
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作为史上史上的医学历史之一,放射学,目睹了巨大的技术进步,并彻底改变了我们今天练习医学的方式。在过去的几十年中,医学成像方式产生了地震量的医疗数据。使用此数据的人工智能(AI)应用程序的开发和采用将导致放射学中的下一阶段进化。它将包括自动化诸如注释,报告 - 生成等的费力的手动任务,以及初始放射学评估案件的援助放射科学家在评估工作流程中。我们为放射学自动化进展提出了一项级别的分类,解释了每个级别的AI援助,具有相应的挑战和解决方案。我们希望这样的讨论可以帮助我们以结构化的方式解决挑战,并采取必要的步骤,以确保在放射学中顺利采用新技术。
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二维超声心动图中的标准视图已经建立了良好,但是获得的图像的质量高度依赖于操作员的技能,并进行了主观评估。这项研究旨在通过定义一组新的特定领域质量指标来为超声心动图图像质量提供客观评估管道。因此,可以自动化图像质量评估以增强临床测量,解释和实时优化。我们开发了深层神经网络,用于对超声心动图框架的自动评估,这些评估是从11,262名成年患者中随机采样的。私有超声心动图数据集由33,784帧组成,以前在2010年至2020年之间获得。深度学习方法被用来提取时空特征,并根据平均绝对误差评估了图像质量指标。我们的质量指标涵盖了解剖学和病理元素,以分别提供解剖学可见性,清晰度,深度增益和预先理解性的多元评估评分。
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深度学习进展到几乎所有医疗领域中最重要的技术之一。特别是在与医学成像有关的领域中,它起着重要作用。然而,在介入放疗(近距离放射治疗)中,深度学习仍处于早期阶段。在这篇综述中,首先,我们研究并审查了深度学习在介入放射疗法和直接相关领域的所有过程中的作用。此外,我们总结了最新的发展。为了重现深度学习算法的结果,必须提供源代码和培训数据。因此,这项工作的第二个重点是分析开源,开放数据和开放模型的可用性。在我们的分析中,我们能够证明深度学习在某些介入放射疗法领域已经起着主要作用,但在其他方面仍然很少出现。然而,随着年份的影响,它的影响正在增加,部分自我推广,但也受到密切相关领域的影响。开源,数据和模型的数量正在增长,但仍然很少,并且在不同的研究小组之间分布不均。不愿发布代码,数据和模型限制了可重复性,并将评估限制为单一机构数据集。总结,深度学习将积极改变介入放射疗法的工作流程,但是在可再现的结果和标准化评估方法方面,有改进的余地。
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在许多低到中型收入(LMIC)国家中,超声用于评估胸腔积液。通常,积液的程度是由超声检查员手动测量的,导致明显的内部/观察者间变异性。在这项工作中,我们研究了深度学习(DL)以自动化超声图像中胸腔积液分割的过程。在在LMIC设置中获得的两个数据集上,我们使用NNU-NET DL模型获得了中位骰子相似性系数(DSC)为0.82和0.74。我们还研究了DL模型中坐标卷积的使用,发现这会导致第一个数据集的中间DSC在0.85上的统计学显着改善,而第二个数据集则没有显着更改。这项工作首次展示了DL在LMIC环境中超声评估的过程中自动化的潜力,在LMIC环境中,通常缺乏经验丰富的放射科医生来执行此类任务。
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学习时空特征是有效的视频理解的重要任务,尤其是在超声心动图等医学图像中。卷积神经网络(CNN)和最新的视觉变压器(VIT)是最常用的方法,每个方法都有局限性。 CNN擅长捕获本地环境,但无法在视频帧中学习全局信息。另一方面,视觉变压器可以结合全球细节和长序列,但在计算上却很昂贵,通常需要更多的数据进行训练。在本文中,我们提出了一种方法,该方法可以解决我们通常在医学视频数据(例如超声心动图扫描)培训时面临的局限性。我们提出的算法(echocotr)利用视觉变压器和CNN的强度来解决超声视频上估算左心室射血分数(LVEF)的问题。我们演示了所提出的方法在Echonet-Dynamic数据集上的表现如何以3.95和$ r^2 $为0.82。与所有已发表的研究相比,这些结果显示出明显的改善。此外,我们与包括VIT和BERT在内的多种算法显示了广泛的消融和比较。该代码可在https://github.com/biomedia-mbzuai/echocotr上找到。
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机器学习方法利用多参数生物标志物,特别是基于神经影像动物,具有改善痴呆早期诊断的巨大潜力,并预测哪些个体存在发展痴呆的风险。对于机器学习领域的基准算法和痴呆症中的神经影像症,并评估他们在临床实践中使用的潜力和临床试验,七年的大挑战已经在过去十年中组织:Miriad,Alzheimer的疾病大数据梦,Caddementia,机器学习挑战,MCI神经影像动物,蝌蚪和预测分析竞争。基于两个挑战评估框架,我们分析了这些大挑战如何互相补充研究问题,数据集,验证方法,结果和影响。七个大挑战解决了与(临床前)痴呆症(临床)痴呆症的筛查,诊断,预测和监测有关的问题。临床问题,任务和性能指标几乎没有重叠。然而,这具有提供对广泛问题的洞察力的优势,它也会限制对挑战的结果的验证。通常,获胜算法执行严格的数据预处理并组合了广泛的输入特征。尽管最先进的表演,但临床上没有挑战评估的大部分方法。为了增加影响,未来的挑战可以更加关注统计分析,对其与高于阿尔茨海默病的临床问题,以及使用超越阿尔茨海默病神经影像疾病的临床问题,以及超越阿尔茨海默病的临床问题。鉴于过去十年中汲取的潜力和经验教训,我们在未来十年及其超越的机器学习和神经影像中的大挑战前景兴奋。
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